Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005566.4
Sequence Length
2241 nt
GC Content
0.4181
GUGCUGCAGCCGCUGCCGCCGAUUCCGGAUCUCAUUGCCACGCGCCCCCGACGACCGCCCGACGUGCAUUCCCGAUUCCUUUUGGUUCCAAGUCCAAUAUGGCAACUCUAAAGGAUCAGCUGAUUUAUAAUCUUCUAAAGGAAGAACAGACCCCCCAGAAUAAGAUUACAGUUGUUGGGGUUGGUGCUGUUGGCAUGGCCUGUGCCAUCAGUAUCUUAAUGAAGGACUUGGCAGAUGAACUUGCUCUUGUUGAUGUCAUCGAAGACAAAUUGAAGGGAGAGAUGAUGGAUCUCCAACAUGGCAGCCUUUUCCUUAGAACACCAAAGAUUGUCUCUGGCAAAGACUAUAAUGUAACUGCAAACUCCAAGCUGGUCAUUAUCACGGCUGGGGCACGUCAGCAAGAGGGAGAAAGCCGUCUUAAUUUGGUCCAGCGUAACGUGAACAUCUUUAAAUUCAUCAUUCCUAAUGUUGUAAAAUACAGCCCGAACUGCAAGUUGCUUAUUGUUUCAAAUCCAGUGGAUAUCUUGACCUACGUGGCUUGGAAGAUAAGUGGUUUUCCCAAAAACCGUGUUAUUGGAAGCGGUUGCAAUCUGGAUUCAGCCCGAUUCCGUUACCUAAUGGGGGAAAGGCUGGGAGUUCACCCAUUAAGCUGUCAUGGGUGGGUCCUUGGGGAACAUGGAGAUUCCAGUGUGCCUGUAUGGAGUGGAAUGAAUGUUGCUGGUGUCUCUCUGAAGACUCUGCACCCAGAUUUAGGGACUGAUAAAGAUAAGGAACAGUGGAAAGAGGUUCACAAGCAGGUGGUUGAGAGUGCUUAUGAGGUGAUCAAACUCAAAGGCUACACAUCCUGGGCUAUUGGACUCUCUGUAGCAGAUUUGGCAGAGAGUAUAAUGAAGAAUCUUAGGCGGGUGCACCCAGUUUCCACCAUGAUUAAGGGUCUUUACGGAAUAAAGGAUGAUGUCUUCCUUAGUGUUCCUUGCAUUUUGGGACAGAAUGGAAUCUCAGACCUUGUGAAGGUGACUCUGACUUCUGAGGAAGAGGCCCGUUUGAAGAAGAGUGCAGAUACACUUUGGGGGAUCCAAAAGGAGCUGCAAUUUUAAAGUCUUCUGAUGUCAUAUCAUUUCACUGUCUAGGCUACAACAGGAUUCUAGGUGGAGGUUGUGCAUGUUGUCCUUUUUAUCUGAUCUGUGAUUAAAGCAGUAAUAUUUUAAGAUGGACUGGGAAAAACAUCAACUCCUGAAGUUAGAAAUAAGAAUGGUUUGUAAAAUCCACAGCUAUAUCCUGAUGCUGGAUGGUAUUAAUCUUGUGUAGUCUUCAACUGGUUAGUGUGAAAUAGUUCUGCCACCUCUGACGCACCACUGCCAAUGCUGUACGUACUGCAUUUGCCCCUUGAGCCAGGUGGAUGUUUACCGUGUGUUAUAUAACUUCCUGGCUCCUUCACUGAACAUGCCUAGUCCAACAUUUUUUCCCAGUGAGUCACAUCCUGGGAUCCAGUGUAUAAAUCCAAUAUCAUGUCUUGUGCAUAAUUCUUCCAAAGGAUCUUAUUUUGUGAACUAUAUCAGUAGUGUACAUUACCAUAUAAUGUAAAAAGAUCUACAUACAAACAAUGCAACCAACUAUCCAAGUGUUAUACCAACUAAAACCCCCAAUAAACCUUGAACAGUGACUACUUUGGUUAAUUCAUUAUAUUAAGAUAUAAAGUCAUAAAGCUGCUAGUUAUUAUAUUAAUUUGGAAAUAUUAGGCUAUUCUUGGGCAACCCUGCAACGAUUUUUUCUAACAGGGAUAUUAUUGACUAAUAGCAGAGGAUGUAAUAGUCAACUGAGUUGUAUUGGUACCACUUCCAUUGUAAGUCCCAAAGUAUUAUAUAUUUGAUAAUAAUGCUAAUCAUAAUUGGAAAGUAACAUUCUAUAUGUAAAUGUAAAAUUUAUUUGCCAACUGAAUAUAGGCAAUGAUAGUGUGUCACUAUAGGGAACACAGAUUUUUGAGAUCUUGUCCUCUGGAAGCUGGUAACAAUUAAAAACAAUCUUAAGGCAGGGUGCAGUGGCUCAUGCCUAUAAUCCCAGCACUUUGGGAAGCCCAGGUGGGCUGAUCACUGGAGGCCAGGAAUUGGGGACCAGCCUGGCCAACACAACAAAACCCCAUCUGUUAAAAAAACAAAACAAAACCAAAAAAAACAAGUAACCUUGGUGGAUGUCUACUCAAGUUUUCUGCACAUUUUUCUGAAAAUACAACUGUGACCCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-608.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -653.28
Frequency: 0.0000
Diversity: 705.91
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((.((((((((.(((....))).(((((..(((((..(((((((((((((((.....))).......(((.(((((.(((((((.........))).))))..))))))))..(((........((((((...))))))..........)))............))))))))))..(((((((.((((((.....)))))).)))))))...(((..(((((....(((((..(((.(((((((((((((...((.((((((.(((((((((((((((.(((....))).)))......))))))))).......)))...)))))).))(((...((......))...)))...(((((.((((..........))))))))).))))))))))))).))).....)))))......)))))..)))...((((((.((((....(((((..(((((...((((((...))))))...((((...))))(((((((.((((((..(((((((..........)))).))).)))))))))))))((((((....))))))....((((.....(((((.((((((((...(((((...(((((((....)))))))....)))))(((.(((((((((.........))))))))))))...((.(((((....((((((.....((.....))..))))))..))))).))((.((((......)))).))....)))))))..).))))).....)))))))))..))))))))).))))))..))..))))))))))((((((.((((.........)))).)))).))........)))(((((.(((((((((..........))))))))).)))))..........))))).))))..................((((((((.....(((((((((((........)))))..))))))((.(((((((...))))))).))