Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_005561.4

Sequence Length

2701 nt

GC Content

0.5516

ACGUGACAAGCGCUGCCGGCCGCGGUGUCUUCUUCGUGCCGGCGUCGCAGUGGCCGGGCCUCUUGCGUCUGGUAACGCCGCUGUCUCUAACGCCAGCCCUUGGCGCCCGCGCCCCGCCACCGCAGCGCCCGGCAGUCCGCGGCCCAACCGCCGCCCGCGCCCCCGCUCCCCGCACCGUACCCGGCCGCCUCGCGCCAUGGCGGCCCCCGGCAGCGCCCGGCGACCCCUGCUGCUGCUACUGCUGUUGCUGCUGCUCGGCCUCAUGCAUUGUGCGUCAGCAGCAAUGUUUAUGGUGAAAAAUGGCAACGGGACCGCGUGCAUAAUGGCCAACUUCUCUGCUGCCUUCUCAGUGAACUACGACACCAAGAGUGGCCCUAAGAACAUGACCUUUGACCUGCCAUCAGAUGCCACAGUGGUGCUCAACCGCAGCUCCUGUGGAAAAGAGAACACUUCUGACCCCAGUCUCGUGAUUGCUUUUGGAAGAGGACAUACACUCACUCUCAAUUUCACGAGAAAUGCAACACGUUACAGCGUCCAGCUCAUGAGUUUUGUUUAUAACUUGUCAGACACACACCUUUUCCCCAAUGCGAGCUCCAAAGAAAUCAAGACUGUGGAAUCUAUAACUGACAUCAGGGCAGAUAUAGAUAAAAAAUACAGAUGUGUUAGUGGCACCCAGGUCCACAUGAACAACGUGACCGUAACGCUCCAUGAUGCCACCAUCCAGGCGUACCUUUCCAACAGCAGCUUCAGCCGGGGAGAGACACGCUGUGAACAAGACAGGCCUUCCCCAACCACAGCGCCCCCUGCGCCACCCAGCCCCUCGCCCUCACCCGUGCCCAAGAGCCCCUCUGUGGACAAGUACAACGUGAGCGGCACCAACGGGACCUGCCUGCUGGCCAGCAUGGGGCUGCAGCUGAACCUCACCUAUGAGAGGAAGGACAACACGACGGUGACAAGGCUUCUCAACAUCAACCCCAACAAGACCUCGGCCAGCGGGAGCUGCGGCGCCCACCUGGUGACUCUGGAGCUGCACAGCGAGGGCACCACCGUCCUGCUCUUCCAGUUCGGGAUGAAUGCAAGUUCUAGCCGGUUUUUCCUACAAGGAAUCCAGUUGAAUACAAUUCUUCCUGACGCCAGAGACCCUGCCUUUAAAGCUGCCAACGGCUCCCUGCGAGCGCUGCAGGCCACAGUCGGCAAUUCCUACAAGUGCAACGCGGAGGAGCACGUCCGUGUCACGAAGGCGUUUUCAGUCAAUAUAUUCAAAGUGUGGGUCCAGGCUUUCAAGGUGGAAGGUGGCCAGUUUGGCUCUGUGGAGGAGUGUCUGCUGGACGAGAACAGCAUGCUGAUCCCCAUCGCUGUGGGUGGUGCCCUGGCGGGGCUGGUCCUCAUCGUCCUCAUCGCCUACCUCGUCGGCAGGAAGAGGAGUCACGCAGGCUACCAGACUAUCUAGCCUGGUGCACGCAGGCACAGCAGCUGCAGGGGCCUCUGUUCCUUUCUCUGGGCUUAGGGUCCUGUCGAAGGGGAGGCACACUUUCUGGCAAACGUUUCUCAAAUCUGCUUCAUCCAAUGUGAAGUUCAUCUUGCAGCAUUUACUAUGCACAACAGAGUAACUAUCGAAAUGACGGUGUUAAUUUUGCUAACUGGGUUAAAUAUUUUGCUAACUGGUUAAACAUUAAUAUUUACCAAAGUAGGAUUUUGAGGGUGGGGGUGCUCUCUCUGAGGGGGUGGGGGUGCCGCUGUCUCUGAGGGGUGGGGGUGCCGCUGUCUCUGAGGGGUGGGGGUGCCGCUCUCUCUGAGGGGGUGGGGGUGCCGCUUUCUCUGAGGGGGUGGGGGUGCCGCUCUCUCUGAGGGGGUGGGGGUGCUGCUCUCUCCGAGGGGUGGAAUGCCGCUGUCUCUGAGGGGUGGGGGUGCCGCUCUAAAUUGGCUCCAUAUCAUUUGAGUUUAGGGUUCUGGUGUUUGGUUUCUUCAUUCUUUACUGCACUCAGAUUUAAGCCUUACAAAGGGAAAGCCUCUGGCCGUCACACGUAGGACGCAUGAAGGUCACUCGUGGUGAGGCUGACAUGCUCACACAUUACAACAGUAGAGAGGGAACAUCCUAAGACAGAGGAACUCCAGAGAUGAGUGUCUGGAGCGCUUCAGUUCAGCUUUAAAGGCCAGGACGGGCCACACGUGGCUGGCGGCCUCGUUCCAGUGGCGGCACGUCCUUGGGCGUCUCUAAUGUCUGCAGCUCAAGGGCUGGCACUUUUUUAAAUAUAAAAAUGGGUGUUAUUUUUAUUUUUAUUUGUAAAGUGAUUUUUGGUCUUCUGUUGACAUUCGGGGUGAUCCUGUUCUGCGCUGUGUACAAUGUGAGAUCGGUGCGUUCUCCUGAUGUUUUGCCGUGGCUUGGGGAUUGUACACGGGACCAGCUCACGUAAUGCAUUGCCUGUAACAAUGUAAUAAAAAGCCUCUUUCUUUUUGGGGUGGGCCUUGUCCUUCUGUCAGCUAAAAUGGGAGCUCAUGAGAGAAGGACGUCAGGGAAACGGGGUUGAGGGUGGUCUCGGUGCAGAGAGAAGGGUGUCAGGGAAACGGGGGGUGAGGGUGGUCUUGGUGCCAGACGUAGGGAAUGGUGUUGGGAGUGGCCCGAGUGCCUGGCACAGUUGUCUGGUUCAUUCAUGUAACAUGAUAAUUUUUAAAUCAUUAAAAAAAUUACCUUUCAUACAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-1028.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -1077.91

