Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005639.3
Sequence Length
4705 nt
GC Content
0.4111
AGUGUCUUUCCACCUCCUCCUGCAGCAGCGGCAGCGGCAGCAGCAGUUAGCAGCGGCAACUUGAGGCUGCACCCCGGGCAAGUCCCCAGGGUGGUGCUCAGCCGAGAGGGGGGCUUGGCGCCCCGAAGGGGUGUGUGUAGGGUGGGGGCGACCACGUGGGACCAGCUGGUGGCCCUGGAAAACCUCCCACACACCCACACCCACACACCCCUUUUGUGUUGCAGGCUGCCCCUCCAAGAGCGGAGGCAGCGAGAGUACGCGUGUGCCUCGCGCCGGUCCACGCGGGGAGAGCACUGGGGACCGAGACCCGGCACCACCUCCCGGUCCGCCCUCCAGGGAAAACGGGAAAACUAGCAAGAGCUAGCAAGAACUAGCAAGAGCUUGAACAAACGCCUGGACUCAGAUUGGAAGACUGCUCAUUUGUCUACUGCCUCAUUCCUGGAAAUUGCACUGGAACUGUCUGAUUAAGAAAAACAGAAUAAUUCUGAAAGAAAGAAAACAAAGAAAAACAUACUCCAGAAUUCCUAAUAGAACACUUCACCUGAACCUAAAAUGGUGAGCGAGAGUCACCAUGAGGCCCUGGCAGCCCCGCCUGUCACCACUGUCGCGACUGUUCUGCCAAGCAACGCCACAGAGCCAGCCAGUCCUGGAGAAGGAAAGGAAGAUGCAUUUUCUAAGCUGAAGGAGAAGUUUAUGAAUGAGUUGCAUAAAAUUCCAUUGCCACCGUGGGCCUUAAUUGCAAUAGCCAUAGUCGCAGUCCUUUUAGUCCUGACCUGCUGCUUUUGUAUCUGUAAGAAAUGUUUGUUCAAAAAGAAAAACAAGAAGAAGGGAAAGGAAAAAGGAGGGAAGAAUGCCAUUAACAUGAAAGAUGUAAAAGACUUAGGGAAGACGAUGAAAGAUCAGGCCCUCAAGGAUGAUGAUGCUGAAACUGGAUUGACAGAUGGAGAAGAAAAAGAAGAACCCAAAGAAGAGGAGAAACUGGGAAAACUUCAGUAUUCACUGGAUUAUGAUUUCCAAAAUAACCAGCUGCUGGUAGGGAUCAUUCAGGCUGCCGAACUGCCCGCCUUGGACAUGGGGGGCACAUCUGAUCCUUACGUGAAAGUGUUUCUGCUACCUGAUAAGAAGAAGAAAUUUGAGACAAAAGUCCACCGAAAAACCCUUAAUCCUGUCUUCAAUGAGCAAUUUACUUUCAAGGUACCAUACUCGGAAUUGGGUGGCAAAACCCUAGUGAUGGCUGUAUAUGAUUUUGAUCGUUUCUCUAAGCAUGACAUCAUUGGAGAAUUUAAAGUCCCUAUGAACACAGUGGAUUUUGGCCAUGUAACUGAGGAAUGGCGUGACCUGCAAAGUGCUGAGAAGGAAGAGCAAGAGAAAUUGGGUGAUAUCUGCUUCUCCCUUCGCUACGUACCUACUGCUGGUAAGCUGACUGUUGUCAUUCUGGAGGCAAAGAACCUGAAGAAGAUGGAUGUGGGUGGCUUAUCCGAUCCUUAUGUGAAGAUUCAUCUGAUGCAGAAUGGUAAGAGGCUGAAGAAGAAAAAGACAACAAUUAAAAAGAACACACUUAACCCCUACUACAAUGAGUCAUUCAGCUUUGAAGUACCUUUUGAACAAAUCCAGAAAGUGCAGGUGGUGGUAACUGUUUUGGACUAUGACAAGAUUGGCAAGAACGAUGCCAUCGGCAAAGUCUUUGUGGGCUACAACAGCACCGGCGCGGAGCUGCGACACUGGUCAGACAUGCUGGCCAACCCCAGGCGACCUAUUGCCCAGUGGCACACCCUGCAGGUAGAGGAGGAAGUUGAUGCCAUGCUGGCCGUCAAGAAGUAAAGGAAAGAAGAAGCCUUUCUGCAUUUGCCCAUAUAGUGCUCUUUAGCCAGUAUCUGUAAAUACCUCAGUAAUAUGGGUCCUUUCAUUUUUCCAGCCAUGCAUUCCUAACACAAUUCAGUGGUACUUGGAAUCCUGUUUUAAUUUGCACAAAUUUAAAUGUAGAGAGCCCCUAAGUCCUUCAUCAUACCACUGCCCUCCAAAUCUACUCUUCUUUUAAGCAAUAUGAUGUGUAGAUAGAGCAUGAAUGAAAUUAUUUAUUGUAUCACACUGUUGUAUAUACCAGUAUGCUAAAGAUUUAUUUCUAGUUUGUGUAUUUGUAUGUUGUAAGCGUUUCCUAAUCUGUGUAUAUCUAGAUGUUUUUAAUAAGAUGUUCUAUUUUAAACUAUGUAAAUUGACUGAGAUAUAGGAGAGCUGAUAAUAUAUUAUACGGUAAAUAUAGUAUCGUCUGCAUUCCAGCAAAAAUAUCAACUCGUAAGGCACUAGUACAGUUAAACUGACAUCUUAAAGGACAACUUAAACCUGAGCUUUCUAUUGAAUCAUUUGAGUACCAAGAUAAACUUACACCACAUACUUGGUGGGUGAAUCCAAUUUUGUAGAAUUCCUACACAGGCAAAAUAGCAUGAUCUGAGCAGCAGCAUCCAGGCUGACCUCAAGGAAGCAUAGCCACAAAACAGAAUAGCACCUGUCUGUACAUAUUUACAAAGCUAAAAUAAUGGCUUCACUCUUAUAUUUGAGGAAGCAACUGAACAGGAGUCAAUGAUUUCAUAUUACUGCAUAUAGAAUAACAACAAGGUGUUCCGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGCACAUUUGUUUGGGGAUGGGGGAGAAGAAGCUAAGGGGAGAAGUCAACAUUUAUGAAAUAUUGCCUGACUAUUUAAAAAGAAAAAAGUAGCUCUCCAUUAUCACCUUUAUACAAAAUGUACAUCCUGUGAAUUCUGUUCCAGAUUUCACACCUACAAUAAUUCCAAAAGGUUUGCACAUUAGAGUUUGUAACAAAAUAUUUUAUUAUAUAAAACCAGGUUAGAAGGAAUGCAGGAUAUUUUUAACACAACAAUCUGUGCUUAUUACACAAAAUUACUUUGUGGUAAACAGACAGUAUUGUAAUCCCAUCAAAAGAUGAAAGAAAAACAAAAACAAAAACCAACAACAAUUAGCCAUAGUUCUGAAUGCACUUCAAUUAAGCCAAAACAGACAGCUAGUGAUCUUUUUAUAUGCUCUUUUUACUUAAGUUUUAAUUUGUCCUUUAAAAAAAGGUGAAACAAACCAAGAACAAGUUCUAGAAAACUGAAGCAACCUCUUAUGUAUACUAGAUGCUUGAUUUAGGAGGAGUUUUUAAACGUUUUCAAUGUUAUUAUGUAGUAAAUGACACUAUUAUGAAGCUACUAGUCAUUCCAUAAGAGUCUUAAAGGACUGCUCUGUGUAACACUGUGACUGCCGUGUGUGCUUAGACCCGUAGUUUCCUCAGUGGAUAGCACUCAAUUUAUUCCGUAGUGAUAUUGUAACAAUACUGCCAUUCCCUUCUACUGCACUGCCCAAGGUGUGUGUAGCACAAACAGUUCUCAUUACAAAGGACCAAUUCAGAACUGAAAAGCUAUGCAUAGGACAAGGAAGAUACAUAGAAUGGGGUGGAACACAGCAUUUUGUCAAGCACUGUGCAAUAUUCCAUAUUUUUCCCCACUAUGGUAGACAACCAUUUCGUGGAAGGGCAGCCUAUUAUCCCACACUGCAUCUAGCCUUUUGUCCCAUUCACUUCUGUGAUCCAUUUUAAUUUCCAGGCCACAAGACAGUAGUGAUGCUCUGAAAUGAAAGUUUGUCUUCACAAAUAUCAAAACAAAAUGGAGGAAAACUAAGCAUUGGCCUCAUGUUCAGUCUUCAGGAUAUCACACCACGUCUUUUCAAAAACUAAAGAGAAUUCAAAAAGGGCUGAUGGUAGGCUUUGAACAUGGGGUUGGCUGUUUCCCAGUAAAACUGGAAUUCCUGUCGUUACUGUUUCCUUAUCAAAGAAGGGGCAAGCUCUUUUGCCUUUUAGGCCAGACAUAGCAAACGCUUUAUAAUUGGCAUAGACAUAAAGGAUAAAAGGAAAAUAACCGUCUGCCGAUGGUCCGUACUUCUUAAAAAACAUAGGUAAUAGAAAAUAUACACAAGUCAGAAUGUGAAAUUAAAUAAUGGUUUGAACAGAAAAUUCAAACAAGACUCUUUCCAAUUUAAAGGGCCAAACCCUACCAAAGAGAGGGAGUUGACUGGCUUUUAAAAAGUAUUUAAAUACCACAAAUGACAUUUAAUUUCACUGUAUUCAGCUUUAAGUUGUUCACAAUGAAACCACACUUUCAAACAAGCAGGUUCAAGCUGCUGAAUAGACAUUAUUUCUUGCAUUAAAAUACCACUAAUGCAUUCUCUUGCAACACUGCCAGACAUGGGAUUGUCACCAUAGAAUUAGUUGGUACUAUGCCAUCUUUCACUCUUUCACAAGUCAGUGAUGGAACCUGCUUUAUGACCAAGAUUCAUCCUCAAAUAAGCCACAUGUACCCUUCUGACAAAGCUGUGUAAAGUAUUAGAAUCUGAUGCUCUAGAAAGAUCCUAGUUGCCUUUGUGUAUAUUUACUGCCUGCUUGAGUGUUUCUAUGUGUGGGUUUUCCCUGUAUCUUGUAGAAAUGUUGGGGUGUUUUCCUCUGCCAUAUGGCUCGUGGCCUGCGAGCCAACUAUUUCAGCUGUAUUUUACCUUCAUUUUUGAUGAGGUGAUUUAAAUUUUGUUUCACUUUGUGUAGUGAAUUCCACAGUAGUUUUCUGAUUGUUGUUAAAAAUGACUUAACAUAUUACACAGAUAUUCAAUAAAAAUGUUUUAUUUCCUGUUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1255.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1347.03
