Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005729.4
Sequence Length
2196 nt
GC Content
0.5323
ACUCGGCCUUCUGGGCGCGCGCGACGUCAGUUUGAGUUCUGUGUUCUCCCCGCCCGUGUCCCGCCCGACCCGCGCCCGCGAUGCUGGCGCUGCGCUGCGGCUCCCGCUGGCUCGGCCUGCUCUCCGUCCCGCGCUCCGUGCCGCUGCGCCUCCCCGCGGCCCGCGCCUGCAGCAAGGGCUCCGGCGACCCGUCCUCUUCCUCCUCCUCCGGGAACCCGCUCGUGUACCUGGACGUGGACGCCAACGGGAAGCCGCUCGGCCGCGUGGUGCUGGAGCUGAAGGCAGAUGUCGUCCCAAAGACAGCUGAGAACUUCAGAGCCCUGUGCACUGGUGAGAAGGGCUUCGGCUACAAAGGCUCCACCUUCCACAGGGUGAUCCCUUCCUUCAUGUGCCAGGCGGGCGACUUCACCAACCACAAUGGCACAGGCGGGAAGUCCAUCUACGGAAGCCGCUUUCCUGACGAGAACUUUACACUGAAGCACGUGGGGCCAGGUGUCCUGUCCAUGGCUAAUGCUGGUCCUAACACCAACGGCUCCCAGUUCUUCAUCUGCACCAUAAAGACAGACUGGUUGGAUGGCAAGCAUGUUGUGUUCGGUCACGUCAAAGAGGGCAUGGACGUCGUGAAGAAAAUAGAAUCUUUCGGCUCUAAGAGUGGGAGGACAUCCAAGAAGAUUGUCAUCACAGACUGUGGCCAGUUGAGCUAAUCUGUGGCCAGGGUGCUGGCAUGGUGGCAGCUGCAAAUGUCCAUGCACCCAGGUGGCCGCGUUGGGCUGUCAGCCAAGGUGCCUGAAACGAUACGUGUGCCCACUCCACUGUCACAGUGUGCCUGAGGAAGGCUGCUAGGGAUGUUAGACCUCGGCCAGGACCCACCACAUUGCUUCCUAAUACCCACCCUUCCUCACGACCUCAUUUCUGGGCAUCUUUGUGGACAUGAUGUCACCCACCCCUUGUCAAGCAUUGCCUGUGAUUGCCCAGCCCAGAUUCAUCUGUGCCUUGGACAUGGUGAUGGUGAUGGGUUGCCAUCCAAGUGAAAGUCUUUUCCUUGACCAAGGGGGACAGUCAGUUUUGCAAAAGGACUCUAAUACCUGUUUAAUAUUGUCUUCCUAAUUGGGAUAAUUUAAUUAACAAGAUUGACUAGAAGUGAAACUGCAACACUAACUUCCCCGUGCUGUGGUGUGACCUGAGUUGGUGACACAGGCCACAGACCCCAGAGCUUGGCUUUUGAAACACAACUCAGGGCUUUUGUGAAGGUUCCCCCGCUGAGAUCUUUCCUCCUGGUUACUGUGAAGCCUGUUGGUUUGCUGCUGUCGUUUUUGAGGAGGGCCCAUGGGGGUAGGAGCAGUUGAACCUGGGAACAAACCUCACUUGAGCUGUGCCUAGACAAUGUGAAUUCCUGUGUUGCUAACAGAAGUGGCCUGUAAGCUCCUGUGCUCCGGAGGGAAGCAUUUCCUGGUAGGCUUUGAUUUUUCUGUGUGUUAAAGAAAUUCAAUCUACUCAUGAUGUGUUAUGCAUAAAACAUUUCUGGAACAUGGAUUUGUGUUCACCUUAAAUGUGAAAAUAAAUCCUAUUUUCUAUGGAAGACUGGUACCUGGUUUCUGGAAGAGGGGUCUGUGACUUGGAGCUGAUCUUUACUGAGCUCGCCGUGGCAGAUGCCAUGCUCAGGACGUUCAUGUGGAUGGUUUCAUGUCAUCGUGCUGGCAACUUGUCCUCCCUGCCUUAGAGAUGAGGCUCAGACAAACGACCUUAGCACCCAUAGCCUAUGCCAUGAGCACUGGCUCCACCCUGAAUCCCAGCUCCUCCCCUUAGUGACCCCAAGUCUGUUUCCCUCAGCUGCAUAAGGAGGCGAUAUAGUUUGAAUAUUUGUCCCCAGCCAAAUCUCAUGUUGAACUGUAAUCCCCAGUGCUGGAGGUGGGGCCUGCUACGAGGUGUUUGGAUCAUGGGGACGGGUAUUUCAUGGCUUGGUGCUGUUUUCUUGAUGGUGAAUUAUUGCAAGAUACGGUCAUUUAAAAUUGUGUGGCACCUCCCCCUGCCCCCUUCUUGCUCCUGCUUUCACCAUGUGACAUGCCUGAUCCCCCUUCACCUUUUGCCAUGGUCAUAAGCUUCCUGAGGCCUCCCUGGAAGCUGAGCAGAUGCCAGCACCAUGCUUCCUGUACAUCCUGCAGAACCAUAAGCCAAUUAAACCUUUUUAAUAAUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-761.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -805.42
Frequency: 0.0000
Diversity: 481.47
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((.....(((((((((.((((...((..(((.........)))...))...)))).))).......))))))(((.(((((((((((.(((((((...)))).))).))))((((((.....((((..((((((((((..(((((((...(((((((.(((((.(((((.((((((((((..(((((........(((.(.((((((.((........)).)))))).).))).....)))))..)))).(((.((((.(((((((((((..((((((((.((((........)))).)))...........((((((((....((((....((((((..(...)..))))))))))...))))))))....)))))))))).)))))).)))).)))(((((..(((((((.((((.((((.((((((....((..(((....(((......).)).(((((((.(((.(((((...(((((((((..(((........))).....)))))))))((((((.((((..(((((.((...(((.........))).)))))))((((((((((..((((((.(.((((....))...)).).))))))(((((((((............((((((.((((...)))).))))))..((((.((((((.(((....((.((((((((.(((.(((......((((((((((((((((((((....((....))..))).))).))))))...))))))))...((((...))))..(((((.((........)).)))))..))).))))))))))).))..(((((((((..(((.(((........))).))).((((..((......))..)))).........)))))))))..............))))))))).)))))))))))))....((((...((((..((((((((((......