Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005204.4
Sequence Length
2850 nt
GC Content
0.4449
ACUCGUCCGCUCCGCUCUGGACUGCGCGCCACGCUCUGGGGUCCGGCGCCCUGGUUCCUGCUUCUGCCGCUGCCGCCGCCGGAUCCCAGUGGCCCGGCGUGCUCGGCUCCCACAGGCCUGCAGCCAGCAUCGCACCGAACCUUCGGGGGGCCGCGGCUGGAGCGCUCGGCCGGCGUGGGAGCGCCAAGGCCGCAGAUGCAAUCUUCUUACCGCGAAGAAGCCAGGGGAAUAGGUAGCCACAUCUUGUUUGCAGAUAAGAAAGGAAGCUAACGCAGUAUCUGCAAAGCCAGGAGUCUGACUCAGUACUUUUCUCACUCAUGCAUACAAAGCAGCUAAAAAUGACACAGCUUAUUUACCAUGCCCCUGACACUGCACUGAGCACUUUAUGAGCUUGAACUCUGUUAAUCCUCACGACCACCUCAUGAGACUCUCCAGAAAGAGCAACAGUAAUGGAGUACAUGAGCACUGGAAGUGACAAUAAAGAAGAGAUUGAUUUAUUAAUUAAACAUUUAAAUGUGUCUGAUGUAAUAGACAUUAUGGAAAAUCUUUAUGCAAGUGAAGAGCCAGCAGUUUAUGAACCCAGUCUAAUGACCAUGUGUCAAGACAGUAAUCAAAACGAUGAGCGUUCUAAGUCUCUGCUGCUUAGUGGCCAAGAGGUACCAUGGUUGUCAUCAGUCAGAUAUGGAACUGUGGAGGAUUUGCUUGCUUUUGCAAACCAUAUAUCCAACACUGCAAAGCAUUUUUAUGGACAACGACCACAGGAAUCUGGAAUUUUAUUAAACAUGGUCAUCACUCCCCAAAAUGGACGUUACCAAAUAGAUUCCGAUGUUCUCCUGAUCCCCUGGAAGCUGACUUACAGGAAUAUUGGUUCUGAUUUUAUUCCUCGGGGCGCCUUUGGAAAGGUAUACUUGGCACAAGAUAUAAAGACGAAGAAAAGAAUGGCGUGUAAACUGAUCCCAGUAGAUCAAUUUAAGCCAUCUGAUGUGGAAAUCCAGGCUUGCUUCCGGCACGAGAACAUCGCAGAGCUGUAUGGCGCAGUCCUGUGGGGUGAAACUGUCCAUCUCUUUAUGGAAGCAGGCGAGGGAGGGUCUGUUCUGGAGAAACUGGAGAGCUGUGGACCAAUGAGAGAAUUUGAAAUUAUUUGGGUGACAAAGCAUGUUCUCAAGGGACUUGAUUUUCUACACUCAAAGAAAGUGAUCCAUCAUGAUAUUAAACCUAGCAACAUUGUUUUCAUGUCCACAAAAGCUGUUUUGGUGGAUUUUGGCCUAAGUGUUCAAAUGACCGAAGAUGUCUAUUUUCCUAAGGACCUCCGAGGAACAGAGAUUUACAUGAGCCCAGAGGUCAUCCUGUGCAGGGGCCAUUCAACCAAAGCAGACAUCUACAGCCUGGGGGCCACGCUCAUCCACAUGCAGACGGGCACCCCACCCUGGGUGAAGCGCUACCCUCGCUCAGCCUAUCCCUCCUACCUGUACAUAAUCCACAAGCAAGCACCUCCACUGGAAGACAUUGCAGAUGACUGCAGUCCAGGGAUGAGAGAGCUGAUAGAAGCUUCCCUGGAGAGAAACCCCAAUCACCGCCCAAGAGCCGCAGACCUACUAAAACAUGAGGCCCUGAACCCGCCCAGAGAGGAUCAGCCACGCUGUCAGAGUCUGGACUCUGCCCUCUUGGAGCGCAAGAGGCUGCUGAGUAGGAAGGAGCUGGAACUUCCUGAGAACAUUGCUGAUUCUUCGUGCACAGGAAGCACCGAGGAAUCUGAGAUGCUCAAGAGGCAACGCUCUCUCUACAUCGACCUCGGCGCUCUGGCUGGCUACUUCAAUCUUGUUCGGGGACCACCAACGCUUGAAUAUGGCUGAAGGAUGCCAUGUUUGCUCUAAAUUAAGACAGCAUUGAUCUCCUGGAGGCUGGUUCUGCUGCCUCUACACAGGGGCCCUGUACAGUGAAUGGUGCCAUUUUCGAAGGAGCAGUGUGACCUCCUGUGACCCGUGAAUGUGCCUCCAAGCGGCCCUGUGUGUUUGACAUGUGAAGCUAUUUGAUAUGCACCAGGUCUCAAGGUUCUCAUUUCUCAGGUGACGUGAUUCUAAGGCAGGAAUUUGAGAGUUCACAGAAGGAUCGUGUCUGCUGACUGUUUCAUUCACUGUGCACUUUGCUCAAAAUUUUAAAAAUACCAAUCACAAGGAUAAUAGAGUAGCCUAAAAUUACUAUUCUUGGUUCUUAUUUAAGUAUGGAAUAUUCAUUUUACUCAGAAUAGCUGUUUUGUGUAUAUUGGUGUAUAUUAUAUAACUCUUUGAGCCUUUAUUGGUAAAUUCUGGUAUACAUUGAAUUCAUUAUAAUUUGGGUGACUAGAACAACUUGAAGAUUGUAGCAAUAAGCUGGACUAGUGUCCUAAAAAUGGCUAACUGAUGAAUUAGAAGCCAUCUGACAGCAGGCCACUAGUGACAGUUUCUUUUGUGUUCCUAUGGAAACAUUUUAUACUGUACAUGCUAUGCUGAAGACAUUCAAAACGUGAUGUUUUGAAUGUGGAUAAAACUGUGUAAACCACAUAAUUUUUGUACAUCCCAAAGGAUGAGAAUGUGACCUUUAAGAAAAAUGAAAACUUUUGUAAAUUAUUGAUGAUUUUGUAAUUCUUAUGACUAAAUUUUCUUUUAAGCAUUUGUAUAUUAAAAUAGCAUACUGUGUAUGUUUUAUAUCAAAUGCCUUCAUGAAUCUUUCAUACAUAUAUAUAUUUGUAACAUUGUAAAGUAUGUGAGUAGUCUUAUGUAAAGUAUGUUUUUACAUUAUGCAAAUAAAACCCAAUACUUUUGUCCAAUGUGGUUGGUCAAAUCAACUGAAUAAAUUCAGUAUUUUGCCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-867.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -920.33
