Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005278.5
Sequence Length
4592 nt
GC Content
0.3669
AGAGCGAAAUUGACGCUGACAAGACUUUUGCAUCUUGGAAGGGACUGUAAUCUACUGUAGUGAAGAACAGAGCCUCUCAAUCAGACGGGUGUAAAUAAGAGACGGAGGGGAGUCCAAAAGAAAAGGAAGAGGAGGAAAAACAAGUGUGUGUUGGGGGGAACAGGGGGAAAAGCAUUUUUGGUGGAUGGUAUGAAGCCAGCCAUGGAAACUGCAGCCGAGGAAAAUACUGAACAAAGCCAAGAGAGAAAAGGCUGCUUUGAAUGCUGCAUCAAGUGUCUGGGAGGAGUCCCCUACGCCUCCCUGGUGGCCACCAUCCUCUGCUUCUCCGGGGUGGCCUUAUUCUGCGGCUGUGGGCAUGUGGCUCUCGCAGGCACCGUGGCGAUUCUUGAGCAACACUUCUCCACCAACGCCAGUGACCAUGCCUUGCUGAGCGAGGUGAUACAACUGAUGCAGUAUGUCAUCUAUGGAAUUGCGUCCUUUUUCUUCUUGUAUGGGAUCAUUCUGUUGGCAGAAGGCUUUUACACCACAAGUGCAGUGAAAGAACUGCACGGUGAGUUUAAAACAACCGCUUGUGGCCGAUGCAUCAGUGGAAUGUUCGUUUUCCUCACCUAUGUGCUUGGAGUGGCCUGGCUGGGUGUGUUUGGUUUCUCAGCGGUGCCCGUGUUUAUGUUCUACAACAUAUGGUCAACUUGUGAAGUCAUCAAGUCACCGCAGACCAACGGGACCACGGGUGUGGAGCAGAUCUGUGUGGAUAUCCGACAAUACGGUAUCAUUCCUUGGAAUGCUUUCCCCGGAAAAAUAUGUGGCUCUGCCCUGGAGAACAUCUGCAACACAAACGAGUUCUACAUGUCCUAUCACCUGUUCAUUGUGGCCUGUGCAGGAGCUGGUGCCACCGUCAUUGCCCUGCUGAUCUACAUGAUGGCUACUACAUAUAACUAUGCGGUUUUGAAGUUUAAGAGUCGGGAAGAUUGCUGCACUAAAUUCUAAAUUGCAUAAGGAGUUUUAGAGAGCUAUGCUCUGUAGCAUGAAAUAUCACUGACACUCCAGACUAAAGCAGAGUCUAGGUUUCUGCAAUUUUGUUACAGUAAUUUGUAAAUAGCUUUAGUAAACUCACCUUGCAUGGUAGAUUAAUAAGAUGACUUACUGUACAUGAAUUACACAAUAAUGAGAUCUGGUGGCUAUUUCCACAUUUUGAAAAGGAUUCAGUUAUUUACUGACAGUGGUGAGCAUCCUUUUUAAAAUAAUGUUCUCAUACUUAAACAUUAGAGAGCAGUAUCUUUAAAUGAAUUAUUAACACUUUGGAAUACUUACAUUUUCUGUUAUUUUUGAUUGCCUGAUAACCAGUUUCAAUGAUGAAAAUGAAAACAAGUGCUGAAGAUGAAAUGGAAGAGAACCGUUUUAAUCUGGAUUUUGUUUUGUCACACCUGGAAAAUACUUUGCAAAUAUGUUCUAAAUUGAAAACAAUUUUUUUAUGAUCACAUGGUUCACUACCAAAUGACCCUCAAAUAAGCCAGAUGAAAAUUUGAAGAAAAAGGUCACCCAGUUCUCUGGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAUUUAUAUGUGGGUAGUUUUUUUUUUGGUACAACACAAUCAUUCUGUUAGAGCCCACAAAAUUGGUAACCUUAAAUUGUGUGUUUUGGUAAGUAAUAACUAACUGUUUCCUCAUAGCUAGUUCUCAAGCUGCAUGUAAGAUUUUAACGGGAAGAGAAAAUAGGCCUGGACCUGAAGGUCUCAAAUAUGUUGAGAAGAAAGUAUGAACUAUAAGGAACUUGAGAUGUAGAUUUAUUUUGCAGGAAAUACGAGGAAAAUAGGAAAGAAGUGUUUGCCGCAUCAAGUGUAAAGAAUGAUACUGAGGAUUUUUACAUUUUAUGAAAUGAAAUAAUGGCAUUUACAAAAUGAAAAAUGUAGUUUCACAACUAAGUUUUGUUAACAGAGACUGCAUGCUUUGCUUAUAGUUCUUAAUUUUGGUUUUGACAUUCAUUUAAUUUUUUCCAUGUUAAAUAUGUAGUUUAAUUAUUUACUCAAAAUAAACAUUGUUCAUGCUUUUAGGCCUUUGGGGGAAUUGAUUUUUAUCCACAGGUAGAAAAUGGUCUUUGCACACACUACACUUAUUUCAAAUAUACAAUGUGCUCCCGAACUUUCGCAUUAGUCUUUAAAAUUACUCUCAAAAUGGUAUUAAAAAAAAAAAAAAAAGCACCCUCUCGUAUUUCAUUUUUGCUUUUUCUUAACAAUACCUUUGGCCAUUUUUUUCCAGUUCACUAUGUUUGUAUACUAACUUUUCUUCAGCCUUUUAAUGCGAAGCCAACUAGUAGAGCAUGCUUUCAGGAUCUGACAGCUCUGCUAGUAGAGCGAGUAUUUAUUAAUACAGAAUUAACCUUCGCCCCUUUAAAGUCAAGUCUGUCUAAUCUAACUAGCGCCUCGCUUUGCCUUCUCACAAUGCUCACUAGCCAUCAUGCUCACCCUUCUCUUCCAGAUCCACUUCCUCAUGAUACUGUCUUCUAACUGGGCUUACUUAAAGGAUGCGAGCAAAAUGCAGGCUUACCAGGAUAUCAAAGCAAAGGAAGAACAGGAACUGCAAGAUAUCCAGUCUCGGUCAAAAGAACAACUCAAUUCUUACACAUAAAUGUUUGCCAGAGUGUUUCGGCCGACGUAUUUACAGCUCUGACAAAUCAUCAGACAGCUGCUCUGCAGUACAGAUGUGUAUCCCACCAAACUAAUGUAGAUGUACAAACACUUCACUGUCUGUCUCAAGCUGCUGGGAUGUAUCUCUAGGAAAACCUUCCAGUGGGUAAAUCUUUUUCUUUAGAACAAAUAUUGGAGGUUUCAUGUUAGCCAUUUUAAAAGGCAACACUUUGACAAAAUGAUCGUUCAUACUUUGGGAAUUUGUGGCAUGUUCACAUUUAUUGCUAGGGCAAUUCUACCAAGACACUCAAUGGAAUAUGUCACACUCCUUAAUAGGGACCUGUGACUCCUUAAUAAGGACCUGUGACAUGCCCAGCAUCAAGGGAUAAGACCGUAAAUUCACAUAUAUGCCAUCUGUCCUCAAGUGUUAUCUACAUAGGAAAUAAAAUGGAAUUGAUGUAAAGUUCCAUUUCUGACAGCUGACAUUUAUUAAACUUUGGAUCAAAGAUAAUGUGAUUCUUAUGAUUGAUUUCUCAAACUAGCUUUUCCCUCCCAAGUCCAGGACCCAUUAAUUUCCUGAGCCAAUCAGAAAUAUAUUUUUCAAUAAUGCUAAAAUUAGCUACAAUUCUGCUGACCCUACUAUUAAAGAAUCUGGAUGCUGGACUCACUGACAAGCUUUCCAGAAGCAAUUUUAUAACAGAUUUCAUUUUAACAAAAUACUGAUCCAAUUUUCAUUAUUCUUGAGAAAUGUCAGCUUUGCCUUAAUGAGUAUUUGCUUUAAAUUUCUAAGAAUUUAUAUCAUAACUAGAGACCCAAAUAUCUUUCACAGAAUUUUGUUCCAUAAAUGUUUUUCUUAAUUAUUAAGAAGUGUUACCUUAUUAAAAUGACCACCAUUCUAAACCAUUUUUCAGUGGUCUGGAUACGAAGUUUACAGUUUCAUACCAACUAUCUAAAACCUAAUUGCAAAUUGACCACAGACCUCUAACCUCCUACUUUUAUAGACUUGAAUACUUAAGUAAUUUAAAUUAGGGUUGGUAUUUCAUUUUUUUCUUAUCUAAAUCUUAGUUUCCUGGAAUAAUAAAGUUUGAUGUUCAGCAAGAGAACUGCUUGAGUUUAAGCCAUUUUCAAAAGAAACUUGCCUUUUACAUUAUUGUGUUCCAGAACAUUAAGUGACUGUAGGUACUGGGUAUUAGUGAUGGUAAACUUUGUGUUGCUCUUUAUGAAAUGAUCCAUAUAACUGUUGGGUGCAUCAGUGCUUUUCAAAGGGGCUGCUUACUAUAGGGUUAACUAUGUAUAUUCAUUGUUAAGAGUUAACUUGUGGUUUGGCUGUUUCCUGGAUUUUAUAACAUACAUGUGCAGAAAUGUAUUCAAAUGAAAGGAAGCAUACCUUUAUCAAGAUGCUAUUAAAAUUGAACAUCAAGUAUAAUAUUUCAUUUGGAUUCUCUUUUUUGGUUAAUGCCUAAAAAUGCCUAUUUGGGAUUUUUUUUUUUUUUUAAAUUAAGAGAAGCUCUCUUCUGUGUAGAACAGUUGUUCCAAAAUAGCUUAGUGUUUUGUUUUCCUGUUGCAUGACAGAUUUAACUAUUCUUUCCAGCAGUGGAGGUGCUGUCAGAGUCCAGUGUUCUAGAAGAGGCAGUGUCUAAAGCCUAAUUUUACUUUUCUAAUUCUGGUAGCUAUUACCAGGAAUUUUUGAAAGUUUUGUUUAAGUAGUCUAAUAUUUUUUAUGUAAAGAGCAUUAAAUUUUGCUAUGUAUAAAUUUUUGUAACCUAACAGUGAAUCAAUAUUUUCUAUCAGUGCCAAGGGCUUCCUGUAGUUCUAUUCAAGUGUUACAAUAAAUAUUUGUAGAUAAUAGUCAAUACUUGUGUAUGCUUAUUUUAAAGAUCUAUUUAGGUGGAAAUAGUUGUGGAUGUACUAAGAGUAAUGAAAUAAAAUUAUAGCUUCAUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1132.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1227.18