Frequency: 0.0000

Diversity: 789.88

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((...(((.....((((((((...........(((((((((.((.(((((.((((.....(((...((...((((((((.(......).))))....))))))))))))).))))).)).))).))))))..))))))))....))).(((.(((((.((((((((.(((((((.((((((((((.........))))))).((((((((((.(((((......((....))...)))))..)).))))).)))((....(((((((((....))).))))))....)).......(((((.(((((((((.(.(((.....((...((((((((..(((((((...((((((.(((((((.((...((((((((...((((....((....((((.......((((((.(.(((......))).)..)))))).......(((((.((((..((((((((..(((((..(((((((.(((........)))..((((........))))...((((.((.....(((.....))).....)).))))......((((.((....................)))))).))))))).))))))))))).)).(((((((.(((.(......)))).)))))))........)))).)))))((((((((((.((((.((.........))))))...(((((....((((....))))..)))))(((((((..(((((.((((((.((((((((((.....((((.......))))..............((((((((((.(((((.((((.(((((((....((.(.((((((....(((((((.(.(((((............((((((((..((...(((.((((((((((((..(((((.((..(.(((..((((....))))..((((.....(((....)))......))))))).)..)).))))).......)).))))))))))((((.(((((((.....))))...))).))))...(((.(((((((((.(((((((.....((((((((((((.((((....((((.(((.((...(((((...))))).)).)))))))...)))).)))))).((((((((((((((......((((((..(((((((((((((.((((((.(((((......))).....)).).)))))..))))).))))).)))..(((((.....(((.......)))............(((((.(.(((((((....((((((..(((((((.((.((((((.((((.(((..((.(((((........))))).))...)))))))....((((((((((...(((.((((.....)))).)))....))))))))))(((.((.....)).))))))))).)).)))))))...)))))))))))))).))))).))))).))))))))))))((((((...(((((..(.(((((...))))).)..)))))))))))....)))))))).................(((((((.....)))))))..........((((.....))))....(((((((((.((((......))))))).))))))...)))))).((((.((((((((...((((...............)))).))))))))))))))))))).))))))))).))))))...))..)))))))))))))).)))))))..)))))).).))....)))))))))))))))).((((((((.((((((((((.(.(.(((((((((...))))))))).).).)))))))))).))))))))))))))))))))))))))...)).))))..)).)))))....)))))))..))))))))))......))))..))..)))).....)))))))))))))))))))))))............((((((.........((((((((...(((...(((((..((.(((........)))))..).))))..)))...))))))))......((((((...((((...((((((.((((.((((((..(((((((((...((((((((..((((((((((((.....((.(((((.....((((......))))......))))))).....)))))))).....))))((((((((((................))))))))))...((((((..((((.(((((((((.....))))))))).)))).....))))))))))))))))))))))).......)))))).)))).))))))....))))...))))))....(((((.(((((....(((.......)))..))))).))))).((((((((.(((......(((((((.......)))))))......(((((((((((((..(((.....))).((((((((.((((((........)))...))).))))))))...))))))).)))))))))..)))))))))))))).)))))))..).)))))))...))..))).).))))))))).)))))......))).))))))).))))))))...).))))..))).(((....)))......))))))...((((((((((((..........))))))))....)))).....

