Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_005567.4

Sequence Length

2202 nt

GC Content

0.6117

AUACUGGGAGAGGCUUCUGGGUCAAAGGACCAGUCUGCAGAGGGAUCCUGUGGCUGGAAGCGAGGAGGCUCCACACGGCCGUUGCAGCUACCGCAGCCAGGAUCUGGGCAUCCAGGCACGGCCAUGACCCCUCCGAGGCUCUUCUGGGUGUGGCUGCUGGUUGCAGGAACCCAAGGCGUGAACGAUGGUGACAUGCGGCUGGCCGAUGGGGGCGCCACCAACCAGGGCCGCGUGGAGAUCUUCUACAGAGGCCAGUGGGGCACUGUGUGUGACAACCUGUGGGACCUGACUGAUGCCAGCGUCGUCUGCCGGGCCCUGGGCUUCGAGAACGCCACCCAGGCUCUGGGCAGAGCUGCCUUCGGGCAAGGAUCAGGCCCCAUCAUGCUGGAUGAGGUCCAGUGCACGGGAACCGAGGCCUCACUGGCCGACUGCAAGUCCCUGGGCUGGCUGAAGAGCAACUGCAGGCACGAGAGAGACGCUGGUGUGGUCUGCACCAAUGAAACCAGGAGCACCCACACCCUGGACCUCUCCAGGGAGCUCUCGGAGGCCCUUGGCCAGAUCUUUGACAGCCAGCGGGGCUGCGACCUGUCCAUCAGCGUGAAUGUGCAGGGCGAGGACGCCCUGGGCUUCUGUGGCCACACGGUCAUCCUGACUGCCAACCUGGAGGCCCAGGCCCUGUGGAAGGAGCCGGGCAGCAAUGUCACCAUGAGUGUGGAUGCUGAGUGUGUGCCCAUGGUCAGGGACCUUCUCAGGUACUUCUACUCCCGAAGGAUUGACAUCACCCUGUCGUCAGUCAAGUGCUUCCACAAGCUGGCCUCUGCCUAUGGGGCCAGGCAGCUGCAGGGCUACUGCGCAAGCCUCUUUGCCAUCCUCCUCCCCCAGGACCCCUCGUUCCAGAUGCCCCUGGACCUGUAUGCCUAUGCAGUGGCCACAGGGGACGCCCUGCUGGAGAAGCUCUGCCUACAGUUCCUGGCCUGGAACUUCGAGGCCUUGACGCAGGCCGAGGCCUGGCCCAGUGUCCCCACAGACCUGCUCCAACUGCUGCUGCCCAGGAGCGACCUGGCGGUGCCCAGCGAGCUGGCCCUACUGAAGGCCGUGGACACCUGGAGCUGGGGGGAGCGUGCCUCCCAUGAGGAGGUGGAGGGCUUGGUGGAGAAGAUCCGCUUCCCCAUGAUGCUCCCUGAGGAGCUCUUUGAGCUGCAGUUCAACCUGUCCCUGUACUGGAGCCACGAGGCCCUGUUCCAGAAGAAGACUCUGCAGGCCCUGGAAUUCCACACUGUGCCCUUCCAGUUGCUGGCCCGGUACAAAGGCCUGAACCUCACCGAGGAUACCUACAAGCCCCGGAUUUACACCUCGCCCACCUGGAGUGCCUUUGUGACAGACAGUUCCUGGAGUGCACGGAAGUCACAACUGGUCUAUCAGUCCAGACGGGGGCCUUUGGUCAAAUAUUCUUCUGAUUACUUCCAAGCCCCCUCUGACUACAGAUACUACCCCUACCAGUCCUUCCAGACUCCACAACACCCCAGCUUCCUCUUCCAGGACAAGAGGGUGUCCUGGUCCCUGGUCUACCUCCCCACCAUCCAGAGCUGCUGGAACUACGGCUUCUCCUGCUCCUCGGACGAGCUCCCUGUCCUGGGCCUCACCAAGUCUGGCGGCUCAGAUCGCACCAUUGCCUACGAAAACAAAGCCCUGAUGCUCUGCGAAGGGCUCUUCGUGGCAGACGUCACCGAUUUCGAGGGCUGGAAGGCUGCGAUUCCCAGUGCCCUGGACACCAACAGCUCGAAGAGCACCUCCUCCUUCCCCUGCCCGGCAGGGCACUUCAACGGCUUCCGCACGGUCAUCCGCCCCUUCUACCUGACCAACUCCUCAGGUGUGGACUAGACGGCGUGGCCCAAGGGUGGUGAGAACCGGAGAACCCCAGGACGCCCUCACUGCAGGCUCCCCUCCUCGGCUUCCUUCCUCUCUGCAAUGACCUUCAACAACCGGCCACCAGAUGUCGCCCUACUCACCUGAGCGCUCAGCUUCAAGAAAUUACUGGAAGGCUUCCACUAGGGUCCACCAGGAGUUCUCCCACCACCUCACCAGUUUCCAGGUGGUAAGCACCAGGACGCCCUCGAGGUUGCUCUGGGAUCCCCCCACAGCCCCUGGUCAGUCUGCCCUUGUCACUGGUCUGAGGUCAUUAAAAUUACAUUGAGGUUCCUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-907.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -949.64