Frequency: 0.0000
Diversity: 1286.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((..((((..((((.((.(.(((.(((((((.(((((((.((((.((..((.((.((((((.((((((((...(((((.(.(((((((((....(((.(((.((((((..((.(.(((((((((((((..((((((((((.((((..((....))..)))).)))))(((.....)))....))))).....))))))))))))).).))..)))))).))))))...)))))..(((.(((((.((((....))))))))))))...)))).))))))..)).))))))...(((.((.(((......(((((.....(((....)))....)))))...(((((....)))))((((..((....))..)))).......))).)).))).....((.((((.........)))).))(((((((...(((...((((.(((((....(((.....)))....(((((...)))))...........................)))))..................(((((............)))))))))...)))..)))))))....)))))).))...))..)).))))...))))))))))))..))...))).)...))..).)))....))))..))))))(((((....)))))..(((((((((((...((((((.........)))))).))))...((...((((((((......((...(((((((...(((((((((((..((((..(((.((..((((((.(((....(((.......)))....)))...)))))))).)))...)))))))))))(((((((.((((.(((((((..((((((.........(((((((((((((.....))).((((.....(((.(((.....(((((.((((((.(((((.(..(((.....(((((...((........)).(((((((((.....)))))).)))..((((........)))).....(((((...))))).(((((.((..((((((((((..(((((.((........)).)))))..)).......(((.((((((((....((((....((((.((..(((...((((.(((....)))...)))).....)))..)).)))).......))))...))))))))..)))((((.(((((..(((.(((((......((((((((((((....(((((....))))).......)))....)))))))))......((((((((((........)).))))))))))))).))))))))..)))).(((....(((((((((((((.(((((((((((((((....(((.((........)).))).(((((...((((.......))))(((((.(((((((.....((((((((.((((((((....((((((((.(((((.(......).))))........).))))))))....)))..........((((((...........................((((((.........(((......))).....((((((((((((..(((((........))))).(((((((.((((.((.(((((((((.(((((....(((.((((.......))))))).......((((((.(((((.....)))..((((..((((((((.....((.(((((((((((((((.......(((((....)))))...(((..(((((..((((((..((....((((((((...((((((......(((((((((((((((.......))))))(((((.........)))))((((((((..((((..(((.((((..((((.((((((((..(((((((........(((((...............(((((((((((((....((.(((..(((((........)))))..))).))...))))))..........)))))))........((((((.(.((.............)).).))))))...))))))))))))..))))...))))...))))..)))).)))..))))))))))))))))))))).((((.(((((..(((((((((.(((.(((((((((((..((..((.((.((((((..((((........))))..)))).)).)).))..))