Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005788.4
Sequence Length
2552 nt
GC Content
0.3821
AGACACGCCGGGCUCUCGGGGCACCACAGCCAUGUGCUCGUUAGCGUCAGGCGCUACCGGCGGCCGGGGCGCUGUGGAGAAUGAGGAGGACCUGCCAGAACUGUCGGACAGCGGGGACGAGGCCGCCUGGGAGGAUGAGGACGAUGCAGAUCUCCCCCACGGCAAGCAGCAGACCCCCUGCCUGUUCUGUAACAGGUUAUUCACAUCUGCUGAAGAAACAUUUUCACACUGUAAGUCUGAGCAUCAGUUUAAUAUUGACAGCAUGGUUCAUAAACAUGGACUUGAAUUUUAUGGAUACAUUAAGCUAAUAAAUUUUAUUAGACUUAAGAAUCCUACAGUUGAGUACAUGAAUUCCAUAUACAACCCAGUGCCUUGGGAGAAAGAAGAGUAUUUGAAGCCAGUAUUAGAAGAUGACCUUUUACUUCAAUUUGAUGUAGAAGAUCUUUAUGAACCGGUGUCAGUACCCUUCUCAUACCCCAAUGGACUCAGUGAAAAUACAUCUGUUGUUGAAAAAUUGAAACAUAUGGAAGCCAGGGCACUGUCUGCUGAAGCCGCAUUGGCCAGAGCACGUGAGGAUCUGCAAAAAAUGAAACAAUUUGCUCAGGAUUUUGUGAUGCACACAGAUGUCAGAACCUGCUCGUCAUCUACUAGUGUCAUUGCGGACCUCCAGGAGGAUGAGGAUGGUGUUUAUUUCAGCUCAUACGGGCAUUAUGGGAUACAUGAAGAAAUGCUAAAGGACAAAAUACGAACAGAAAGCUACCGAGAUUUCAUAUACCAAAAUCCACAUAUCUUCAAAGACAAGGUAGUUUUGGAUGUUGGGUGUGGAACUGGAAUUCUCUCUAUGUUUGCUGCUAAAGCUGGGGCGAAGAAGGUUCUUGGAGUUGAUCAAUCUGAAAUACUUUACCAGGCAAUGGAUAUUAUAAGACUAAAUAAACUUGAAGAUACUAUUACACUAAUUAAAGGAAAGAUUGAAGAAGUUCAUCUUCCUGUAGAAAAAGUAGAUGUUAUCAUAUCUGAGUGGAUGGGCUAUUUUCUUCUGUUUGAGUCUAUGUUAGAUUCUGUCCUUUAUGCAAAGAACAAAUACUUGGCAAAAGGAGGCUCGGUCUACCCUGACAUUUGCACUAUCAGCCUUGUAGCAGUGAGUGAUGUGAAUAAACAUGCUGAUAGAAUUGCUUUUUGGGAUGAUGUCUAUGGCUUCAAGAUGUCCUGCAUGAAGAAAGCAGUUAUUCCAGAAGCUGUUGUGGAAGUUUUAGAUCCGAAGACUCUUAUUUCAGAACCUUGUGGUAUUAAGCAUAUAGAUUGCCAUACGACGUCUAUCUCAGAUUUGGAAUUUUCAUCAGAUUUUACCCUGAAAAUCACAAGGACAUCCAUGUGCACGGCAAUUGCUGGCUACUUUGAUAUAUAUUUUGAGAAGAAUUGCCACAACAGGGUCGUGUUCUCUACGGGCCCUCAGAGCACCAAAACACACUGGAAACAAACAGUAUUUCUACUGGAAAAACCAUUUUCAGUUAAAGCAGGUGAAGCCUUGAAAGGAAAGGUCACAGUUCACAAGAAUAAGAAAGAUCCACGUUCUCUCACCGUGACCCUCACGUUGAAUAAUUCAACUCAAACUUAUGGUCUCCAGUGAAACAGCCAUAAAAGCACACUACCUUGUAGUUUUUAAUGUGGGGGUAGAGUGGGUCAGCAGGAGGGAGCUGGUUUUAUGUGAGCAGAUGGAUGGAUGAUGGACCCUUUCCUAAUGAGCCUCCUCAAUAAGAGAGAAGUUCUCAUUGUGGGAAUCUGACAUAGUUCAGCUGAGGAAGAGAAUCAGCUGAUCCUCAUGGUCUGCCACGUAAUCAUUUUCUUAGACGUUUGCUCCACCAGAUUUAACCAAAUGUAACUCCCACAUUGAGUUUAUCUAUAUUGAAAAUCAUUUACAUUGGCCUAUAUUUGGAAGAGAGAUAGUCUUUUGUUUUUAAUAAGUUUCUUACUAUAAAUUUUAAACAAAUUGGUUAGUUAUUUGGAUAUUUUAUUAAACUAGUAACACAGGUACUACACAUUUUAUUAUGGACUCCUCUGAGGAGGAGUUUUUAAUUGUAUUUGCUAGAAAAUCAGGAUGUAAUAAAGAUUUGUAUAAAAAAACUAAAAUAUGGAAAAGAGCUUCAGCCUUCAUAUACAAAUCAUAUAUGCAGACAGCCUAGUUGAUUAUCUAGCAUACUUAGGGUUCUCAUUUUGUAGUUUCUUCCCUCUUUGUGACUAUUCCUUAGCCUUAUAGAUUUCUAGUACUGCCCAGGAAAUCUAAUUUCAAUACAUUUAUCCUAGGUUUCAUGAAAGUUUUUAAAGAUUGGGAUAAAUAUGUACUUAUUUACUAACGUAUUAUCUUUUUCAAACCAGAUUUAUGUGCAAAGGUUAAACAUGUAACUGUUACUAAGCAGUCUAUAAAGUUGUCAUUUACAAUUACUGAUUCAAUUUGAAAUGUAGAAUAAAAUUUUAAUAAAAUGUAUCAACUUAUAAAAUAUUUUAAAAAUAUUGAUAUUAUAAAAGUUUUCAAUAAAAUAUAUCAAACAACAUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-668.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -725.04
