Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005847.5
Sequence Length
2296 nt
GC Content
0.5314
AUCCCCUCUUCUCCUCAGGAACUGCUCAAACCUGUGCCCCAAAGAUGAGGGCCCAGGAGGACCUCGAGGGCCGGACACAGCAUGAAACCACCAGGGACCCCUCGACCCCGCUACCCACAGAGCCUAAGUUUGACAUGUUGUACAAGAUCGAGGACGUGCCACCUUGGUACCUGUGCAUCCUGCUGGGCUUCCAGCACUACCUGACAUGCUUCAGUGGUACCAUCGCCGUGCCCUUCCUGCUGGCUGAGGCGCUGUGUGUGGGCCACGACCAGCACAUGGUUAGUCAGCUCAUCGGCACCAUCUUCACGUGCGUGGGCAUCACCACUCUCAUCCAGACCACCGUGGGCAUCCGGCUGCCGCUGUUCCAGGCCAGUGCCUUUGCAUUUCUGGUUCCAGCCAAAGCCAUACUGGCUCUGGAGAGAUGGAAAUGCCCCCCGGAAGAGGAGAUCUACGGUAACUGGAGUCUGCCCCUGAACACCUCUCAUAUUUGGCACCCACGGAUACGGGAGGUCCAGGGUGCAAUCAUGGUGUCCAGCGUGGUGGAGGUGGUGAUUGGCCUGCUGGGGCUGCCUGGGGCCCUGCUCAACUACAUUGGGCCUCUCACAGUCACCCCCACUGUCUCCCUCAUUGGCCUUUCUGUCUUCCAAGCUGCUGGCGACCGAGCUGGCUCCCACUGGGGCAUCUCAGCUUGCUCCAUUCUCCUGAUCAUCCUCUUCUCCCAGUACCUGCGCAACCUCACCUUCCUGCUGCCUGUCUACCGCUGGGGCAAGGGCCUCACUCUCCUCCGCAUCCAGAUCUUCAAAAUGUUUCCUAUCAUGCUGGCCAUCAUGACCGUGUGGCUGCUCUGCUAUGUCCUGACCUUGACAGACGUGCUGCCCACAGACCCAAAAGCCUAUGGCUUCCAGGCACGAACCGAUGCCCGUGGUGACAUCAUGGCUAUUGCACCCUGGAUCCGCAUCCCCUACCCCUGUCAGUGGGGCCUGCCCACGGUGACUGCGGCUGCUGUCCUGGGAAUGUUCAGCGCCACUCUGGCAGGCAUCAUUGAGUCCAUCGGAGAUUACUACGCCUGUGCCCGCCUGGCUGGUGCACCACCCCCUCCAGUACAUGCUAUCAACAGGGGCAUCUUCACCGAAGGCAUUUGCUGCAUCAUCGCGGGGCUAUUGGGCACGGGCAACGGGUCCACCUCGUCCAGUCCCAACAUUGGCGUCCUGGGAAUUACCAAGGUGGGCAGCCGGCGCGUGGUGCAGUAUGGUGCGGCUAUCAUGCUGGUCCUGGGCACCAUCGGCAAGUUCACGGCCCUCUUCGCCUCGCUCCCUGACCCCAUCCUGGGGGGCAUGUUCUGCACUCUCUUUGGCAUGAUUACAGCUGUGGGGCUGUCCAACCUGCAAUUUGUGGACAUGAACUCCUCUCGCAACCUCUUCGUGCUGGGAUUUUCCAUGUUCUUCGGGCUCACGCUGCCCAAUUACCUGGAGUCCAACCCUGGCGCCAUCAAUACAGGCAUUCUUGAAGUGGAUCAGAUUCUGAUUGUGCUGCUGACCACGGAGAUGUUUGUGGGCGGGUGCCUUGCUUUCAUACUUGACAACACAGUGCCAGGGAGCCCAGAGGAGCGUGGUCUGAUACAGUGGAAAGCUGGGGCUCAUGCCAACAGUGACAUGUCUUCCAGCCUCAAGAGCUACGAUUUCCCCAUUGGGAUGGGCAUAGUAAAAAGAAUUACCUUUCUGAAAUACAUUCCUAUCUGCCCAGUCUUCAAAGGAUUUUCUUCAAGUUCAAAAGAUCAGAUUGCAAUUCCAGAAGACACUCCAGAAAAUACAGAAACUGCAUCUGUGUGCACCAAGGUCUGAAAAAUGACUUCCAGGAAAGGAAGCAUGGUAUAUAACAGGAAAAGAAAACUACAUGGGGAACCAGAAGACCUAAGCCUGAAAUCCCAGCCCUGCCCCUAACUAACUUCUGUGUAAACUCAGAUAAGUCACCUUUCUCUGGGAUUCAAAUUUUUGCAUCAGUUAAAAAAAAAGGGGUGGGGGGGAAUGGGCCAAAGUCUGAGUCUUAGAGACUUGUACCAAUGUUAUGCUAUGUCUCUAAAUCUUUACUCUCCUAAGUAGACUUGUCAGCAUCUAGGAAGAACAGCUAGAAAUUUUCCUCUGUGAUAUUUUAGACUGCAAGUUGAAAAAAAUAAAAAGAAAUGAGGGCAGGUUCCAGGGCCUGAAAUGUAGGUAUGCUGCAAGGCUUUUACAUUGAAUUUGACCCUACAUCACUUCAAGACUAAUGCAUAAUAUUAAACAUCAUGUUGAAGAAAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-798.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -838.23
Frequency: 0.0000
Diversity: 547.23
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...........(((...)))..(((...(((.(((.(((((..((((.(((..(((((((.....(((((((((((.((((((((..((....(((..........)))(((........)))...............((((((.((((((((........))))))).).))))))...((((((....))))))....(((((........(((((.(((((((.((((((..((....))..).))))).))).)))))))))(((((.....))))).))))).......(((((((((((((((((((((......)))).......(((..(((((((((((...((((.((((((...((((..(((((....)))))...(((((..(((.((((((((..((((..((((((.(((....((((...(((((((((((((...((....((((((.((((((((...(((((((.((((((.......)))))).))))))).))))).))).....(((..((((((...((((((....((..((((...((((((((...(((((((..............)))))))...)))....)))))..............))))..))...))))))...))))))..)))(((((((((((....)))))....))))))))))))....)).)))).)))))))))((((((((..(((((............))).))..)).....))))))....)))).)))))))))...(((.(((.((..(((..(((...((.........)).)))..)))..)).))).))).....((((((.((.......))))))))(((....))).......))))))))))))...)))..)))))((((((((.((((.((..........)))))).)))....))))).......)))).))))))))))))))))))))).)))((((((((..(((((..((.