Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005324.5
Sequence Length
2705 nt
GC Content
0.4307
GAGCGCAGAGCGGUUUGGUCGUUCGUUGGGCGGUGCUGGUUUUUCGCUCGUCGACUGCGGCUCUUCCUCGGGCAGCGGAAGCGGCGCGGCGGUCGGAGAAGUGGCCUAAAACUUCGGCGUUGGGUGAAAGAAAAUGGCCCGAACCAAGCAGACUGCUCGUAAGUCCACCGGUGGGAAAGCCCCCCGCAAACAGCUGGCCACGAAAGCCGCCAGGAAAAGCGCUCCCUCUACCGGCGGGGUGAAGAAGCCUCAUCGCUACAGGCCCGGGACCGUGGCGCUUCGAGAGAUUCGUCGUUAUCAGAAGUCGACCGAGCUGCUCAUCCGGAAGCUGCCCUUCCAGAGGUUGGUGAGGGAGAUCGCGCAGGAUUUCAAAACCGACCUGAGGUUUCAGAGCGCAGCCAUCGGUGCGCUGCAGGAGGCUAGCGAAGCGUACCUGGUGGGUCUGUUCGAAGAUACCAACCUGUGUGCCAUCCACGCUAAGAGAGUCACCAUCAUGCCCAAAGACAUCCAGUUGGCUCGCCGGAUACGGGGAGAGAGAGCUUAAGUGAAGGCAGUUUUUAUGGCGUUUUGUAGUAAAUUCUGUAAAAUACUUUGGUUUAAUUUGUGACUUUUUUUGUAAGAAAUUGUUUAUAAUAUGUUGCAUUUGUACUUAAGUCAUUCCAUCUUUCACUCAGGAUGAAUGCGAAAAGUGACUGUUCACAGACCUCAGUGAUGUGAGCACUGUUGCUCAGGAGUGACAAGUUGCUAAUAUGCAGAAGGGAUGGGUGAUACUUCUUGCUUCUCAUGAUGCAUGUUUCUGUAUGUUAAUGACUUGUUGGGUAGCUAUUAAGGUACUAGAGUUGAUAAAUGUGUACAGGGUCCUUUUGCAAUAAAACUGGUUAUGACUUGAUCCAAGUGUUUAACAAUUGGGGCUGUUAAGUCUGACCAUACAUCACUGUGAUAGAAUGUGGGCUUUUUCAAGGGUGAAGAUACAAGUCUUAACCACAGUGUAACUUACAGUUUCCUUUAAAAAAAAAAAAAGUAAACCUGGCAGCUAUAGAAUACACUAUGUGCAUUUAUAAUAGCUAUUUUAUAUAUUGUAGUAUCAACAUUUUUAAAUUAAAUGUUUUACAUUCACAAGUGGUGGGGAGUCUUGUCAUUAAGGUGUGUGUAAUUUAGAGUCCAGUUGGUUUUCUUCUGACUGCACUUGUUCUCAUAGUAGUAAAAUGCUAUGCGCAUUUAUACCUUGCAUAAGUCCUCAUUCUACCACAUGUUAACCCUCUAGCUGAUAAUGCAAACACUAACUGGGGGAUUUUAUUUAUAAGGGCUCUAGAAAAAACGAGUUAUUCACACCAGCAUCAUCUUAACUAACAUUCUGAACUAGUUAGUGCAGCUUUUCAUUGUGUUGUGUGGUUGGUCUCAUAACUAGGUUGAGUUUUUCUCCUCUGCUGAGGAAACAGUACCGAAGUUCUUUUUCUUGUGGCAUUUGUAUUAUAAAAACUUGGUGUGGGGGAGGAGCACAAAACUCCAGCCCACUGAACCUCUGCCAAUUAAGAUGGUGUUGGGUUAGGUUACAUCUGGUUACUGUCCUGGGAAAAUCAUUUUUAUAGAGAUGGCCUUCCAAGUGGUUUUAAAAUUUACUGAAGUUUUUAGGUCAAUUAUGUAUGUUGACUAAAUUUACAAAUAAACUUGUUUAUCCAACUAAGUGUCCAAAACCUAAAUUGAAUGUACUAAGUUUUCACAUGUCCCAUUAUCUAGGUCCUUGUAUACUAAUGUUUUGAACUUAGAUCAUUUCAGGUGUUGUUUGGUGGAUAAAGGAACCUUUUAUUUAUAAAGAUACUGUAGAAAGCAUGUGAACAGCUCUCUGCUUGAUUAAGAUGCCAUAAUAGUGCUGUAUUUGCAGUGUGGGCUAAGACAAAGUAUAUUAAUAAGCUUUUCAGCCCCCCCACUCCCGUUCCGUAGUGUAGAAGCCCACAGGUGUAGAACUCAGUCUUAAACUUCAGUAUGAAACCAGUUUCCUUGUGCGAUGAUGGCCACUAAAGCAUAGUACGUGGAUGUCAGUGAGACAGCAUGAGAGCCAGCAGUCAUCAAAGCGUUCCACGUUUGAAGUUAGCAACUGCUUAAAGUUAUACCCCAUUAAAAUUGCUUUCUCAAAAGUUUGGGUUAGUUUCAAAUGUGAUAUUUUGGAGGGAAGGUAAAGUAGGUAUCUUUCAGGUCGUGAUAAUGAGCUCCUAUGAAAGGAUGCAAUAUAAUGACCCGCUUUUCUAGAAAGUUCAUAAUCAGCUCUGGAACAAGCACACUUGAUUCCUCACUGUGCUUCAGAAUGAGAUUAAGAUCAGAUGUUGGAACGUGCUAUGCUGUAGCGUGUCUGGAAACAAAGUACACAAACCUGGCUACGGUGAUGAGUUAGCUUCUGCUUACUACCUGUGACAACCCAAGUGGGUGACACUAGUGAACCUUCUCCAGUCUGCAGGCUGGCAUAGAAGGCUCUUAGAUUAUAUUGGGCAGCUUGCAAUCUGCCGAAGCAGUGACUUGCAUUUCCACACUUGGCUUGAGCACUCAACCCAGAAGGCGAAGAUAGCUUUUGGUUGUAGGCGGCUUCCUGUAUGGGAUAUCCCUCGGUAAGGGUAAAGGAGCAGAGGCAAAGGAGAAAAGCAGAAGUUGCAGCUGAUGCAGGUAUCCUAUGCCCUUGAUGGAUGAGACUAAAAUAAAAUUUUUGAAGUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-806.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -859.24
