Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005306.3
Sequence Length
2300 nt
GC Content
0.5374
ACCAUUUUUUCCUGCAUGGCAUGGACAGAAGCAGGGGCUAAAGCUCUGUUCCUCUCUCCUGGAAGCUUGCAGACCUCCCUUCAGAACCAAUCCCAAGAAGCCACCUAUCCGGAACAACACAAGACGGAGUUUUUGCUCUUACCGCCCAGGGUGGAGUGCAAUGGCGCAAUCUUGACUCACUGCAACCUCUGCUUCCCGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUACCAAGUAGCUGGGAUUACAGGAUGCUGCCGGACUGGAAGAGCUCCUUGAUCCUCAUGGCUUACAUCAUCAUCUUCCUCACUGGCCUCCCUGCCAACCUCCUGGCCCUGCGGGCCUUUGUGGGGCGGAUCCGCCAGCCCCAGCCUGCACCUGUGCACAUCCUCCUGCUGAGCCUGACGCUGGCCGACCUCCUCCUGCUGCUGCUGCUGCCCUUCAAGAUCAUCGAGGCUGCGUCGAACUUCCGCUGGUACCUGCCCAAGGUCGUCUGCGCCCUCACGAGUUUUGGCUUCUACAGCAGCAUCUACUGCAGCACGUGGCUCCUGGCGGGCAUCAGCAUCGAGCGCUACCUGGGAGUGGCUUUCCCCGUGCAGUACAAGCUCUCCCGCCGGCCUCUGUAUGGAGUGAUUGCAGCUCUGGUGGCCUGGGUUAUGUCCUUUGGUCACUGCACCAUCGUGAUCAUCGUUCAAUACUUGAACACGACUGAGCAGGUCAGAAGUGGCAAUGAAAUUACCUGCUACGAGAACUUCACCGAUAACCAGUUGGACGUGGUGCUGCCCGUGCGGCUGGAGCUGUGCCUGGUGCUCUUCUUCAUCCCCAUGGCAGUCACCAUCUUCUGCUACUGGCGUUUUGUGUGGAUCAUGCUCUCCCAGCCCCUUGUGGGGGCCCAGAGGCGGCGCCGAGCCGUGGGGCUGGCUGUGGUGACGCUGCUCAAUUUCCUGGUGUGCUUCGGACCUUACAACGUGUCCCACCUGGUGGGGUAUCACCAGAGAAAAAGCCCCUGGUGGCGGUCAAUAGCCGUGGUGUUCAGUUCACUCAACGCCAGUCUGGACCCCCUGCUCUUCUAUUUCUCUUCUUCAGUGGUGCGCAGGGCAUUUGGGAGAGGGCUGCAGGUGCUGCGGAAUCAGGGCUCCUCCCUGUUGGGACGCAGAGGCAAAGACACAGCAGAGGGGACAAAUGAGGACAGGGGUGUGGGUCAAGGAGAAGGGAUGCCAAGUUCGGACUUCACUACAGAGUAGCAGUUUCCCUGGACCUUCAGAGGUCGCCUGGGUUACACAGGAGCUGGGAAGCCUGGGAGAGGCGGAGCAGGAAGGCUCCCAUCCAGAUUCAGAAAUCCUUAGACCCAGCCCAGGACUGCGACUUUGAAAAAAAUGCCUUUCACCAGCUUGGUAUCCCUUCCUGACUGAAUUGUCCUACUCAAAGGAGCAUAAGUCAGAGAUGCACGAAGAAGUAGUUAGGUAUAGAAGCACCUGCCGGGUGUGGUGGCUCAUGCCUAUAAUCCCAGAACUUUGGGAGGCUGAGGCAGGUGGAUCACUUGAGGUCGGGAGAUUGAGAACAUCCUGGUCAACAUGGGAAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAAUUAGCUGGGCAUGGUGGCACAUGCCUAUAAUCCCAGCUACUCUGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUCCUUGAACCCGGGAGUUGGAGGUUGCAGUGAGCUGAGAUCACGCCACUGCACUCCAGCCUAGCGACAGAGCAAGACUCCAUUUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGCACCUUCAGGCUGGAGAAGCAGCGUAGCUAACACAAGUCCAGUCCUUGUGAUGUGGCUGGUAGUUGGGGAUGGCCAGGCUGAAGCAGAGAGUCCUAGAGAAAUCUCGAUACAAGCUUCAAAGCAACACCUAGACACUGCUCUAGCGGUUGAUCCUGGAGAUAAACCAACAAGAGAGAGAUGGAAGAGAAAUACUAAAUGAGGUCAAAGAAGACUCAGAAAGGUUCUGAGCCUGGAGAUGAGCAGGGAGGCCUCAGGGCUUAGACCUUUAAUGAUAGGGGUUUCCCUGCAUUGGUUUGACCUGUUGCCUUUUUGAUGUGCUCUGUUUGUUUUCAUGUGUUGUCUUGUCUCCCCUGCUAAACUGGGAGCUGCCAGGGGUCUGGGUCUUAUCUCCUUCCUCCAUGGUACCCCACACAGGCCAGGAUGUGGUUUGGUACCCAGCAAUCAGAGAUUGGCACUCCCUCAUACAGGGGAAAGCAACCUGGUCUAGCAAAUUGAAAAUAAAGAUGAUAAAACUCUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-936.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -972.72
Frequency: 0.0000
Diversity: 561.41
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((((((...))).)))....((((((((...(((((((.((((((((((((.((((((((..((((((.((((((..(((.((((((........(((.((((.(((.((((((..((((((((.(((((...(((..(((.(((((((((.(((((..((((((.(((((((((((((((((((((.((((((((.(((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((..(((((...((((((......((((((....)).....))))...))))))...)))))(((.((.((.(((((..((((((((((....))))))))).((((((((.(((.(((((((((((((.((......((((..(((.((...(.(((.((....(((((((((((.((((..((((((((.........))))(((((((....((((((.(((((((((((..(.(((..((((((((((.(((((.(((((......((((......))))))).)).))))).))).))))....))).))).)((.((..(((((.....))))).))))........((((((((...(((.((((..(((((.......)))))(((((((.(((......)))..)))))))(((((((((((.(((..((.....)).))).))))...((((((((((((.((((((...........))))))...................(((.(((.(((((((((((.(((.((.(((((..(.((.....)).)..))))).)).)))))))).)))))).))).))).(((((((..((.((((((.((((((((...((((((...))))))...)))(((((((((.((((.((((((..((.((((((...(((((.....((.((((......(((((.......).)))))))).))