Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005413.4
Sequence Length
2713 nt
GC Content
0.5415
GCACUCACUGUGGAUUUAGGGGAGAUAUUAUGAGGCUGUUGUCAUUAGGGCGAUUGCGGUGGAAUCGCUGAAUCUUGACUCGGCGGUGGUUGGCUCUCCCUCUCCUCUCUCCCUCUCCCUCUCCCUCUCUGUCUCGGGUUCUCUCUCUGCGCGCGCGCACCGGGCCGCUCUCCUACCUCCCUCUCUAUGUGGCUGCGCGGGUGUGUGUGUGUGUGGAUGUGUGUGGGGUGUGGGUGUCCCUUACGCCCUUCCUCCUCUCCCUCCUCCUCCUGCUCCCCCCUCCUUUCCUUCUCCUCCUCCCCCCUCUCCUCUCCCUCCUCCUGGUCCUCAUCGCCCCUCUCCUCCUCUUCCUCCCCUCUCUCUUCCUCUCCCUGAAUUUUCUCCUCUCCUCUCAGGUCAGUCCAUGGUAUUCCGCUCCCCCCUAGACCUCUAUUCCUCCCACUUCUUGUUGCCAAACUUCGCCGAUUCUCACCACCGCUCCAUACUUCUGGCGAGUAGCGGCGGCGGGAACGGUGCGGGAGGCGGCGGCGGCGCGGGAGGCGGCAGCGGCGGCGGGAACGGUGCGGGAGGCGGCGGUGCUGGCGGAGCAGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCUCCAGGGCCCCCCCGGAAGAGUUGUCCAUGUUCCAGCUGCCCACCCUCAACUUCUCGCCGGAGCAGGUGGCCAGCGUCUGUGAGACGCUGGAGGAGACGGGCGACAUCGAGCGGCUGGGCCGCUUCCUCUGGUCGCUGCCCGUGGCCCCCGGGGCGUGCGAGGCCAUCAACAAACACGAGUCGAUCCUGCGCGCGCGCGCCGUGGUCGCCUUCCACACGGGCAACUUCCGCGACCUCUACCACAUCCUUGAGAACCACAAGUUCACCAAGGAGUCUCACGGCAAGCUGCAGGCCAUGUGGCUCGAGGCGCACUACCAGGAGGCCGAGAAGCUGCGCGGCCGCCCACUCGGCCCGGUGGACAAGUACCGCGUGCGCAAGAAGUUCCCGCUGCCACGCACCAUCUGGGACGGCGAGCAGAAGACGCAUUGCUUCAAGGAGCGGACUCGGAGCCUGUUGCGGGAGUGGUACCUACAGGACCCCUACCCCAACCCCAGCAAGAAACGCGAACUGGCGCAGGCCACCGGCCUCACUCCCACACAAGUAGGCAACUGGUUUAAGAACCGGCGGCAGCGCGACCGCGCCGCGGCGGCCAAGAACAGGCUCCAGCACCAGGCCAUUGGACCGAGCGGCAUGCGCUCGCUGGCCGAGCCCGGCUGCCCCACGCACGGCUCGGCAGAGUCGCCGUCCACGGCGGCCAGCCCGACCACCAGCGUGUCCAGCCUGACGGAGCGCGCAGACACCGGCACCUCCAUCCUCUCGGUAACCUCCAGCGACUCGGAAUGUGAUGUAUGAUAGCCAAGGCCGCCCUCCUCCCUCUCCUUCCCCUCCUCCCCCACUCCUUCCCCUCCGCCUCCUAGCCCUCCUCCUCUUCCUCCUCUUCCUUCUCCUCCUCCAUCCCCAGAACAAACCGAAAUCAGGAUACCCAACCAUACACACAUACAAGUCCACACACACUCCCACCCCAGCCAAAAAUAUAUAAAAAACAAGAAAAUAACAAAUUAACCGCAAACUAUCAACAACCCCCAACCACCAUCUACCACUACGGCCACCCCAAAGGACCCCGACGCCAACAGACAGUCAAACGCUGAUGUUGCGGGCAGAAAACAUAAAAGAGGUGACAAUUGUAUACUUUCUAGGACAAGCACGGCUUCUCCUUUCGGUUCCCAUGGACCCGGCACCCCACCUGCAUGACGAUUUAUUUGUAUCUGGGAAAAUAUUCUCUCUAGUUAAAAAUGAUUUAAAGAGUCGACUAUACAAAAAUCAAUCACCACCACGAGGACAAGAGGGCAAAAGCAAAACAGACAAAAAGAAAAAAAAUCGCCGUCUCCGUUCCGAAUUUGUUAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGACAGGGGGAAAAAAAAAAAAAAAGAACUCCUGGAGAGGGAAAUAGCAAAUGUGUCUUGCCUUUUGUUGCUCUCUCUCUCUUUUUUUUUCUCUCGCUCUCUUUCUUUCUCUUCUUCUCUCUGUUUUUAAGUCAAGUAUUGGUCAAAAAAAUGCAAUCUUCUGUUUUUUGUUCAGCAGACAAUCAUUUUCUUCGUAAGCACCUUUUUCUCUCCACUCUGUCACUGCCUGUGUGGGUACUGGUUAUAAAUGUGGAAAAAGAAUAGUUAUGACUGUAACAGAUUUUUAUUUUUAUUUCAAAAUUUUAUAUGAAUUAUGUAUAUCUUAAUGAUCGGUCAUUUUCCCAGUUUGUAAUAUAUGUGUAGAAAUUGCCUGUAUAUGAUAUUGCUUUUUCUCCUCUCCCUUUCUCUUUCUCUCCUCUCCCUCUCUCUGUCUUUCUCCCCGCUCAACUGUCUCUUUUCUUUUUGGGGUUCUCCUCCCACUCGGUGCUCCUGGUGUCGACUUGGCAGUCAAGGAGAGGCAUGGUGGCCUGGGUUAGGAAGAGGGACCCUGUCGCUAGCAAAAGCGGAGAGUGAGAUUGUAGUAUUCUUAUGCAAAAGCUAUUUCCAGUAUUUCUUAGCAGCUUCAGAGGUAUCUCUCACUCCCUGUAGGGCGCUUUUACUGUUAUCUUAAACUGCGUGUUUAUCUAUAUGUAAAAACUUUCUAAAGCAAAUACAGUAUUCUCCAUUUUCUUAUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-866.69 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -913.22