Frequency: 0.0000
Diversity: 1412.43
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((.(((...((((((((((((((((((.......(((((((((((.......((((........)))).((((.((.....)).))))........((((.((((((((((((.........))..(((((((......(((((.(((((((..(((..((((((((..(((.((((.((((.((((.....)))).)))).)))).))).((.(((((((((((.(((((((((..((((.((...(((((((....(((((......)))))..((((((.((.....)).)))))).)))))))....)))))))))).....((((((((((.((((((((.((.((((((((((..((((..((((((((.(.((..((.(((((.(((.......(((..(((((.(.((((.((..((...(((((((((....((((((((..............(((((...(((((....(.....)...))))).)))))((((((...(((((((((.(((((..(((((((......))))))).))).)).))))).....))))...))))))))))))))((((........)))))))))).)))))..)).)))))))))))))))))))))))..)).).)))))))).(((((.(((((((........(((((.(((((((....)).)))))..(((........))))))))((((.(((((((.(((((((((((....))....)))))).))).((((..((((....))))..)))).........))))))))))).)))))))....)))))...))))..))))))))))...)).)))).....((((((...(((((.((.(((((....).)))))))))))..(((.....))))))))).((((((...((((((((((.(((.......((((((........))).)))...))).)))))))))).(((((.((((.((..((((((....)))))).....)).)))).))))).(((.((((((((((((((((...((.((((((((.(((((((.((((.......((((.(((.((.(((......))))).))).)))))))).)))))))))).))))).)).....((((((.(..((((......))))(((((((((((((((((((.....)))))...........))))))))))))))...).)))))).......(((((((((......))))).))))...........((((((..(((((...(((((..(((((.((((....(((.....)))..)))).)))))....))))).))))))))))).((((((((.......))))))))))))))))))))))))))).....((.(((....))).)).))))))...((((((....)))))).....((((((..((((.....))))..)))...))).......(((((....))))).)))).))))))))))(((...(((((((((((.......(((((..(((((.((..(((..(.((((.(((((((((((...........((((((.((..((((.(((......)))...........(((.(((((((((((((((((((((.((((......)))).)))))...(((((((((((......((((((((((((((....((((((........)))))).....(((((((((.((((.((.((((((((((.((((((...((((((.....)))))).......))))...............(((..((((((((.(((((((((((.............))))))))))).)))...........)))))..)))..........((((((((((..(((........)))....))))))))))...)).)))))))))).)).))))..)))))))))........)))))))).))))))))))))))))).))))))))).))))))).)))......((((......((((.((((.(((......))).)))).)))).((((.(((.....(((((.........................)))))