Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005446.5
Sequence Length
2727 nt
GC Content
0.5966
AUGCUGACUCAUGUGCCCGCAGCUAGCAGGAGCUGGCAGCAUGGGCUCCCCAGGGGCUACGACAGGCUGGGGGCUUCUGGAUUAUAAGACGGAGAAGUAUGUGAUGACCAGGAACUGGCGGGUGGGCGCCCUGCAGAGGCUGCUGCAGUUUGGGAUCGUGGUCUAUGUGGUAGGGUGGGCUCUCCUCGCCAAAAAAGGCUACCAGGAGCGGGACCUGGAACCCCAGUUUUCCAUCAUCACCAAACUCAAAGGGGUUUCCGUCACUCAGAUCAAGGAGCUUGGAAACCGGCUGUGGGAUGUGGCCGACUUCGUGAAGCCACCUCAGGGAGAGAACGUGUUCUUCUUGGUGACCAACUUCCUUGUGACGCCAGCCCAAGUUCAGGGCAGAUGCCCAGAGCACCCGUCCGUCCCACUGGCUAACUGCUGGGUCGACGAGGACUGCCCCGAAGGGGAGGGAGGCACACACAGCCACGGUGUAAAAACAGGCCAGUGUGUGGUGUUCAAUGGGACCCACAGGACCUGUGAGAUCUGGAGUUGGUGCCCCGUGGAGAGUGGCGUUGUGCCCUCGAGGCCCCUGCUGGCCCAGGCCCAGAACUUCACACUGUUCAUCAAAAACACAGUCACCUUCAGCAAGUUCAACUUCUCUAAGUCCAAUGCCUUGGAGACCUGGGACCCCACCUAUUUUAAGCACUGCCGCUAUGAACCACAAUUCAGCCCCUACUGUCCCGUGUUCCGCAUUGGGGACCUCGUGGCCAAGGCUGGAGGGACCUUCGAGGACCUGGCGUUGCUGGGUGGCUCUGUAGGCAUCAGAGUUCACUGGGAUUGUGACCUGGACACCGGGGACUCUGGCUGCUGGCCUCACUACUCCUUCCAGCUGCAGGAGAAGAGCUACAACUUCAGGACAGCCACUCACUGGUGGGAGCAACCGGGUGUGGAGGCCCGCACCCUGCUCAAGCUCUAUGGAAUCCGCUUCGACAUCCUCGUCACCGGGCAGGCAGGGAAGUUCGGGCUCAUCCCCACGGCCGUCACACUGGGCACCGGGGCAGCUUGGCUGGGCGUGGUCACCUUUUUCUGUGACCUGCUACUGCUGUAUGUGGAUAGAGAAGCCCAUUUCUACUGGAGGACAAAGUAUGAGGAGGCCAAGGCCCCGAAAGCAACCGCCAACUCUGUGUGGAGGGAGCUGGCCCUUGCAUCCCAAGCCCGACUGGCCGAGUGCCUCAGACGGAGCUCAGCACCUGCACCCACGGCCACUGCUGCUGGGAGUCAGACACAGACACCAGGAUGGCCCUGUCCAAGUUCUGACACCCACUUGCCAACCCAUUCCGGGAGCCUGUAGCCGUUCCCUGCUGGUUGAGAGUUGGGGGCUGGGAAGGGCGGGGCCCUGCCUGGGGAUCUCAAGGAUGAGGCCCCAGCAUGGAGGAUUGGGGGUAGAAUUCCACCCUUGAACCCCAGCAGACAGUCCCUCCCCUGACUCCCACCUUGGUAGGGUGCUGCCUCAGGGAGCCAUAGAAGUCGGCUGUGUUUUGAGACGGCGACAGAACCUGACCCGUGGAGACUGGGAGAGCCCAGCAGGCACCUGUAUUGCAGGGCUCCGACUGCAUGUGGCAGGGGCUCCUGCUGCGUCUGGGCCUGGAGGUCUCUCUCCCAGUGCUCUGUCCCCAGUGUUCCUAGCAGAGGUAUGCUUACCAGCUGUCAGCACAGACCCUCCUGCUGCCUGGGUCCUGGCCCUCCUCCCCCAUCUGCACCCCCAUCAUAGGUAGAGACCCCACCCUCCCAUCGGUCCUACAUGGGGCUGUGCAGCUGGAGCCAAAAAGGCAAGGUAGAAAGAGGAGUGAUGGGGGAGGGGGAUUGUUUCAGCUUCUCUGGUGCUGUGAUGCCCCAGGAGAGUCCUAAUCUAGGGAAUGGGGUGGAGUAGGCAGAUAAUCCACCUCCCUAUCCCCCAGGCAAGGGCGGAGCAUGUGUCUUGGGCCCACACCUGCUUAGUUUAUGAGGACCGGCUGCUUUCCAGUGGUAGCCCUUUUGCCAUGGAGGUCUGGGAGAGAGAGCAGAGGGCGGCAGGGCUAAGUUGGUGAUCAUUGGGUUCUUCAGGACCUUCUAUAUCCCUCCUCGGUAACCCCCCAGCCCAACCCCUUGGAAUCUUUCCUCCAGGCUUCCUGAGAGCCCUGGGGGUGGGAGGCUGUGGGAGGCUGUACAUCUGAAAUUCACUUCAGUCCAAGUCAUACCUAGGAAGCUGUCUGGGCAGCUGCUCGAGGGAGGCCCUGGCUCUGAUCCCAGGCUGGAUGGAGUGGCUGGAAGGAAUGGUUCCAAACAACACCACCGAGAUCUCCCUCAGGCUGGCCAGGUUUUGCAGCUGGAAUUCUCCUCUUGGUCCCAGGGCGGGGCAGGGAAUUCUAAGUGUCCACCCCAGGGAGGCAAGGGGCUGCUUUCCACUGUGGGUACCUGGUGAUCAGGGCAAGCUGUGGAGGGCCAGGGGUGGGGCUGAGACUGGGCUGACAUCUAGAAUCACCUGCCACCUGGAGCCUCAGUAAAAUGCCUGGGGUCCCUGCUGCCUCUCAAUCUCCAGAGCCAUGUCCAUGGGGAGGUGGGCUCUGAAGGGCGAAGGUGGGAGAGCAGGGCCCCUGAGGCCUGGGUAUCCAAGGAGGGGCACGUGCACCUGAUUCUCCUUGGGGCCCAGAGGAAGCUGAUGUCAUGGCUGGACAAAGUCACGGAGUAAAGCCAGCAAAGCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1190.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1235.80
