Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_005514.8

Sequence Length

1536 nt

GC Content

0.5892

AGAGUCUCCUCAGACGCCGAGAUGCUGGUCAUGGCGCCCCGAACCGUCCUCCUGCUGCUCUCGGCGGCCCUGGCCCUGACCGAGACCUGGGCCGGCUCCCACUCCAUGAGGUAUUUCUACACCUCCGUGUCCCGGCCCGGCCGCGGGGAGCCCCGCUUCAUCUCAGUGGGCUACGUGGACGACACCCAGUUCGUGAGGUUCGACAGCGACGCCGCGAGUCCGAGAGAGGAGCCGCGGGCGCCGUGGAUAGAGCAGGAGGGGCCGGAGUAUUGGGACCGGAACACACAGAUCUACAAGGCCCAGGCACAGACUGACCGAGAGAGCCUGCGGAACCUGCGCGGCUACUACAACCAGAGCGAGGCCGGGUCUCACACCCUCCAGAGCAUGUACGGCUGCGACGUGGGGCCGGACGGGCGCCUCCUCCGCGGGCAUGACCAGUACGCCUACGACGGCAAGGAUUACAUCGCCCUGAACGAGGACCUGCGCUCCUGGACCGCCGCGGACACGGCGGCUCAGAUCACCCAGCGCAAGUGGGAGGCGGCCCGUGAGGCGGAGCAGCGGAGAGCCUACCUGGAGGGCGAGUGCGUGGAGUGGCUCCGCAGAUACCUGGAGAACGGGAAGGACAAGCUGGAGCGCGCUGACCCCCCAAAGACACACGUGACCCACCACCCCAUCUCUGACCAUGAGGCCACCCUGAGGUGCUGGGCCCUGGGUUUCUACCCUGCGGAGAUCACACUGACCUGGCAGCGGGAUGGCGAGGACCAAACUCAGGACACUGAGCUUGUGGAGACCAGACCAGCAGGAGAUAGAACCUUCCAGAAGUGGGCAGCUGUGGUGGUGCCUUCUGGAGAAGAGCAGAGAUACACAUGCCAUGUACAGCAUGAGGGGCUGCCGAAGCCCCUCACCCUGAGAUGGGAGCCGUCUUCCCAGUCCACCGUCCCCAUCGUGGGCAUUGUUGCUGGCCUGGCUGUCCUAGCAGUUGUGGUCAUCGGAGCUGUGGUCGCUGCUGUGAUGUGUAGGAGGAAGAGUUCAGGUGGAAAAGGAGGGAGCUACUCUCAGGCUGCGUGCAGCGACAGUGCCCAGGGCUCUGAUGUGUCUCUCACAGCUUGAAAAGCCUGAGACAGCUGUCUUGUGAGGGACUGAGAUGCAGGAUUUCUUCACGCCUCCCCUUUGUGACUUCAAGAGCCUCUGGCAUCUCUUUCUGCAAAGGCACCUGAAUGUGUCUGCGUCCCUGUUAGCAUAAUGUGAGGAGGUGGAGAGACAGCCCACCCUUGUGUCCACUGUGACCCCUGUUCCCAUGCUGACCUGUGUUUCCUCCCCAGUCAUCUUUCUUGUUCCAGAGAGGUGGGGCUGGAUGUCUCCAUCUCUGUCUCAACUUUACGUGCACUGAGCUGCAACUUCUUACUUCCCUACUGAAAAUAAGAAUCUGAAUAUAAAUUUGUUUUCUCAAAUAUUUGCUAUGAGAGGUUGAUGGAUUAAUUAAAUAAGUCAAUUCCUGGAAUUUGAGAGAGCAAAUAAAGACCUGAGAACCUUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-601.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -627.32

