Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005611.4
Sequence Length
4854 nt
GC Content
0.4277
GGCGGACGGGCGGGCGCUUCGCCGUUUGAAUGGCUGCGGGCCCGGGCCCUCACCUCACCUGAGGUCCGGCCGCCCAGGGGUGCGCUAUGCCGUCGGGAGGUGACCAGUCGCCACCGCCCCCGCCUCCCCCUCCGGCGGCGGCAGCCUCGGAUGAGGAGGAGGAGGACGACGGCGAGGCGGAAGACGCCGCGCCGCCUGCCGAGUCGCCCACCCCUCAGAUCCAGCAGCGGUUCGACGAGCUGUGCAGCCGCCUCAACAUGGACGAGGCGGCGCGGGCCGAGGCCUGGGACAGCUACCGCAGCAUGAGCGAAAGCUACACGCUGGAGGGAAAUGAUCUUCAUUGGUUAGCAUGUGCCUUAUAUGUGGCUUGCAGAAAAUCUGUUCCAACUGUAAGCAAAGGGACAGUGGAAGGAAACUAUGUAUCUUUAACUAGAAUCCUGAAAUGUUCAGAGCAGAGCUUAAUCGAAUUUUUUAAUAAGAUGAAGAAGUGGGAAGACAUGGCAAAUCUACCCCCACAUUUCAGAGAACGUACUGAGAGAUUAGAAAGAAACUUCACUGUUUCUGCUGUAAUUUUUAAGAAAUAUGAACCCAUUUUUCAGGACAUCUUUAAAUACCCUCAAGAGGAGCAACCUCGUCAGCAGCGAGGAAGGAAACAGCGGCGACAGCCCUGUACUGUGUCUGAAAUUUUCCAUUUUUGUUGGGUGCUUUUUAUAUAUGCAAAAGGUAAUUUCCCCAUGAUUAGUGAUGAUUUGGUCAAUUCUUAUCACCUGCUGCUGUGUGCUUUGGACUUAGUUUAUGGAAAUGCACUUCAGUGUUCUAAUCGUAAAGAACUUGUGAACCCUAAUUUUAAAGGCUUAUCUGAAGAUUUUCAUGCUAAAGAUUCUAAACCUUCCUCUGACCCCCCUUGUAUCAUUGAGAAACUGUGUUCCUUACAUGAUGGCCUAGUUUUGGAAGCAAAGGGGAUAAAGGAACAUUUCUGGAAACCCUAUAUUAGGAAACUUUAUGAAAAAAAGCUCCUUAAGGGAAAAGAAGAAAAUCUCACUGGGUUUCUAGAACCUGGGAACUUUGGAGAGAGUUUUAAAGCCAUCAAUAAGGCCUAUGAGGAGUAUGUUUUAUCUGUUGGGAAUUUAGAUGAGCGGAUAUUUCUUGGAGAGGAUGCUGAGGAGGAAAUUGGGACUCUCUCAAGGUGUCUGAACGCUGGUUCAGGAACAGAGACUGCUGAAAGGGUGCAGAUGAAAAACAUCUUACAGCAGCAUUUUGACAAGUCCAAAGCACUUAGAAUCUCCACACCACUAACUGGUGUUAGGUACAUUAAGGAGAAUAGCCCUUGUGUGACUCCAGUUUCUACAGCUACGCAUAGCUUGAGUCGUCUUCACACCAUGCUGACAGGCCUCAGGAAUGCACCAAGUGAGAAACUGGAACAGAUUCUCAGGACAUGUUCCAGAGAUCCAACCCAGGCUAUUGCUAACAGACUGAAAGAAAUGUUUGAAAUAUAUUCUCAGCAUUUCCAGCCAGACGAGGAUUUCAGUAAUUGUGCUAAAGAAAUUGCCAGCAAACAUUUUCGUUUUGCGGAGAUGCUUUACUAUAAAGUAUUAGAAUCUGUUAUUGAGCAGGAACAAAAAAGACUAGGAGACAUGGAUUUAUCUGGUAUUCUGGAACAAGAUGCGUUCCACAGAUCUCUCUUGGCCUGCUGCCUUGAGGUCGUCACUUUUUCUUAUAAGCCUCCUGGGAAUUUUCCAUUUAUUACUGAAAUAUUUGAUGUGCCUCUUUAUCAUUUUUAUAAGGUGAUAGAAGUAUUCAUUAGAGCAGAAGAUGGCCUUUGUAGAGAGGUGGUAAAACACCUUAAUCAGAUUGAAGAACAGAUCUUAGAUCAUUUGGCAUGGAAACCAGAGUCUCCACUCUGGGAAAAAAUUAGAGACAAUGAAAACAGAGUUCCUACAUGUGAAGAGGUCAUGCCACCUCAGAACCUGGAAAGGGCAGAUGAAAUUUGCAUUGCUGGCUCCCCUUUGACUCCCAGAAGGGUGACUGAAGUUCGUGCUGAUACUGGAGGACUUGGAAGGAGCAUAACAUCUCCAACCACAUUAUACGAUAGGUACAGCUCCCCACCAGCCAGCACUACCAGAAGGCGGCUAUUUGUUGAGAAUGAUAGCCCCUCUGAUGGAGGGACGCCUGGGCGCAUGCCCCCACAGCCCCUAGUCAAUGCUGUCCCUGUGCAGAAUGUAUCUGGGGAGACUGUUUCUGUCACACCAGUUCCUGGACAGACUUUGGUCACCAUGGCAACCGCCACUGUCACAGCCAACAAUGGGCAAACGGUAACCAUUCCUGUGCAAGGUAUUGCCAAUGAAAAUGGAGGGAUAACAUUCUUCCCUGUCCAAGUCAAUGUUGGGGGGCAGGCACAAGCUGUGACAGGCUCCAUCCAGCCCCUCAGUGCUCAGGCCCUGGCUGGAAGUCUGAGCUCUCAACAGGUGACAGGAACAACUUUGCAAGUCCCUGGUCAAGUGGCCAUUCAACAGAUUUCCCCAGGUGGCCAACAGCAGAAGCAAGGCCAGUCUGUAACCAGCAGUAGUAAUAGACCCAGGAAGACCAGCUCUUUAUCGCUUUUCUUUAGAAAGGUAUACCAUUUAGCAGCUGUCCGCCUUCGGGAUCUCUGUGCCAAACUAGAUAUUUCAGAUGAAUUGAGGAAAAAAAUCUGGACCUGCUUUGAAUUCUCCAUAAUUCAGUGUCCUGAACUUAUGAUGGACAGACAUCUGGACCAGUUAUUAAUGUGUGCCAUUUAUGUGAUGGCAAAGGUCACAAAAGAAGAUAAGUCCUUCCAGAACAUUAUGCGUUGUUAUAGGACUCAGCCGCAGGCCCGGAGCCAGGUGUAUAGAAGUGUUUUGAUAAAAGGGAAAAGAAAAAGAAGAAAUUCUGGCAGCAGUGAUAGCAGAAGCCAUCAGAAUUCUCCAACAGAACUAAACAAAGAUAGAACCAGUAGAGACUCCAGUCCAGUUAUGAGGUCAAGCAGCACCUUGCCAGUUCCACAGCCCAGCAGUGCUCCUCCCACACCUACUCGCCUCACAGGUGCCAACAGUGACAUGGAAGAAGAGGAGAGGGGAGACCUCAUUCAGUUCUACAACAACAUCUACAUCAAACAGAUUAAGACAUUUGCCAUGAAGUACUCACAGGCAAAUAUGGAUGCUCCUCCACUCUCUCCCUAUCCAUUUGUAAGAACAGGCUCCCCUCGCCGAAUACAGUUGUCUCAAAAUCAUCCUGUCUACAUUUCCCCACAUAAAAAUGAAACAAUGCUUUCUCCUCGAGAAAAGAUUUUCUAUUACUUCAGCAACAGUCCUUCAAAGAGACUGAGAGAAAUUAAUAGUAUGAUACGCACAGGAGAAACUCCUACUAAAAAGAGAGGAAUUCUUUUGGAAGAUGGAAGUGAAUCACCUGCAAAAAGAAUUUGCCCAGAAAAUCAUUCUGCCUUAUUACGCCGUCUCCAAGAUGUAGCUAAUGACCGUGGUUCCCACUGAGGUUAGUCUCUUGUAUUAAACUCUUCACAAAAUCUGUUUAGCAGCAGCCUUUAAUGCAUCUAGAUUAUGGAGCUUUUUUCCUUAAUCCAGCUGAUGAGUUACAGCCUGUUAGUAACAUGAGGGGACAUUUUGGUGAGAAAUGGGACUUAACUCCUUCCAGUGUCCUUAGAACAUUUUAAUUCAUCCCAACUGUCUUUUUUUCCCUACCAUUCAGUGAUUACUGUCAAGGCUGCUUAGAAUCCAAACUUGGAUUUUUGACUCUGGCAAAGCUUUUAGAAAUACUGCAAGAAAAUGAUGUGUACCCAAACGUGAGCAUAGGAGGCUUCUGUUGACGUACUCCAACAGAAGAACUGUGUUUCAAGUUCAAUCCUACCUGUUUUGUGGUCAGCUGUAGUCCUCAUAAAAAGCAAAACAAAAAUUAGGUAUUUUGUCCUAAAACACCUGGUAGGAGUGUGUGAUUUUUUGCAUUCCUGACAAAGGAGAGCACACCCAGGUUUGGAGGUCCUAGGUCAUUAGCCCUCGUCUCCCGUUCCCUUUGUGCACAUCUUCCCUCUCCCCAUUCGGUGUGGUGCAGUGUGAAAAGUCCUUGAUUGUUCGGGUGUGCAAUGUCUGAGUGAACCUGUAUAAGUGGAGGCACUUUAGGGCUGUAAAAUGCAUGAUUUUGUAACCCAGAUUUUGCUGUAUAUUUGUGAUAGCACUUUCUACAAUGUGAACUUUAUUAAAUACAAAACUUCCAGGCUAAACAUCCAAUAUUUUCUUUAAUGCUUUUAUAUUUUUUUAAAAUGUUAAAACCCCUAUAGCCACCUUUUGGGAAUGUUUUAAAUUCUCCAGUUUUUUGUUAUAUAGGGAUCAACCAGCUAAGAAAAGAUUUUAAUCAAGUUGAAUUGAGGGGAUUAAUAUGAAAACUUAUGACCUCUUCCUUUAGGAGGGAGUUAUCUAAAAGAAAUGUCUAUUAAGGUGAUAUAUUUAAAAAUAUUUUUGGGUGUUCCUGGCAGUUUAAAAAAAUUGGUUGGAGAAUUUAGGUUUUUAUUAGUACCAUAGUACCAUUUAUACAAAUUAGAAAAUGUUAUUUAACAGCUGAAUUAUCUAUACAUAUCUUUAUUAAUCACUAUUGUUCCAGCAGUUUUCAAGUCAAAUUAAUAAUCUUAUUAGGGAGAAAAUUCAAUUGUAAAUUGAAUCAGUAUAAACAAAGUUACUAGGUAACUUCAUAUUGCUGAGAGAAAUAUGGAACUUACAUUGUUCAAUUAGAAUAGUGUUCUGCAAAAAUAUUUAUAAAACUUCUCAAGAUACUGCUACUGUAAUUUUAUAUGAAGAUAAGUGUAUUUUUCAAUAAAGCAUUUAUAAAUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1430.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1517.96