Frequency: 0.0000
Diversity: 666.19
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((..(((((((((((((((.(((((((((((((....((((..(((.(((((....(((((........)))))(((((((((..........................................(((..........(((.((.((...)).)))))..........)))........((((((...(((((.(.(((((((((((((((((((.(((.(((((((((.....(((((.((.((.((.((.((.((.((((((((((((.((...((((((.(.((((((.((...((.((.((.(((((((..((...(((((((((((.............................(((((................)))))..(((...(((((........................................))))).))).(((((.(((((.((.((((((((......))).....))))).)).)))))))))).)))))).))))).))..))))))).)).)).)).)).))))..)).).)))))).)).))....)).)))))))).)).)).)).)).)).))....)))))......(((((((...........(((.((((((.................)).)))).))).((((((((...))))))))((((((..((((......((((((..(((..((.((.((((.((((((((((((((...((((((((((((((..(((.((........)).)))))).)))))))((((((((((.((..(((((.(((((.......(((.((((.......((((((.((((.....))))..))))))(((....))).(((((((.....))))))).))))))).......((.(((((.(......).))))).))......))))))))))...)))))))).))))........))))..))))).........))).)))))).)))).)).))........((((((.((....((((((((((..(((((.(((.((....))))).)).)))................(((......)))..((((.(((((((.(((........)))))))..((((((....))))))((((.(((....)))))))))).))))...)))))))))).......((((.((((...(((((.....)))))((((((((((...(((((...(((((..((.(((((.(.(((((((....)))))))).).))))))....)))))..))))).((.((((.(.((........)).))))).))..)))))......))))).(((((.....))).)).......)))))))).............................)).)))))))))..))).)))...))))..))))))......)))))))...................................)))))))))))).))))))))......))))))))))).).)))))))))))......................................................))))))))).....((.....))))))).)))..).))).))).(((((((.((((....(((.......)))((((((.......(((((((((.................((((.((((...)))).)))).((((.(((...))).))))...((((..((((............))))..))))...................(((((((((......(((..((..(((((((.((...........(((((.(((((((((((..(..(((((((...................))))..)))..)..))))))........................(((((.((((((......(((((((((((.......((((((((..(((((((.(.((...))).))))))).)))))))))))))))))))......)))))).)))))))))).)))))................(((((.........))))).......)).)))))))..))..)))))))))))).........)))))))))........)))))))))).)))).)))(((((((((((((((..(((((..........(((((((...((......(((...((.((((..........)))).))...)))......))..))))))))))))..))))))))).........(((((.((.((((((.((((((((....((((((((((((((..((..........(((((((............(((((.....................)))))...((((...((((((.(((((..((.((..((((.....))))..)).))..)).))))))))).)))))))))))..........))..)))).)))))).))))..))))))))..))))))...)).))))))))))).....))))))))))..)))))))))).(.(((....))).).