Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005679.4
Sequence Length
3925 nt
GC Content
0.6168
GGUCCAAACCGGAAGACCGUGGGUAGCUGCGGCGGGGCUGACCCGUCCCGAGUGCCAAAGCUGGGGUUCUACUUGAGAUUUCCCUCGUGGUGCCAGGGUCCGGCGAGCAUCACGCCGAGGCCCAUUUUCCAGACGACCACGACGAGGCCGGGGUCACGAACUCUGGCGCCCCUUACCAGCUUCCAGUCUCUCGAGGUGGCCAGUGUGGUGCUUGGUCCUUGUUUCCAGGAUGGACUUCCCCAGCUCCCUCCGCCCUGCAUUGUUUCUGACCGGCCCCCUUGGUCUGAGCGACGUCCCUGACCUCUCUUUCAUGUGCAGCUGGCGAGACGCACUGACUCUGCCAGAGGCCCAGCCCCAGAACUCAGAGAAUGGGGCACUGCAUGUGACCAAGGACCUGCUGUGGGAGCCGGCAACCCCUGGGCCUCUCCCCAUGCUGCCUCCCCUCAUCGAUCCCUGGGACCCUGGCCUGACUGCCCGGGACCUGCUUUUCCGCGGAGGGUGCCGGUAUCGGAAGCGGCCCCGAGUCGUGCUGGAUGUGACUGAGCAGAUCAGCCGGUUCCUCUUGGAUCAUGGAGACGUAGCCUUUGCGCCCCUGGGGAAGCUGAUGCUGGAGAAUUUCAAGCUGGAGGGAGCGGGGAGCCGCACUAAGAAGAAGACAGUGGUCAGUGUGAAGAAGCUGCUCCAGGACCUCGGUGGACACCAGCCCUGGGGGUGUCCCUGGGCUUACCUCAGCAACCGACAGCGCCGCUUCUCUAUCCUCGGGGGCCCCAUCCUGGGCACGUCGGUGGCGAGCCACUUGGCAGAGCUGCUGCACGAGGAGCUGGUGCUGCGGUGGGAGCAGCUGCUUCUGGAUGAGGCCUGCACUGGGGGCGCGCUGGCCUGGGUUCCUGGAAGGACACCCCAGUUCGGGCAGCUGGUCUACCCUGCUGGAGGCGCCCAGGACAGGCUGCAUUUCCAAGAGGUCGUUCUGACCCCAGGUGACAAUCCCCAAUUCCUUGGGAAACCUGGACGCAUCCAGCUCCAGGGACCUGUCCGGCAAGUGGUGACAUGCACCGUCCAGGGAGAAAGUAAGGCCCUUAUAUACACUUUCCUCCCUCACUGGCUGACCUGCUACCUGACCCCUGGCCCUUUCCAUCCCUCCUCAGCUCUGCUGGCCGUCCGCUCUGACUACCACUGUGCCGUGUGGAAGUUUGGUAAACAGUGGCAGCCAACCCUUCUGCAGGCAAUGCAGGUGGAGAAAGGGGCCACGGGGAUCAGCCUCAGCCCUCACCUGCCCGGGGAGCUGGCCAUCUGCAGCCGCUCGGGAGCCGUCUGCCUGUGGAGCCCUGAGGAUGGGCUGCGGCAAAUCUACAGGGACCCUGAGACCCUCGUGUUCCGGGACUCCUCUUCGUGGCGUUGGGCAGACUUCACUGCGCACCCUCGGGUGCUGACCGUGGGUGACCGCACCGGAGUGAAGAUGCUGGACACUCAGGGCCCGCCGGGCUGUGGUCUGUUGCUUUUUCGUUUGGGGGCAGAGGCUUCGUGCCAGAAAGGGGAACGUGUCCUGCUUACCCAGUACCUGGGGCACUCCAGCCCCAAAUGCCUCCCCCCUACUCUUCAUCUCGUCUGUACCCAGUUCUCUCUCUACCUAGUGGACGAGCGCCUUCCCCUGGUGCCGAUGCUGAAGUGGAACCAUGGCCUCCCCUCCCCGCUCCUGCUGGCCCGACUGCUGCCUCCGCCCCGGCCCAGCUGCGUGCAGCCCCUGCUCCUCGGAGGCCAGGGUGGGCAGCUGCAGCUGCUGCACCUGGCAGGAGAAGGGGCGUCGGUGCCCCGCCUGGCAGGCCCCCCCCAGUCUCUUCCUUCCAGGAUCGACUCCCUCCCUGCAUUUCCUCUGCUGGAGCCUAAGAUCCAGUGGCGGCUGCAGGAGCGCCUGAAAGCACCGACCAUAGGUCUGGCUGCCGUCGUCCCGCCCUUGCCCUCAGCGCCCACACCAGGCCUGGUGCUCUUCCAGCUCUCGGCGGCGGGAGAUGUCUUCUACCAGCAGCUCCGCCCCCAGGUGGACUCCAGCCUCCGCAGAGAUGCUGGGCCUCCUGGCGACACCCAACCUGACUGCCAUGCCCCCACAGCUUCCUGGACCUCCCAGGACACUGCCGGCUGCAGCCAGUGGCUGAAGGCCCUGCUAAAAGUGCCCCUGGCUCCUCCUGUGUGGACAGCACCCACCUUCACCCACCGCCAGAUGCUGGGCAGCACAGAGCUGCGGAGGGAGGAAGAGGAAGGGCAGCGGCUGGGUGUGCUCCGCAAGGCCAUGGCCCGAGGGCAGCUCCUGCUGCAGAGAGACCUGGGCUCCCUCCCUGCGGCAGAGCCACCCCCUGCACCCGAGUCAGGCCUAGAGGACAAGCUCAGUGAGCGCCUGGGGGAAGCCUGGGCAGGCCGAGGGGCUGCCUGGUGGGAGAGGCAGCAGGGCAGGACCUCGGAGCCCGGGAGACAGACCAGGCGGCCCAAGCGCCGGACCCAGCUGUCCAGCAGCUUUUCGCUCAGUGGCCAUGUGGAUCCCUCAGAGGACACCAGCUCCCCUCAUAGCCCUGAGUGGCCACCUGCUGAUGCUCUGCCCCUGCCCCCCACGACCCCGCCCUCCCAGGAGUUGACUCCGGAUGCAUGCGCCCAGGGCGUCCCAUCAGAGCAGCGGCAGAUGCUCCGUGACUACAUGGCCAAGCUACCACCCCAGAGGGACACCCCAGGCUGUGCCACCACACCUCCCCACUCCCAGGCCUCCAGCGUCCGGGCCACUCGCUCCCAGCAGCACACACCCGUCCUCUCUAGCUCUCAGCCCCUCCGGAAGAAGCCUCGAAUGGGCUUCUGAGGACACAAGGUGGGCUGCCCUCAAGCCCCAGAGAGCCCCUCAUCCUUCCUCUGGGACCAGAUGUGCCUUCCACAGUUGAAACUUGAGAAGCAGAGCUCGCCACCUUCUGGAGGCCACUGUGAUGAUGAGCCAAGCAAUUUGGAGCCAAGUUGAAGGGACAGGGCAACAAAAUACAGUAGUAGUUUCUUUUGUAUUUUGUAUAUUCGCCUGAAGAUCAUCCCGCAAGGCAGGCUGGAGGUGCCGGUGGGCCUGUGUUGCUGGGAUUUUAGUCUGUGCUGGGAGGCAGGGCUCCGCUGCGCCUCAGCUGUGGGGGCCUCAGGCAGGUCCCUCAGUUCUCACGCCUUCCUGUCCAGUGGAAUGGGGGCCAGGAGUGCUGGCUCCUCGUGUUUGGUGAGGGUGGAGUGAGGCCCCUGCAGAGCUGCUGAUGAGGUGGGCACAGCGGCCGUUGGCAGCUGCUGUUGUGGGUUGCUUUGUCAAUCUCUGCCCCGGUCUGAUGUUUCCUACAGGGAGAUGCCUUGGAUCCAGGUUCAGGGACUAAAUACACUUGGCAGCUGAAGAUGAAUUGGAAUGGUCACGUUUUUUAGGCUGGACAGCGUCCCGCCACAGCUACUACCUGACACUGAGCUCAUGCAGAGAGAUGAUGGCUGAUGUUCCUUCUCCCUUGGGACAUGGGUCUGGCACCUGUGGGCUGUCGAUAGUGCCCUCUGAGCAGAGGGUCACGGUCAUGUCAGUUUGGGGGAAUUCUCUGUUGUGCCUCACAGACUCCCCCCUUUCUUUCCUCCCUCCCCUUCUCAUUUUGAUGUCUAAAGCAUCAAGUCCCUCUUCCUCGGAGUUUCUCUAGCUGCAGUGGAAGAUUCUGUUUUCCUGUGGGGAAAAUGCUCACUUGAGAUUUUGCAGGGACCCGGGUCUGUCUGGUUUCUGAUGACAUAGUAAGAGAAAGGUCUUUUUUCAGGUUGGCUGGUGAAAGGAAUUGCAUGUGACUCACACAAACAGGAGCUAGCCCAAUCAUACACUGACUCGCGUGGGUGUUAAAAUGUUUAUCAUGCCUAAGGGAGACAUUUAUGAUUAAACCAUUUAUGCUACAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1694.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1758.94
Frequency: 0.0000
Diversity: 847.18
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((..........))))(((((((((((.((((((((........(((.(((......))).)))...((((((((......)))).))))...((((((((((.((.....))...((((......(((.((..((((..((((((((((((.....))))))))((.........)).........))))..))))...)).))).((((((((..(((((((.((.(((......)))(((((.((((((((((..(.(((((.((((((((((((((((((((((((.((.(((((((((((((...((((.(((((((((.(.....).))).)))(((((((((((((((............))))))..(((..((..(((((......)).)))..))..))).....)))))))))((((..(((.(((((((.(((((.((((((((.(((.(((......))).)))..((((......)))).(((.((((.(......).)))))))((((((.(((((.(((......)))..)))))))))))((((........)))).((((.....))))..))))))))...)))))