..)))...))))))))...............)))))).))))))..........))))))))))))))).)..)))..)).)))))..))))).....(((.....)))....)))))))))))...))).))))))))).......))))))).)).....(((((...(((.(((((((((((.((...((((...))))))))))))))))).).))..)))))...................))).)))))....((.((....)).))..)))..)))))))..)))))..))))))).....(((....)))......)))).)))))))))).))).))).)))))....(((((((((((((((((((((((......((((...((((((((((((((((.....(((((((...(((................)))..)))))))..............((((((((...((((.(((((...(((((.(((.((.....))))).))))).....(((((((((.......)))))..)))).(((((((.(((((((.((((.............((((....))))........((.(((((((((..(.(((((((((((.....((((.((((((.((((((......(((........))).....))))))))))))..((((.(((.........)))))))......((((((((....))))..))))......((((((((((((.((((...((((.((.........)).)).))...)))))))))))))))).((((((.((((((........)))))).))))))))))..)))).))))))).)..))))).)))).))............))))))))))).))...(((((((.....(((((((((((((((((((.......)))))))))).....(((((((((((........((((((((.....((((.((((.(((((((((.(((((......(((((.((.......(((((((.(.(((...(((((.(((.....))))))))......(((..(((((.((...(((((.........)))))...)).)))))..)))..))).).)))))))....)).)))))....))))))))))..))))..)))).))))............))))))))..((((.......)))))))))))))))..........((((....))))(((((((....)))))))((((((.(((((..(((((..(((((......(((((((((((((........((((((((...)))))))).................((((((...................)))))))))).)))))))))((((((..((((((((.........(((((((..(((((....................(((......)))((((((....))))))))))).)))))))))))))))......................((((((...((((((((.(((....((((((...(((((((((..(((((....)))))..))))).........)))).....)))))))))))))))))...)))))).))))))))))).))))).))))).))))))(((.....)))(((((((.(((((..(((((.........)))))(((....))).)))))))))))).(((.((((((((.((((((....(((.....)))....))))))))))))))..))))))))))))......)))))))......))))).....((((((((((((...(((((..(((....))))))))((((...((((...))))...)))).))))))))))))..........(((....))).((((((.((.....)).))))))...............((((((...)))))).))))))))).))))))))......))))).)))))))))))))))......((((((............((((((....))))))..)))))))))))))))....))))..))))))))))........................((((((((.....))))))))......))))))))))))..))).))).......(((.((((.....)))).)))....((((((.......((((((.((((...((((...((((..((((((((.((((((((......((((...((((..((((((((......))))))))))))..))))......)))).)))).