Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005526.4
Sequence Length
2134 nt
GC Content
0.6387
CGUUGCAAGAUGGCGGCGGCCAUGCUGGGCCCCGGGGCUGUGUGUGCGCAGCGGGCGGCGGCGCGGCCCGGAAGGCUGGCGCGGCGACGGCGUUAGCCCGGCCCUCGGCCCCUCUUUGCGGCCGCUCCCUCCGCCUAUUCCCUCCUUGCUCGAGAUGGAUCUGCCCGUGGGCCCCGGCGCGGCGGGGCCCAGCAACGUCCCGGCCUUCCUGACCAAGCUGUGGACCCUCGUGAGCGACCCGGACACCGACGCGCUCAUCUGCUGGAGCCCGAGCGGGAACAGCUUCCACGUGUUCGACCAGGGCCAGUUUGCCAAGGAGGUGCUGCCCAAGUACUUCAAGCACAACAACAUGGCCAGCUUCGUGCGGCAGCUCAACAUGUAUGGCUUCCGGAAAGUGGUCCACAUCGAGCAGGGCGGCCUGGUCAAGCCAGAGAGAGACGACACGGAGUUCCAGCACCCAUGCUUCCUGCGUGGCCAGGAGCAGCUCCUUGAGAACAUCAAGAGGAAAGUGACCAGUGUGUCCACCCUGAAGAGUGAAGACAUAAAGAUCCGCCAGGACAGCGUCACCAAGCUGCUGACGGACGUGCAGCUGAUGAAGGGGAAGCAGGAGUGCAUGGACUCCAAGCUCCUGGCCAUGAAGCAUGAGAAUGAGGCUCUGUGGCGGGAGGUGGCCAGCCUUCGGCAGAAGCAUGCCCAGCAACAGAAAGUCGUCAACAAGCUCAUUCAGUUCCUGAUCUCACUGGUGCAGUCAAACCGGAUCCUGGGGGUGAAGAGAAAGAUCCCCCUGAUGCUGAACGACAGUGGCUCAGCACAUUCCAUGCCCAAGUAUAGCCGGCAGUUCUCCCUGGAGCACGUCCACGGCUCGGGCCCCUACUCGGCCCCCUCCCCAGCCUACAGCAGCUCCAGCCUCUACGCCCCUGAUGCUGUGGCCAGCUCUGGACCCAUCAUCUCCGACAUCACCGAGCUGGCUCCUGCCAGCCCCAUGGCCUCCCCCGGCGGGAGCAUAGACGAGAGGCCCCUAUCCAGCAGCCCCCUGGUGCGUGUCAAGGAGGAGCCCCCCAGCCCGCCUCAGAGCCCCCGGGUAGAGGAGGCGAGUCCCGGGCGCCCAUCUUCCGUGGACACCCUCUUGUCCCCGACCGCCCUCAUUGACUCCAUCCUGCGGGAGAGUGAACCUGCCCCCGCCUCCGUCACAGCCCUCACGGACGCCAGGGGCCACACGGACACCGAGGGCCGGCCUCCCUCCCCCCCGCCCACCUCCACCCCUGAAAAGUGCCUCAGCGUAGCCUGCCUGGACAAGAAUGAGCUCAGUGACCACUUGGAUGCUAUGGACUCCAACCUGGAUAACCUGCAGACCAUGCUGAGCAGCCACGGCUUCAGCGUGGACACCAGUGCCCUGCUGGACCUGUUCAGCCCCUCGGUGACCGUGCCCGACAUGAGCCUGCCUGACCUUGACAGCAGCCUGGCCAGUAUCCAAGAGCUCCUGUCUCCCCAGGAGCCCCCCAGGCCUCCCGAGGCAGAGAACAGCAGCCCGGAUUCAGGGAAGCAGCUGGUGCACUACACAGCGCAGCCGCUGUUCCUGCUGGACCCCGGCUCCGUGGACACCGGGAGCAACGACCUGCCGGUGCUGUUUGAGCUGGGAGAGGGCUCCUACUUCUCCGAAGGGGACGGCUUCGCCGAGGACCCCACCAUCUCCCUGCUGACAGGCUCGGAGCCUCCCAAAGCCAAGGACCCCACUGUCUCCUAGAGGCCCCGGAGGAGCUGGGCCAGCCGCCCACCCCCACCCCCAGUGCAGGGCUGGUCUUGGGGAGGCAGGGCAGCCUCGCGGUCUUGGGCACUGGUGGGUCGGCCGCCAUAGCCCCAGUAGGACAAACGGGCUCGGGUCUGGGCAGCACCUCUGGUCAGGAGGGUCACCCUGGCCUGCCAGUCUGCCUUCCCCCAACCCCGUGUCCUGUGGUUUGGUUGGGGCUUCACAGCCACACCUGGACUGACCCUGCAGGUUGUUCAUAGUCAGAAUUGUAUUUUGGAUUUUUACACAACUGUCCCGUUCCCCGCUCCACAGAGAUACACAGAUAUAUACACACAGUGGAUGGACGGACAAGACAGGCAGAGAUCUAUAAACAGACAGGCUCUAUGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-891.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -928.93
Frequency: 0.0000
Diversity: 629.73
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((.((((((((......(((((((((((((((((....))))))((((((.((.((((((((((.(((((((((.......))))))))).((((...))))....)))).))))))..)).))))))((((((((((((((((..((((......))))((((((((......))))))))......((((((((............)))).))))....(((((((...(((...)))...))))))).((((((((((((.(((((((....)))).(.(((((((...((((((.(((.((...((((((((.....))))))))((((.((...(((((...((((.(.....).))))...))))).))))))..))))).))))))...))))))).).....(((((...))))).......)).).))).)))))))))..((((((((....((((((((((((...(((((..((...))..)))))..........(((((((((........)))..))))))....((((.(((..((((........))))))).))))..(((..((........))..)))(((((......)))))..)))))))))))))))))))).......(((((((.((((((.((.((((..((((.((((...((..((((((((.(((...(((((.....((((((.((((...)))).....(((((........))))).....(((((.............)))))))).)))..)))))...((((..((...............))..))))(((.((.....(((((((..((....((((.(((((.......))))).......))))....)).))))))).....))))).))).))))).)))((((((.