Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005557.4
Sequence Length
1658 nt
GC Content
0.6098
ACAGCACGCUCUCAGCCUUCCUGAGCACCUUUCCUUCUUUCAGCCAACUGCUCACUCGCUCACCUCCCUCCUUGGCACCAUGACCACCUGCAGCCGCCAGUUCACCUCCUCCAGCUCCAUGAAGGGCUCCUGCGGCAUCGGAGGCGGCAUCGGGGGCGGCUCCAGCCGCAUCUCCUCCGUCCUGGCCGGAGGGUCCUGCCGUGCCCCCAGCACCUACGGGGGCGGCCUGUCUGUCUCCUCUCGCUUCUCCUCUGGGGGAGCCUGCGGGCUGGGGGGCGGCUAUGGCGGUGGCUUCAGCAGCAGCAGCAGCUUUGGUAGUGGCUUCGGGGGAGGAUAUGGUGGUGGCCUUGGUGCUGGCUUCGGUGGUGGCUUGGGUGCUGGCUUUGGUGGUGGUUUUGCUGGUGGUGAUGGGCUUCUGGUGGGCAGUGAGAAGGUGACCAUGCAGAACCUCAAUGACCGCCUGGCCUCCUACCUGGACAAGGUGCGUGCUCUGGAGGAGGCCAACGCCGACCUGGAAGUGAAGAUCCGUGACUGGUACCAGAGGCAGCGGCCCAGUGAGAUCAAAGACUACAGUCCCUACUUCAAGACCAUCGAGGACCUGAGGAACAAGAUCAUUGCGGCCACCAUUGAGAAUGCGCAGCCCAUUUUGCAGAUUGACAAUGCCAGGCUGGCAGCCGAUGACUUCAGGACCAAGUAUGAGCAUGAACUGGCCCUGCGGCAGACUGUGGAGGCCGACGUCAAUGGCCUGCGCCGGGUGUUGGAUGAGCUGACCCUGGCCAGGACUGACCUGGAGAUGCAGAUCGAAGGCCUGAAGGAGGAGCUGGCCUACCUGAGGAAGAACCACGAGGAGGAGAUGCUUGCUCUGAGAGGUCAGACCGGCGGAGAUGUGAACGUGGAGAUGGAUGCUGCACCUGGCGUGGACCUGAGCCGCAUCCUGAAUGAGAUGCGUGACCAGUACGAGCAGAUGGCAGAGAAAAACCGCAGAGACGCUGAGACCUGGUUCCUGAGCAAGACCGAGGAGCUGAACAAAGAAGUGGCCUCCAACAGCGAACUGGUACAGAGCAGCCGCAGUGAGGUGACGGAGCUCCGGAGGGUGCUCCAGGGCCUGGAGAUUGAGCUGCAGUCCCAGCUCAGCAUGAAAGCAUCCCUGGAGAACAGCCUGGAGGAGACCAAAGGCCGCUACUGCAUGCAGCUGUCCCAGAUCCAGGGACUGAUUGGCAGUGUGGAGGAGCAGCUGGCCCAGCUACGCUGUGAGAUGGAGCAGCAGAGCCAGGAGUACCAGAUCUUGCUGGAUGUGAAGACGCGGCUGGAGCAGGAGAUUGCCACCUACCGCCGCCUGCUGGAGGGCGAGGAUGCCCACCUUUCCUCCCAGCAAGCAUCUGGCCAAUCCUAUUCUUCCCGCGAGGUCUUCACCUCCUCCUCGUCCUCUUCGAGCCGUCAGACCCGGCCCAUCCUCAAGGAGCAGAGCUCAUCCAGCUUCAGCCAGGGCCAGAGCUCCUAGAACUGAGCUGCCUCUACCACAGCCUCCUGCCCACCAGCUGGCCUCACCUCCUGAAGGCCCGGGUCAGGACCCUGCUCUCCUGGCGCAGUUCCCAGCUAUCUCCCCUGCUCCUCUGCUGGUGGUGGGCUAAUAAAGCUGACUUUCUGGUUGAUGCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-677.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -706.25
Frequency: 0.0000
Diversity: 707.80
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((..((((((...((.(((..((((.(((((((..((((.(((((((((.(.((((.......(((((..(((((.(((..((((((..(((((((((((((.((((((((.(...(((((.....(((...((((.((.(......).)).)))).)))((((((((((.(((((((((..((((((..(((((((((((.........))))))((((...((((.(((((((((((((((...))))))))((((..((((.(((((.(((.....))).)))))..)))).)))).((((........))))....))))))).))))....)))).(((.((((((((((((((((((((((((((((.((((((((.((((......((((((.(((((.(((((((((.((.(.....).)).)))).))))).))).)).))))))(((((((((.((.(((((.......)).)))))))))))))).(((.((.((........)).)).))))))).)))))))).)))).)))))((((((((...(((....)))....(((((.(.((.....)).).))))).....)))).)))))))))))))))))...)).))))))).............(((((((.(((..(((((((.((((((((.(..((....))..).)))).