Frequency: 0.0000
Diversity: 732.52
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.((((((((((.(.((((...((((.((.....((((((((((((((((((((.(.(((((.(.....).))))).).))))).(((((......))))).......))))))...)))))))))..)).))))))))..).))))))))))..........(((.(((.....)))))).......(((((..(....)..))))).....)))))).((.((.(((.(((((......))))).))).)).))(((((....)).)))((((((((((.(((((((...........))).)))))).(((((((((((((((((...((..((((((((....((((((......))))))...))))))))..))((((.(((((.(.(((((((((((((((((....)).))..)))))))).))))).).)))))))))..........(((((.....))))).(((((((((((........((((..........))))(((.(((....))).)))...(((((.(((((...((((..(((((.((.....)).)))))..))))....))))).))))).....)))))))))))(((((.(.((((....)))).).)))))...((.(((((((((...((((((......))))))((((((...(((.(((((((((((..((((......))))((((((.((.((((...(((((((((.(((((((((((((..(((.((.((..............)).)).))).))))))))))))).))))))))).((((.((....)).))))............((((((((((((((((.((.(((((((.((((((.((((((((((((.(((...))).))))....))))))))))))))......((((((.(((((((.((((((...(((((((((((((....)))))...)))((((((..(((.((((.((........................)).)))).)))..))))))(((((((.......((((.(((((((.((((((((....(((((((.......)))))))((((((.(((...((((((.((...)).))))))..))).))))))....((((.(((((((.......))))))).))))...)).)))))))))))))))))))))))).....)))))...)))))).))))))).)))).))....(((((((...................))))))).))))))))).))))))))).....................(((((((((((((((((..((((((((.....((((((..(((..(((((((.......(((((((.(((((.((((((((((......(((((....)))))........(..((((((....((((((((.((((((((((...(((..((.(((((((.((((.......))))((((((....((((((........))).)))..))))))......(((.(((...((((((((.(((((...))))).))).)))))....))).))).....(((((((....)))))))..(((((((.......)))))))...((((.(((((((.((.((((((((.(((((....(((.((((.....(((((..((((((((..((((............................))))...))))))))..))))).)))).)))))))))))))))).))....))))))).)))).((((((((((.(((((.......((..(((.........))).)).......)))))...)))))))))).((((..((.(((((..........)))))))))))))))))).)).)))..)))))))))).).)))))))...))))))..).))).))))).))))))).))))))).......))))))).)))))))))((((((((..(.(((.(((((((.(((.((.((.....)))).)))..(((((.((..((((((((((((((((....(((((((((.................))))).....))))....)))))))))))))))))).)))))...((((((((.......)))))))).((((((.(((....((((((.....)))).))..))).)))))).(((((((((((..(((.......)))))))))).)))).))).))))))).))))))))))))))))))).)))))))..)))))))).(((((((((...))))))))).((....))..)))))))..)))))).))))))...(((.(((....))).)))..))))))..((((....))))....((((.((.((((((((((((....))))))...)))))).))))))......((.(((((........))))).))))))).)))))))))........))))))))).)).(((((..((((((.......)))))))))))..)))))))))).....(((....)))....((((((((.((((......(((..((.....