..)))).)))))))))).))))))))).)))))..))))...(((.....)))...))))))....)))))))).(((((......((.((((...))))))(((((...((...(((((((..(((...(((....))))))))))))).)))))))...))))).))...))))))..)))))...)))....(((((.....)))))..)))....))))))).))))).))))))).)))..)))).)).))))))..))))).).))))))))..)).))))..))))))).))))).))))))).........(((((.(((........)))))))).........((((((...))))))....(((.(((((((.(...((((((.((....)).))).)))...).)))))))))).))))))(((((((..(((((..((((((((.(((((....(((((((.((....(((.......)))....)).))).....................))))))))).))))).)))....))))).)))))))..((((((.((((...)))).))))))..................(((((......((((((.(........).)))))).......)))))..((((((((............))))))))...(((((((((.((..(((((((((.....))))).))))..)))))).))))).....((((....))))...............................))))))...)))))...))).))))).....))...))))).))))))))))))))).....)))))))))).))...((((.(((((.((((.........(((.......))).(((.((((((((((...((..(((......)))..))...))))).))))).))))))).)))))...))))(((..(((((((((((((.(((((((((..(((((..((((((((..(((....(((((((((((....))))).)).))))..((((.((....)).)))).......)))..)))))))).......)))))...)).))))))).))))))))))))).))).......(((((((.(((((.((..((.((.....((((((((((.....(((((((...................)))))))....))))))))))......)).))...))))))).)))))))....)))))))))))....)))((((........)))).......((((.(((((.....)))))...))))...)))))))))).))))).....((.....)))))))......))).).)))))))))))))))))))))).))))...(((((((((((((..((......)).(((((.(((((.((...............))))))))))))((((((((((((((((((((((((((((..............(((((.........)))))..............))))....))))..))))))))))))))).))))).(((((...))))).......))))))))))))).(((....)))((((((((((....))))))))))...(((.((((((.((((((((.......((((((((((((((((..(..((((.....((((((....))))))...(((((............)))))..........((((((.(((((((.((((((((((((....(((((((.......)))))))..(((((((((........((((.....))))........)))))))))...(((..((((((.....))))))..)))........))))))))))))(((...(((((...)))))...))).(((((......)))))...((((((((((..(((((((((.(((..........(((((((.........)))))))...(((.(((....))).))).((((........)))).(((..((.(((((...))))).)))))..))))))...)).))))....)))))))))).((((.......)))).......................))))))).....)))))).((((((((...)))))))).........))))..)..)))))))))....))).)))).....)))))))))))))).)))))))))))))))))))......))))))))))))))))))))))..))))))).)))))))))).)).......))))))).((..((((((.((((...))))))))))..))........((((((......))))))....