Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005604.4
Sequence Length
4885 nt
GC Content
0.4671
AGAGAGCUGGAGAGAGCAGGGAGAGGGGGGAGCGCCGAGCUAGUCAGAGAGUGAGCGAGAGCGAGAAGGAGGGAGAGGAGGAGAAAGAGAGCGAGGGCGGGCGGGAGGCGGCGGCGGCGGCAGCAGCAGCAGUAAUAGCAGGAGCAGCAACAGAAGGCGUCGGAGCGGGCGUCGGAGCUGCCCGCUGUGGGAGAGAGAGGAGACAGAAAGAGCGAGCGAGGAGAGGGAGCCCGAGGCGAAAAAGUAACUGUCAAAUGCGCGGCUCCUUUAACCGGAGCGCUCAGUCCGGCUCCGAGAGUCAUGGCGACCGCAGCGUCUAACCACUACAGCCUGCUCACCUCCAGCGCCUCCAUCGUGCACGCCGAGCCGCCCGGCGGCAUGCAGCAGGGCGCGGGGGGCUACCGCGAAGCGCAGAGCCUGGUGCAGGGCGACUACGGCGCUCUGCAGAGCAACGGACACCCGCUCAGCCACGCUCACCAGUGGAUCACCGCGCUGUCCCACGGCGGCGGCGGCGGGGGCGGUGGCGGCGGCGGGGGGGGCGGGGGCGGCGGCGGGGGCGGCGGCGACGGCUCCCCGUGGUCCACCAGCCCCCUGGGCCAGCCGGACAUCAAGCCCUCGGUGGUGGUGCAGCAGGGCGGCCGCGGAGACGAGCUGCACGGGCCAGGCGCCCUGCAGCAGCAGCAUCAGCAGCAGCAACAGCAACAGCAGCAGCAACAGCAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACAGCGGCCGCCGCAUCUGGUGCACCACGCCGCUAACCACCACCCGGGACCCGGGGCAUGGCGGAGCGCGGCGGCUGCAGCGCACCUCCCACCCUCCAUGGGAGCGUCCAACGGCGGCUUGCUCUACUCGCAGCCCAGCUUCACGGUGAACGGCAUGCUGGGCGCCGGCGGGCAGCCGGCCGGUCUGCACCACCACGGCCUGCGGGACGCGCACGACGAGCCACACCAUGCCGACCACCACCCGCACCCGCACUCGCACCCACACCAGCAGCCGCCGCCCCCGCCGCCCCCGCAGGGUCCGCCUGGCCACCCAGGCGCGCACCACGACCCGCACUCGGACGAGGACACGCCGACCUCGGACGACCUGGAGCAGUUCGCCAAGCAGUUCAAGCAGCGGCGGAUCAAACUGGGAUUUACCCAAGCGGACGUGGGGCUGGCUCUGGGCACCCUGUAUGGCAACGUGUUCUCGCAGACCACCAUCUGCAGGUUUGAGGCCCUGCAGCUGAGCUUCAAGAACAUGUGCAAGCUGAAGCCUUUGUUGAACAAGUGGUUGGAGGAGGCGGACUCGUCCUCGGGCAGCCCCACGAGCAUAGACAAGAUCGCAGCGCAAGGGCGCAAGCGGAAAAAGCGGACCUCCAUCGAGGUGAGCGUCAAGGGGGCUCUGGAGAGCCAUUUCCUCAAAUGCCCCAAGCCCUCGGCCCAGGAGAUCACCUCCCUCGCGGACAGCUUACAGCUGGAGAAGGAGGUGGUGAGAGUUUGGUUUUGUAACAGGAGACAGAAAGAGAAAAGGAUGACCCCUCCCGGAGGGACUCUGCCGGGCGCCGAGGAUGUGUACGGGGGGAGUAGGGACACUCCACCACACCACGGGGUGCAGACGCCCGUCCAGUGAACUCGAGCUGGGGGAGGGGCAGAGCGCGGGGCUCCCCCUCCCCUUCGGUCCUUGGCCCUUUCCCGGCCCUCUUGUUCCCUCUCUAACUUCUGAUUGUUCUUUUAUUUUUAAUUAUUAUUUCCCCGUCCCUUAAAAAGACAAAAAAAAUAAGGCAAAAGGAAAGCAACUAAGACACUGGACUAUCCUUUAAAGGUAGCAGGUGUAAUGAUGUGUUUUGACCUUUGCAGGCGAGUAACCAGGCAAUGGAGUGGAGUGUCUCCUGGAGAGAGUGAGGAGAGUGUGUGAUAGCUAGAAAGAGAGAGAGACAGAGAGAUGGCAAGCACUGAGAUAAAUACCUGGCAAAACUAAAUAAAUUACCAAAAAGGAAAAAAAAUCCACCAAACCAUGAUAAACACAAAAUGCAGCUUCCUGAUGCUUAGAGUUGGCACAUGCUGCUGUGUUUAUUUAUUGUGGAUUCCCAUCAGGAAAGAGGAAAAAAUACACAUGUUCUUUCAUAUAGGCAAAAUUUAACCACAUAAAUUUGCACUGCAAGAAAAUUGAAGUUUACGUGAACAAAUUCAUGAGCAUAUUUUCUCUUUCUCCCCACCGUUAAUUUGGGAGUUGCCGUUUUGGGGGAUUUUGUUUUGCUUUGCUUUAUUCAUCGGAGAGAGUUGAAGCCAGCUCUUGGCCACUCUCCAUUUCUAAUGUUCUUGUGUUGCCCCUUCUUCGUACUGUUUGUGAACUUUGGUUACCUUCACAUUCCCCUUACGAGGGUGUAACAUCUAUUUGUUCCUCUUACCAAAGCAAAAGGAUUGGCUUCAUACAAAAUAGACAAUUCUCUGAUUUCAGGAAAUGUGCAUGGUCUACCCGCUUUAUCGAAGGCAAGAAUCCGGUUUGGAAUAUAAAAAUAAGCAUUGGUUGUUCUUACCAGCCACAAAGUAAACUUCAUUUUCAGGCAGUGUUUCUGGGGGAGGUUAUGGAGGGAAGAAAAAAGAAAAAUCGAUAGUGAGUGACUGAUUGCUUCAUUUUAUCAGGCGGGCCCAUUGUGAAAGAGCUCAGGGGAAAUGUGGAGGUUAAAUAUAUUUCCAGAGUUGUCCAGCAGAAAGAAAGUGGCACUUUGAAGAGAACUAGGGAAGUACAUAUCUUCAGAUAUCCCUAUAUAGUUCUCUACCUUCAGUUUUAGUAACAAUUAUGAAGAAUUAUUUGUGCUGACAGCAGCAGUUAAACUUUGUUUCUCUAAUAGCUUUUUUUUUACAUAAAAAAAGACCCAGGAACUUAAUAGUGUAUGCAUAAGACUGUGUUUUUUAGCACACAGAUACCCACAGCAUACACUGACGAUCUCCACGCAGUAGACAGGUUUUGUCUUCACUAGCUCAUUUGUUUAUCAAGUCAUAUUUAGGGUCCCACACCCUCUUUUCCUGUAAUUUAUUGCAGAAUACACCACUUUGACUUGGACAGCUUUCUGCCCCCUCUUUCACUAAGGAAGGCAAAUGAAGUGAAAAAAAAAAAUGCCAUUUUCAAUCCUUCCUUUCUCCCCUUUGUUAAUAGUUUUAAGUGAAUUUUUGACCUUAUCUUAAUGGAAAACGGUUAACUCCAAACACAAAAGACUCUACUGGAAAGUGUAGGUGAAAAAACUUGUAACUGUAUUGAAAAUAAAUACCAUUAAACUGUGAUCAGUUAAAAUUUAAAAGAAAAAUCAGCACAAAAGGGCGCUAAAAGGGAAAACACUUUUUAUUAAUCUUAAAAGUUUGGGGGUUUUUUUCCAGUUAGGUAUUAGAUAAAUUUUUAUUUUAAAAAAUGAAAGUCUCACUACCAUAAAAUUAUGGUUCAGCAUCAGAUUAGCAUUGCACUCAGUAGUCUUUAAGGUUUUAGGAAAUAUGCUUUAUAUUGUCUUUUCAAACACCUGUGAUUGUUUCAUUUUCCAUGUUUUUGCAAGAUAAAUGGUGACUUAUAAUGGGCAUAUUUAUUUGCCUGUAUUUCAUUUCCCCCAAUGAAUGUCACAAGGAGAUGGGCACGGAGCUGCUUCGGGUGCAUCACGCUGCUCGUUCCUGAGGUAUGGGAACUGGCCUUUAGUGAAGCUAUCCAGAGCAGGGCAAAUAGCCACUGGUAAAGGGAGGAAAUGAAUUUCCAGAUACUUAUUACCAAGUAGGUAAGGUCAGAAGCUGGAGUUCAGAGAAUGUGUCUACAGCUUCUCUGACUCUUAUAGGUUUACUAAGAUGAAAGUUACCACUGAACCUUACCACUAUGUAUAUAUGUUUAAUAUCUGUCUUUUGAAAUGCAGAAAUAGUUUAAAUGUUUCUUUGUCUAUUUUUCUUUUUUUUUAAUGCUACCCAGGGAAAUAUUUUCAUAUCAUUUUUAAGUGGCCUGCCUCAAUGUAUAUUUAUUUCUUUUGAAACAAAAAGGUUCUGGAAACUGUUUUUCUGUAGCUUUAAAUGAAUAGGUGAGCAAAAUCUAUAUGGGAUGUAAUUUUUUUGUUCAGUCUCUUAAAAAAUACUUUGUUUUGGUACAUUUGGUUGUGCUUGUGGGGAAAAUAAAAACGCAGAGAUCCUUAUAUAUUUAUGUUAAAGUAAUAUUUUAUUAUCUACAUAAAACAGAAAUGCACAAUACCUUCAUAGUUUGUUCUAAUUAUUGAAAUAUCUUUAUUUUAUUUUUAAAGAUAGUGCCAAGUUUUAAGGGGGGAAAACCCUAGACCUUAAAUUGACUGAGUUGAGUUGUGUGUAAAACACUUCCCUUCCUUUAUACUUCAUAAAGUUUUGGAAUAAAUUUUAUGCAUAUACUGCCAGAUUUGAUGUUCAUAACUUUCAGAGGCUUUUUUUUUUUUUAAUGGAGACUACUGGUCUAAUUCACUUUACUUUGCAAAAACUAUCAGUCCCAAAUCUUUCAGUCACUAUGCCUGUAGCAUUAAAUUGAAAUGGUCAUUGGGUUUGAGCUUCAAUUUGCUUGCCAUUUCAUGGUCCUACAAAGAGAUGUUUGUCCCCUUUAAACAUAUGCAGAUAUGCCUGCAUCUUCUUUCCAGGUUAACUAUACCUUAUUCGAUUGUGCUGUUUUGGAGAACAUCAGUGGAACUAGGUGGACUUUGAUCUCUACCCAUAGGUCCUCAAAUAAUUUGGGAUCUACAGAAAAGCAGGAUUUAGUAGAUUAUUAUUUUUAAUAAUUUACAAAUAUCUCUUAACAAAGAAUAACCCUGAUAGUAUACUAUUGUGAGUUUACUAAAUGAUUAGAAGUAGAUCCUAUACAUUAUUCCUGUUUGGUUUGCAUAAAAAGAUGAAUUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1634.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1721.03