(((......))).........))))))))..))))......)))).)).)).))))))......))))))))).))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,((((,,,,,(({{(((((((((((((((({{{((((,(((..((((..(((,(......).}}}))))..))).})}.......|}}}}}}|,...,.((.((((((((.{{..........(((((((((((....,,.,(({.(((((({((((({((((((({,,,((({(((,{({(({(((({{...,|||{|||,{|,,|{{,(((({(((((((({..,(({({.{{{({((((,(({{{((,(((..{({(((((((({{{.{((((.((((((.((.....)).)))))),{{{(((((((..{{...,.......)))))))))....,{{{{||,.|,((((,,{,{|}}||||}}||({(,,({({(,.....(((,,.,....}}},,,...}|||||,|,|||,{(({{((...}}}||||||}}}.,,||||||}}}}}.}}}.....,,,,..}}|,|||}}}},}}}}}}...}|||,|,||||{,,{{|},,||||{{(((.(((((..(((((((......))))))).))).)).))))}...{{|||}|||}},,.}})))})))||,,}}}}}}}})))))),,,,..).)).,),})),,)))))))))|||||||{||{{||{|.||||||||{((({,,,((((,,,|},}}}}|||{,.(((((((....)).))))),}|||},}},,},)}))))}|{((({|{|,,|||.|||||||{{{,,,.}}|....,,)})))))}||||,.||||}}}}))))},||},..,|{{{{||{||||}..||,|||,,,))}.))}}}),..}}}),.}})))))}}}...,.,}})}}}...|{{|{,...(((((.((,{({{|,,},}.}}},))))))).,,,|..{{{||{|||{{...........((((((((({.(((,(((,.,{(((((......,.))).}))))}))).}))))))))).|((((((...((((((((,,,{(({((({,{{....,}.{{(,..,,.)}|,,....((((((,,,.,,,}))))}.,,,,})))})))......,,..})))))))...)))))).,,..{{.{||{((((({...(((((((({..{{{{.......},}}.....,||,,,.,..((((......))))(((((((((((((({({((,....|||}}.,,,,,..,,,))))))))))))))..,((((((,,.........,,,))))))|{{{|,|||{{{||.........,,.}}}}}}}}}}|..(((((((.{((((,.,(((..,.{((.....))),.))))))))))))))).,...{((.(((((((((((({(((.,,.,,.}}}}}}}}{(((((..{{(({{,.{{{{....(({{{...,.|,|.,,..|||,,,,,|{{{{(....)))}}}...,,,|.{,,..{(((.....))))..)))}...})}}...,)))))},,,,||,.{(((((((,({{{{.((((....))))..............,{{{,..(((({.((..(((..(.((((.((((((((((({,,....,,.,(({{{{.{{{{({{{,(({.,,...,||,,.,.....,,|||,(((((((((((((((((((((.((((......)))).)))))...(((((((((((......((((((((((((((....((((((........)))))).....(((((((((.{(((,{{.((((((((((.({..{((((((({{{.,{,,||{{(.(,((((((..................)))))).)}}}|{,{((((({{{{,.,.,,,,,.,..,}}))))))))),}|},,{{|..,...,.,))}}).},,...,....((((((((((..(((........))}....))))))))))...)).)))))))))).},.))))..)))))))))..,,,,..)))))))).))))))))))))))))).))))))))).))))))}.}}}..,,...,|||{{{.||{{||((({|{||,,,,|{{|{{||,,.,)))}}}}}.,{{.....(((({.........................)))))..,|||,,|.,,,....,},.........,,}}}}}}.},,))),,},,,....))))))))))))))).)..)))