Thermodynamic Ensemble Prediction

..((((...(((.(((((({{((((........}))}))))))).))).(((((((((({{(,{((,,,.,||},.((((((..,,({(((((((.{(((,{{{(({.((({..,{|...,)}.))))..))).|{|,,,((({({{..(((((((.((((((({,((((.((((({,.{{{(((((((.........)))))))..,(((((((,.,((,,..,,.,}}}}}})}...,}||(((({({|||.,{|{((..,.(((((((((....)))}))))))....)))},....|||||}||||,,|||}}}|....,|||{..,(((((({{,{(({((({,({({{{{{.{{|||{.|||,.,(({{{(((...,,{,....{{....{|||,..,...((((((.({(((......))).),.))))))....{,,({(((.((((,{((({{(((,,(((({.,,{(((((.(((........)))..|||{.,..,,,,))))...{{...{({{....||}}...}||.,,{{(((,{{,,,,,|,|}|||,,,..........,{{{,,,...|,|||||}}}}}}.,}}}}}}}))|,)).(((((((.(((.(......,))).)))))))........|}}}.))))){((((((({{.(((||{{.........)))))),..{{{{{....{(((,,..}}}}..))))){{{{{||,.{|||{,|||{{,||{|||||||||,,.|{|||,....,,))||{{,,.{{{{,....((((((((((.(((((.((((.(((((((....((,(.((((((....(((((((.{.((((,...........{((((((((..((...(((.((((((((((((..(((((.((..{.(({..((({....|}}),|({{{.....(((....)))......))))))).,..)).))))).......}}.)))))))))){(((,(((((((,....})})...})).}))).,.(((.(((((((((.((({(((.,...{(((((((((((.((((....((((.(((.((...(((((...))))).)).)))))))...)))).)))))}.((((((((((((((......((((((..(((((((((((((.((((({.(((((......))}....,)).}.)))))..))))).))))).)))..(((((.....(((.......)))............(((((.(.(((((((....((((((..(((((((.((.(((((({{(((.(((..((.(((((........))))).))...))))))).|||{{(((({{{(|,,,{{,((((,.{{,,,.,,}))})},}}}})))}}}|||,||}}},,),.,,))))))).)).)))))))...)))))))))))))).))))).))))).))))))))))))((((({...(((((..(.(((((...))))).)..)))))))))))....)))))))).................(((((((.....))))))).....,||..((((.....))))....(((((((((.((((......))))))),})))))...)))))}.,{((.((((((((...((({.{{,........})})))).)))))))),}}}))))))).))))))))).))))))...))..)))))))))))))}.)))))))..)))))).}.}}....}))))))))))))))).((((((((.((((((((((.(.(.(((((((((...))))))))).).).)))))))))).)))))))))))))))))),||||||,|{|||||||}..}),)))}),,,.))))))}|,)))})))|||{{,,..}}|},,,,..,,,..,},}))))))))||||||||}}||},,............{{||||,,|||,,..{(((((((...(((...{{||{.,((({((,{,,,..,|||}}..}..})),.))),,.))))))))......((((((...((({.{{((((({.((((.((((((..{((,((((..(((((((.{....|.)))))))..)))}.||{((((....{{((((((({,.|(((,,.,,,}||}}|{,|||.|}}.,,.),))).}},,((((((((((.........,...}..)))))))))),,.((((((..((({.((((((((({,..,}}}}))))),)))),..,.))))))..}))))))))),,)))},.....)))))).)))).,)))},,}})))))...))))))...,{({((,({((({{({{,.....,|{|||,,}|}}},||}}}.}}|,|}}|,||}}},,,.(((((((.......))))))).....,,((({,{{{{{,...)))).))))}},((((((((.((((((........)))}..})).))))))))),,}))},}}})})))))}))}))})))})))))))})))))))}}),)}))))...,))))))).))))))).)))).))).},},,})))..))))))))))))))))..)}),)))}))),}|{{{|||,,|{{{,.,|,||.,,),,))||||(((({,....,}}}))},,,,,....}}}}.....