Frequency: 0.0000

Diversity: 575.46

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

....((((((((.((((((((((....))))...((....))(((((((..((.(((((((..(((((.....((.(((((((((.......)))(((.((((......)))).))))))))).))...)))))(((((((...(((((....((((.....))))..))))).((.((((.....((((((((..((.((((((.(((((((((((((.....(((((((((.(...((((((((((.(((((((.(((((((((..((......(((((((((...((((..(((((.(((.((.(((..((...((((((((((....(((.(((((..(((((((((((((((....)))(((((((.((((........(((((.(((((((((....(((...))).((((.....))))((((...))))((((.(...(((....)))...).))))...............(((((((..(((.((..........)).))).)))))))))))))))))))))((.(((......)))))..)))).))))))).....((((((((((..(..(((((((((..(((((...(((((((((((((....((((((((((((((((.....(((((...)))))))))...)))))))))))).((((.((.(((((...(((((.......(((.((((...((.(.((((.((((....)))).)))).).))..))))))).((((.......))))(((((((..((...))..)))))))....((((....)))).((((((.......))))))((((.((.((((.....))))))..))))..)))))...))))).)).))))...))))))(((((......))))))))))))...))))).))))..))))).)..))))))))))...)))))))))..)))..)))))..)))...))))))))))....)).))).)))))))))).)))))).)))))))...((((((....((....))...))))))))...))))))))).....)))))))))...(((((..(((((.((((((((((((((((((...((((((.....))))))((.((((.(.((((.((((.....)))).)))).).)))))).((((.(((((((((((((..........(((((..(((((((.(((....))).......((((.......))))((((((.(((....)))...((((((...((((...))))...))))))..))))))..((((...)))).........((((((((((((.......(((((...((((.(((...((..(((.((((((.(((((((...(((.((....((((((.((((((((.(((.((((((..((((.....((.((....)).))...)))))))))))))))))...))))........))))))....((((...(((..((((((.....((((.....)))).....))))))..)))...))))...)).))).)))..)))))))))))))..))...)))..))))........(((((.......))))))))))......)))))))).))))..(((((((((...((((.(((((....((((((..(((...))).))))))..(((((((....)))).)))))))).)))).....)).))))))).)))))))...)))))....))))))))))))).))))...)))))))(((((....)))))......)))).))))...)))..))))).))))).((((((........)))))))))))..)))).)))))))))...))))))).....((((((.....((((.(((......(.(((....))).)..))).))))...))))))......)))))).....))))))))..))))))))....)))))))))).)))..((((.((......)).))))))))))))))))))))..))))))))))))))..(((((((((((...((((.((((.((((((((..(((.....))).(((.((((.....)))).))).))))))..)).))))))))..))))))..))))).........................

Thermodynamic Ensemble Prediction

....((((((({{((((((({{....(((((.((((((((((({.......{{..(((((((((((((.((((((.(((((((((((((.((((.((((((((((((.({.,|,(({..,|||..}...((((((((((((,,((({.,((({((,({((((({.{(..((((.(((..{..(((((....))).)).,..)))..))))..},||,.}},||||||}}||(((((,...,))))).,.((((((((((((.(({{{{{{..,..,.,(((((.(((((((..((((,(,({.,(((((({((.((((((...((....))...)))))),})}.)))))),,,)),,...)))).)).))))).)))),...(((((((...))))))),}}|||...)}}}})))))))))))),,||,,.,)})||||}|.}}||{....,)),,})})))}}}},{(((.{.{.,.(((((((..(((.((..,,....,,)).))).)))))))..},.,))))))))))))).))))))))....)),)))))))}},}...))..))))))))))))),(((.((({{...,}.,)).))}(((((....))))){((((((((({(({....,(((({...})))))))}.},,))))))))))))).)))))).((((((..((((...{(((.,,..({(.(.(((.((((.({(((((,,,.,((,{((((((((,,..||||.((((.......))))(((((((..({...})..)))))))..((((({{|.....((((((((.......))))))))(((({,(((({...,||||{((((((.({{{{((.{(((({(({,,{{||...|||,(((((((..(((...(((.(((((.((....((.....((((((((....))))).)))....))...)).))))).))).))))))))))....|((((({{.,..,,},))))))))|(((((((((((.,........((((...{{(,.(((({{{(((.....)))))))))},.}}).)))).((((........))))).)))))}}))).))}||||||||....}}}}}}..))))))))))}}}}}}}}((((.((((.....)))).)))){{.(((((....)))))||.,,{||||}},|}....}}})},,}}||,|(((,{(({{{,(({((((,..{(((.,....,))))))))))||||,..,}||,...{{{{.,||{|||..{{||,,|,|}||||{{((({{...,,,,..{||||..........,,,,,||,,.....}}}}|,,,....||}).))}}))))}.|,|.}))},.)))})}.))}}|||}|.}},.{(((((,({{{((({{(((.((((((..((((.....{{.((....)).}}...)))))))))))))))))..,)))}....,...))))}|,.,.||,|,,,,}|,.|}}},,}))).})).}}},.,}))}}.(((((((((((((((.(((((,{,{{,{|{{||,.{(({(,((,({(((,|...((((({.(((.((.(((((({,({{,,.,{,|}||(((||,...||}.}.}})).))))),{((((.((..{((((.(((((.....((((((..(((...))).)))))).)))))))))}..))...))))))))))))).)))}))))).,.)),|}))})).))))}......,,||||||,)))).....,,.....|||(((|,.,}})))},......,((|,.}|||.|{(((,(((((......,((((((........)))))))})))...)})))})}))))...}))}))}}}).})))).))...))))))))))))).)))).)))))))))))))}}))))).,))})))))))..)))...........(((.{(.....)).))).........{((((.....))}}},.}.......(((({...})))}.}}}))))),)))))))))))))))..(((((((((((...((((.((((.((((((((..{{{.....}}|.(({.((((.....)))).))).))))))..)).))))))))..)))))}.,))))).........................