Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005716.4
Sequence Length
1921 nt
GC Content
0.6455
GGUCUGGAGUUUGCGGAGGGCCGAGCCGGGUGCGCACGGGGAGGCGGAGGCAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGAGCAGAUGAAGAAACUGAGGCCCUGUGAUGUGAAGUGACUUGCCCCCCAGCCACACAGCUGGACCAUUCUGGCUGCUGUCUGGACAAGAAGUCGUAGGGGGUGAGGGUGGAAGCUGGGAAACCCACAGGAGGCAACCACACUAGUUUAGAUCUUCUGGUGACCCCACUUCUCGCUGCUCAUGCCGCUGGGACUGGGGCGGCGGAAAAAGGCGCCCCCUCUAGUGGAAAAUGAGGAGGCUGAGCCAGGCCGUGGAGGGCUGGGCGUGGGGGAGCCAGGGCCUCUGGGCGGAGGUGGGUCGGGGGGCCCCCAAAUGGGCUUGCCCCCCCCUCCCCCAGCCCUGCGGCCCCGCCUCGUGUUCCACACCCAGCUGGCCCAUGGCAGUCCCACUGGCCGCAUCGAGGGCUUCACCAACGUCAAGGAGCUGUAUGGCAAGAUCGCCGAGGCCUUCCGCCUGCCAACUGCCGAGGUGAUGUUCUGCACCCUGAACACCCACAAAGUGGACAUGGACAAGCUCCUGGGGGGCCAGAUCGGGCUGGAGGACUUCAUCUUCGCCCACGUGAAGGGGCAGCGCAAGGAGGUGGAGGUGUUCAAGUCGGAGGAUGCACUCGGGCUCACCAUCACGGACAACGGGGCUGGCUACGCCUUCAUCAAGCGCAUCAAGGAGGGCAGCGUGAUCGACCACAUCCACCUCAUCAGCGUGGGCGACAUGAUCGAGGCCAUUAACGGGCAGAGCCUGCUGGGCUGCCGGCACUACGAGGUGGCCCGGCUGCUCAAGGAGCUGCCCCGAGGCCGUACCUUCACGCUGAAGCUCACGGAGCCUCGCAAGGCCUUCGACAUGAUCAGCCAGCGUUCAGCGGGUGGCCGCCCUGGCUCUGGCCCACAACUGGGCACUGGCCGAGGGACCCUGCGGCUCCGAUCCCGGGGCCCCGCCACGGUGGAGGAUCUGCCCUCUGCCUUUGAAGAGAAGGCCAUUGAGAAGGUGGAUGACCUGCUGGAGAGUUACAUGGGUAUCAGGGACACGGAGCUGGCGGCCACCAUGGUGGAGCUGGGAAAGGACAAAAGGAACCCGGAUGAGCUGGCCGAGGCCCUGGACGAACGGCUGGGUGACUUUGCCUUCCCUGACGAGUUCGUCUUUGACGUCUGGGGCGCCAUUGGGGACGCCAAGGUCGGCCGCUACUAGGACUGCCCCCGGACCCUGCGAUGAUGACCCGGGCGCAACCUGGUGGGGGCCCCCAGCAGGGACACUGACGUCAGGACCCGAGCCUCCAGCCUGAGCCUAGCUCAGCAGCCCAAGGACGAUGGUGAGGGGAGGUGGGGCCAGGCCCCCUGCCCCGCUCCAAUCGGUACCAUCCCCUCCCUGGUUCCCAGUCUGGCCGGGGUCCCCGGCCCCCCUGUGCCCUGUUCCCCACCUACCUCAGCUGGGUCAGGCACAGGGAGGGGAGGGAUCAGCCAAAUUGGGCGGCCACCCCCGCCUCCACCACUUUCCACCAUCAGCUGCCAAACUGGUCCCUCUGUCUCCCUGGGGCCUUGGGUUCUGUUUGGGGGUCAUGACCUUCCUAGUUUCCUGACGCAGGGAAUACAGGGGAGAGGGUUGUCCUUCCCCCCAGCAAAUGCAAUAAUGCCCUCACCCCUCCUGAGAGGAGCCCCCUCCCUGUGGAGCCUGUUACCUCCGCAUUUGACACGAGUCUGCUGUGAACCCCGCAACCUCCUCCCCACCUCCCAUCUCUCCUUCCAGGCCCAUCCCUGGCCCAGAGCAGGAGGGAGGGAGGGACGAUGGCGGUGGGUUUUUGUAUCUGAAUUUGCUGUCUUGAACAUAAAGAAUCUAUCUGCUGUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-910.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -939.64
Frequency: 0.0000
Diversity: 521.78
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((...((((.((((((.((..(((((.(((((....(((((..((((((((..((((((.((((((((.(((..(((((((.((.(.((((.(((......(((((((((.((((((.......((((((((((((..(((((((((((....)))))))).))))))(((.....)))...)))))))))......(((((((......(((.(((((......................((((..((((((.((...((.(((((.((((((((...((((((.(.......).)))))).))))))))...))))).))...))(((.((((......)))).)))))))))..))))(((((.(.((((((.((.(((..(((((((.(((....)))...)))))))))).)))).)))).).))))).))))).)))......)))))))((((..(((.....)))..)))))))))))))))))))......))).....)))).).))..).))))))..)))..))))).)))..))))))..))....)))))).)))))..))))).....(((((....((((.(((((.(((((((......((((.((((........))))))))..((((..(((((((((.....(((((((((((...((((.(((......))).))))..(((((.((.....)).)).)))..)))))))))))..)))).....(((((((((.(((......)))..((((((....(((((.(((((((((.((((((((......((((((..