Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005384.3
Sequence Length
2055 nt
GC Content
0.4623
AACACACAUCUCUCCGCGCGGCCACGGCGCCCGCGGACCCGGCGCGCCCGCCCGCCUCCCGCGCCGCGCCCUCGCCGCCGCCCGCCUCCCGCCGCGGCCCCGGAGGCCCGGCCCGGCCCGAGCCCCGAGCGCCGGCGGCCCGACUCCCGGCCGCCCCUUUCUUUCUCCUCGCCGGCCCGAGAGCAGGAACACGAUAACGAAGGAGGCCCAACUUCAUUCAAUAAGGAGCCUGACGGAUUUAUCCCAGACGGUAGAACAAAAGGAAGAAUAUUGAUGGAUUUUAAACCAGAGUUUUUAAAGAGCUUGAGAAUACGGGGAAAUUAAUUUGUUCUCCUACACACAUAGAUAGGGUAAGGUUGUUUCUGAUGCAGCUGAGAAAAAUGCAGACCGUCAAAAAGGAGCAGGCGUCUCUUGAUGCCAGUAGCAAUGUGGACAAGAUGAUGGUCCUUAAUUCUGCUUUAACGGAAGUGUCAGAAGACUCCACAACAGGUGAGGAGCUGCUUCUCAGUGAAGGAAGUGUGGGGAAGAACAAAUCUUCUGCAUGUCGGAGGAAACGGGAAUUCAUUCCUGAUGAAAAGAAAGAUGCUAUGUAUUGGGAAAAAAGGCGGAAAAAUAAUGAAGCUGCCAAAAGAUCUCGUGAGAAGCGUCGACUGAAUGACCUGGUUUUAGAGAACAAACUAAUUGCACUGGGAGAAGAAAACGCCACUUUAAAAGCUGAGCUGCUUUCACUAAAAUUAAAGUUUGGUUUAAUUAGCUCCACAGCAUAUGCUCAAGAGAUUCAGAAACUCAGUAAUUCUACAGCUGUGUACUUUCAAGAUUACCAGACUUCCAAAUCCAAUGUGAGUUCAUUUGUGGACGAGCACGAACCCUCGAUGGUGUCAAGUAGUUGUAUUUCUGUCAUUAAACACUCUCCACAAAGCUCGCUGUCCGAUGUUUCAGAAGUGUCCUCAGUAGAACACACGCAGGAGAGCUCUGUGCAGGGAAGCUGCAGAAGUCCUGAAAACAAGUUCCAGAUUAUCAAGCAAGAGCCGAUGGAAUUAGAGAGCUACACAAGGGAGCCAAGAGAUGACCGAGGCUCUUACACAGCGUCCAUCUAUCAAAACUAUAUGGGGAAUUCUUUCUCUGGGUACUCACACUCUCCCCCACUACUGCAAGUCAACCGAUCCUCCAGCAACUCCCCGAGAACGUCGGAAACUGAUGAUGGUGUGGUAGGAAAGUCAUCUGAUGGAGAAGACGAGCAACAGGUCCCCAAGGGCCCCAUCCAUUCUCCAGUUGAACUCAAGCAUGUGCAUGCAACUGUGGUUAAAGUUCCAGAAGUGAAUUCCUCUGCCUUGCCACACAAGCUCCGGAUCAAAGCCAAAGCCAUGCAGAUCAAAGUAGAAGCCUUUGAUAAUGAAUUUGAGGCCACGCAAAAACUUUCCUCACCUAUUGACAUGACAUCUAAAAGACAUUUCGAACUCGAAAAGCAUAGUGCCCCAAGUAUGGUACAUUCUUCUCUUACUCCUUUCUCAGUGCAAGUGACUAACAUUCAAGAUUGGUCUCUCAAAUCGGAGCACUGGCAUCAAAAAGAACUGAGUGGCAAAACUCAGAAUAGUUUCAAAACUGGAGUUGUUGAAAUGAAAGACAGUGGCUACAAAGUUUCUGACCCAGAGAACUUGUAUUUGAAGCAGGGGAUAGCAAACUUAUCUGCAGAGGUUGUCUCACUCAAGAGACUUAUAGCCACACAACCAAUCUCUGCUUCAGACUCUGGGUAAAUUACUACUGAGUAAGAGCUGGGCAUUUAGAAAGAUGUCAUUUGCAAUAGAGCAGUCCAUUUUGUAUUAUGCUGAAUUUUCACUGGACCUGUGAUGUCAUUUCACUGUGAUGUGCACAUGUUGUCUGUUUGGUGUCUUUUUGUGCACAGAUUAUGAUGAAGAUUAGAUUGUGUUAUCACUCUGCCUGUGUAUAGUCAGAUAGUCCAUGCGAAGGCUGUAUAUAUUGAACAUUAUUUUUGUUGUUCUAUUAUAAAGUGUGUAAGUUACCAGUUUCAAUAAAGGAUUGGUGACAAACACAGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-593.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -632.25
Frequency: 0.0000
Diversity: 464.86
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((.....((((((.(((......)))))))))..(((((((.............))))))).(((.((((.((((((.(((((..((((.((((((((....))))...)))))).))...))).)).))))))((..((((.((((((................).))))).).)))..))((((.((((((..(((((((((((.((((((......((((((((..(((....))))))..((((((......((((...((((..((((.(((.(((((.((((.....(.((((((((...((((((((......((((((((((((.(((((....(((((..(((((...((..((((((((((((....((((..(.(((....(..((.((((((....)))))).))..)..((((((.....(((((.(((((((.......)))).)))..)))))......)))))).....))).)..))))))))))).......((((.(((((........(((((((.....)))))))..((((((....)))))).(((..(((..((((((.(((((((((......(((((.............)))))....((((((.((((....(((........))).((((((........))))))......(((((((..((....((((((((((((((......)))).........)))))))..)))....))..)))).)))......)))).))))))......))))))...........(((((((((((........((((((((...(((....((((((...((((((((.(((..(((....))).(((((.((((((....))))