Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005630.3
Sequence Length
4067 nt
GC Content
0.5488
AGUCUCCGCUCCGCGAAUCUCCUCCGGCCACUGCCGCCGCGGUCGCCUCUCACCCGCCCGGCCGCUCCAGCCCGAGGCGCCCCGACCCCGCGCCACUCCGCGCCCGGCCAGCCGCCCGCAGCCAUGGGGCUCCUGCCCAAGCUCGGCGCGUCCCAGGGCAGCGACACCUCUACUAGCCGAGCCGGCCGCUGUGCCCGCUCGGUCUUCGGCAACAUUAAGGUGUUUGUGCUCUGCCAAGGCCUCCUGCAGCUCUGCCAACUCCUGUACAGCGCCUACUUCAAGAGCAGCCUCACCACCAUUGAGAAGCGCUUUGGGCUCUCCAGUUCUUCAUCGGGUCUCAUUUCCAGCUUGAAUGAGAUCAGCAAUGCCAUCCUCAUCAUCUUUGUCAGCUACUUUGGCAGCCGGGUGCACCGUCCACGUCUGAUUGGCAUCGGAGGUCUCUUCCUGGCUGCAGGUGCCUUCAUCCUCACCCUCCCACACUUCCUCUCCGAGCCCUACCAGUACACCUUGGCCAGCACUGGGAACAACAGCCGCUUGCAGGCCGAGCUCUGCCAGAAGCAUUGGCAGGACCUGCCUCCCAGUAAGUGCCACAGCACCACCCAGAACCCCCAGAAGGAGACCAGCAGCAUGUGGGGCCUGAUGGUGGUUGCCCAGCUGCUGGCUGGCAUCGGGACAGUGCCUAUUCAGCCAUUUGGGAUCUCCUAUGUGGAUGACUUCUCAGAGCCCAGCAACUCGCCCCUGUACAUCUCCAUCUUAUUUGCCAUCUCUGUAUUUGGACCGGCUUUCGGGUACCUGCUGGGCUCUGUCAUGCUGCAGAUCUUUGUGGACUAUGGCAGGGUCAACACAGCUGCAGUUAACUUGGUCCCGGGUGACCCCCGAUGGAUUGGAGCCUGGUGGCUAGGCCUGCUCAUUUCUUCAGCUUUAUUGGUUCUCACCUCUUUCCCCUUUUUUUUCUUCCCUCGAGCAAUGCCCAUAGGAGCAAAGAGGGCUCCUGCCACAGCAGAUGAAGCAAGGAAGUUGGAGGAGGCCAAGUCAAGAGGCUCCCUGGUGGAUUUCAUUAAACGGUUUCCAUGCAUCUUUCUGAGGCUCCUGAUGAACUCACUCUUCGUCCUGGUGGUCCUGGCCCAGUGCACCUUCUCCUCCGUCAUUGCUGGCCUCUCCACCUUCCUCAACAAGUUCCUGGAGAAGCAGUAUGGCACCUCAGCAGCCUAUGCCAACUUCCUCAUUGGUGCUGUGAACCUCCCUGCUGCAGCCUUGGGGAUGCUGUUUGGAGGAAUCCUCAUGAAGCGCUUUGUUUUCUCUCUACAAGCCAUUCCCCGCAUAGCUACCACCAUCAUCACCAUCUCCAUGAUCCUUUGUGUUCCUUUGUUCUUCAUGGGAUGCUCCACCCCAACUGUGGCCGAAGUCUACCCCCCUAGCACAUCAAGUUCUAUACAUCCGCAGUCUCCUGCCUGCCGCAGGGACUGCUCGUGCCCAGAUUCUAUCUUCCACCCGGUCUGUGGAGACAAUGGAAUCGAGUACCUCUCCCCUUGCCAUGCCGGCUGCAGCAACAUCAACAUGAGCUCUGCAACCUCCAAGCAACUGAUCUAUUUGAACUGCAGCUGUGUGACCGGGGGAUCCGCUUCAGCAAAGACAGGAUCGUGCCCUGUCCCCUGUGCCCACUUCCUGCUCCCGGCCAUCUUCCUCAUCUCCUUCGUGUCCCUGAUAGCCUGCAUCUCCCACAACCCCCUCUACAUGAUGGUUCUGCGUGUGGUGAACCAGGAGGAAAAGUCAUUUGCCAUCGGGGUGCAGUUCUUGUUGAUGCGCUUGCUGGCCUGGCUGCCAUCUCCAGCCCUCUAUGGCCUCACCAUUGACCACUCCUGCAUCCGGUGGAACUCGCUGUGCUUGGGGAGGCGAGGGGCCUGCGCCUACUAUGACAACGAUGCUCUCCGAGACAGGUACCUGGGCCUGCAGAUGGGCUACAAGGCGCUGGGCAUGCUGCUGCUUUGCUUCAUCAGCUGGAGGGUGAAGAAGAACAAGGAGUACAACGUGCAGAAGGCGGCAGGCCUCAUCUGACCCCACCCUGGGCCACUGCCCUGCUCCAGAGAGUGGACCUUGACUCUUCCACACCUGCCUAUACUCACUAAUGUUAACACGUCAUUUCCUUUUUGUAUUUUUAAACAAGAAAGAAAACCCCAGUCCUCAUUUGCCUUCCCUACCUCUUCCUCCCAGAGUCCUCCCCACAGUUCCUAAGGGCCACUGUGUACCCGGGCUGUGUGGGCCAGAACUGGGGGGCUGAGUCUUCCCUGGCCCCUUGGAAGAGGCCCCCAGAUGCCCAGGCUCACUUCAGUGUUGAGUCCUCCAUUGAGGAUGCCCACUGAGGCAGCCAGGCCCCUCACCAGCCCUGGGGGGAAUCCUAAACAGAGAGAGAAAAAGGGUAUCUGCCCUUCUUGCCAGGCAGCUCCACUCUCCCGCUGACUGCCCACACCCUGCAGAGUGGCAGGGGUGAAAGGAAGAAGGAAGUGGCUGAGUUAUUAAUAGCCAGAGCCACUGGGAGACUGGGGAGACUGGCUGUAACCCCCUUCACACCUGGGUUUGGCAUCAGCACAGACUACGGGAGGGGCUGGCUCCCUCCCCCUCAGACCCUCACUUCCUGUACCUAGAGGCCAUUCUGGAUGCUGCCAUGUUGGGAAGUACAGUCUCUGCCCAUUACCUGCAUGCAGGCACCAGAGCAGGGACUGAGAAACCCCAAGGAUGGGUCAUCUAAGUGCUGUCCAUAUGAACCCUGGACUUUCUGUCCUUAGAUCCUCACAUGUUAUCCCUGUCUUUCUGGGGUACGUUUCAAACUGAGGAAGCUACAACACAGUGAAGACCCAAGGAAGGCCUAUGAAAAGGUCCUGAUGCCCAACCUCCCACCCCUUCAAUGUGGGGACGAGACCCCCUCAUCUCAGAGUAAUGGGAAGAACCUCCCACAUCUCCCUGGCAGCAGAUGAGGUGGCUUCACAUGCACUUCCCUGUCUGGACUUCAGCCCGUAUUCCGAGGAGUAGAGAGGCAGAAGAGAUGUCAGCAAAGCAAGUGAUGAAGCAGAGUGGAUGUCCACUGUCACCAAGCUGGAUGGCAAGCUGCGGCCCACAAAACAGCCAGUCAGGUUGGCUUUCCUGGUUUCAGACAUGCUCAUACCAUUCCCAUUUUCUCAGCCUCUUCUCACUGCCUCCAGAGAGGUGGGUGCCUGGGUUGAGAGACACAGCUGCUACGUGAUAGAUGUUGAGAGACAGAAGCCAACGAAGGAGGUCAUUCAUCAACAAAUAUAUUUAUUGGAGACCGACUUUGUGCAAAGCAAUGCUAAUCAGGGUUCUCCAUGGAGCUUCCCUCAGCUCUUACCUCACCUCCCUCCAUUUACAUUAGGGCCUUCUCCCAGGGUGUGCUCGGUGGGCAGUGUGGGACUGGGGGUGUGGGAGUUGGUGAGAGCAGGAGGAGAGGUGGGGACAGCAAGAAGCCACAGAUUGGCAUGAAGGAUCCUGACCUGACUAUCCAUGCCAUCCAUGGCCCCCAGACUGACUCUGCACCUGGCCCUUUGCCAGACAGCUCUGUCUCCCCAUGUCCUCUGGAACAGCUGGGCAUGGGUCAUGGCCAUUCAUGACCCUUAAGUGCCACCCUUCUUGGAAGACCCCCUCCAGAAGCAUACUGGAAGCCACCUCUGGAAAAGCCUCAUAUGGUGAUAUGCCAAAAUAUUUAUGUCAAUGUCCAAACAAAGUCCAAUGCCAUGAGACUGAAGUCUUUGUGGAAACCACUGUUACAGACAAGCUUAUUUCCAAAGCCACCUCAUUUCCAAACAUCUCACUCAGGAAGGGAGGCUCAAUGUAACCUCAGGGGCCAGUUUUAGCAUUUGAAAUGGUUCUGCUUGGAAAAUGAUGCCCUGCAACUAACCCUGGUCUUUCCCAUGGCAAUUUAACCACAUUUGGAAGGCACUGCCUUCAGCUGAGUUUAUGAACAAUGAAUGCCAACCUUCAGGUUCUAGAAGAUUGGUUGCACUCCCAAACCUUUAUUCUAUUAUAUUACUAUUAAAAUAUUCUAAUUUUGCUAUUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1453.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1522.94
Frequency: 0.0000
Diversity: 1081.53
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((.......(((((((((((..((((.((((((((.((.........(((((((......((((((((((((.........((((......))))..((((...((((((.(((....((((....))))..)))))).)))...(((((((..(((((((((....(((((((.(((......))).)))))))....))........)))))))..)))))))....))))....((.(((((.........(((...))).........))))).))((((.......))))..))))))))))))................((((((((((.......)))))))))).....(((((.........................)))))))))))))))))))..((.((((((....)))))).))........))).))))..)))......(((((((((((((((((((..(((.(((((.(((((((((((((((...((((((((.......((..((.((((((...)).)))).))..))(((((.(((.....))).)))))..((((....))))...((((.(((.((((..((((((((((((((..(((((((.......)))