..)).))))).,))))).},..........,))))}.))))))))})}})}}....{{,.,,.....,,,...))))))))))}.....(({{{({(.(((((((((((.((...((((...))))))))))))))))).).}}..(((({....})))).........,))))).......})))}}.,))),..)))))),,)))))|...,||.{{|....,,,.))),)).,,,)|||}}}}}})}}...))))))))))).,,))).)))))}}..(((((((((((((((((((((((......{(((.{{{{(((,,,|||,{||,..}|.{{{{{{{...(({..,....,.,.,,..,||}.,|||}}}}.|,,,.,,,.....((((((((...(((,,(((((...(((((.(((.(({...,)}))).))))).....(((((((((.......))))}.,)))).{{((({{.((({{(({((({.............{({({,{{|,,,.,,|,.,.{{.{{{{|{(({..{.{(((((({(({..,.,{(((.((((({{((((((......(((........))).....)))))))))))}..{(((.(((.,,...,,,)))}}}|...,..(({{((((....))))..|}}},,|,..{(((((((((((.((((.,.((((.((,,.......}}.}).}}.,.}})))))))))))))|.((((((.((((((........)))))).))))))}})),})))),))))))).,..))))},,}}).}},.,.......,,})))}))}}}),},.,,||||{{{,.,,,|{{{{{{{{((((((((((.......)))))))))).....(((((((((({........((((((((..,.,(({({((,({((({(((((.(((((......(((((.((.......(((((((.(.(((...((((,{(((.....))))))))......{{,..{{{{(.{{...{((((.........))))}...,,.}}))).,))),.))).).)))))))....)).)))))....)))))))))}.})}},.})),,})))},,..........)))))))).,{(((.......)))}))))))))))).,,,,,,,,||{{{|,.||||.{{{(({{....)})}}}}.,,{{,.,,,{({{{,.,,.,,,|||,...,}||{||||||||,,...,,,..,{((((({...}))))))}}},,..,,}.}}},,,,{{{{{{....,,{.{{{{{,....,))))),}}||((((((((((((.,,,.,(({{{{{{,,,,,,..,{{((,,,..,,,,,,.....,{....{{,{,,.,(((..{{.,...((((((....))))))....,})),)))))))))},,.,,...........,.,,,...((((((.{.((((((({,(((....((((((...((((({{({..(((((....)))))..}}|||....},..})))).....))))))))))))))))).}.)))))).,..,,)))))}.})))),}}})))),,)))))))))))))}(((({{{.{({{{,,(((((.......,.)))))||}..,,}}}.}})))))))))).(((.(((((((({((((((.,..(((.....)))....))))))))))))))..)))}}})))))),,....}},}))},,.|.}}}}}}.,,|,|(((((((((({...{((({..{{,....,})))))|{(({...((({...))))...)))),}))))))))))),|,,,,..,.(((....))).{(((((.((.....)).)))))}...........,,..||||||...}})})}.))))))))).)))))))).....,|})},.)))))))))}))))),}},..{(((((......,..,,|{{{{{|,..,)))))),.)))))))))))))))....))))}}}}})))))))...,,.....,,,,,,||,|,.,,((((((((,...,)))))))).,....))))))))))))..|||,|||{{,,.,{{{{{{{,{{,,,{{{{,..,,...)))|{{.{{{{{{{,,((((,{{{{.,,{,{({{,,.,,...,,(((,({{.(({.,,|}}...}}}})),||||,,||||{|||},,,..}},))))))),)},,,{|.,.{(((....))))}}||,,,....,,,,||,}}}},)))))))..}},,}}}}},}}}}.,|,{|{{(,,......}}))).})))),}}}.
Back