..)).)))))....))))))))))))))))).....)))....((((..(.((((..((.......))..)))).)..))))(((((.....)))))))))).)))......(((((((.....((......)).....))))))).))))).)))))).(((((((..(.......)..)))))))))).))))))..))).))).........((((((....))))))((((......))))))))))))).))))))).))))).))))).......(((...)))..((((((...))))))...)))))))))))..(((.(((.....))).)))))))))..(((((....))))).......)))))).))....))))))).).)......)))).))))).))).))))..))))..))))))))))...........)))))..(((((((.....((..(((........)))...))))))))))))))).))).))))............))))...((((((.((((((((((........(((((....)))))......(((((........))))).(((..(((((((((((((((((((((.((.(((((((......).)))))).)).........)))))))............((((((......))))))....((((((((((....))).)))))))))))).(((.((((....)))).)))((((((((........((((((((((((....(((........)))...(((((((((......)))))....))))...........))))))))))))))))))))...........)))))))))..))).........))))))))..))))))))....(((((......(((......)))......))))).(((((((((((......))))))).)))).))))))))))((((((((..((((((((((....((((((..((......)).))))))......))))))))))..)))))..))).)))).)))..((((....(((((.((....)).)))))...))))..))))))..(((((((((((.......)))))))))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((....,{{{({({(((,..(((({.{((((,..((((({,..,||,||,...,})))..)))}}..,))))}})||,||{{,.,||||.||||||||,||{,{((,,,{||,,|,|},,,|,|.}},(((((((.,....,.)))))))...,,|,,.,,,,,,},})).}}),)}),,}}{{{{.({{{{{{.{{{{(((((((.((((({......((((((((..(((....))))))..(((((,.....,((((...((((..((((,(((.(((((.((((.....,.,(((((((...((((((((......((((((((((((.(((((....{((({..(((((,,{(({{(((,,(((,{{{....(({{.{(.{{,....|}.||,((((((....)))))),||{{.,,{,.((({.....,.|.)))}.,.|,}}}}}}}}..}))..})))))}},,.||||,|,.....})}|)||}}}}})))}}|||..|||(((({(((({,{,.....{((((((.....))))))}..((((({....}))))).{({..(((..((((((.((((,{{{{......(((((.............)))))....((((((.((((.{{.(((,......,)))}|{((((........}}}))}..,{{.{((((((..{{..,.((((((((((((((......)))),........,)))))}.,)))....}}..)))).))),.....)))).))))))......}}},||,....},,...(((((((((((........((((((((...{{{....((((((,..{(((((((.(((..{({....})).{{(((.{({({(....}}}}..}).)}}},....)))))))))))))))))..,..}}}....((((..(.((((..((.,....,))..)))).)..))))(((((.....))))))))))},))......(((((((.....((......)).....))))))).))))).)))))).|((((((..(.......)..)))))))))).))))))..))).))}........,((((((....))))))||||.,,,,,}})})))}})))}.}}}}}}}.))))).))))).,..,,.||,.||||...{{||||...}})})).,.)))))))))))..(((.(((.....))).)))))))))..(((((....))))).......)))))).))....))))))).}.}......)))).))))),))).))))..))))..)))))))))),||.....,,.))))),,,,,...{|,...{{..,||..{(((({(,....,,)))))))}))))).))).))))............}))},..((((((,,(((((((((....,.{.(((((....))))).|,..{(((((,.,,,.,,||,}}...|,.(((((((((((((({((((((.,{.(((((({......).)))))).||......,},))))))}.........,..((((((......))))))....((((((,{{{....))).)))))}}))))).(((.((((....)))).)))((((((((........(((((((((((({.,.(((........)))...(((((((((......)))))....))))..........}))))))))))))))))))))...........)))))))))..))}||||.....)))))))),.||)))))).|||((({{.,,,{|{|,,|,},,|,....|,.}}}}}.{((((((((((......))))))).)))}.)))))))}},|||||{|{..{(((((((((....{({({{,.{{......}},))})))......)))))))))},,))))},.}}}.}}},,)))},|,{(,{..(((((.((....)).))))).,.)))}..))))))..(((((((((((,......)))))))))))..........
Back