..))))..)))).)))))((((((((....((((..(((.((((.((((....)))).)))).))).....((((((((((((....((((.........((((......................)))).........))))...))))))))))))....(((((((..((.(((.((((.......)))).))).)))))))))......(((((((((.....))))..)))))(((((((..(((((.(((((.(((....((((.(((((((.(((....)))......((((((((.(((((.....(.((...)))...))))).))))))))...((((....)))))))))))...))))...))).))))).)))))..)))))))...(((((..((.......))..)))))...........)))))))))))).......)))))...)))).))).))))))))))))............(((((.((((.(.((((((..................)))))).))))))))))......(((((...(((((...(((...(((((((.....(((((.(((((((..(((((((..(((((((((..((..(((((((((((((.....((((((((((.......(((((((.((..(((..............((((.((((((.....................))))))))))..((((.......))))............((((.((((((.(.(((((((.......((((((.(((((.....)))))))))))..(((...((((...))))..)))((((..(((((((.((((((....(((.....))).....((((.((((((...(((..((((((((.(((((..(((.((((...((((.((((......((..(((((((((..((((((((((...((....))...((((((.......))))))...((.(((..............)))))...........))))))).)))....)))).)))))..)).........(((((......((((((.((.....)))))))))))))....)))).))))....)))))))))))).)))))))).))).)))))).)))).(((((............)))))....))))))....)))).))).))))))))))).).)))))).)))).((.((((((((((.((...........((..(((((...))).)).))...((((((((((..((((....(((((((((((...((((.((........)).)))).((.(((((..(((((.(((((..........((((..(((((..(((((....((....))....))))).)))))))))((((.....)))))))))..)))))..))))).))...........((((....))))..((((.(((((((........))))))).))))..))))))........))))).....((((((((...((.(((((....((((((.((....))..)))))).....))))).)).(((((((....(((((((...))))))))))))))...))))))))..))))..)))..)))))))((((((((....((((((....))))))...))))))))..)))))))))))).)))))..)).))))))).......)))))))))).((((((....))))))(((.(((((((((((((.((((((.((..((...(((.((((((......)))))))))..))..)).....(((((((..((((....))))...)))))))))))))((((((((.(((((((...(((((.........)))...))...)))).))).))..((((((((.....))))))))))))))..((((..............))))......)))).))))))....))).)))..(((((((((((.....((((....)))).....).))))))))))....((((((((((((((..(((((((.((.(((((.........))))).....)).)))))))..............))))))))..)))))).)))))))...))))))..)).))).)))))..)..))))))).((((((......))).)))((((......(((...((((........))))..))).......))))...(((...(((((......)))))...)))....)))))))..))))).(((((((((...(((..(((.(....((((.((((.(((((....)))))..).))).))))....).)))..)))...))).))))))..(((((....)))))).))))))...)))))))).)))))(((((.................((((((((..(((.((((.(((((..