Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005715.3
Sequence Length
4496 nt
GC Content
0.4758
AGAGAAGCCUGAACCGGGACAAAACACGCCGAGACCUACAGACACAAAGCCGGGGGGUCCACGCUGGCGCUGGAGGCGAGCCCCGGCGGCCGCAAGCGAGCCCGAGGCGCGGCGGGGCGCGGGGCGUGGGGACGCUAGCGGGCGCCGGACGGGCGCGGCGCCCCGUCACGGGCAGCGCCCCGAACCGGGGCCGGACACCUCGGCCGCUCGGGCCGCGGCGGCGGGGACCAUGCCGAAGAAAGUCUCCUGAGCCCGGCAACUUCGGCCCCUCCCCGCCCCCACCCGGCUGCCCUCCGCGCGGCCCUCCCCAUGUGCAGCCGGCCAGCCGGGCUCUCCUCCUCGCGGCGGAUGGGUGACCUUUUCCUGGCACGGGCAGGCUGUGGGAGGCAGCGGAGCAGGCGAUGAAGAAGAAGCAGCAGCAUCCCGGCGGCGGCGCGGAUCCCUGGCCCCAUGGGGCCCCUAUGGGGGGCGCCCCUCCGGGCCUGGGCAGCUGGAAGCGUCGGGUGCCCCUGCUGCCUUUCCUGCGCUUCUCCCUCCGGGACUACGGCUUCUGCAUGGCCACCCUGCUGGUCUUCUGCCUGGGCUCCCUCCUCUAUCAGCUCAGCGGGGGACCCCCUCGCUUCCUGCUCGACCUGCGGCAGUACUUGGGAAAUUCCACUUACUUGGAUGACCAUGGACCACCUCCUAGUAAGGUACUACCUUUCCCAAGCCAGGUGGUGUACAACAGGGUAGGCAAGUGUGGGAGCCGUACUGUGGUCUUGCUUCUGAGAAUCUUGUCGGAGAAGCACGGAUUUAAUUUGGUCACAUCAGACAUUCACAACAAAACCAGGCUUACUAAAAAUGAACAAAUGGAACUGAUUAAAAAUAUAAGUACUGCCGAACAACCCUAUUUAUUCACUCGACAUGUUCAUUUCCUCAACUUCUCAAGGUUUGGAGGAGACCAGCCUGUCUACAUCAACAUCAUUAGAGACCCCGUCAACCGGUUCUUAUCCAACUAUUUUUUCCGUCGCUUUGGAGACUGGAGAGGGGAACAAAAUCACAUGAUCCGCACCCCCAGCAUGAGGCAGGAGGAGCGCUACCUGGAUAUCAAUGAGUGUAUUCUUGAAAACUAUCCCGAGUGCUCCAACCCCAGGUUAUUUUACAUCAUUCCGUACUUUUGUGGACAGCAUCCCAGAUGCAGGGAGCCUGGUGAAUGGGCCCUUGAGAGAGCAAAGCUGAACGUGAAUGAAAACUUCCUGCUCGUGGGGAUUCUUGAAGAGUUGGAAGAUGUGCUGCUGUUACUGGAAAGAUUUUUACCUCAUUACUUCAAGGGCGUGCUCAGUAUCUACAAAGACCCAGAGCACAGGAAGCUUGGAAACAUGACUGUGACGGUGAAGAAGACUGUCCCCUCUCCUGAGGCUGUGCAGAUCCUCUACCAGCGGAUGAGAUACGAGUACGAGUUUUACCACUACGUCAAAGAGCAGUUCCACCUGCUGAAGCGCAAGUUUGGACUUAAGUCUCACGUCAGCAAGCCCCCCCUGAGGCCACACUUCUUUAUCCCAACUCCACUGGAAACCGAGGAGCCAAUCGACGAUGAAGAACAGGAUGAUGAAAAGUGGCUGGAAGAUAUUUAUAAGAGGUGAUGUGACUGUGUUGCCUCUAUGGCUUUAUCUCCCUUUUCCAGAAAGUUCUUUGUUUGGGGAAGUAAAAUCCUUAAGGGACUAAAUUAAUGCUUGGGUGCAUUAAAAAGAACAAAACAUUCCCACAUGUUGGGGUCAUUGGGAGAUGCCCGGUUUUGCGGGUUUUAUUUGUUUAAUUUUAUUCUGUGUUUUCUCUUGGCUCUUUGGGUCUUUCCCGGGUACACUAGAUGGCUCCAUCCCAAGGCAUCUUGUCAUAAAACAGCUUUCCCCCACCCCAUAUCAUGGGAAAAGGGGGAGAAAUAUAGCCCCUAGCCUAAUAACUUAUCAUUUGUAAAAUGACUUAUAAAAAUAUUACCUCAAUGGUAGGAGACAUCCAGACUUGUAUAUUUCAGUGGAAAUACAAAACCACUUCAGAGACCAGGGUAUCUCCUCUGGAAGGAUCUAAGAGAAGGUAAGACAGAUUAGGACAUCGAAAAGGAGGAUGGAGCCAGGUGCCAUGGCUUGAGCCUAUAAUCCGAGGCUGAGGUGGGAGGAUCACUUGAGCCCAGGAGUUUGAGGUUGCAGUGAGCUGUGAUCACACCACUGCACUCCAGCCUGGGUGACAGAGUGAGACUCUGUCUCAAUUAAUUUUUUUUUUUUAAAGGAGGAGGAUCUCCAUGGGUAAGUGGUUUCUACCCGCAUGGGUAGAGUUCUGCCUCUGGUCCUUCUCAGGGGGCACUUUCACCAAGAGCAGUGUAAUUAUCUCUGAAAGAGCAAGUCAGCUUGUGCCGCAUCCCCAACCAAUCCACAGCCUGGAGUACCUUUCAAGGUCAAAGUGCAUGGCCAGCUCCAUUGAGACAUUCCAUUUCAAAGCACCGUGCUGACAGAUAUCAAAGUACUCUAGCAGGGAAAAUAAUUUGUUUGCUGUGUAAGGAAGAAUGUAGACAAGACAGAUAAAUCUGAAGGUCAUGUGGCAUCAGGGAAAGGGCAUGGCUGUGUCUUUUGCACCCAAUAUGAAACAUCUUCUCCCAACACUGCUUUAAUGGAAGUUCUAGGAACCAAUUUAGCUCAGGCAUUUGACUCCUACAGCAGAAGUUCUGAGCCUGACCACAGAUGGUGUGUAAUCUAUCAAACACACCCCUGGCCAAGUUGGGUCCUAUAGGACCUGGUACUAUGUACUAUUGUAACUUCUAGUUCCCUAAGAGGUACCUGUUUUCAGUAAAAAGGGGUCCUGAGUUCUGUGCAGGUGGAAGAGCUACCCGAGAACUACCUGAGUUCUGUGCAGGUAGAGUCCCAUUUCUUAUGGGACCUGUGUGCUCCUGAGAACUCUUACUUGAGACAUCAAAAAGAAGCAGCAAGAGCUUCUGGGACAGAGACUGCUUGGCCAGCUUUGUAAGUAAGUGGCUGCCUCCAAUGUGAUGUGAGUACAUGUUGGGCAGUCUCACUGUCCUAAGGUAUGUCUUCUUUCCACCUCCCACUGCCCCUCCCCUGCCACCUAUCAAUGAUGCCUUGGUUCAGUCAUUAGAAAUCUGUUGCUUUGAGUUCUGAAAUAUUUUCACCUUAAAAAAAAUGCUGAAAAUACACAUUCUCCUGGGAAGACGAUAAACAGCUAGCUAAGAAGCCGAGGUUCAGUGGUGGCAGCAGGAAGGACACUGCCACAAAUUUUGUCUAUUUCAUAUUUGUCCCCUAGAGCCAGCCCUAGCAAAUGUGUGAGUUGGGAGUAGUUAAUAGUAAAUAAGACUCUGACUUUACACAAGCUACACAUUUUAUACUUUUCAUAAACCACAAAGUCUCUCUAGAAUUUUUUCUGCCUUCACUAAAAUUGGACUGUAGCCAAGAUAUAAAGCAAGUCAUUUGGAACCUGCCGAGUGAGCACUGAAGCUACUUUAUCAUGAGAUGUGUGUUAAGAAGGCUGCAGCCCACAGGAGUCCAGGGAAGGCGGGGACCACAGAGGCACAGAGUCCAGCACUUGGCCGCUCAUGGGCCUUCUUUCUGCCUCAGAGGACGGGGGCAGAGAAGUGAUGAAGGGAAAUGUUCUUAGAGGAGGAAAUAUCCUUUGUCCUGUUCAGAGAGACCAGGGCCCUACCAUUAGGCAUACUUUCAGAAGCAACCUGGAGAACAGCUAUCAAUCAUAUUCAAAACCAGUACAAGAACUGCUGCCUGGUACCCUGUGAGUCAUUUCUAUGAAAUUCCAUAUAAAGAAUGAUGAUAAGUUUACACACUGUGCAAUCUCACAAUCUGAAAAUAAAGUUGAGUUGGCUGUGUUUUCUCUGCUCUUGUCAGAACAUUGGGACAAUUGGUCGUUCAAAAACAUUCAUCCUCUUACUGCAAGUUUAUCUGGGUACUUUUACCUGUGUGUUCAAAGGCAUUUCUUUUCAGCAGUGAUCAUUAUAACUUCACAAAAAAAGAUGCUGACGGAUUUACUUACAGGGCCUUAAUGUUAUUUUGUCCCAGCCAACACCCUCUAGGUCCUAAAAGUCAAGGUACUUCAGUUUAUUUGGCAAACAUGACAACAUUUUUUUUGGCCCUGGGCCCAACAGUUUGUACUUCAUGAAACAUAUUGUACAUUUUACAUAGUUUAAUUUAAAAAAUACCUUUUAAGCUAGUUGAUCUUUGACUGUCUUAUUUAUUAUAACCUUUCAGCACAUUCCAAGGUUUUAGUUACUCAGGAAGGAGUUAAUUAAAAUGAUUUUAUUUUGGUCUGAUGGAUGUUUUUUAAAAGGAAAAUUAUUAUUAUGAACCUUCAGCCUACUUUCUUGAGUGCCGUAAAAGUGCUUGUAAAUCUUUUUUUUUUUUUAAGAAGAAAGAAAAAAAUGGUGUUUGACGUUGAUGGAAAUUCAAAAAUAUAUAUGGAACUGAAACAUUAACUUAGCUAAAAUAAAAGCAAUCUGUGUUUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1486.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1570.10
Frequency: 0.0000
Diversity: 1099.85
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((...)))).........((.((((((.((((.......(((((((..((((.((....))))))......)))))))(((((....)).))).(((((((((.(((((((((((((....((((((..(.(((.((((.((((.(((..((((......))))..)))))))..)))).))).)...((.(((((.....))))).)).((((((((....(((((((...(((..........)))..)))))))...)))))))).....(((((((((((((((((.((((((((.....((((((.(((.((((((((((((.((....)).))).))).........))))))...))).)))))))))))((.(.(((((..((...............)).)).)))).))))).))))))).....(((((...(((((((((....)))).)))))...))))).)))))))))).))))))...)))))).)).)))))..)))))))))((((...)))).((((((((((((((.(((((((((.((..(..(((((((((((............)))..((((((((...))))))))..((((.((.....))))))..(((((((((.....((((((.(((.......((....))))).))))))........))))))))))))))))).)..)).)))))).)))