Frequency: 0.0000
Diversity: 1044.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((..((((((((((((((((.(((((.((((.(((.((((((((((..(((((....)))))..))..))))..)))).)))...))))))))).)))))..)).)))..)))))))))))...((((((((((((....)))..((((((((.((.((..(((..((((.((((((...........)))))))))).)))..)).)))))))..))).((.(((((......((((((.(.((((((((.........)))))))).(((((....)))))).))))))))))).)).(((((....))).)).))))))))).......((((((((((.((((.(((((........)))(((((((......((((((...........(((((((.((((((((.........(((......))).(((((((((((...((((...)))).......(((((((......)))))))(.(((.(((.........))).))).)))))))))).)).((((((.((((((((.(.((((((......))))))..).)))))))).))...))))..(((((((((((...((..........(((((((.(((......(((((((((.(.((..((((((((((.(((....))))))).......(((((..(((((((.....((((((.(....((((((.(((..((((.((.......(((((((.......)))))))......)).))))..)))))))))....).))))))...))))))).....))))).(((((........)))))...............(((((((((....((((((.(((.((((..((((..((((.(((((((((.........(((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((..(((((((.........(((((.....((((.....((((..((((.......)))).))))..))))......)))))))))).))..)))))))))).)))))......(((((((((......(((........)))....(((((((((((((((((((((..((...((((((...(((....)))(((.((((((((((..(.((....(((((((....(((((((.(((...((((((((.((((((....((((((..((((((...........)))))).))))))...((((.......))))(..((.(((((((((((((((.....))))))..))(((((.((((........)))))))))..((((((((((.((.....((((..(((((((((((..((.....))..))).)).)))))).))))......))))))))))))..))))))).))..).)))))).((((.........((((.((((((.(((((..........)))))............(((((((((.((.((((((((((....((...((.((..........))))))....)))))))))).))))))))))).((((....)))).......(((((....)))))............((((((((.........(((((......((((((.......))))))))))).)))))))).((((((((..((..((....(((((((((.....((....))....(((((.((((((...(((((((((..(((((...(((((((((((...))))))))))).............((((((..((.(((((.(((.(((((((((....(((((.....((((.((((.....)))).))))..((.(((((....(((((((....)))))))........(((.(((..((....))..))).)))))))).)))))))..))))))))).....))).))))).))..)....)))))....((((((((.((((........))))(((((((((((((.((.(.(..(((((......(((..((((........))))..)))........((((((.(((((((((((.((..(.((((...((((.((.(((((((..........)))))))))))))....(((((((((((((.((.((......)))).))))).....)).)))))))))).)..))....))))))).)))).))))))...)))))..).).)).))))))))))))).((((....))))(((...)))