Frequency: 0.0000
Diversity: 539.50
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((.......((((((.........))))))..((((((...))))))))))))((((((((((((((((..(((((.((((((((.((((((....((.(((.((((.((..((.(((((((.(((.((............))))))))).)))..))..).).))))))))).))))))...))))).....(((((((.((((((....))))))(((......((((((((...((((..((((....(((.(((((.....((((.((((((.......((((.(.((((((((((((...))))))).)))))).)))).....)))))).))))................(((((((((((.....(((((.(((((.((.(((.((....((((((...(((((((.(((...))).)))))))))))))....)).))).))))))).)))))......((((((...(((((......(((.....)))......)))))..))).)))...)))))))))))..((((...(((.....)))...)))).....))))))))....))))))))....)))))))).....))).......))))))).....))).)))))..))))).))))))...(((((((..((((((((((((..(.((((((..(((.((((....)))).(((((.....)))))............)))..)))))).)......((((.((((((.(((((((.((((.(((((..((((((.......))))))....))))).)))))))))))(((....(((.(((((.((((.......))))))))).)))...)))))))))))))..(((((((......(((((..(((.(((((.((((.((((..........))))..))))))))).).))...)))))...))))))).....)))))))))))).........(((((((....))))))).(.((((.((((((((((((((..(((((.((((((((((((((........(((.(((........))).)))..(((((((((((((......)))....(((((((((((.((((.(((........)))..))))....))))))))...)))..((((((((((((((((((((.((...((((.((((.........)))).....(((.(((..(((.(((((.....(((((....)).)))..))))).)))))).)))......))))...))..)))))).)))))).))))))))...((((..(((((((((((((......)))))).......(((((((.(((..(((((((.((.........................))))))))).....((((((.(((.....))))))))).....((((.......((((((((....(((((....))))).........)))))))).......))))..(((((.......)))))((((((((....))))....((((.(((.((((((((....((((((....((((((...))))))......(((((((.............)))))))....((.(((((((...(((...)))...))))))).))))))))....))))))))))))))).)))).))).)))))))..)))))))....))))...))))))))))..((((((((.....)))).)))).)))))))))))))))))))....)))))))))).)))).)))).)..))))))).................((((..((.(((..((((((....((((.((((((((.......))))...((......))........)))))))).....))))))..))).))..))))(((((((..(((..((........))..)))..))))))))))))..(((.(((((((((((((((....(((((.......))))).(((((((((((.(((((((((....)))))))))......(((..(((((((.((((((..((((.....((((((((((......(((.....)))..(((.((....)))))..)))))))))).....))))..)........))))).)))))))))).....(((((((((((((((((.(..........).))))))...((((((((.(((((((((...........))))))))).......(((((..(((...((((...((((((.............((((((.(((((............))))))))))))))))))))).)))..)))))..))))))))...((((((((((....)))))).)))).((((((.....)))))).............)))))).))))).......)))))))))))...