Frequency: 0.0000

Diversity: 298.29

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((....)))...(((((.(((....))).)))))(((((((((.(((((((((.((((.(((((((...(((((...(((((((((((((((.((((((((...((.(((...(((...((.(((((((((((((((((((((((....)))))(((.((((..((((((.(((((.((..(((((.....)).)))(((....)))))))))))))))).)))).)))(((((.((((((((.((.(..(.((((((.((((..........))))................((((((.(((.....(((......(((((((((((...))))).)))).)).....)))......)))))))))....)))))).)..))).)))))).))..)))))))))))..((((((.(((((((.(((((((........(((......)))........))).))))))...)))))...)))))).......)))).)))))))).))...)))..))))).....)))))))).)))))))..((((..((((((((...((((((.(((.(((((.....(((((.((((((((........)))))...(((..((...(((........)))...)))))...............((((((((((((.(((((((.(.(((....))).))))(((((...((((.((((((((((((..((.(((...))).))....))))).(((......)))..(((((....)))))...))))))))))).))))).((((.......)))))))).))))).....)))))))(((((((....)))).)))(((((.....(.((((.(.(((..(((((((((.....)))))))))..)))).)))).)...))))).))).)))))))))))))..)))))).)))))))).))))((((((....))))))..)))).))))....).))))))))))).)).))))))))))).).)))).)).))....((((((......(((((((((...((((((..((((((.((((((........(((((((((.((((...))))..(((((....)))))))))))))).(((((((.(((.(((((((((.........))))).....))))..))).))))))).....(((..(((((......))))))))).)))))...((.(((.(((((((((((((((..((((((........(((......)))............((((................))))(((((((((......)))))))))))))))....))))))))))...))).)).))).)))))))).))))))..((((((.(((......)))..))))))...........((((((((((((((((........(.((.(((((((..(((.....)))..))))))).)).).))))))))))))))))..)).))))))).)))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

.,,{.,{,{{|...(((((.(((....))).)))))(((((((((.(((((((((.{(((.(((((((,,.(((((,{,((({((({,((((((.((((((((...((.(((...(((...((.(((((((((((((((((((((((....))))){((.((((..((((((.(((((.((..{{{{{..,,,)}.}}}{{{....))}))))))))))))).)))),)),(((((.((((((((.((.(..(.((((((.((((..........))))................((((((.(((...,.(((.....,{{(((({((({...})))).)))).)).....)))..,...)))))))))....)))))).)..))).)))))).))..)))))))))))..((((((.(((((,,.(((((((........(((......)))........))).)))),}...)))))...))))}),......)))).)))))))).))...)))..)))))..,..)))))))).))))))|..((((..{(((((((...((((((.(((.(((((.{{{.{(((({((((((({{,,....|})},,...(((..((.,.,((.,...,.|))),.}}.}}}.....,....|},..((((((((((((.(((((((.(.(((....))).))))(((((...(({((((((((((((((..((.(({...})).))....))))).(((......)))..(((((....)))))...))))))))))).))))),(({{......,))}})))).))))).....))))))){((((((....)))).)))|||,,.....|.{(((.(.(((..(((((((((.....)))))))))..)))).)))),)},,)}))),))).}})))))))))))..)))))).)))))))).)))),(((((....))))))..)))),}})).}},).))}}))))))).)).)}))))))))).).)))).)).))...,||||(({{....(((((((((...((((((..((((((,(((((({{{{,.,,((((((((({((({...})))..{((((....)))))))))))))).((((({{.,{|,|||{{((({.........})))),.,,,))))}}}))})))}}}}....,||,.,(((((......))))))))}.}}}}}...{{.,,,.(((((((((((((((..((((((......,.(((....,.}}}....|.....,.|{,|,.,,{.|.........))),(((((((((......)))))))))))))))....)))))))))),..)})}.}.,}}.}})))))).)))))}.,((((((.(((......)))..))))))...........((((((((((((((((...,.{{,.,,(,{((((((..(((.....)))..)))))))})))),))))))))))))))))..)).))))))).,})))).