..))))))))))))))))))))))))))((((((........))))))(((((((((((.......(((((((((..(((((........((((((((..((........((((((((((.((((..((((((......(((((......................((((.(((..((((((((((((....)))))..)))))))..))).))))................((((..(((.....))).))))............((((((((........))).)))))((((......(((....)))......)))).......)))))..((((((((....(((((((((.((......))))))....)))))..)))))))).(((...)))))))))..))))))))))....)))).....(((((...)))))))..)))))))))))))(((.((((((((((....((((((.((..((((((..(((((((((..((((((...(((((((..((((..((((..((.((...((((((((....(((((......(((..((((((((((.((((((.............((((((..(((.((....)).).))..((((((.......)))))).((((....))))))))))..((((.((...)).)))).)))))))))))))(((......))).........(((..((((((((((.(((((....((..((((....)))).))....))..((((((.((..((((((..(((.((((((...((((..(((...))).))))....((......))......)))))).)))..))))))...)).........(((((((((........))))))))).(((((((((((.(((((((.....(((((((((....((((.......)))))))))))))...(((((((......)))))))...(((((((.....(((.((...(.(((.((((....))))))).)...)).))).....)))))))..(((((.(((((.(((((((((((.((((((((.....)))..(((((((.((((.((((......((((...((((......)))).((((((((..(((((...)))))....)))))))).............))))............(((((((......))))))).....((((.....)))))))).)))).))...))))).(((((((((..........)))))...))))((((((......))))))))))).)))))))))...)).))))).)))))....))))))).)))))))))))...(((..((((.((((((....(((..((((.((((((.....)))))).))))..))).....))).(((((((.(.(((....)))))))))))))).))))..)))((((((((...))))))))........................((((((((...(((.(((((...((.((((((((....)))))))).))))))).))))))))))).))))))(((((((...((((((((((.....((((((...((((......))))(((((((((..((......(((.(.((.((((((((........((((....((((((...(((...((((((.......))))))))).))))))))))..........)))))))))).)))).......((((((((...............))))))))..((((....))))..))..)))))))))))))))..(((...((.(((.((..(((....)))...)).))).))...))).))))))))))..)))))))..(((((.(((((((.((((((((....((((.((.....)).))))....))))))...(((..(((((((..........))))))).))))).))))))).)))))(((((((((((((...)))))).....((((((((....)).)))))).(((.(((.....))).))))))))))..)))...))))))))))..))).)))..)))......(((((((..(((.((((.(((((((.....))))))))))).))).....)))))))....((((....))))..((((((.......))))))((((((((((((((..(((.((((............))))))).((((((((((....)).))))))))))))))))..)))))).))))).....))))))))...........((.(((.((((((((......(((.(((((((((...((.((((....(((((...(((..(((((((.((((((((.(...........).))))))))....))).....))))..)))..)))))....))))))))))))))))))..))))))))..))).))..)).))))))..))))..)).))))).....))))))..))))......((((...((((((((.(.(((((..(((........))).))))).).)))))))).)))).....((((((..(((((((.........((((((((.((((..((((((((((((((.....(((.((((((((..........((...((((((((......)))))))))).((..(((.((..((((....)))).))))).))