((.....((......)).....))))))))(((((((((.(((....))).......)))))))))....((.((.(((..((....))..)))..)).)))).))))))))..).))).))...)))))).)))))))..)))))).)))))).)))))))))).)))))........(((((......)))))))).))))).)).)))((((..(((....)))))))......(((((.((.(((((..........))))).))..)))))..(((((.(((((((((..(((.............)))................(((((..(((..(.((((...((.....))...).))))..))).)))))((.(((...((..((((...))))...)).)))..))..((((((((((((((.......)))))...(((((.....)))))..)))))))))))))))))).)))))..))))..(((((((.(((((..(((..((((((((((((((.(((((((.(.(((((((((((((((((((((..((((((..(((((((....(((((((((.......))).((((((.(.(((.((....)).))).).)))))).))))))......(((((((.(..((((((.((.......)).))))))(((((..(((.(((((((((.((((...(((((...)))))((((...)))))))).)))....)))))).)))))))).).)))))))..((........))......)))))))...))))))..)).)).))(((((.....)))))...((((((........))).))))))))))))))))))((......))).))))))).))))))(((((((((((((..((((((.((((((..(((((...(((...((((((.....((((.((((((((...))))..)))))))).))))))...)))...))))))))))))))...))))))((((....)))).....))).)))))))..)))))))))))..)))))...(((.((.(((((((((......(((((((((((.(((((........(((......)))........)))))..))))))....)))))..))))))))).)))))..))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(((((...,.,||||||({{.{(((((((((((((((((((....))))))((((((.((.((((((((((.(((((((((.....,.))))))))).((((...))))....)))).)))))).,)}.))))))..{(({(((,,....}}},.))}....)))).)))|||||}}}.}}),(((({{((({..((((((((.,........,.)))).))))....(((((((...(((...)))...))))))).}}}|}|.|}}}({((((({,..,,}}}}.||{(({{{{...{((((({((({(,...((((((((.....)))))))),,||,,,..,||,||,,,,{{{,{,.,,}),}))}...}}}}},||||}|{{},,}|{||||}}{,.}}||||,((((((.(((((...)))))..........(((((((({.((...,.((((((((....((((((((((((.,{(((((,,.....|)},},}}...{{,,{,..(((((((((.,....,.)))..))))))..,.(((,.,,|},{,{{,}},,..,|||||}}.},,,..,}}}}||,,,,..,,)}..)).(((((......)))))..)))))))))))))))))))).}..)).))))))))){,((((((.((((.(((((((((((,,((..((((((((.(((...(((((,..,.,(({{..((((...}))}.....(((((........))))),|,..((((({..........,,))))},))})})}.}))))...((({..{|........,{,....))..}))}(((.((.....(((((((..((....((((.(((((.......))))).......))))....)).))))))).....))))).))).))))).)))..)))))),......,...,{{{......,,|.((((((....)))))),,..,|{,.......(((((|.(|...(((((((((.........,{({|{{...,))))}(((((..(((((((({((,..((.((((((...(((....)))....)))))).))...))).))...))))))...))))))))))))))..},.}}}}}.,,.{{.((((..{((....))))))).),...||{||,||,(((((..........))))).))..)))))....})),..)))))))).))))..))))))..))))))....,,,...{{{,...|,|,,||||{{{.{{{{{,,{|}.,......,.}|}},}}}}|}}}}}))}.})}}}||,,|||,...||||,{{{{{{|{{.(((((((((|.,{{....)))))))))))).{{((((({{{{.||||{{.||||||.|||||{{{|,|{|{|,|{{{..((((((((((.(((,({{((,.,({,((((((,,,{,.,{,,,(.(({((((,,,,,,|||||||{{,|},|||||{.,|||||||.,.,((((((((({{...{{|||.{(((((.(,(((.({....}).))).),))))))})}})))},.,},|||{{{|.{{.{(((((.((.......)).))))))}||||,.(((.(((((((((.((((...(((((...)))))((((...)))))))).)))....)))))).))),,)))})})||,|||{{,...,{.,..||,...,.}))}))}...)))))},.||.||.|}{((((.....))))}.,,||,,,,...}}}..))))))))))))))),))),))))}}..,,.))))},,)))}))))))|(((((((((({,.,{{{(((.((((((,.,((((.,.(((...((((((.,,..{(((,(((({(((...))))..)))))))),))))))...)))...))))))))))))))..,|||||,{{{{....))))..,.,,)).)))))))}})))))))))))..))}}}..,{{{.{,.(((((((((.,....((((({{((((.(((,({{{{....{{,.......,}........,))))},))}})),,..))))),.))))))))).,,}))}.))))))).,,}.
Back