Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005415.5
Sequence Length
3297 nt
GC Content
0.4625
GGAGUGAUGGCUGCCGGCGCUCUCUGCGUGGUUCUUCUUCUCGGCCGCUGAAACCCCCGCGGCUGCUUCCUGGGAAGGUCGUGAGUCCCGCUGAGCUGUCCCCGGUGCCGCCGACCCGGGCCGUGUGCCCGUGGCUCCAGCCGCUGUCGCCUCGAUCUCCUCGUCUCCCGCUCCGCCCUCCCUUUUCCCUGGAUGAACUUGCGUCCUUUCUCUUCUCCGCCAUGGAAUUCUGCUCCGUGCUUUUAGCCCUCCUGAGCCAAAGAAACCCCAGACAACAGAUGCCCAUACGCAGCGUAUAGCAGUAACUCCCCAGCUCGGUUUCUGUGCCGUAGUUUACAGUAUUUAAUUUUAUAUAAUAUAUAUUAUUUAUUAUAGCAUUUUUGAUACCUCAUAUUCUGUUUACACAUCUUGAAAGGCGCUCAGUAGUUCUCUUACUAAACAACCACUACUCCAGAGAAUGGCAACGCUGAUUACCAGUACUACAGCUGCUACCGCCGCUUCUGGUCCUUUGGUGGACUACCUAUGGAUGCUCAUCCUGGGCUUCAUUAUUGCAUUUGUCUUGGCAUUCUCCGUGGGAGCCAAUGAUGUAGCAAAUUCUUUUGGUACAGCUGUGGGCUCAGGUGUAGUGACCCUGAAGCAAGCCUGCAUCCUAGCUAGCAUCUUUGAAACAGUGGGCUCUGUCUUACUGGGGGCCAAAGUGAGCGAAACCAUCCGGAAGGGCUUGAUUGACGUGGAGAUGUACAACUCGACUCAAGGGCUGCUGAUGGCCGGCUCAGUCAGUGCUAUGUUUGGUUCUGCUGUGUGGCAACUCGUGGCUUCGUUUUUGAAGCUCCCUAUUUCUGGAACCCAUUGUAUUGUUGGUGCAACUAUUGGUUUCUCCCUCGUGGCAAAGGGGCAGGAGGGUGUCAAGUGGUCUGAACUGAUAAAAAUUGUGAUGUCUUGGUUCGUGUCCCCACUGCUUUCUGGAAUUAUGUCUGGAAUUUUAUUCUUCCUGGUUCGUGCAUUCAUCCUCCAUAAGGCAGAUCCAGUUCCUAAUGGUUUGCGAGCUUUGCCAGUUUUCUAUGCCUGCACAGUUGGAAUAAACCUCUUUUCCAUCAUGUAUACUGGAGCACCGUUGCUGGGCUUUGACAAACUUCCUCUGUGGGGUACCAUCCUCAUCUCGGUGGGAUGUGCAGUUUUCUGUGCCCUUAUCGUCUGGUUCUUUGUAUGUCCCAGGAUGAAGAGAAAAAUUGAACGAGAAAUAAAGUGUAGUCCUUCUGAAAGCCCCUUAAUGGAAAAAAAGAAUAGCUUGAAAGAAGACCAUGAAGAAACAAAGUUGUCUGUUGGUGAUAUUGAAAACAAGCAUCCUGUUUCUGAGGUAGGGCCUGCCACUGUGCCCCUCCAGGCUGUGGUGGAGGAGAGAACAGUCUCAUUCAAACUUGGAGAUUUGGAGGAAGCUCCAGAGAGAGAGAGGCUUCCCAGCGUGGACUUGAAAGAGGAAACCAGCAUAGAUAGCACCGUGAAUGGUGCAGUGCAGUUGCCUAAUGGGAACCUUGUCCAGUUCAGUCAAGCCGUCAGCAACCAAAUAAACUCCAGUGGCCACUACCAGUAUCACACCGUGCAUAAGGAUUCCGGCCUGUACAAAGAGCUACUCCAUAAAUUACAUCUUGCCAAGGUGGGAGAUUGCAUGGGAGACUCCGGUGACAAACCCUUAAGGCGCAAUAAUAGCUAUACUUCCUAUACCAUGGCAAUAUGUGGCAUGCCUCUGGAUUCAUUCCGUGCCAAAGAAGGUGAACAGAAGGGCGAAGAAAUGGAGAAGCUGACAUGGCCUAAUGCAGACUCCAAGAAGCGAAUUCGAAUGGACAGUUACACCAGUUACUGCAAUGCUGUGUCUGACCUUCACUCAGCAUCUGAGAUAGACAUGAGUGUCAAGGCAGAGAUGGGUCUAGGUGACAGAAAAGGAAGUAAUGGCUCUCUAGAAGAAUGGUAUGACCAGGAUAAGCCUGAAGUCUCUCUCCUCUUCCAGUUCCUGCAGAUCCUUACAGCCUGCUUUGGGUCAUUCGCCCAUGGUGGCAAUGACGUAAGCAAUGCCAUUGGGCCUCUGGUUGCUUUAUAUUUGGUUUAUGACACAGGAGAUGUUUCUUCAAAAGUGGCAACACCAAUAUGGCUUCUACUCUAUGGUGGUGUUGGUAUCUGUGUUGGUCUGUGGGUUUGGGGAAGAAGAGUUAUCCAGACCAUGGGGAAGGAUCUGACACCGAUCACACCCUCUAGUGGCUUCAGUAUUGAACUGGCAUCUGCCCUCACUGUGGUGAUUGCAUCAAAUAUUGGCCUUCCCAUCAGUACAACACAUUGUAAAGUGGGCUCUGUUGUGUCUGUUGGCUGGCUCCGGUCCAAGAAGGCUGUUGACUGGCGUCUCUUUCGUAACAUUUUUAUGGCCUGGUUUGUCACAGUCCCCAUUUCUGGAGUUAUCAGUGCUGCCAUCAUGGCAAUCUUCAGAUAUGUCAUCCUCAGAAUGUGAAGCUGUUUGAGAUUAAAAUUUGUGUCAAUGUUUGGGACCAUCUUAGGUAUUCCUGCUCCCCUGAAGAAUGAUUACAGUGUUAACAGAAGACUGACAAGAGUCUUUUUAUUUGGGAGCCAGAGGAGGGAAGUGUUACUUGUGCUAUAACUGCUUUUGUGCUAAAUAUGAAUUGUCUCAAAAUUAGCUGUGUAAAAUAGCCCGGGUUCCACUGGCUCCUGCUGAGGUCCCCUUUCCUUCUGGGCUGUGAAUUCCUGUACAUAUUUCUCUACUUUUUGUAUCAGGCUUCAAUUCCAUUAUGUUUUAAUGUUGUCUCUGAAGAUGACUUGUGAUUUUUUUUUCUUUUUUUUAAACCAUGAAGAGCCGUUUGACAGAGCAUGCUCUGCGUUGUUGGUUUCACCAGCUUCUGCCCUCACAUGCACAGGGAUUUAACAACAAAAAUAUAACUACAACUUCCCUUGUAGUCUCUUAUAUAAGUAGAGUCCUUGGUACUCUGCCCUCCUGUCAGUAGUGGCAGGAUCUAUUGGCAUAUUCGGGAGCUUCUUAGAGGGAUGAGGUUCUUUGAACACAGUGAAAAUUUAAAUUAGUAACUUUUUUGCAAGCAGUUUAUUGACUGUUAUUGCUAAGAAGAAGUAAGAAAGAAAAAGCCUGUUGGCAAUCUUGGUUAUUUCUUUAAGAUUUCUGGCAGUGUGGGAUGGAUGAAUGAAGUGGAAUGUGAACUUUGGGCAAGUUAAGUGGGACAGCCUUCCAUGUUCAUUUGUCUACCUCUUAACUGAAUAAAAAAGCCUACAGUUUUUAGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1013.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1074.15
Frequency: 0.0000
Diversity: 766.80
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.((..((((((((.(((.....))))))).........(((((((.(......).))))))).......(((((((.....((((((((.((((((((.((((...))))....((((.....))))(((((....)))))..((((.((.((.((.(((((((((((.(.(((...((((.((((((((((......)))))............((.(((((.......)))))))........(((((((((((((((........((((((((.((((((.((((((((...(((((((((......(((.((((((.(((((((...))).(((((........(((((((.........)))))))........)))))......((((((((((.(.((((....(((((..(((((((((............(((((....((((((........((((.....)))).(((((((((.(((((.......((((((......))))))...(((((.(((((...))))))))))..((((...(((((((((.(((.....))).))))).))))..)))).......))))))))))))))(((((((.((....)))))).)))..((..((......))..)).))))))....)))))....(((..((((((((((((..(.(((............((..(((((((((((..((((((((((..(((.((((...((((((((...)).)))))))))))))..)))))).(((((..((((..(((((((...(((((((....))))))).((.......))....(((((((((((((((((..(((((((((((((((((.((.(.....).)).)))))..((((((((.(((((((((((..........))))..)))))).).))((((.((((((((((......))))))).((((((((..((.....(((((..(((.........(((((((((((..((....)).))).))..))))))........)))..)))))))..)))))))).(((((((((((((((....(((((((((.((.((.((((((((........((((.((((((......))))))..(((((((..((((((....)))))).)))))))(((.(((((((.(.((((....)))).).)))......)))).)))...........(((.((((..((((.((.....))............))))...))))))).....(((((((....(((.((((............)))).)))...))))))))))))))))))))).)).))))...)))))..)))))))))))))))...((((((.(((....((((((.(((....))).))))))...))).))))))....)))))))))))))....))))))))..))))...)))))...)))))))))))).)))))))