..)).............))))).)))))))))).))))...)))).)))....))))))...((((.((((((((((((..(((((.(((((((..((...))))))))))))))....))).....((((.((((((((((((((....(((((((......)))))))...(((((((((..(((....)))...))))))).))))))))).))))))))))).))))))))).))))((((((.((((((..(((((.((((....))(((((.((((...))))...)))))(((.(((((..((....))))))).))))).)))))..)))))).))..)))).)).))))))((..(((((((((......(((((....)))))...((((((.((.....))))))))..((((..(((...(((....)))...)))..))))((((((((...............))))).))).((((((((((..(((.(((((((((((((..((.(((((.(((((((.((((((((...((.((((((((((..........((((.((((((((.(((((...........)))))..))))))))))))..(((((.((((..((((((.((..((....(((((((((.(((((((...(((((((((..(((((.(.(((((.(((((((.(((((..(((((.((.((((((..(((((((((((........(((.(((((((...((((.....))))...((.......)).(((.((((..(((((((.(((((((.(((.......))).))))).......)).))))))).)))).))).))))))))))((((((((((((((.((.((((((.((((.(((((..(.((((...((((((..(((((((.(((.............(((..((((((......))))))..)))..................((((((((((...((....))...))).....)))))))))).)))))))(((((((((((...((.(((.........))).))(((..((((((((((.......((((((..(((((.((((...(((.(.((((...))))..).))).)))).)))))))))))(((((...))))).))))))))))..))))))))))))))....))))))))))))))))((((...((((...))))..)))).....((((((...((.((((((((........)))))))).)).))))))))))...)))))))).))))))).)))))))))))).))....))))....)))))).))))))).))))).(((.......))))))))))))))).).)))))...........))))))).))..)))))))...((((((((....)))..)))))(((....)))..........(((.((((...(((....(((..((((((.....))))))..)))..))).)))).))).))))).))))....))....))))))))..)))).)))))((((.......)))).............)))).)).)))).)).)))))))).)))))))))))).)).))))..((((..(((((.((((((((.((....(((((.((((((((....))))).......))))))))....)).)))))...)))))))).))))......))))))..))))))...))).))))))))))))))))..))......))))))))))))..))).))).))))).)..))))))).)))....))))))).)))))))))))))))))))....)))))))))).((((((((((..(..((((((((((.((((.(((((((...(((((((((..(((..(((.((((((.(((..(((((..((((((.(((((((....(((((....((.....((..(((..((((....))))))).))...))....)))))......))))))).))))))..((((((((....)))))...)))............(((....)))..((((((((....((((((..((.......((((((((((..(((((.......(((((((((((((..((((.((....((.(((.(((((.(((((((((((((((.....))))))))..........((((((((((.((((((.(((((((...............)))))))..(((.((((.....)))).)))...))))))..))..))))))))....)))))))(((.((((.........((...(((((((....)))))))...))))))))).(((((((((((.((......)).)))))))))))......