Frequency: 0.0000
Diversity: 1073.51
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((.(((..(((((((((..((.(....).))((((.(((((((.((((((.(.((((((((.((.((((((((.(....(((.((.(((((((((((((((((((..((.((.(((((..((.((.......)).((.(((((..(....((((((......)))))))..)))))))(((((((..(.((..((((.(.((..(((((..(..(..(((((((((((.((((..........)))).....)).)))))))))..)..)..)))))..)).).)))).....))....)..)))))))..............)))))).).)).))..))))))).(((((((((((..(.(((((((((((.(((.((....(((((.......)))))..)))))..)))...(((((((((.(....))))))))))((((...((....)))))).((((((((((((.(((((...((((...((((((((((((.((((((((((((((((((.((((.(.(((..(((((.((((..(((((((.(((((((..(((((..((((((((..(((((....((((..............))))...((((((((((((.(((((((((((.(.((((.((((((.((((.....)))))))))).((.((....)).)).((....))....((.((.((..(.((.((....)).)).)..)).)).))....(((((((((((....((((.....))))(((..((.((((((((...)))))...))).)))))))))))))))).......((((((.......))))))))))...).))))).)))))).......(((((((....((.....))....)))))))((((((.((...)).)))))))))))))))))))).)))..))))...))))..)))))......))))).)).)).)))))..)))).))))).))).).)).)).)))))))))))))))))).)))).((((.(((((((....))))))).)).)).....((((..(((..(((((.(.....).)))))..))).........(((((((..((.((....)).))))))))).....((((.....)))).)))).))))))))..((((.((((..((((....(((.((((((((.(.((.(...((.(((((((........))))))).)).))).).))))))))))).......(((((((((...))))).))))(((.(((.....))).))).))))..))))...))))...........(((.((((....))))..)))......))))...)))))...)))))))))...(((((((.(((.(.((.((((....))))))))))))))))))))(((((..(((((((((.((.....(((((...)))))..)).))))))))).....)))))((((((........))))))...............(((((...))))).....)))))))).)..)).)))))))))(((((((......))))).)).((((....))))....)))))))))(((........)))((((((((((..((((.....))))))))))))))))).)))))..)))))))))..)).)))))))).).)))..)))))))))))))).((((((((((((((((.(((((.....(((((...............))))).....)))))............(((((((..(((.(((((((((((.((......)).))))...))))))).)))..)))..))))...((((.((((((.(((.(((((((((((.(((.((.((((((....((((.....((((.(.(((((((((((((((((((.((((.......(((.........................)))......(((((((........((((((((((....(((((....((.((((.......)))))).)))))))))))))))....))))))).((.....(((((((.(...........).))))))).....))..(((((((......)))))))(((((((..((((((.((((((((((((((....)))))..(((((((((((................((((.(((((((((.((((((((((...((.((((((((((...........((((((...((..((((.....))))))))))))