Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005360.5
Sequence Length
2669 nt
GC Content
0.6118
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Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1169.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1211.26
Frequency: 0.0000
Diversity: 703.63
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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