........((((...((((......((((((((((.((((....((((....(((((((((.....(((((.(((((((........(((((((((.((....((((......))))....)).))))))))).((((((((((.....))..))))))))..(((((((((..((((.((..........)).))))(((.((((((......(((((..((((.((((((((....((....))..)))).((((((.((........)).))))))...(((....(((((((..((.(((((((....))))))).....))..)).))))))))))))..))))..))))))))..))).)))...((((((...............)))))))))))..))))......((((((((((....))))).))))).))))))).....((((((.............(((((((.....)))))))..)))).))...)))))...)))))))))...)))))))).))).)))))))....))))...))))))))))))..))))).))))))))))))))).))))))))))))))..))..))..))))))))...)))))).))))........)))).....................))))))))...((((.((.........)).))))...))))))))))..)))))))...)))..))))).))))))))(((((...........)))))(((.........))).((((..(((((((.....)))).)))..)))).......))))))..)).)))))).))))))(((((((.(((.....)))..)))))))....))))))))).)))))))))....)))))))))))....(((.......))))))))))))).)))))...............(((((..........)))))....(((..((((((...))))))..)))..((((((.(((.....(((((((....)).)))))...)))..)))))).))))))))...(((((...))))).........))))))....(((((((.(((((..((((.......(((((.....))))).(((((.....))))).....)))).))))))))))))..............((((...))))..)))))))..)))))))).))).))))))......((((...)))).))))))))).((.((((.....))))))....))))))..))).)))))))))......))).)........)))))).......)).))))))))))).......)))))))).))))))).(((........))).............(((((((((((........((((((((...(((((((((.((((((((....))))))))....(((((........))))).((((((((.......(((((((((..(((.(.((((...((((((((((((((........))))))))(((((........)))))..(((((((((((((((((.(.......).)).........))))))))....(((((........))))).......)))))))((((((..(((((((((....)).)))))))..)))))).........((((..((((....)))).)))))))))).))))).))))))))))))...((.(.((......)).).))))))))))..(((((((((.(((...(((((..((.........))..)))))....))).)))).))))).(((.((((((((.....)))))))).)))(((...((((((.........))))))...)))(((((((((...............(((((.(((((...(((((((((((((((((((((((.....((((((((((...(((((((..(((((..(..((.(((.(((((((.......)))).)))(((((((.(((....((......))...))).))))))).......))).))..)..))))).)))))))........(((((.((((((....)))))).)))))...)))))))))).))))))))...........)))))))...))))))))))))).)))))........((..((((.(((((((..........((((....))))....................((((....)))).))))))).))))..))............)))).)))))...)))))))))..)))..)))))..........)))))))))))(((((((...)))))))((((((......(((((((...))))))).....))))))........))))))..(((((((((.....)))))))))))))))).........................)))))))))).........))))))