((((...(.......)...)))).)))))))).))..))))))..))))))))))))).....))))))))).))))))(((((......)).)))(((((((((((((((((..(....((((((.(...((((..((((........)))).(((((((((.....)))))))))))))...).))))))..)..))))))))))))..))))).))..)))))))))))))))))))....)))..)))).)).)))..))).))))...)))))....))))....(((((((...))))))).((((((((....))))))))........))).)))).)))).)).))))..)(((((....))))).....)))))))))))))))))).))))))).....((((.(.(((.(((.((......)))))))).)))))...(((((((((((.((((((.(((((.(((((((((((.((((.(((((((((....)))))).))).)))..).))))))((((((....(((((........))))).)))))).((((((((..((.............((((((((.....))))))))....((((((.((.((((.....)))).).).))))))....((((((((...))))))))(((.((((((((......(((((((....(((..((((((......))).)))..)))....))))))))))))))).))).)).)))))))).....((((.....)))).))))).))))))))......(((((.((....)).))))).............))))))))))))))(((..(((.......)))..)))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.......,..))))(((((((((((.((((((((.,.,,,,,(((,(((,.....}||,|||{,({.,..|||.....,|{({{|((|,..((((((((((.......))))).))))).....,.,,..,,,))),}})}}|{{(((((.....,}}}))}},},,,......(((((((((((...{{.(((((({|,((((((((((({({.(((.{{{.({{{{{,..{(((..(((((.((((((((((..(.(((((.((((((((((((((((((((((((.((.(((((((((((((...((((.(((((((((.{.....}.))).)))|((((((((((((((...,.....,..))))))..(((..((..((({(,.....)).)))..))..))).....))))))))|((((..(((.(((((.((({,.(((((..((({{({.(({,{{{{{|||{|||,,{{{(...,,|||||.(((.(({(.(......}.)))}))),{{{(|,{{,,|.,}|,,}}..)))).))))))))}))),|..)))})..}))).{{(({...,})))|||,,}))),|||||,.|{{,{{....,)).})).))))).)))))))))).))))...)))),}))....))))))...((((.((((((((({((.,({(((.(((((((..(,...},)))))))))))),,..}}}...,.((((.((((((((((((((...,(,,{{|{{{{{..,,,,)))}..(((((((((..(((....)))...))))))).))))))))).))))))))))).))))))))).))))((((((.((((((..(((((.((((....}}(((((.((((...))))...))))){((.(((((..((....))))))).))})).)))))..)))))).))..)))).)).))))))|{..(((((((((......(((({....}))))...((((((.((.....))))))))..{(((..(((...(((....)})...)))..)))|((((((((..,............)))))},))}(((((((((({.(((.((((((((({(((..(({(((((.(((((((.((((((((,{,{(.((((((((((..........((((.((((((((.(((((...........)))))..))))))))))))..(((((.((((..((((({{((..((....(((((((((.{((((((...({(((((((,,(((((.(.(((((.(((((((.(((((..(((((.((.((((((..((((.((((((........(((.(((((((..,{.,{.....||}|...,{....,,.)).(((.((((..(((((((,(((((((.(((.......))).)))))..,}}..}).))))))).)))).))).))))))))))((((((((((((((.(,{((((((.