Frequency: 0.0000
Diversity: 444.34
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((....((((.(((.(((((((((((((((((...(((((((..(((((.......(((((.((((((((((((((((..((......)).)))))).....((...(((((((((((.....(((((..((((..((.(((((((((....((((.(.(((((((((((((((((...(((......)))..((((((((....(((((...((((((............((.........))((((((((...(((........)))..))))))))((((((((((((.(.((((....(((....))).((((((((((......))))))))))......((((((((((...(((((.....((((.((((....)))).))))((......))....)))))...(((((.(((.((((((((.((...(((((.(((....(((((...((((..(((.......(((((((....(((((.((((....))))))))))).))))).....)))..)))))))))((((((((((((((((((((..(((((((((......(((....)))..((((........)))).......(((.(((((((..((((((..(((..(((((.((((((...(((((((..((..(((.(((((.........(((......)))..((((.((....(((......)))....)))))).....))))).))).))..))))))).....))).))).)))))..)))..))))))))))))).))).(((((((((((((.((((..((........))..))))))))))))).))))))))))....(((((.(.....).)))))..))).)))))).........)))))))....((..(((((...((((((((....)))))))))))))..)))))))))..))).))))).))))))))))))).))))))))))))))))))).).))).))))))))).....))))))..)))))...))))..))))(((.((((((........)))))))))..((((.....))))...))).)))))).)))))))).))))).........((.(((....)))))....((((..((((.((((.(....).)))).))))..)))))))))))))(((.(((((.....)))..)).))).)).))))..)))))((((((((....)))).)))).((((((.((.((((...((....)).))))...)))))))).)))))))))))..))...)))))))))).)))))((.((((((((((.(.((((((((((..(((((((((...)))))...(((((.(((((....))))))))))((.(((.((.((((((((........)))))))).)))))))......)))).))))))))))).)))..))))))).)).))))).)))))))......((((.((((........)))))))).(((((((......((((((((((((((.((..(((((.((((((..((((((((((...(((.....)))))))).)))))))))...)))))))..))...)))))))))).)))).....))).))))........((((....)))).)))))))))........)))))))).))).)....)))(((((((((((((((((((((((((.....((((.((((.............))))))))))))))..)))))(((...(((.....)))..)))............))))))))))))))......(((((((((((((.........((((((((((((((......((((((....((((((.((......)).))))))))))))((((((......))).)))(((((((((((((((((((((..((((.(((..(((..(((((.(((((..(((((((((((((((.(((..(((((((((((.((((((...(((((.(((.(((((.((..((.(((....((((((....)))))).....)))))..)).))......))).)))....)))))....)))))).)))))))))))......((((((((...(((.(((.((((.((((......(((((......)))))....))))...))))...((((((((((.(((((....((((((((.(((((........))))).(((.(((.(((..(((((.......)))))..).)).))))))...)))))))).))))).)))).....))))))(((((((.((((((.(((....))).))).)))))))))).))).))).)))))))).))))))))))))....)))))).))))).)))))..))).))))))).)))((((.(((((((((((..(((..(((((......)))))..))))))))).)))))..))))........((((((((.(((((((..((((((..((((((((((((.(((....))).)).)))))))..)))......)))))))))))))))))..)))).)))))..))).....))))))))))