(((((.((.((((((...........)))))).)).)))))...)))))))))).))))).)))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,.{((({(((,{,{{{(((,,....,,,..)}))))|.,|}|,|,.})))|||(((((((((.|..((((((.|{,,.||,{{,{..,||.}}.....,.))..})))))....}..)))))))|{(((((((((..(((..(((((((((,(((.{(((.((((((((((...,{,,((((((.(({.((((((....(((((((.((((({....}})))}{{,...,{{((((((((...((({..{{((....(((.(((((.,...((((.{(((,({{{.{{.((((.,.((((((((((({...})))))).))))),.))))}}.}})))))}.))))................(((((((((((.....(((((.((({{{((.(((.((.{{,((((((...(((((((.(({...})).))))))))))))).,},)).))).))))))).)))))......((((((...(((((......(((.....)))......)))))..))).)))...)))))))))))..((((...(((,...,)))...))))..,,.))))))))....}}}}})))....)))))))},}}}||||...,,},))))))).,,)))))),((,(({(((.{,{(.(((......)))))...)},}))))),}}{{((((((.{{{{{((((....}}}}.,{{{|,....)}))),,}))))))}..........})}))))))..}}....,{((,((((((((.((({.(((((..((((({.......})))))....))))).)))))))))))},)}),...}},.....))))))))))...))))))).))...((..((((.(((((......(((..,{({...,.(((.....))).}},}...))).......))))).))))..))...........,..((({{{((,{(((....))))))))))).,,.......{((((((....))))))}.{.((((.((((((((((((((..(((((.((((((((((((({..,,,,,.(((.{((........))}.))).,|(((((((({(((......)))....(((((((((((.,({{.{{{........||}...,,.}}}.))))))))...)))..((((((((((((((((((((.((...((((.((((.,.......))))..,.,(((.(((..({{.((({({{{{{,,,,,..}}))})|}..},,)),}}}))).))).,....))))...))..)))))).)))))).)))))))).,.((((..(((((({({{{{{....,.)))))}....,,.(((((((.(((..((({{{(,|{,,{,.{{{,,,.........,},),))}}}}))).....((((((,(({.....))})))))).....{{{{.......((((........))))..,{..((((((((.....))))))))..,,,..}|||..{((((.......)))))|||.{{(({{,.}}||.....,{{.(((.((((((((....((((((....((((({...})))))......(((((((,,...........)))))))....,{.(((((((...{{,...,))...))))))).)}))))))....)))))))))))}))).))))}))).)))))))..}))))))....))))...}))))))))}{,{{,,((((,...,)))).))),})))))))))))))))))))....)))))))))).)))).)))).}..)))))))..)))..)))))))))}|(((..((.(((..((((((.,,.(({{(((((({{{.......}|}|,..,,.....,}}....,..,))))))))..,}.))))))..))).))..)))}(((((((..(((.{((.....},,,,..)))..)))))))..))),.(((.(((((((((((((((,{{,(((({.{....}))))}.(((((((((((.{((((((((....))))))))}......(((..(((((((.((((((..((((,,,..((((((((({.............,{|{..,{(.((....)))))},)))))))))).,.,.))))..}........))))).)))))))}}}.{{{{(((,,,{{,,,((((((.(..........).))))))...,{||||||,(((((((((.,.....,...))))))))).......{({(({{(((((,{((({,,((({,,..,.....|{,,||||{||{(({({............}}}}}}}}}}}}..}},,,,,,))).})))}}..}))))))}...|{{{((((((....)))))).}}}}.((((({.....}}}}}}...,,,.}},,,})))))},))}}}.......)))))))))))...,{,((,((.((((((,....,,,,},}})})),)}.,))))}..)))))))))).))))).)))....
Back