..)))))))).)))....))).....))))))))))).....(((((.(((((((((.....)))..)))).)).))))).((((((((((........))))))))))((.(((((((((.....(((((....)))))....)))))))))))))))))))))))(((((...(((((...((((...((((((.......)))))).........................((((......)))).)))))))))))))).(((....)))))))))).....))))))(((((((.(...((((......((((......))))....(((((((.((((.....)))).)))))))(((((....).))))......))))...).)))))))((((((((((((((((((............((((((((((...(((((((((((.(((((....(((..((((((((((...........)))).........)))))).)))........(((((((..((((((.((.(((....(((((....((..((..(((........)))..))..)).....)))))..))).)).))))))......)))))))......(((((((((((...(((...)))...)))))..(((..((((((((...............))))))))..))).....))))))..............))))).)))))))....))))...)).)))))))).)))))...(((((((((....)))))))))..)))))))))))))....)))))..))....))))..)).))))))...)))))))))).)))(((....))).......(((((((((((....)))))))))))......))))))..)))(((((((.............................)))))))...(((........))))))))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......{{{,...|||}..........}}}.......((((((((..((((((((((((.(((((.(((.(((((.(((((((((((((((,..(((.{,,,({{((((((,(((({((.(((,{(((((.{{{,.{{{((({((({.{{{{,{|(,|((((,,...,)))}.}))))|||..}}|}{|||{{...,|,|||||.},}}))))),}),|(((((((....(((((((...(((..........)))..)))))))...)))))))))))}))).)),))))}))))))},,,}})..,.,,))).},))))).))))))))).)))))..))).))).)).).)))))...))))))..((((,((((,{(((,(({((.((((.,((.{{{(((((((.,(((({{(((.(((((({,(..(.(((.,(((.(((((...(((((((((....)))).)))))...))))).))).,.)))}..)))))))))))..}))))))}},.,}|{|{||{||{||..,}}}|.((((((((((((((.(((((((((.((..(..(((((((((((............}))..((((((((...))))))))..((((.{{.....})))))..(((((((((.....((((((.(((.,.....,,....,,))).))))))........))))))))))))))))).)..)).)))))).)))..)))))))))))))).,{{{{{{{(((((((..{(......))..))))))),||||....,,||(((......)))...,..........{(({{{.......{(((((((..(.((..(((.((({.......((........}}.......)))).))).)).)..)))))))|((((({((({....})))}..))))),..,))))))|||...,,,,,.,,,.,.||{{{,,{|,..,,{|..((((((((........((((((......)))))),.((((((((({{((....(((((..((({...((((,..{((({{(((((((((((((....(((((((((.((,....,))))))....))))).,))))))))((((...))))........(((((((((.{.((((.(({.....}}))))).,(((((.(((((.....))))))))))....(((...)))..))).)))))).....)))))))))))))){((((...)))))})))..))))).|{(({{{{(.{{,,,...,|||.||((((...((((((..(((((((.(..(((....)))..}.)))))).}....))))))...)))}..))))))))}.,,.....))))))))))))....((((.(.(((...))).))))))))))))).,||,||(({{{(,,,,,.}}}.}||,,,,,(((((......)))))||||}|||,{.,{(({(.,..||||{.{{{{{{,..(((,,,,{||||||..,.}|||}||||||}..||||.}||,...|{{{||||{({{.....{{.{{{{{{{{((|{||.|||{{|,||,.(({((({{.,,,{.,(((((((({......|))))))))),|||,,,|||||,|||||||.....((((((({,..,(((((.......)))))))))))))...(((((((......)))))))...