((((((((((((((((..(((........)))..))))))........((((((((((((((.(((((((((....(((((..(((....)))......)))))...((((...))))((....)))))))))..)).))))....)))))))))).(((((.....))))).............)))))..))))).))..)).)))..))))))))))))))))...)).)))))))))...))))))))))))(((((.((...))...))))).)))))))....))).....)))).))))))).))))).))).)))..)))...(((((((((((((...((((.((((((((....((.((((..((((((.(((((.(((((((((((.(......)))).))))((((((((.....((((((.((((((.((.......((((.((....(((((((((......(((((((((.(((...((((.((((...(.......)...)))))))).))))))))))))((((((...)))))).(((....))).......))))))))).)))))).))))))))))))))....))))))))..)))).))))))).)))))).)).))....))))))))..)))).....(((((((((((((((((.((.(((...((((......))))....))))).))))))((((..((((((...(((............((....))............))).))))))....((((..(((((((.......))))))).........))))....(((.(((((......))))))))))))..................))).)))))))).....((((....(((((...((((..((((((((((.........(((((((((((((((.(((....)))..)))))).........)))))).)))..........)))))))))))))).)))))....))))((((((...)))))).....((((((((((...((((.........((((......))))((((((.(((..(((((((...((((..((........))))))....))))))))))))))))............(((..((((((((((((((.(((((((....(((((.....))))))))))))......))))))).)))).)))..)))..))))....))))))))))....))))))))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
...........,....,))}..(((...(((.(((.(((((..((((.(((..{((((((,....(((((((((((.((((((((..,,..,.(((...,,,.|..}},{{{.......{|||....|,,|{,{..|,{{({({.{{{{{{((........))))))).}.)))))}...((((((....))))))....{{{{..||,,,},{((((.((({(((.((((((..((....))..).))))).))).})))|}}}}{{{{{|||.,|}}}},|||}|||,....((((((({{{((((((((,(({{{{..|||,{(({.{{((({{((,,((((((,...(((({,,,,,(..(((((..(((((....))))}}}}}}..|)))}}..|}}},}},))),)))))))))})))..}))))}...{((((((((((((...((..,.((((((.((((((((...(((((((.((((((.......)))))).))))))).))))).))).....(((..((((((,,.((((((....((..((((.,.{(((({((...(((((((..............)))))))...))),,..)}}})..,...........))))..))...))))))..,,)))))..)))(((((((((((....)))))....)))))))))))).,..)).)))).))))))))|((((({((..((({{............,||{||..||{.,,{|,|}||{{,.||||{|||||..},,.|{|{{{{{(.........,{{........}}}|||||{{||,||||,,{((,(((.((.,.{,.,((((........)}))},}),)).))))))........{((((...)))))...{({{{|...}|,})}|,{||||,.}}},))))}},.,))},}))))),.,},,,........,.,).,))))))))))))))})))))}).)|||||||{,,,||||},,,.,,{{{{((({{{{|||,.({{,{{.,,{{}}}..))))}),,......((((((((((((((.(((((((((.{,.(((((...((....|||.,....}))))..,({{{...))))},...}),)))))))..)).))))....))))))))))..(((({{{{{||,|,...,{{{{,....,}},),.,)))),,,..}).)))}}))),}))))))))))).,,}).))))))))),}.)))))))))))){((((.{{...))...))))},)))))))...,,,)).}},}})).))))))).))))).))).)))..)))...(((((((((((((...((((.((((((((....((.(({{..{{((((.(((((.(((((((((({.{......}))).)))),(((((((,,...((((((.((((((.((.......((((.({....(((((((((......,((((((({{(({...((((.((((...|.......}...)))))))).}))))))))))}{((|||.}}))||,,.(((....))).......))))))))).)))))).)))))))))))))).,,.)))))))}..)))).)))))))},))))}.)).))....))))))))..)))).....{((((((({((((((((.({.(((...((((......))))....)))}}.)))))},,}}}}((((((...(((.{,.,.{{..,.((....))...}}..,.}}.))).))))))....({{{..(((((((.......))))))).........)))}....(((.(((((......)))))))),,,......,.,..........,,..)))))))}.....((((....(((({...((((..((((((((((.........(((((((((((((((.(((....)))..)))))).........)))))).)))..........)))))))))))))).)))))....))))((((((...)))))),,...((((((((((...((((........,((((......))))|(((((.(((..(((((((,..((((..,({....,}},,))))..,.)))))))))))))))}............{{(..((((((((((((((.(((((((....(((((.....)))))))))))}......))))))).)))).)))..}))..))))....))))))))))....))))))))))))).....
Back