...............((((((((((....(((((..(..((((((...........))))))..)....)))))))).))))))).................)))))))))).))....))))...)))))).).)))))))).))))..)))))))))))..((.....))(((((....))))).....(((.....)))................((((((.......))))))....)))))))))))))))..)))))))....((((((((....(((((((.(((((.........(((((((.....))).)))).((((((((((...((...((....(((((((((....((((.....(((((((.......)))))))((((((((((..((....(((((((........(((((((((((((......((((....)))))))))....))))))))..(((((................))))).........(((((....)))))..........((((((.......((((((((......))))))))....))))))....((((((((((......((((((........)))))).........))))))))))...........((((((((((.....)))))..))).))..(((((.....))))).......(((((.....)))))......((((((....))))))......)))))))..))))))))))))....)))))))))))))...))...))..))))))))))..............)))))..)))))))..))))))))((((....(((...(((((((((...((((.(((((...(((((((.......((((((((....((((...((.((((((((((((((......))))......(((((.......))))).....(((((....)))))...................(((.(......).)))..........)))))))))).)).))))....))))))))....)))))))...))))).........((((((((..((((((.(((((((((...((((((....))))))..(((((((((((.((.....(((((((....((((((((((.(((..............(((((((..((((.((.((.((...........)))).)).)))).)))))))...((((..(((...(((((........))))))))..))))(((((((..............(((((((((((.((((((((((.((((((.((((...(((.((((((.......)))))).))).....)))).)).)))).))))))(((.....)))..(((((((((..(((((....))))).....))).))))))(((.(((((((((((.....(((((.(((((((..((....))..))))))))))))....(((..(((........))).))).))).)))))))))))........((((((((...((((.(((((.....))))))))).)))))))))))).)))))))))))((.(((.(((((.(((((..(((((((((((((((..(((((....)))))...((((...(((...((((.......)))))))...))))..)))))).)))))))))))))).))))).))).)).(((((((((..(((((...)))))....)))))))))....(((((((..........((((((((.....(((((((.((((((((.................))))))))..(((((((...(((((....)))))....)))))))........)))))))...(((((((((......))))).)))).((((((((.........))))))))))))))))))))))))))))))...)))))))))))))...)))))))..((((((((((((((...((((....((((((.....))))))....))))....))))))))))).)))))..)))))))))))...........))))))))).))))))..)))))))).....)))).))))))))).)))..))))......((((.(((((((((((((((....((((.....))))...))))))).)))..))))).))))..))))...)))))))))))))...(((((....)).))).)))))).))))).....)).))..)))))))).).))))))))))))).......(((((..(((.((((...(((((....))))).)))).)))..)))))......)))))))))))))((((((.((((...)))))))))).........((((((((.(((((((((((....)))))))))))))))...((((....)))).....)))).(((((.