..)))))))))...))))..))))))))))).))..............))))..))))).)..))))))..)))..(((((...((...))....)))))..))))))))).(((...((((((.((((((.((((((((.((((((.(((...))).))).)))........(((.........)))...)))))...))).)))))).)))))).))).....(((.....)))))))).)))).))))))))))).)))).)))))).)))...(((.(((......))))))..((((.(((.....)))...))))..........))))))))).))))))))((((.((((((((((...((((...))))..))))))..))))))))((((((...((((..(((.....((.(((((.(((...(((..((..((((((.((((..(((..((((((((.(((((.((((((....((((((((((......(((.(((.(((((.....))))).)))))).((((.((((.((..(((....)))...)).)))).))))...........(((((((((((....)))).....(((.((((((((.(((((........))))).)))))))).)))))))))))))))))))).....)))))).))).............((((...((((.......))))...))))..)).))))))))..)))..)))))))..))).)).))).))).))))).)).....))))))).))))))..(((((....)))))..)))))))))))))).((((((((.(((((((((((((.(((((((((((((((((((.(((..(((((.....)))))(((((((...((.(((.........)))))...))))).))(((((...)))))......))).))))))..((((((..((...))..))))))........((((((((.(.((((((.......((((....))))....)))))).).))).))))).))))))))((((((......)))))).......((((.(((((((((...((((..(((((.(((((...(((......(((((...(((......)))...)))))...)))..))))).)))))..))))..))))).))).).))))....))))))))))))((((..((((((((...............)))).)))).))))......(((((.(((((.(((((((....)))))))....((........))......))))).))))).)))))).))))))))(((((....(((..((((((...))))))..).)).....))))).(((((((((.((............(((((((......)))))))...........)).)))))))))...........((((((((....))))))))))).)))))....)))))))........))))).))))(((.(((....))).)))......................((((((((((....))))))..))))...((((((((((..((((....(((....)))..))))..)))))))))).........))).).))))))..)))))..)).)).))..)))).....)))).)))).)))))))).))))))).((((((.(((.........))).))))))....))))..)).)).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((.((..(((((((,{(((.....))))))).........(((((((.(......).))))))).......(((((((.....((((((((.((((({((,{((({{,|||,....{|||.,.,,)))}(((((....))))).,((((.((.((.((.(((((((((((.(.(((...((((.((((((((((......)))))............(,{(((((.......))))))}....,{..(((((((((((((((...{{{..((((((((.((((((,((((((((...(((((((((...,,,(((.((((((.{(((|,,....,,.(((((.,,.....(((((((.........))))))).....,,.)))))......{(((((((((.(.((((....(((((..{(((((.................|||,,{{(((((..,({(...((((.....)))).(((((((((.(((({.......((((((......))))))...({(((.(((({...)))))}}}},..((((.,.,((((((((.((({....)))}))))).)))}.,)))}.......})))))))))))))(((((((.((....)))))),,))..{{,.((......)){{||.{{{{{{..,{{{{{{(,,,(((..((((((((((((..(.(((,,...,,....|{,{.(((((((((((..((((((((((..