((({,(((((..{.((((...((((((..((((((,.({({.{((......})),},.((((((......))))))...{{{......{,{,,,..{{,{(((((({{{...{(......,,||||...,}))))))||||,,,,,,}}|||||,||||,.},}|}||......}}}.}))}}}{{{..((((((((((.......((((({.,(((((.((((...(((.(.((((...))))..}.))).)))).)))))))))))(((((...))))),)}))))))))..|||||},}}}})))}}..))))))))))))))))|(((...((((...))))..)))}.....((((((...((.((((((((........)))))))).)).))))))))))...)))))))).)))))))}})))))))))))},).,,.}}}}....)))))).))))))).))))).(((.......))))))))))))))).).)))))..........,))))))).),..)))))))...((((({((....}}),.)))))(((....)))..........(((.((((...(((....(((..((((((.....))))))..)))..))).)))).))).)))))},)))....})....))))))))..)))).)))))((((.......}}}}.............)))).)),)))),)),}))))))).)))))))))))).)).})))..((((..(((((.((((((((.((....(((((.((((((((....))))).......))))))))....)).)))))..,)))))))).))))......))))))..)))))).}.))).))))))))))))))))..}|,....,))))))))))))..))).))).))))).}..))))))).)))....)))))..))))|{{{(.|,,(({(((,...,,)))),,}}..|||)))(((({(,...{(((((((.(((.(((.((.,{,....,,|||......,}},}}.))).)))))))))))....))))))..((((((((.((((,,.....({{..{(({{(,(,.((((....)))))),.|{..,,)}..,)))))},......).)))).)))))).))})}|}},..))),)))))))).))))),{{,,.(((....)))..((((((((....((((((..{,..,,,..((((((((((..(((((.......(((((((((((((..((((.((,{{{(({(((.{{((({(((((((((((((((.....))))))))..,.......((((((((((.((((((.(((((((.,.............)))))))..(({.((((.....)))).}))...))))))..)),.,)))))))..,})))))))|,,.,{({{..{{{{,.((...(((({({....)))))))...)),||||}}.(((((((((((.((......)).)))))))))))......,|||}....}}}}}.}}}},))),)))))))),,,..))))))..))))))))))))).....)))))))))))))))).|||{.,.,,.|,|}}|({{((((((((((((((..(....((((((.(...((((..((((........)))}.(((((((((.....)))))))))))))...).))))))..)..))))))))))))},,}}}),})..)))))))))))))).,.((((..(((((((({..(((.{({.....{,,..{(((((,{{,(((((((,(((((((...))))))),..)))))}),.))..)))))),..}},.))).)))))))))..))))...,}}..))))))).))....}))))))).))))))))))).))))))),....((((.(.(((.(((.({......)))))))).)))))...(((((((((((.((((((.(((((.(((((,{({((.,(({.(((((((((....)))))).))).|}|.,|,)||}}|((((((....(((((.,.....}))))).)))))),{(((((({,,,{,.,,,,.,,,,..,(((((((.....)))))))}....((((((.((.((((.....)))).).).))))))....((((((({...)))))))}{({,{{,{||||.....,(((((((.{{.,,,.,||||||,},,..)}}.,,}..}))}},,))}|||||}||||},.}}),)).)))))))},,,..||||,,.,}))),.))))).)))))))),.....(((((.((....)).)))))....,,,.....}))))))))))))))(((..(((.......)))..)))}}})...
Back