(((......))).)))))))))))))))))))))............)))))))))..)))))..................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((.....,|||(((({,,{((((({...,,((((.(((((((({({(((.(.((((((((.((.((((((((.(....(((.((.(((((((((((((((((((..((.((.(({(({,(,.({.{{....||.((.(((((..(....((((((......)))))))..)))))))(((((((..(..,,,((((.{.((..(((((..(..(..(((((((((((.,(({..........,,,,.....)).)))))))))..)..)..)))))..)).,.)))).....)).,..)..))))))),,,,....,}},}.))))))}).)).))..))))))).,((((((((((..(.(((((((((({.,{{.{{.{{{(,((({{{{{{.|}|||..}))),,,))},,.(((((((((.(....))))))))))((((...((....)})))).,{{(((((((((.(((((...(((({({(({(({.{((((.((((((((((((((((((.((((.(,,(({.(((((.((((..(((((((.(((((((..(((((..((((((((..(((((,,..((((..,........,..))))..,((((((((((((.(((((((((((.(.((((.((((((.((((.....)))))))))).((.((....)).)).((....}}....||.((.((....||.{{....}}.||.|,.)).)).||....(((((((((((....((((.....))))(((..((.((((((((...)))))...))).)))))))))))))))).,.,,..((((((.......))))))))))...).)))))}}))))).......(((((((....((.....))....)))))))((((((.{,..,)),)))))})))))))))))))),}))..))))...))))..)))))......))))).)).)).)))))..)))).))))).))).).)).)).)))))))))))))))))).)))).((((((((((((....))))))).,..,,..}}}||{,..(((..(((((.{.....}.)))))..)))..}}}.,},|{(((((..((.{{....)).)))))))}}.....((((.....)))).||}}.((((((((({,(({.((((..{{.,....((,,((((((((.{.((.{,,.((.(((((((........))))))).)).|)).}.)))))))))))..,,,..{((({((((...})))).))))|||,||{},,..}}}})))..))})))))))))).})..........,(((.((((....))))..))),.....))))...)))))...)))))))))...{((((({.,(({({,..,|||}}...,,,))))),}}))))))))||{{{..{((((((((.((.....(((((...)))))..)}.))))))))).,...|||,}((((((........)))))}..............,{{{((,..))))),,})))))))))).)..)).))))))))|({(((((......))))).)).((((....))))....))))))))|(((........)))|(((((((((..((((.....))))))))))))))))).)))))..)))))))))..)).)))))))).),)))..,)))))))))))))..{{{,,,,||{,,,,,.|||||}}.}}||||,...............,,,,|{{,,,||||{{{{......(((((,(,(({.(((.,,,|||||||,}||}}....,,.))))},.,))))))},,|,,|},.{||||(((,,(((((((,((((,.((((((((((({((({,(,((((({{.(({{{,,(,,,{{{((,{(((.{,((({{((((((((,{(((,..,{,,,,{(((,,,.,.,,,....,,.{{.....(({{{,,,(((((,({(({{...((((((((((....(((((....{(.((((.......)))))}.)))))))))))))))..,.|||},||{{{....,(((((((,(,..........|.}}}}}}}.....,{{,(((((((......)))))))||((({(..{{{{{,,{{{(((({((((({....}))))|,{|{{,||||||},,|||{(({{.,,..{{{,.|||||||||}|,,|}))}}}},,|,,|||||||{{{.,.,,,,,,,,(((((((({{(..((((|...}))))}))))))|.......,,,.....||||||||{{|,,,|{||{,,{,,|{{{{{.,,,,,,,,..}})))),,).,,,)))}}|||.