..(((((((((...))))....)))))(((((.....)))))...((((..(((((((((((((...((((..(((.(((((..(((((((..........)).)))))(((..((((..(((..(((((((((....((.(((((((((((.(..(((...((.(((((.((((.(((((((...((((.......))))..........)))))))..))))..)))))))...)))..).))))).......((((((.((.......)))))))))))))).)))))))))))...)))..))))..)))........(((((.(((............)))..)))))(((((.((((((((((.((....)).)))))(((((...((((((((.((.(((.((........)).))).)).)))))))).......(((...(((((((...(((((...((((((.((......))))))))...)))))................((....(((((............(((((((.........(((((....))))).(((((((.....)))))))..)))))))...........)))))....))..(((((((..((((..(((((.......(((......)))....((((((.......(((((.......))))).......))))))........)))))..))))...)))))))...)))))))..)))..))))).(((((....((.....))...)))))......(((((((...(((.....)))..))))))).((((((((((((.(((((((((((.........((((((((((((..........))))))))........))))..(((.((((.((((..((((((.....))))))(((((...........)))))..)))).)))).)))...((((.((.((((((...)))))))))))).)))))).))))).)))).....)))).)))).))))))))))...(((....))).....((((((....))))))....((((((((........((..(((((((..((((...)))))))))))..)).........)))))))).............................((((....)))).))))).)))....))))..)))))))..))))))..))))........))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
({((((((,((.((((({(((.{{{{{{,,,,{,,{((({,{,,.((((((.((((((((({{{,{{,,,,({({,{({,,|,||{{(((((({{.,,.,||,||||,.,,||}}||.||{|,||,.,,.((((((...))))))...{{{{((,,,.{{({{.......,)))))))))}}(((((((.((((((.....)))))).)))))))...,,{..|||||}||.{({({..(((.((((({{((((((,..,,.,|||{{.{{{|{|{|{({{(((.(((....))}.))}.,,,,{|}|||||}}..,,,,,,,|,,,}}|||}|||({{..,((......||,,,|||...{(((,,((((,.........|}|||}}}}.}}}|}}}}}}))},)}}...,})})}},....,))})),}),,...{{(({,.........}}}|}..,,......{{{|{|...}}))))..,,.,|||,})))|||||||}|||{,,..||||,||}},,,,},.,},,,.,)),}}}}}}|||}}}|({((({.,..}}}}}}}|,}}.,,}}}}}}))))}}|,,,|||..,(((((...(((({({....,})))))}},.)))))|||,|||||||{{...,,,}},,,))))))))),)))))).{({({{{.,,||||,|,|{({{{{{{,,|{|||,}}|{||||||{|||,({{({{,{{,|},,{(({....))))}},,||||{{,..........|,,{{{||||{||{,((|,|,{{{{(({,{{({(({..((((((.((((.........)))).)))).},{((((((..((((((({(((((((((..,.....,,)))))))))....,{,,,..,|||,({{{((({{,..{,{,...||||.,,,,,,{||{|{|,,..(((((((((((........)))))..)))))){(.(((((((...))))))).)}..,,||||||||,,|||}}|.,{||,.{{||,,}},.})))},}}|||,{{{{{((({(((((...,.{((((({,..|))}}}|||,,||}},.,,,,..,,}))))|||||...,,})}}},|||,|,,,(((((((,,(((((((((((.(..(((..,({.(((((.((((.(((((((...((((.......))))..........)))))))..))))..))))))),,.)))..).))))).......{((({{{{{.....,,)}}}}}}}.,,.{{{{{{{,..,)))}}}}})))))))))))))....,,|({{{(,(((.........,..}}}..)))}}|||||.|||||{((((.((....)).))))|(((((...((((((((.((.(((.{(,.....}.,).))).)).)))))))).......{{{...(((((((...(((((...((((((.((......))))))))...)))))................|,.,||{((({............(((((((....,{{,.(((((....))))).||||(((.....,}}})))..)))))))...........))))}....,...(((((((..((((..(((((.......,,,......}}}....{(((((,...,}}|||,|.,.,,,,||}},.,}},,,|}}},,...}}}..)))))..))))...)))))))...)))))))..}}}..))))),(((((....((.....))...))))).......,,,||}}}}}|..}}}}))).,),,))))}},|,||||,|||,.|||,|||||}}}}}.,,}}}}..((((((((.{.....}},))))))))..,{{...,|||..|||||}|||}{{{{{,,,,||}},..)}))))}},))}},}..,}}}})))},..((((((...)))))).(((,{((.((((({...})))))))))))})))))}.)))),.,,,}.....,,,,.,}},.))))))))))}}}(((....))).....((((({....}))))),,,,({{{{|||,|......((..(((((((..{(((...)))})))))))..)).........))))}}}|,,.............................{{..,.{(((((((....)))).)))),},,))}}}}..,},,.,,.,,,......,}}},,.,...
Back