(((((.((((....)))).))..)))))).))))))).))))))))))))))))))......(((........)))..(.(((((.(((.(((.(((((.....((((((....((..(((((...((..((((....))))..))...)))))..))......))).))).....))))).))).)))))))).)))))))))))..(((((((((((..((.((((((.((.(......))))))))).))..)).)))))))))))))).))))))))))..)))..))...)))))).)))))))).))))(((((....))))).........)))..))))).)))))).(((((((....((((((.(((.(((((...........(((.((((.(....((((((((......(((((((((..((((.......))))...(((((((((..(.((((((((((.......(((((..((((..(((((.........))))).)))))))))((..((.(((((........))))).))..))....((((((((.(((((.......))))).))))))))..((((((..(((.((((((...)))))))))))))))((((((..(((...(((((((.......((((((.....(((((....)))))))))))...(((((.((((((((............(((((((....(((((......((((((....))))))...)))))....))..)))))))))((((..(((.....)))..))))))))..)))))..))))))).....)))..)))))).....)))))))))).)..)))).)))))))))))))).....))).)))))).))))))).))))).))).)))))).))))))).))))).)))))))))).))...))))))).)))..))))))).))))....(((((((..(((((((((......((((((((.....((((((((((((........)))))))((((........)))).....))))).......))))))))..)))).)).............)))....))))))).....(((((((..(((....))))))))))))))))..)))))))...)))...(((((.....)))))........))).((((((....))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(((....,((((({({(,((((.({(...,,...}}}})}.,.,..,)).}}}|||.}}}..},,.|||}}}}|||.(((((((((((.(((((((...)))).))).))))((((((,(((((((,,,,.,{({{(({..(((((((...(((((((.(((((.(((((.((((((((((..(((((......{.(((.{.((((((.((.,....}.)).)))))).).))).}...)))))..)))).(((.((((.(((((((((((..((((((((.((((........)))).))).....,}}}}.((((((((....((((....((((((.{....}..))))))))))...))))))))..,.)))))))))).)))))).)))).)))(((((..(((((((.((((.((((.((((((.,,.((..(((,,..,,,,,,,,.}.}|.(((((((.(((.(((((.,.((((((({({{({,..,.{,..}||....}))))})}},|||||..{|||.}||{{|,{{...{{{,,,,,,,..}}|.|||||}}(((((((((({.({((,{{({{,,{..}})}.,.,|,}{||}}}|(((((((((............{(((((.((((...)))).)))))}..((((.((((({{(((....((.((((((({{(((.(((......,(((((((((((((((((((.,{,({..,,))..))).))).))))))...)))))))}.{{(((,.,{||}|..{{||{,||,.,,,...}},}})))},))).))))))))))).)),.(((((((((..{...(((.((((((.....{{|.,((.....,,....,),,,,)))))))))..))))))))).}..,........}))))))))).))))))))))))).,,,,}|||,,((({..((((((({((,....,({(((.((({....}))).)}..,))})).))))))).)))))))))))))))))).....,|||,.......,,,..|.(((((.(((.(((.(((((.....((((((.,..,(({({({{{{{(({.{((,....))))}}))...}}})))},).,....))),})).....))))).))).)))))))).}}}))))))))..(((((((((((..((.((((((.((.,......,)))))))).))..)).)))))))))))))).))))))))))..}))..))),.)))))).)))))))).))))(((((....))))),|....,}.}}}..))))).)))))).(((((((....((((((.(((.(((((.......,,..{({.{(((.{....(((((,{{..,...(((((((((..((((.......))))...(((((((((..{.((((((((({..{{,,((((((..((((..(((((.........))))).))))))))),}}.{{.(((((........})))}.||{((({.,,((((((((.(((((.......))))).)))))))).,}.})))}.|||{((((((...,,||||,||||,,|{(((({(,{{((,.,(((((({.......((((((,....(((((....)))))))}}}},,.{{{{{,{{{|||{|||,,|,|,}}..(((((((....(((((......((((((....))))))...)))))....})..)))))....{{{{..|{{,.,,.)))..))))}}},..}}},,..)))))))}}..,}))}.))))))..}}})))))))))).}..)))),}))))))))))))).....))}}))))),,))))}}}.))))).))).)))))).))))))).))))).)))))))))).))...))))))).)))..}}}})))))))}....{((((((..(((({{(({......((((((((.....(((((({(((((........))))))}((((........))))....,))))).......))))))))..))}).))..|,........})))....))))))).....(((((((.,,((...,)),)))))))))))))..)))))))..,||.,{.(((((.....)))))},.}},..))).{((({,....,}))}}......
Back