{((.((((...((((((({...}}|})))))))))))),.)))))},(((((|.{{{(..(((((((.,.(((((((....))))))),({.......))....(((((((((((((((((,,(((((((((((((((((.((.(.....).)).)))))..,{,(((((.(((((((((((..........))))..)))))).).,,||||},((((({(({..,,,,}||||||.{{({((((,.(({{,.,{|(({,...,,,,,,,...{(((({,{{{{,.{,...,)),})),}}}|}}))}},|......}})},})}}})).,}}}}}}},.(((((((((((((({,...(((((((((.((.((.((((((({.,....,,(({{,{(((((......}}}}||,,{{{{((({,((((((....|}}}|}.|||.|||((({(,,(.,,...,},,}}},})))}.))},......,,||.}},......,|,,.||,{((((..((((.,{.,...,,............))))...)))))||{,,..(((((((..,.(((.((((..,.........)))).))).,.)))))))}})))))))))))).)).))))..,)))))..,))))))))))))))...((((((.{{{...,{{{|||,|{{,,,,)),,)))))),}.))).))))))..},)))))))})),)),}}.)))))))),.}))).,.))))),..,))))))))))).)))))))..}))))))))...})))..))))))))))).}}..............))))..))))).}..))))))..))}..||,|,...||...}},,}}))).)}}))))))),,........{((((.((((((.((((((((.((((((.(((...))).))).)))........(((.........)))...,)))),..))).)))))).)))))},}},,}}}}|||.....,,,))))).)))).))))))))))).)))).)))))).))}..,(((.(((......)))))).|{(((.(((.....)))...)))}..,,......))))))))).))))))))|(((.((((((((((...((({...))))..))))))..)))))))}((((((...((((..,{,.....((.(((((.(((...{((..(,..((((((.((((..(((..((((((((.({(((.((((((....((((((((((..{((((((,(({.{(|(({{{,.||||,.,}})))}}||}},|||}||.,(((....)))...,}|}}}},,,,,....|,,....|||,||(((((....)))))....(((.((((((((.(((((........))))).)))))))).))))))))..)))))))))).....)))))).))).............((((...((((.......))))...)))}..,).))))))))..)))..))))))}.}))).)}.))).))).))))).)).....,),)))).))))))..(((({....}))))..)))))))))))))).((((((((.((((((((((((,{((((((((((((({(((({,,{,..{{{{{,....,})))(((((((...((.(((.........)))))...))))).)){((({...})))},,{,,,|}},}}}}}},.((((((..({...})..))))))........,{{{{|||.{.{{{((({,{....,(((....)))}.|||}},})).}.}))},}))}.}})))))}((((((......)))))),......((((.(((((((((...((((..(((((.(((((...(((......(((((...(((......)))...)))))...)))..))))).)))))..))))..))))).))).).))))....)))))))))))){(((..((((((((...............)))).)))).}))).....,{((,,.,,|||,{((((((....}))))))..,.{|........,,......,,}},.}}})}.)))))).))))))))(((((....(((..((((((...))))))..).)).....))))).,,|||,{{,..........{{{{{(((((((......)))))))....},},,..{{((((||,...}.)))))))..((((((((....))))))))))).)))))....))))))),,....,}))))).)))){{{.{{{....))}.))}................,{{{{.((((((((((....)))))),.}))).,}||(((((({{..((((....(((....)))..}}}},,))}))))))).,,,,,.,,))).).)))))}.,)))))..)).)).))..)))}.,...)))),}))}.)))))))).))))))).((((((.(((.........))).))))))....))))..)).)),........
Back