Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005258.3
Sequence Length
727 nt
GC Content
0.6382
AGAGCCGGAGUAACGGGACUCCCAGCUGCGCGUCGCAGUCCCGACGCGAGAAGGGCUGGAGUCGGCGUCCAGCCUAGAGCCCCCGGUGGGAGCCAGGCCGGGACGCGUGCACCAUGCCCUACCUGCUCAUCAGCACCCAGAUCCGCAUGGAGGUGGGCCCCACUAUGGUGGGCGAUGAACAGUCGGAUCCAGAGCUGAUGCAGCAUCUGGGGGCUUCAAAGAGAAGAGCCUUGGGAAACAACUUUUAUGAAUACUACGUCGAUGACCCUCCCCGCAUAGUCCUGGACAAGCUGGAACGCAGGGGCUUCCGUGUGCUGAGCAUGACGGGGGUGGGCCAGACGCUGGUGUGGUGUCUGCACAAGGAGUGACCUUCUCAUGCUGAUUUGCAGACGGGGCACCCCUGUGGAGGGGCUGCUGUGGGCCCUGACCUCCAAGCUCCUGCCUCACCGUCUGCCUUGCUCCUCUCUUCCCAAAUCAUCACCGCCAUGGGCCCAGCCCCAAAGGGCAGUGAAUGGCCUUCUCUGAAACCCUGCGUCAAGCAGUGGGAGAGGGCAGUGCCCGGUGCCCUGGUGCUCCCAGCUGCCCUCCUGCUUCGGGCCUGGGCCGAGGGCCUUGUGUAGGCCAUGUUCCUCGGGCAGCUGCCCCGGGCCGGAGCUGGGCACUCCAGCGGCCCUGGCGCGUGGCUCCUGCAUAGCUAGCCCAAGCCAAUAAAGGGCUGUGAUGAGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-332.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -343.07
Frequency: 0.0000
Diversity: 218.55
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((.(((((......)))))..))).(((((((......)))))))...((((((((.((..((((((.((((.(.(((((....))).)))))))..))))))..)).))).)))))....((((((((....((((..((((.(((((.(((((((....(((((((..(((((..........(((((((((...)))).)))))(((.....((((((.((((.(((.....))).........((((((((((..((.((((((((((((..((..(.(((...(((((.((....)))))))))).).))..))).)))))).))).)))))).))))))...(((.(((..(((((....)))))..))).)))..((((((((((((......((((((((((......))))....))))))......))))...))))))))...)))).)))))))))...))))).))))))))))))))((((....))))........((((((((.....((((((.....)))).))))))))))..((((((((((((.((.((....((((((((....((....((((((((((...))))).....)))))..)).....)))))))))))).))))....)))))))))))))))))..)))).((...((....))...))((((((...........)))))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(((..(((((({.{(({{.}|{{{((.(((((((......))))))).,.((((((((.((..((((((.((((.(.(((((....))).)))))))..))))))..)).))).)))))...(((((((((((.,,..((((((..((...{(.(,(((({...|}),)),).}}...}},.))))))..|.))))))).)))}{((.((((({{{.....,,.})))))).))}..............,,,,,,{(((.,.(,({{{{{{{{{{{.|||.,,}||,,}}|||,,.(({,{{||||||||}|,|.,|||))),}|||||,}}|,||||||,|}}}}}}}}|||,{((..{(({{,..,))))),,))),,},..|||{||||{(({,,,||.|{{{(((({{,,...,)))),...})))))}},,,,)))}...}}))))}).})))))).))))...,...(((((((.(((.{.(((((((((({{,((((((((.....(((((((({.,..{,((((.....)))),}))))))))){(((((,((...}).)))))}..,,})))))))..,,.,,.)))}})))))).,{|||.(((((((((((((((.((..((((....)))).(((((...((((({...,)))))))))).)).))))))}.,))))))))..,||||...........,))),))))))).,.
Back