(((((((..,..(((.((...(.(((.((((....))))))).)...)).)))..,..)))))))...,|||}|||||.|||||||||||}|||||||({{{{{||,{(({{({({.,,(({(((({{{{..{({{,.,}|||...........((((((((..(((((...)))))....))))))))......},.....,{{{{{{..{{{{((.(((((({......})))))}.....((((.....))))(((...,))}.,..,{{|,,.{{{{{{{{|,.,,,,,...}}}}}...|||,{{((((.....,)}))))},},,}))}}))),,))}))},,,,)}))))...,,,,,,,}).)))))))))))}}}|{|..((((,{(((((....{{{.,||||.((((((,,,..||||||.}|||{,||,..|.,}||.(((((((.{.(((....)))))))))))))).))))))))}(((((((|...}))))))).,.........,,,......}},,((((((((...(((.(((((...({.((((((((....)))))))).})))))).))))))))))).(((((((((((((...((((((((((.....{(((({,..{{((......))))|((((((((..((......(((.{.(,{((((((((.({{....((({....((((((...(((...((((((.......))))))))).))))))}}}}.,,,...}}})))))))))).))))......,((((((((..{.,.......,..)))))))),.((((....))))..))..)))))))))}}||||,{((({{{{{.,|||||,,|||..,.},....||.,,,.}},..}}}.))))))))))..))))))}..(((({.(((((((.((((((((.{,.((((.((.....)).))))..},))))))...(((..(((((((..........))))))).))))).))))))).})))){((((((((((((...)))))}..,,.((((((((....)),}))))),|((,,,,.,,,.,,,.}})))))))}......(((.((((((((({{......{(({.,((((((((((((..(((.((((.(((((((.....))))))))))).))).....)))))))....((((....))))..((((((.......)))))}((((((((((((((..(({{((((,........,,.))))))).(((((((({(....}).)))))))))))))))}.,)))))).))))).,))))))))))))))..))),)))))}||.((((((((......(((.(((((((((...((.((((....(((((...(((..((((,{..((((((((.{...........).))))))))....,,,...,.))))..)))..))))).,..))))))))))))))))))..))))))))..)))}))}}.,,,,,{((({{..||.......}}.}}})))}})))}.)))).))))((((...((((((((,(.(((((..(({........}}}.))))).),)))))))).)))).............,,,,|,..........((((({{{.(((,..{((((((((((,({.....(((.((((((((..........{{...((((((((......)))))))}{|.,....||},{,,{{{{..,.)}}),))}}}.....)))))))).))}..,,,}},,,},)))))))))))....,|||||.||{||||||,,,,})||,,}}}}.}},)))}},|||{{{||||,,.,,..,)))))}}}}}{{.({((((((({,{{,(((((.,,,||}||.,,.}))))}|||||||||}|}}|)}}{(({(,{,((,,..,}||{,...{(((((.......)))))|.{{{{{{{{{{{{..,.,{{,..{{((((,,,...,,}}.))}))))),,,,||{{{(((((((,((((......)))}....)))}))},,,..{{,{,{{,,,|||{,...||)))}...}}},.,,..,|}}||,,,|||||},,,,,}|||||,,,,},)}))}},..,||||,,..,},,}}},,{{{{{{{{{{||||||,.,,...,,,...{{(((((({{..,||||{{{{{{{.{{{||,},,|||,,||{{{{((((...........)))).........)))))),)))...,,,,.(((((((..((((({.(,.(((....(((((....,,..((,,(((........))).,)),.)).....)))))..})).)).)))))}......))))))),,.,,,|{{{|||{{{{...{{{...}},...))}}}..,,{{.((((((((...............))))))))},,},.,,,})))})}.........,|.|{||||}.}}}}}}}...,)))),.,))}||||||||{|||||...{{(((((((....)))))))}},,||}||}}||||||,...,||,,,}|,,,....,,,,.)),}))))).,))),)))))))),,)}},,)))))))))}..{((((((((((,,..}}))))))))),,,,,,}))),}}))}.|||||||....{{{,..........,,},..,,...))}}}}}...(((........)))....)))))))).
Back