(((..(((((.(((((((((....))))..))))).))))))))..))))))(((((((((..(((((...)))))...)))..))))))...)))).)))))))).)).))).)))))....))))))...((((((((...(((((....)))))...)))).))))..(((..(((((((....)))))))((((....)))))))..)))))))))((((((.....))))))......((((((..(((((((.(((((.((...(..((((.(((((((.((((((.(((((((....(((((((((.(((...(((......((((((.((.(((((((((..((((..((((.....((((((((............((((((((((..(((((((....(((((..(((.((((.....))))))).((((.((((((((..(((.(((((................))))).))).)))))))).)))))))))))))))))))..))))))))))).))))))))))))..))).))))))........(((..((((((((..((((.((((((.(((...)))))))))))))..))...)))))).))).)).))))))......(((((((...))))))).(((((((((.((...((((.((.....)).)))).))))))))))).((((..((.((.(((......)))))))..)))).)))...)))..)))))))))..))))))).........)))))).))))))).))))..)...)).)))))))))))).))))))...((((((((...))))))))...((((.(((((....))))).)))).((....)).....))))))))).((((....)))).)))))))......))))).))))...)))))....(((....))).))).))..)))))))).))))...)).((((((.((((((((((..((((.......))))..))..))))))))))))))...(((((((((((((((((((.((.((........))..)))))...)))))))).))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((...((((.((((((.((..{((((,(((((..{.(((((,,((((((((,.((((((,((((((((.(((,,(((((((,((,(.(({(.{{{......(((((((((.(((((((......((((((((((((..(((((((((((....)))))))).))})))(((.....)))...))))))))){{{{,.(((((((......(((.(((((..........,..........|((((..((((((.,{,,{((.(((((.((((((((...((((((.(.......).)))))).))))))))...))))).}),}.))|((,({((.....,)})),)}}))))))..))))(((((.(.((((((.((.(((..(((((((.(((....)))...))))))))))})))).)))).).))))).))))).)))......))))))).||}}.|{||,,,.,})))},}))))))))))))))))....,.)),..,.,))}}.}.))..,.})))))..)))..))))).)))..))))))..}},.,,|}}}}).}))})..))))).,,,,(((({..,,(({{.(((((.(((((({{...,,{((({{((({,(({,,{||((((((,{{{{,.{||||,,{.{..|},|||||||{|{,,,.||||.(((......))),|||||,||.||||{,,....{|{|,}|((...((((((.{{{{{.{{.....,(((((({|.{{(.,,..,|||..{{{{{|,.|.{{{||,||||{((((.((((((((......((((((..(((..(((((.(((((({((....)))),,))))).))))))))..))))))(((((((((..(((({...}))))...))),.})))))...))))}}))))))).}}.})},|}}}|.|.,}|||||,,{((((((((..,(((({....}))))...)))).}))).,,,,{,(((((((....))))))){|||...,)))),,}||}}}}))))}||{|||},...))))))....,,((((((.||((((((.({{{(.({...{,.{({{.{((((({.{(((({,{((((((....{(((((({|,||(,..{((.{....({{(((,((.{((((((((..{(({..((({.....(({{|((|..,,,,,,,,,,((((((({{{..(((((((....((((({,(((.((((.....))))))},{(((.((((((((..(((.(((((.............,..))))).))).)))))))).))))))))))))))))}}}..)))))))}})),)))))))))))),.))).}))))}...,,,,.,((..((((((((..((({{(((((,,(((...)))))))))))))..))...}))))).}}),)},))}})),,|,.,(((((((...))))))).((((((((({((...((((.((.....)).)))).))))))))))).|||{.,||.||.|||....,,)))}}))..))))}))),}.))},.}))))))))..))))))}....,...,)))))).))))))).)))),,},},)).)},}||)))))}.)))))),..((((((((...))))))))...((((.(((((....))))),)))}.((....}}.....,)))||,,},}|}}}}}}).})}))))}))))}|,.))))).)))}..,)))))....(((....))).))).})..)))))))).))))...)).((((((.((((((((((..((((.......))))..))..))))))))))))))...((((((((((((((((({{.{{.{{........}}..}}}}}..})))))))),))))))))
Back