((((((((.(((......)))))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((..((((((((((((((((.((((,{((((.(((.((((((((((..(((((....)))))..))..))))..)))).)))...))))))))).)))))..)).)))}.}))))))))))...((((((((((((....)))..((((((((.((.((..(((..((((,{(((((..,....,.,.)))))))))).)))..)).))))))}..))).((.(((((......((((((.(.((((((((.........)))))))).(((((....)))))).))))))))))).)).{{(((....))).},.))))))))).....,{(((((({((,,((((.((({{,{||,.,{|||{((((((......{{{{{{.,|}}}}}}..(((((((.((((((((...,,.{{.(((......))}.{{(((((((((,,.{{{{...))}}..,,..,(((({{{....,,)}}})},({(((.(((.........))).,})})))))))))).}}.,,{,{{.{(((((((.{.((((((......))))))..}.)))))))}.))...,,}}..(((((((((((....,,,........(((((({.(((......(((((((((.(.((..((((((((((.(((....)))))))...{,,,.,{....{((((((.....{(((((.(....((((((.(((..((((.,,.......{((({((,..,,,,}}}))))......}}.))))..))))))))}....).)))))},..))))))).,}}}{{||}.(((((........)))))...,}},........{((((((((....((((((.(((.((((..{(((..(({{{(((((((((.........{((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((..(((((((.........(((((.....((((.....((((..((((.......)))).)))).,))))......)))))))))).))..))))))))))},))))......(((((((((......(((........)))....(((((((((((((((((((((.,{,.,.((((((.{{((,....,,,(((.((((((((((.,(.{(....(((((((....((((((({((({{{,,,,||||}|,,,{{{,{.((((((.,((((((...........)))))).))))))},||||,...{{{{,..{{,,{{,{(,{(((,,((((((.....))))))..}}{((({,((((.......,))))))))}..((((((((((.({.,,..((((..(((((({{(((,,((.....}).,))},))))))))).))))....,,))))))))))))..,||}|||{.|{{..,,,))).||||,,,......||||,|||||,.{{||||....||||{|||||,......,|||,(((((((((.((.((((((((((....((,.{({.{{........,,)),,)},.,.)))))))))).))))))))))).((((....}))}.,,,..|(((({....}))))}.........{{((,(((({,.{((.{{{(((({{,..,.((((((.......)))))).|||,,|||,}|||{((((((((..(({.((....(((((((({.....((,...)),...(((((.((((((,..{((((((((..(((((,..(((((((((({...})))))))))).}...,|..,.,.(((({,..((.(((((.(((.(((((((((....{{(({.....((((.,(((.....))),.))))..((.(((((....(((((((....)))))))........(((.(((..((....))..))).)))))))).)))))))..))))))))).....))).))))).))..}....)))))....((((((((,((((,.......))))(((((((((((((.((.(.(..(((((.,,...(((..((((........))))..)))........((((((.(((((((((((.{{..{.((((...(((,{((.(((((((..........)))))))))))))..,.(((((((((((((.((.((......)))).))))).....)).)))))))))).}..))....))))))).)))).)))))).,.)))))..}.).)).))))))))))))).((((....)))),((,..,,}........((((...((((......((((((((((.((((....((((....(((((((((.....(((((.