Frequency: 0.0000
Diversity: 542.16
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((.(((((((..((((((((((((((((..((((((((((((((((...((((..(.((....)).)..)))).))))))))))))).)))..)))))(((((((((((...(((.....))).((...))..(((....))))))))))).)))(((((((((((((((((((....)))))..))))((....))...((((((......)))))).((((((.((.(((((.......((((.((((((..(((((((..(((....(((..(((((...))..)))..)))....))).)))))))...)).)))).))))...((((...........))))...))))))).))))))..(((((..((.((.((((((..((.((((((((........((((..(((.((((((.....(((((................)))))..))))))...)))..)))).........)))).((((((....))))))...(((....(((((((......)))))))....)))....)))).))..)))))).)))))))))...........((((..((((.....))))))))....(((.....)))))))))))))(((((((((.(((....))).....(((.(((((.(((.(....).))).))))).)))(((((((...((((((((((((((.................))))))........(((((((..((((((((....)))...............))))).(((((((.((....((((....(((.((((.(((((((((((((.((.....((((((((.......(((.....)))(((((((.........)))))))..(((((.....((((.((((...)))))))).....)))))...(((.((((...((((.(((((......))))).)))).)))))))..(.(((....))).)...)))))))))).))))))))))..))))))).)))....)))))).)))))))...)))))))....(((((...(((((...(((((((...(((((...........)))))(((((((..(((((((((((((.......((((((.......((((........(((..(.(((((((........))))))).))))..)))).......))))))))).))).))))))))))))))....((((((((((.((...((((((...(((.((.((((((..((((.(((...(((((..((....)).))))).))).)))).............))))))..)).))).)))))).)).)))))))))).......(((..((((((((.(((((((....))).)).))))).)))))..)))(((..((((.......))))..)))...))))))).))))).)))))......)))))))))))))))((.....))..))))).)))))))))))))))..))).(((((......)))))...))))))).......((((((((((..((((((..((((((..........(((((...(((((.((((((.(((.(((((....(((((((((((....)))))(((.....(((((((..((((....((((((((..(((((.(...((((.((((..((((...((((((((((((.......))).)))))))))...)))))))).))))...)))))).))))).))).)))).))))))))))((((..(((((.((.((((((((...........)))))))).)).)))))...)))).................)))))).)))))))))))..))).)))))....)))))(((((((((.((((..........(((.(((((((.((..((.((((.(......)))))..)))).))))).))..))))).)))))))))))..((.(((((.((.....)).)))))))..))))))...)))))).........))))..)))))).((((((((((.(((((((((.(((((...((....(((....)))....)).....))))).)))...))))))...........((((((((((.((((((.(((((((..........)))))))..............((((((((.((((((((((.((((..((((((((((..(.((((((((.((((((.(((((.((((((((((......))....(((((((.(((.(((((((......)))))))))))))))))...)))))))))))))..))))...)).)))))))).)..)))))))))).))))))))(((((.....)))))((((((((.....((((((((......(((.((((...)))))))......))))).)))))).)))))...(((((((((((.....)))))))))))..((((((.(((((.....)))))..)))))).(((((....)))))((((.((......((((((..((((((.(.((.(((...))).)).).))))))..)))))).......)).)))).....(((((((.((((.((((((((((...)))).)))))))))))))))))....)))))).)))))))).......((((((((....(((((((((((((((....))))))))........)))))))