((((...........(((((((((((...(.(.(((((((....)))))))).)...)))))))))))............))))...)))))..)))))))))))))))((.((((((.......................((((((((....(((.(((......))))))....)).)))))).((((((......))))))......)))))).))...........))))).....)))))))))))).)))))))....).)))..)))))))))))))..))))))....)))))))))))))))))(((((((.((((..(((.((((((.((.............))...)))))))))..))))..(((((..(((...((..(((((.....)))))...))...)))...........)))))..(((((((((..((((((((......))))))))...((((((...((((...))))......(((((.......)))))..(((....)))....(((......)))((((((..........))))))....((((((....((..(((((((((((((....))))..((((...)))).((((((.....((((.......))))..((((.(((((..............))))).)))).....)))))).((((((((((.(((((.....)))))))))..(((..((.........))..))).....)))))).......)))))).)))..))....)))))).)))))))))..)))))).......((((..((((........)))).))))(((((....((((.........))))....)))))..(((((........))))).....))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((((.......(((((((((((.,((((.,,,|||||.|}}.......{{{{{((|,||....|||||,||||{...,.....{|{{,.....||||..||{{.{.((((((.(((....((((....))))..)))))),)))...(((((((..(((((((......(((((((.(((.,....))}.))})))),.,,))}.......)))))))..)))))))..,((((,.{{(((((((,(({{{{...{{{,,.{|,{{{{......|||||.{{((((.......))))..))))))))))),,,.,}}..........((((((((((.......)))))))))).{,..{{{{{.............}},,,|.....,))))))}|||}}}}.|,|,,.,.,...}}},)))},,||{({,..,},)).))))))))).)))}}....(((((((((((((((((((..(((.{((((.((((((((((((((((((((((((((.....{{((((((.,((((({,.{{{(((((({.....}))))))}..|,|}}},,,.}},.((((....))))....,,{...{{{{,,,.||,|.((({{{{,.,,}||||||}}..}}}))))}))))).))))))))(((((,,.....)))))...(((.((((.((((....)))).)))).})}.....{(((((((((((..,.((((..{,.,...{{{{........,........},,..})))..,)}....))))...)))))))))))|{{{{(((((((..,,,||}))|||,}})),.((((,{(((((((((((({.....(((((((((.....))))..))}},(((((((..(((((.(((((.(((,{{{(((,.(((((((.(((....}))......((((((({.,,((({....{.{{...}}....,)))).))))))))...((((....))))))))))).,})))),..))).))))).)))))..)))))))..((((((((((.....{{(((,.,||.(({{({.,{{(((({{...((((((.......))))))..(((((....(((((((((,{{..........)})))))..))))...))))),{{{............,)))),.((((((.((....,,.(((((....(((({........))))))))))},....}),))))))}}}))}|||}}}||||,.{((((,,{(((.(((((((.((,{{((.........))))))....,,,.|{{.{{,.{{{,..,,,{{,..,,,,.,.||}}}....,},}}..}}.}}}.}}))))))))),}}}}}....}}}})),,..))))))))))....,{(.{{..,.,}}.,,,..,....((((((.(((((.....)))))))))))..((({...((((((((.((((((.......))))))...))))))))|.)))}...,,...{{((,.{(..((,(((((...,.(({...