(((((((((.....(((((.....)))))...))).)))))).....))))).....))))))...................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,.,,,(({({({,,,,{{((((((((((.(((((((((((.....{(((.((..({,(.,,,((((((((........)))))))).,.}.}},}.})}|{|||.,||,||{{{{,{{{..(((.....,....|||.{{.{,{{,{(((,{{,((.,,,|{|||}|{,{{{{{...|||....,.,.((((((...(((((.(.(((((((((((((((((((.(((.(((((((((.....(((((.((.((.((.((.((.((.(((((((((({{.((...((,((((({,(,(({{((.{.((.((.((.(((((((..((...(((((((((((,............................{{{{{................}}|||,,{{....,((,...,,}.......,|.|},,,..................{{{..,.}}}..(((((.(((((.((.(((((,,..,,,,.,}}.}}},))))).)).)))))))))).)))))).))))).))..))))))).)).)).)).)).))),..)).).)))))).)).)).,..)).)))))))).)).)).)).)).)).))....)))))......(((((((..,........(((.((((((..............,..)).)))).))),((((((((...))))))))|(((((..((((......((((((,.{((,,((.((.((((.((((((((((((((...((((((((((((((..(((.((........)).)))))).)))))))((((((((((.{{..(((((.(((((,......({(,({{{..,,{{,((((((.((((.....))))..))))))||{,..,}|,,,},}}|,||||.|))})||,))||}}}.......((.(({|(.{..,,,,),})))),}}.....,))))))))))...},)))))).))))........))))..))))),........))).)))))).)))).}}.}}...,,...,(((((.((,,,.(((((((((({.(((((.(((.((....))))).)).))),....,,.,.......{((......)))..((((.(((((((.(((........)))))))..((((((....))))))((((.(((....)))))))))).))))...}))))))))),}...,{(((,.,((({{{(((((.....))))}((((((((((,{.((({{...{{{||..||}|||||.{.(((((((....)))))))}.}},,}},,..,.)))})}}))))),|..((((.(,((.,....,,}}.}}}}|.||..}||||,.....}}}}}}},,,|},.,|,}}.},......})),,})))}}..,,,.......,..,...........,,.,,,,,,,}},.))))})),,.))))..)))))}...,..))))))).,,...............,}}..............)))))))))))).}))))))),....,))))))))))).).)))))))))))...........................................................................(((((((,,..((((((((((.,..,,.(((((((...,,.....,|,.(((((.((((((((....(((((,((...(((((((......((((.((((...)))).)))).,(((.(((...))).)))}...((((..((((............))))..))))........{{((,{{{(({....}}})),,.))))..}}.)))))))...,,............(((((..((((((.((((((((((((((....(((({...,,.(((.((....})...))).|||..........................,(((((.{(((((,,,,,,(((({{{{((,......{((((((((..(((((((.(.{,...))}.))))))).))))))))))))))))))),,,},.})))))})})))...)))))...))))))}....{{{{.((({,{{.,,..{{{{{(...,..((((((........))))))..,,}}}}}}..,,{,,.{{,.,..{{{{{.,.(((...,,{(.{((({....))))}.})(((((((((..((((({.,,...,,,{({{{{(,,,{{{{{,,.(({...{{,,,,{.,,,...,,,}))),},}},}}),,...,}},,}}}))}))))))..)))))))))....))).)))}}.,)},,))}),)))}.,))))))).},)))))....,,,,,......,,,,,,,)))))...))).))))).))))).,,))))))).,,......)))))))))).,..,{....}},,{{{{{||{|{{,.,.,)))).}},})))),))...))))))).))).,))),)))))),}}}.},|||,.},...})))))))).)))},{{{{,{{,....,)))}}..{{{......}))......}))))))))))..)))))))))).,,|||.,,.))).},,{{(((,({.....{{{{{,,,{{||}},...)))})))},,.....,}})),....})))))...................
Back