(((((((........,((((((((.((....((((......))))....)).))))))))|.((((((((((.....))..)))))))).,{{{,(((({{{((((.{{..........)),)))){{{.{{((((......(((((..((((.((((((,,.{{{((.,..||..||||.((((((.((........)).))))))...|{,.{,,|,{{|||..,,.(((((((....))))))).........,}.,)))))))))))..))))..))))))))}..}}.}}}..,((((((...,{.....,,...)))))))))))..}}}}......((((((((((....))))).))))).))))))).....{{((((..........,,.(((((((.....)))))))..)))).)}...)))))...)))))))))...)))))))).)))},))))))....))))...)))))))))))),.))))).))))))))))))))).))))))))))))))..))..))}.)))))))),|.|.||,...)))}..},,..}}},....,},.........}},}})),)))))...{,||}||}}}......}}.}})),,,)}))))))))..)))))))...))).,))))}.)))))))),,,.,..,|||,({{{,}||,...,}.))),..||,.((((..(((((((.....)))).)))..)))).,.....)))))).,)).))))))},)))))(((((((.(((.....)))..)))))))....))))))))).)))))))))....)))))))))))....(((.......))))))))))))).))))),...,....{{{.,.{((({..........}})))..,,|,,.,((((((...)))))).,,,,..((((((.{{,.....(((((((....)).)))))...}}}..)))))).})))))),...(((((...))))).........))))))....((((((,{(((((..((({.......(((((.....))))).(((((.....))))).....})}}.)))))))))))).,...,...,..,.((((...)))).}}))))))..)))})))).))).))))))......((((...)))).))))))))}.((.((((.....))))))....))))))..))).))))))))).,....))).)........))))))........)}))))))))))).......)))))))).))))))).{{{........,,,........,,,,,{((((((((((.....,,,({{{,|||}..{((((((({.{(((((((....)))))))}.,..||{|||...}||,|,,||.((((((((,{,....(((((((({.,(((.(.((((...((((((((((((((........))))))))(((((........)))))..(((((((((((((((,,.,...,,..,.,,.........))))))))....,{(((,.,,,,,.}})))},.}|||)))))))((((((..(((((((((....)).)))))))..)))))),|,.....,((((..((((....)))).)))))))))).))))}.))))))))))))...,,,|.,{{{,,..}}.),))})))))))..(((((((((.(((,,,(((((.,((.........))..))))).}|,}}).)))).))))}.(((.((((((((.....))))))}}.))),((,,,{(((((.,.....,{||||||..,|||{,{{(((({...,,,.........(((((.(((((...((((((((({{((((,{(((((,.(((((,{,,,,,,|}}}}|}}|}}}..(((((((,,.,....((((((((.......)))).)))).....,}},,}}})))).,{{{||,,.{||{{,....}}}}...,.,)))),.,}}}||}|,}}}}||,,,.....}}||||||{((((,...}))))).||{{{((,{.(({....})).}},})))))),,.....,}}))),..}))))))))))))).))))).......,{{,,{{{{,||||{{{,|,}},,..,{{{|...,))}),||||,}}},...}}}}}}.}}}},,,.,))),))))))}.}}}}..},....,|||.,,,}))}.}}}}}...})))))}}}..}}}..,}}}}..........))))))))))|(((((({...})))))){(((((......(((((((...))))))).....)))))),||{,.,,|}}}}}..(((((((((.....)))))))))}}}}}},...,,,,........,},,,.,},,}}))))))}),........))))))||((((((.{{,......))})))))),,......
Back