}}|||||{,.,{{{{.........|||}}|}}}||||{{{.||,....,,,,,,,},||}|||}{{{....})))))})))}}..((.....},(((((....))))).,,,,|||,||,{||||.........,.,,..((((((.......))))))....}))}}}))}}})))).,))})})},,,,((((((((....(((((((.(((({.........{{,{(((.....)))},))}.((((((((((...((...((,...(((((((((....((((.....{((((((.......))))))|(((((((((({.{{....(((((((......,.(((((((((((((......((((....)))))))))....))))))))..(((((....,......,}...))))).........{((((....))))),..,.,,,,|{||||,......,((((((((......)))))))).....(((......((((((((((....,.((((((........)))))).........))))))))))..,,..)))..((((((((((,...,)))))..))).))..{{{((.....)))}}.......(((((.....)))))......((((({....})))))......}}})))),.})))))))))))....)))))))))))))...))...))..)))))))))}..............)))))..)))))))..)))))))),,{{....((({{{{(((({{{{.,,((((,(,(((...{|||,||.|},,,,{{{{{{{{....{{{{...{{,{{{{,{{{|{||{{......)))),,,|,.(((((.......)))))..,,.(((((....)))))...........,,......(((.(......).)))....}}},,.,)))}}||||.,,.,}}),,..))))))))}}}}))))))},}}))))),|,,,,...{(((((((..((((((.(((((((((...((((((....))))))..(((((((((((.((,...,(((((((.,..((((((((((((((..,{{,,...|||,{((((({..{(((,(,.,(,((..,..}|||..,,},,)).},}).))))))),,}|{{{..{{{.,{(((((........)))))))}..}}}|(((((((..{{{....,,.,{(((((((((((.((({((((((.((((((.((((...(((.((((((......,)))))).))).....)))).)).)))).))))))(((.....)))..(((((({((..(((({....})))).....))).)))))){((.(((((((((((.....(((({{(((((((..((....))..))))))))))))....(((..(((........))).))).))),})))))))))}........{(((((((...((((.(((((.....))))})))).))))))}}}))).))))))))))}}},{{{.(((((.((((,.,((((((((({(((({..,({({....,|}||...,||,...,|,.....,,,,{(,,,{}},,.,}}})))}..}))))).)))))))))))))).))))).})}.|{{(((((((((..{{{{{...}}}}}....))))))))).}},{{{{{{,..........((((((((....{(((((((.((((((((.................))))))))..(((((((...{((((,...})))),,..)))))))........)))))},,}}(((((((((......))))),}))).((((((((.........)))))))))))))))),))))))))))))),..)))))))))))))...))))))),}|{{(((((((((((...((((....((((((.....))))))....))))....))))))))))).}})))..)))))))))))...........))))))))).))))))..)))))))}.....}))),}}}}}}}}}.,,,..,,.,,.....{(({.(((((((((((((((....((((.....))))...))))))).)))..))))).}))),,}})}...))))))))))))).,,}},,,,},,}.,}}}}))},,}}})))}.....}||{||{,,,,..))}))),,)))))))))).......,{{{{..{((.((((...(((({....})))).)))).))}..}|||(((,,,.,...}}}}}},,|||||||.,,,.....,||||||||{{.......{((({{{{.(((((((((((....)))))))))))}}}}.,,((({....}))).....)))).(((((.(((......))).))))).,,,,}}}},,)))))))))}.,}.})})))))))))}})))))..............,,,.
Back