....)))))))).))))))))))).))))))))...(.(((((......))))).))))).....)))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((((.,{{((((,{{(,{((((((((((((((((.{{(((((((..(((((.......(((((.((((((((((((((((..((......)).)))))}.....((...(((((((((((.....(((((..((((..((.(((((((((,{(((((,.(.{(((((((({(((((((.,.(((......)))..{{{{|{{{,,..|||{{..,{{||{{...,,.......||,,,,,....}}((((((((...(((........)))..))))))))((((((((((((.(.((({,,..,{,..,.|||,.,((((((((......})))))))))|}...,((((((((((...(((((.....((((.((((....)))).)))),,......,}....)))))...(((((.(((.((((((((.((...(((((.(((.,,.(((((...({((,.(((,.,....(((((((....(((((.((((....))))))))))).)))))...}}))),.)))))))))||((((,(((((((((({({,,|||((((((.,,,..{{{...,)}}..((((........)))).......(((.(((((((..((((((..(((..(((((.((((((...(((((((..((..(({.(((((.........(((......)))..(((,,((....(((......)))....)))))).....))))).)),.))..))))))).....)))},)).)))))..)))..))))))))))))).))).(((((((((((((.((((..((........))..))))))))))))).))))))))))..,.(((((.{.....}.))))).|||||,,,,,}.....,,,.)))))))...|{(..(((((...((((((((....)))))))))))))..)))))}}}}..))).))))).))))))))))))).))))))))))))))))))).).))))))))))))).....}|}|||,.|}}||.{,||||,{|||{(((.((((((........))))))}))|,{{|||.,..,}}}.,,}}},,))))}}}})))))).}}}))..,,}},,.((.(((....)))))....((((..((((.((((.(....).)))).))))..)))),})))))))|{{.|||{|,..,.))).})).))).)).))))..)))))((((((((....)))).)))).((((((.{{.((((.{{((.....),))))...)))))))).))))))))))).,)}..,)))))))))).)))))((.((((((((((.(.((((((((((..(((({((((...)))))|||(((((.(((((....))))))))))||.(((.((.((((((((.{....,.)))))))).)))))}}......)))).)))))))))),})))..))))))).)).))))).)))))))......((({{((((........)))))))).(((((((.....,((((((((((((((.((..(((((.((,(,,..((((((((((..{({{....,)}}))))).))))),,,,...)))))))..))...)))))))))).))))}....))).))))..{{{{..,,,,}}}},,}),)))))))))........)))))))),}))})|,,.|||(((((((((((((((((((((((((.....((((.((((.............))))))))))))))..)))))(((...(((.....)))..)))............))))))))))))))......(((((((((((((.........((((((((((((((......((((({...,((((((.{(......)}.))))))))))))((((((......))).)))(((((((((((,(((((.(((..((((.(((,.(((..(((((.(((((..(((((((((((((((((((..(((((((((((.((((((...{((((.({..(((((.{(..((.(((....((((((....)))))).....)))))..)).||....,,}}.}))))..))))))....)))))).)))))))))))......(((((((({({(((.(((.((((.((((......(((((......)))))....))))...))))...{(((((((((.(((({.,{.((((((((.(((((........)))))|(((.(((.(((..(((((.......)))))..)},).))))),.,.,)))))))}))))).)))).....)))))}(((((((.((((((.(((....))).))).)))))))))).))).)))))))))))).)))))))))))),...}))))).))))).)))))..))),))))))).))),,||}||{{(((((((..(((..(((({......}))))..))))))))).))|||{.||||{{......((((((((.(((((((..((((({.((({(((((((((.(((....))).))}))))))).,}),.},.,,)))))))))))))))))..))))}))))}.}))}....,))))))))))....))))))))}})))))))))))))))))))...|.,{|||,,,...})}))}})))).....)))))......
Back