(((((((....)).)))))((((((.......))))))....))))......((((((..((........))..))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(((.((((((.{{,,,{,((((.({,{(,{{,||.{{{{{,|{{|,,.(({{{.|||.,,|}.,||}||((((,(((......))).)))}|{{{{{,||||..|,|,{,||||,|}}|}}|,(((((((((((((..((((((((((.((((..((....))..)))).))))|((,.....,,),...}}))),}.,,))))))))))))).}})))))}})))|)}||||{....,.))}|||.(((((.((((....)))))))})}}}},},},}})))))))}))})}({((,{((.({{{.((.....,,})|}))))),}||..{{|||{,,{{(((({{,(({{{....|||||,,,,..||}}},||{{||||.......{{((({{..,|{(,(((((((({(({,.,,,||||((((,{{,...{{((((((((({{{((((.,{{(((,.,..,,.....)))|...,{(((|...........................}})))},}|,......|,....,{{....,,.......{((((({.{....}))))))}{((((((((((((....,,})}}},...((((.(((..((({......}))).))).))))..|{{|,,..,,||}}...,|||..||{,.{((((.|(((((((((........)))))).))).,}},})))}....,}}}.|},}},....)))))))...|||},}.,},}..},.}}}}}..(((((((.((((..((.,.((((((((..{(..((({.(((((((,{.....,,.........(((((((((.((.....((((((..(((((({{,....,}}...(((((....(.(((((((((((((((.{(((((((((((.((((((.,...{{(((((({.(((......))).,,.................((({.......,.....,,||||.....))))))}}}},{((((........)))}.....||||{...}}}||((((((((.,,.{{...}}||..(((((.((........)).)))))..}}))))))))}|.,|{,{||({{{.(((({{{((({..{{,{({{...,(((,({{....}}}....}}......))),,,,.,.))}))...,||,,...|||||}}.,}))},,...}}}},.}}}|}||}}}},,}}))}..))).)))).....))))))).))))))))))))))}...))))).{(((((({.,((((((((((........)).))))))))}((((((.(((((((.,,{({...,||,(((..(((({(.({{{({((((((.,{.....{{{{{{,..}}|||||||.|||||.{{{,,|||,...,||.))),.}}{(((....)))}(((({,({{.......}||..},,|{{{((((.{(((({,..,}})),)))),,..,,,,,.,,))))}},.{,|||,,,({({.,{((((((({{....................,,,......|||..,,,,{.{{,,...,,|||.|}|||||||,..,|||}|||||......,,))))).,{(((((.{(((,(,,(((,,{{({,{{.{{.|,,{{,{((((.......)))))}},|||,,||||{{{,(((.,....{|{{.{((...))).))))......(((((((.....))))))).,}}}}||{||,...)))))}}))},)}}.})))))}.))))}))}))..,{((((((({...})),,))))},}||}|..((((((.......)))))),,,{|}}}}}}...,,)))))))),,)))}))),)))}....))))))).))))))..........)))))))}....))))))...........(((((((((((((..,,((,{((.,(((({........))))}.,))},)}...)))))}.........,)))))))))))))......((((((((((((((((....,,.{,(((((,(((((((({{{({,,.||||}}||{|||,||,{{{{{{{{{{{....}}}|||...(((.,,,{.,||{{{{{((((({..(((((((((.(((.(((((((((((..((..((.((.((((((..((({,(,...}}))))..)))).)).)).))..))..)))).)))))))))).))))))))).))))|{{,.....{((({{..(((((((((..,.........,((((.,,.,({{...