(((....)))....))..))).....)))).))))))))..)))))))..............))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,{{{{.((((((((((.(.({{{..,((((.((.....(((((((((({((({(((((,(,(((((.(.....).))))).),)))})}|||||,.{,,{|,,,,....,}}))}}}..,})))))))))..)).))))))))..}.)))))))))),...{{{{,,(((.(((....,))}))|,......(((((..{....)..))))).....))||||{{{{{{{{((.((((({..{{{|||||.}||{|{{.{({{,{...,))})))|{{{{({{{{.{{{((({........,,.)))}})))}},|||{{({((((((((((,,,||..((((((((....((((((......))))))...)))))))).,)){{{{.(((((.(.(((((((((((((((((....)).))..}))))))).))))).}.))))),,}},..||,,,,.({(((.....)}))).,{({(((((((......{,({{,.{.{,,,,,,||}}(((.(((....))).)))...({(((.(((({...((((..(((((.((,...,)).)))))..))))....}}))).))}}}....,|||||}}}},|(((((,,.,,,.,}}}))),.,,)))))...{{|{({||{|((,,.((((((......))))))|||{{,..,|{{.{{(((((((((..((((......))))((((((.((.((((..,(((((((((.((((((((((((({{(,(,{,.,..,,,,,{{{.{{..,,}),}))}.})))))))))))).})))))))),((((.((....)).))))............{(((((((((((((((.((.(((((({.((((((.((((((((((((.(((...))).)))),...})))))))))))))......{,((((.(((((((.((((((...(((((((,(((((....))))).}}},,((((((..{{{.((((.((........................)).)))).})}..)))))){((((({,.....,{(((.(({{{{{.{{{{|||{....(((((((.......)))))))((((((.(((..,((((((,{,..,)).))))),..))).))))))....((((.(((((((.......))))))).)))),..,,,}|||||}}}}}})))))))))))}.....))))).,.)))))).))))))).)))).),....(((((((.,,.............,,.))))))).})))))))).))))))))).........,,,,..}}}...((((((((((((((({(..((((((((.....((((((..(((..(((((((,....{.{{(((((.(((({,((((((((((......(((((....)))))......,{.(,{(((((....((((((((.((((((((((...(((..((.(((((((.((((.......)))){(((((,...((((((........))}.))),.)))))|||||,.{{{.{{{,..{{,,{{{{((((..{(((({|....)})))))..}})),,||||,...,,{{,||,,,.|}}|}||,.(((((((.......))))))),,,|||{.{{,{{,,.{{.{((((((|{(((((....(({.((({....,(((((..((((((((..((((,..,,.......,||.....,.......})))...)))))))).,))}}},)))).}))))))))))))))),}}..,,}}}}))}.}})}}|||{{(((((.((({(,.....,((,.|||}}.......}}}.)},......}}||}...,},)))))))|||||..{{.{((((.|,....,,.))))}}}}))}))))))).)).)))..)))))))))).)})))))))...))))))).),))},}}))).))))))).)))))},.}....,))))))).))))))))}{(((((((.,(,(((,((({{((,(((.((.((.....)))).))).}||,,|,||,,|||||{(((({{{(((,,,,|||,,,|||,................||||},,,,,}}}},}}})}})))}}}})))})),..}))))},,((((((({......,}))}}}||,(((({(,((,{({,((({((..,,,|||}.}},.},,.}))})}.{|||||||||,.}|||,,,.,,,))}))))))).}})).}))}}}})))).}))))))))))))))))}}.)))))))..)))))))).{((((((((...))))))))).{{....},..))))))}..)))))).))))))...(((.(((....))).)))..)))))},.{(((....)))),...((((.((.((((((((((((....))))))...)))))).))))))......{{.(((((........))))).))))))).))))))))}......,,)})))))))},}|(((((.,((((((.......)))))))))))..)))))))))).,...|||..,,)))}}}}||{|||{{.,|||||{,.{(((.{(({.....(((..{{|,...}))..))).....)))).))))))}}.,))})},|||{.,{{......}})),.})),..
Back