(((((((((((....)))))).)))))..)))).))).))))))).))))))).))).)).))))))))))))))).))...))))))))........)))))....).))))))))(((.((((.((.....)).).))))))....(((.(.(((((....)))))).)))))))..)))))).......)))..))))))..))))))))..)))))..((((((.....).)))))))))).)))..)))))).)))))))))).....).))))..))).))....(((((..(((...(((.((((((((......))..((((((((...(((....))).....)))..)))))...(((((((.(((.(((((((((.((((((((((.((.....((((((((......))))))))......))...))))))))..)).))).(((((.......(((((((.((.(((((.((((((((.......))))).....))).))))).)).)))....))))..(((..(((((........)))))..))).((((...((((((((((((((..(.((((..(((((.((((..((......))..)).))))))).....((.((((......)))).)))))))..)))))))).))))))....))))..)))))))).))).))))))))))))))))))))))...)))))(((((....((((((((.(((((((((((((((.....)))).......(((....((((....((((((...((((.......(((..((((((((.......(((((((.....)).))))).))).)))))..))).......))))))))))..))))....)))))))))))....))).)))))))).......))))).....)))))).))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,,,.{(,,((((({...,{{{{{,,,.,,,,,,,,,,,,((({.,{(({({{,,(({((({.,({.{{,,((,,((((,,(((.,{((,(((((((,,,,,((((({((((({((,,..{((((,(((.((((..{(({(((((,...(((({{(({..,.)))||,,||||{|||||||||||}.}|||||}}(((((,((((({({.{{...||||||((,....}})))})).,,,((((((((...)))))))),,,.)))))))))))})}|,.,}}|}}}.|||,|,{|,||,}}.)},)}}.}}}}.}})))}.,}))))))),..}))))))))}},|||}||||{{,{{(({(((((({{((({((((,(({{(({(,{((({,,.{.(({(((,({((({{,((((((({(({,{{{..|{||.,|||.}}}},.}}}.}),,,))))|((((((((.((.((((,.......)},)},))))))))))}.,{{.{{.{{{{,.....,}.)),)}),}||,|},,||||{||||{{||||((((,,({.....((.((({{(,...............,.))},,)))),.....}}))}))),)))),,|||||,|..{{{.(({|{,,..,{{{{....,.|}}|||,.))}))})},|}}}|}.,,((({,.{{..,..,|{{|.,...{(((((((({((,...}}|||},|||||..|||,.,}}||||}||||||.((((({{{,{||}}}|||||||}||.|||||{{{...,,.)}}.,,...||||||||||{|||||||||{{.|{|{|||,,{..,,,{{{|||||{{..,(({({((,((,{{{||,,,,{||{(,,,.{{{{..|{{,,..|}},..}((({,.{|||{|{{,..(((,,((((((({.....}.)))))).)..)))}.}),}))).,})))),,......}}|},...})))).)}}}|,,|||,,}}}}}}).,.,|(({(((.........,||,{||||,..({(((,.((({{,{..,,|,|,,||{|||,|||.,.,{.,((((.,{((,({((((((((.((..,,.((((((((......))))))))......})...))))))))..}}.})},,.}}}}.,}...,))}||}}}}}|..}|,|||(((((.......))))),,..,,|||||{||{|{(,((,,||{||||.{||,,|||||.,,.,{{.|||||.|||},|{{,},,}}||.|,}})))|{..((((((((((((..((((.((((....((((......|..((.((((((,(((.((((.......)))),))).)))))).))..,))))...)))).))))..)))),..})))))))})))}}}|||}..}}}})},||||}|,|.||})))},.,|,,,.}}||||.,||}}},}}}))),,,.)),,))))))}.))))}).,..}}}}))))))))}}}},,,|,}}})}))}}}}}}),.)||}}}|,).}},)}})))),|}|||||||},},}},,})),)))})))}.,}}}}}}}}}.}},,,}},.,,},))})),|||,|||{.....}))),}))..,,)))))),))...
Back