..))))))))))).))....))))))))))..)))).....))))))))))...)))))).))))))))))))))....)))))))..................))))))))))))))...))))))))))..))))))))))))))).(((((.....)))))....))))))).)))).)).)))))))).))))).......)).))).)....)).)))))))((((((((((((((((.((.........((((((.(((((...(((((((((....))))).((((.......)))).((((((..((((.....))))(((((......)))))......((((....))))......)))))).))))))))).))))))................))))))))))))))))))((((((..((..((((......))))..)).))))))....((((......)).)).((((........)))))))))))))...(((....)))......(((((....))))))))))).))).)))))))).)..))))).)).))...)))..)))))))......(((((.....)))))...........................((((((((......)))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))).))))).)))))))))))))))).))))))..))))).))))))))).))).)))..)))))))))))))...........................((((...)))).(((((((..(((......)))........))))))))))))).)))..))))))))))))).))).....))))))..))).)))...(((....)))....))))))))....((((..(((((......)))))..))))....(((.......)))...)).)))))).)))).)))(((((...((((((.((((..((.(((((((...))))))).))((((.....(((((((((..((((..(((((((...((((.(((((....))))))))))))))))))))..))))))))).....)))).)))).)))))))))))).)))....))))))))....((((.(.(((((((((...(((........)))..)))).))))))))))...((((((((.((.(((.....))))).(((((...)))))((..(((((......)))))..))..))))))))..............))))))).............
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((({{(((((...||}.|||{,,.{(((((((,..,,||(((.((((((((((((,((((((((..((((((.((((((..(((.((((((..,{{({{(,,.,,{|.(((.((((((..((((((((((((((...(((..(((.(((((((((.(((((..((((((.(((((((((((((((({(((({((((((((.(((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((..(((((...((((((......(((,((....)).....},,,...))))))...)))))(((.((.((.(((((..{(((((((({....,)))))))).((((((((.(((.(((((({{,{{(({{({,,{{(((((,,(({{((,,{{{((||((,..,((((({(((((,((((,,((((((((.,,......||||(((((((,...{(((((.(((((((({,...|{{{|{{{|||{{||{{.{((||,|(({(.....,(({{,|....|}))))),}}.})||}.})),|}}}.,}}}|,{{.{{,((((((..(((({.((..(({((((((((.....(({.....}}.,}|..)))))))).).))..)).)))))))))))|}{||}.,||,}}|.,{{{{|{|{{,{{,{((((,{{{..((,,,..,,.))),))))).|{(((((({|{,..(({{{{.........,,))))}){,{,..{{((((((...(((((.(((.((((((((({{{(((.((.(((((..(.((.....)).)..))))).)).)))))))).))))))..))),..)))))....))).)))))},.,,{|{{{,,{((((({...))))))((({(,{((((((((.((({.((((((..((.((((((..,{|{{{,....((.((((......({(({.......}.)))))))).)),}))))})))))).))....)))))))))),,)}}}.....))))|((((((.((....)).)))))),.}))))..,((((((.{..(({{{..........})))).).)))))),...})))))))))}}))))))))))))))}.{((((.....)))))....))))))).)))).}).)))))))),)))),.....,,)),)}))))}}})}|}}}}}},((((((((((((((((.((.........((((((.(((((...(((((((((....))))),{(((({{,...,|||{,{({{(,,{{((,,,..}}}}(((((......))))),.,}},|.||}.....))}}..}})))))),))))))))).)))))).,,........,,},.))))))))))))))))))((((((....,,((((......)))).,)..)))))).,,}||||......}}.,,{(((({{.{{.,{{{{,||,,,}}}})}}},|)})))))))...,(((({....})))))))))).))).)))))))).}..))))).)).))...)))..)))))))......(((((.....))))).....|,,..............,,,,.((((((((......)))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))),))))).}))))))))))))))).})))))..))))).))))))))).))).)))..)))))))))))))...........................((((...)))).(((((((..{({.,....)))........))))))))))))).)))}}))}}},,)))))).))).....))))))..))).)))...(((....)))....))))))))....((((..(((((......)))))..))))....(((.......))).,.}).)))))).)))).)))...,{....,,{{{,(,,...,|,(((((({...})))))),}|((((,,,{{(((((((((..((((..(((((((...((((.(((((....))))))))))))))))))))..))))}}}}}.....))))}))))|})))},}}||||.|||,..{||||||}|....,((({(.(((((((((...(((........)),.,)})).}||||||}}|,.,{{{{{{{|.||}||,..}},))),,.{{{{{...}})))||}}||||,....}})))))..))},)))))))),}}....,,.....))))))).............
Back