})},..))))).}}..}}.)))}..}},,.....,))))))))))))))))))((((({.{,(({..(((((((.(((.(.(((((((.((.((.((((((((....{(((.(((((..((((..(((....{((((((.((((({,,{(({.({..............(((((......((((((.{(.....)})))))))))))....,,....,.((((({((((((((.....(((((((.{..{(..((((.(((((.......)))))......)))).}})))))))).....))))))))))))).....)),),}))}))))).))))))|{{..,,|}|......,.....,.,},,,...)))..))))..)))))...)))),))))).))).)).)).))))))).).)))))))))).....})).||.(((((..(((((.(((((..,.....,,{(((,,((({{..{||||..,,||...,||...,}))}}.}}}}}}})),|||}.,.}))).)))))..)))))..))))),||........(({((((..........((((.(((((((........))))))).)))).(((((((((((....,{,{{{{{{.,(((((,({....{(.(((((((((((((.((....))..)))))).....((((((((.(((((....((((((({({...((((((..(....)..)))))))}))))))).......((((..((((((((....((((((....))))))...)))))))).)))).)))))..))}}))))).))))))).}},,.....)})})}},..,||||{....))||||{{{.{{.(((((,{{,.,......}..),)))))(((.((((((......)))))))))..,))})))))).(((((((..((((....))))...)))))))))).)))))))).((((((((({..,{,,{,...,.,.,}|||{,(((,,{|||.|||,,,..((((((((.....,))))))).,||{{,{,,,,.,.,,,{{{,.,,,((({{{{||||}|.((((((((.,,((((...,.((((((((((,,....((((....)))).....).))))))))))......)))}|((.((((.((((..,{.,..(((((.........)))))...,,.{((((.{.((.((((.(({{(((((.{.....,.)))))}.{((((.......,)))))......))})))).)).).))))){(((((......))),))))))))))).))},,,.((((........))))..((({......,.)))}.(((...(((((......)))))...)))..)))))))),.,})))))|||||{{,|,,,{{{..{{|,|}}..((((.((({.(((((....)))))..}.))).)))).,,,),)))..,}),..))).)))))},,{((((..,,})))|{{{{{{|...})).))))}.}})),|}}||.....})))))))))..((((((((,.{({,((((.(((((..((((...........(((((((((((.....(,(((((((....)))))))},}...)))))))))))............))))...))))),.))}})))))))))))((.((((((.............,,.....,,.{(((((((....{({.(((......)))}}}....))}}))))}.((((((......))))))......)))))).)).....}))))))))}..}}}})))))))))))).)))))))..,.}.)))..)))))))))))))..))))))....)))))))))))))))))(((((((.((((..((,{((((((..((,{........,,,,.},)))))))))..))))..,,((({.((,.{{(...(((((.....))))).}}).,,.)))}..,,,.,,,.,})))..(((((((((,.(((((((({....}))))))))...{(((((...((((,,(({.{......}||||}}}....,|||,..{{{....}}|....,{{......))|((((({..........})))}}....((((((....{(..{{(((((((((((....))))..,.((({((((..((((,,{.,,.(((((((((({{{((..((((.{((((..............))))).))))......,......,,(((((((.(((((,...,))))}))))))}))))))}}}}))).)).,})....})))..))))..})))))))))}.}}..}}....)))))}.)))))}))),.)))))).,,,,,,{{{{.,||||.,....,.}}}},)))}(((((.,..((((.........))))....)))))..{{{{{........}}}},.....))))))).....
Back