...)))))))).............))))))..)))))))))).......((((((....)))))).))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((.((({(((..((((((((((((((((..((((((((((((((((...((((..,.((....)).}..)))).))))))))))))).)))..)))))(((((((((((...(((..,..}}}.{{...}}.,(({....))))))))))).)))(((((((((((((((((((....)))))..))))((,,..|}..,(((({{.....,))))}}.((((((.,{.(((({.......((((.((((((..(((((((..(((....(((..((({|...},.,)))..)))....))).)))))))...)).)))).)))}.,.{{{{...........})))...}))))},.))))))..{{|||.,((.((.((((((..((.((({((((.,,.,{..((((..(((.((((((.....(((((................)))))..))))))...)))..))))..}}..,..)))).{(((((....}))))},,,{,,....|{(((({......))))))}.,,.,,...,,}})}.))..)))))).)))))}}}|,,.{{{.....((((..((((.....)))))))).,..,||,....,,,))))))))))(((((((((,{{{....}||{....|||.(((((.(((.{....}.))).))))).}}}(((((((...((((((((((((((.................))))),........(((((((..((((((((....)))...............))))).((((,(({((....((((....(((.((((.(((((((((((((.((.....((((((((.,.{{,.,(((((((..,,,....,...))))))).}})}}..(((((.....((((.((((...)))))))).....)))))...((,{((((...((((.(((((......))))).)))).))))))),.{.(((....))).),..)))))))))).))))))))))..))))))).)))....)))),,})))))))...)))))))....{{(((...(((((.,,(((((((.,,(((((,,.....}},,)}}}}(((((((..(((((({,,{(((,.,,,,{{(((((.,,....((,({{{{...}|||}.}},|{((((........))))))).}))),.,))),,.,,,,},,,,,||,.,,}.))))))))))))))...,((((((((((,((...((((((...(((.((.((((((..{(((.(((...(((((..((....)).))))).))).)))}.,...........))))))..)).))).)))))),)).)))))))))).,.....{((..((((((((.(((((((....))).)).))))).)))))..)))(((,.((((.......)))),.))),.,)))))}}.))))).)))},.....,))))))))))))))),|,..,.},..))))).)))))))))))))))..))).(((((......)))))...})))))).......{(((((((((..((((((..((((((..........(((((...(((((.((((((.(((((((((....(((((((((((....})))}(((.....(((((((..((((.,..,(((((((..(((((.(...((((.((((..((((.,.((((((((((((.......))),})))))))).,.)))))))).))))...)))))).))))).))).)))).)))))))))){(((..(((((.((.((((((((.........,.)))))))).)).)))))...)))).}}|,,...,.......)))))).)))))))))))}.})).)))))....)))))((((((((((((((..........(((.(((((((.((..((.((((.(......)))))..)))).))))),))..))))).)))))))))))..{(.(((((.((,...,)).))))))}..))))))...)))))).........))))..)))))}.((((((((((.(((((((((.((((({{{((.{{.(((....)))}}.})).}},.))))).)))...))))))...........((((((((((.((((({.{((((((,,........}}}}},,.|||,..{,,.,,.((((((((.((((((.,{{{((((,{((({{(({{,{{({((({{{{,{{|{{{{,{{{{{,(({{{|||{{......))}...|{(((({.|{{,|{{{{{{......}})))))))))))))}}...|}}}}}}}}}}}|{{.,.,.}}}(,((||||}}|}.....((((((..((({....}))).)))))){|..{{{{{||{,,.,.{{{(((((......{((,((((...))))))),.....))))),))}))).))))).,,(((((((((((,...,)))))))))))..{(((((.(((((.....))))}..)))))}.(((((....))))){({{.,,......((((((..((((((.{.,{.{{,...|}}.}}.}.))))))..)))))).......}),))),.....(((((((.((({,((({,((((({{.,,))})))))))))))))))))....)))))).)))))))).,,.,,,((((((((....(((((((((((((((....))))))))........)))))))...))))))))........,,}},))))))..)))))))))).......((((({....}))))).})))))))))
Back