((.((((...)))))){((({...((...(((((((..(((...({{....)}})))))))))).))))))}..{{.{(((((((((((.,,(({{(((..(((.....(((((.....))))){{.((......)).})...((((..,((((......))))..)))).)))..))).,)))}...((((,,(((...)))))))),{{{{{{{,,.......,,,,..,,(((((.(((........)))))))).........((((((...)))))),,,.,{{.((((((.((((,.(.....},})))).)))))))})))))))))))))})))})}}}(((((((..(((((..((((((((.(((({....(((,(((.((....(((.......)))....)).)))..{{.{{{...........}}))))))))).))))).)))....))))).)))))))..{(((((.((((...)))).)))))|{{{..............})),.})).}.,,,))))|{}|{,,......{{{{{,...}}}}}}....}}},,,.))))))))))))))}.........(((((((((.{{..({{((((((.....)))))),})}..}})))).))))).....((((....)))).............................,||||}..}}}},)}}|..,}},,,},.....,}....,}}}))}}},.})))}}.,}}}}})})))))).)))}),,..(((({..((((((((({....}))))....)))))...}}}}}.,,,(((((.,.((..(((......)))..)).,.)))))}))))))...)))))))))........(((..(((((((((((((.(((((((((..(({{{,,((((((((..(((....{{{{{((((((....))))).}}.}}}|,,((((.({....}).)))).,,,...)))..))))))))...,}}}}}}}}...)),})))))).))))))))))))).))).......)).))))))))).(((((({(((...)))}.)))))).))))))).})))}).)))))))),.))..)))).))))))).}|,,})),..((((((((.((((...(((..((((((((((.,..((((..(((...)))..))))....))))))........((((.(((((.....)))))...)))).(((....))).....))))..))).))))..))).,)))))...((((....)))))))).},),,,,))))))}....||{||||||{((({,.(,,,,,,|,.,(((({({{{{|}},,,............||||||{||||,,((({{((((((((((((((((((......{{{{{..((..,((((((.........,,})),.......,,)),,))}))},)))),.})))))))))))))).)))}}.{((((,..}}}||....}}.))}}))))))}},{(((......,|||||{|||}}}}}},}||||,,,}}}|((.((((((.((((((((.......((((((,(((((((((..{..((((.....((((((....))))))...,,,{{,{..........}}}},..,.....,,((((({.(((((((.((((((((((((....(((((((.......)))))))..(((((((((........((((.....))))........)))))))))...(((..((((((.....))))))..)))........))))))))))))(((...(((((...)))))...))).(((({......}))))...((((((((((..(((((((({.{{,.......,..(((((((.........)))))))...(((.(((....))).))).((((.,...,..))}}.{{{..{{.((((|...))))).}},,,..},,,,,...}).))))....)))))))))).,{{{.......}}},.......................))))))).....)))))).((((((((...)))))))),,....,,.))))..}..))))))))).,,.,,,.)))).....)))))))))))))).)))}))}}|||,{{{({{{{{||..|||{{|||}.|||||}}}|||..,,.((((((((.....))))))))..}}),,)))..}||,.((((({{((((...))))))))))..,,......,.((((((......))))))....|{|||||||,,}}))))}}|||{,|,,,}..}))))))}.}}}}}.}))}}},.,,{,.,,,,,}},,,}))))))}}}.
Back