Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005659.7
Sequence Length
1791 nt
GC Content
0.4612
GUACCGGCUUGGCGCGGCGGCAGCGGCAGCGGCGGCUGGGAGAGCGGUCGGCGGGGUUUCUUCGUUGCAUUGCCUGAGAGGAGCGGAGUCUGCCAGGUGGUGUCCAUCAUGUUCUCUUUCAACAUGUUCGACCACCCUAUUCCCAGGGUCUUCCAAAACCGCUUCUCCACACAGUACCGCUGCUUCUCUGUGUCCAUGCUAGCAGGGCCUAAUGACAGGUCAGAUGUGGAGAAAGGAGGGAAGAUAAUUAUGCCACCCUCGGCCCUGGACCAACUCAGCCGACUUAACAUUACCUAUCCCAUGCUGUUCAAACUGACCAAUAAGAAUUCGGACCGCAUGACGCAUUGUGGCGUGCUGGAGUUUGUGGCUGAUGAGGGCAUCUGCUACCUCCCACACUGGAUGAUGCAGAACUUACUCUUGGAAGAAGGCGGCCUGGUCCAGGUGGAGAGCGUCAACCUUCAAGUGGCCACCUACUCCAAAUUCCAACCUCAGAGCCCUGACUUCCUGGACAUCACCAACCCCAAAGCCGUAUUAGAAAACGCACUUAGGAACUUUGCCUGUCUGACCACCGGGGAUGUGAUUGCCAUCAACUAUAAUGAAAAGAUCUACGAACUGCGUGUGAUGGAGACCAAACCCGACAAGGCAGUGUCCAUCAUUGAGUGUGACAUGAACGUGGACUUUGAUGCUCCCCUGGGCUACAAAGAACCCGAAAGACAAGUCCAGCAUGAGGAGUCGACAGAAGGUGAAGCCGACCACAGUGGCUAUGCUGGAGAGCUGGGCUUCCGCGCUUUCUCUGGAUCUGGCAAUAGACUGGAUGGAAAGAAGAAAGGGGUAGAGCCCAGCCCCUCCCCAAUCAAGCCUGGAGAUAUUAAAAGAGGAAUUCCCAAUUAUGAAUUUAAACUUGGUAAGAUAACUUUCAUCAGAAAUUCACGUCCCCUUGUCAAAAAGGUUGAAGAGGAUGAAGCUGGAGGCAGAUUCGUCGCUUUCUCUGGAGAAGGACAGUCAUUGCGUAAAAAGGGAAGAAAGCCCUAAGUGAGGACUGUUGGCUGAUUGGAAAAUAAUAAAAGAAUCAUUUGCAACAUCUUGGCUUUUAGUUACUGGCACUGACAGGGACGAGCCUCAUCAGAGAAUACUCUGUUACUUAAGAUUUAUUUAGAGUUACCUAAGAAUUAUUAAGUUUGACUUGGAAGUGGAGCAGCAGGACUUUGUAGUUGUAUGCUUGAUUUGGGGAAAGACAAAGAGCUGUCCCUGAGGGCCUGUAGAUAGCUGCCUCCUCACCUCUUCACGCUUUCAGCUUGAGGGGAGCUCCCACUGCCUCAGCAGGAGCAAUUCUGCAUCCCUAAUUCUGUCAAAACCUAUGAAGGUGACUAAAUUGUCUAACAUGAAGUGUUCUUUCUUUUUCUUCAUUUAUCCUUUCUUUUCCUACAUCAAUUGCAUAGGUGUCAGUCUUUGGCCUAAAAAAAGGCUUUAAAUAGACAUGUGUUCUAUAAGUAGUGGCUGUCCCACUACUGUGGCUGCAAUUUAAGUAUUUGACAAAGAAUGUUUCUAUUUUUAUUUUACAUAUUUUUUUCAAAAACACCACUCAGAAGAACCUGAUCUGAAUGAGUUUGCACUUUUAUUCUCAUUUCAUAUGGACAUAACUGGCUCCUUAGUGAACCUGUUCAUAGUGAAACAACUCCAUGGAGAAGCAAACAUGUGAAUGUUAGAAUGAACAAAUGCUAAAGAGAUGUUCCUCUCCUUCUUCCCUACUCCCCAACUCCCAAUUUUAAUUUAUUAAAUCAUCCAAGCUUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-534.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -569.40
Frequency: 0.0000
Diversity: 403.84
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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