Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005857.5
Sequence Length
2975 nt
GC Content
0.3677
GGUGCACGCUGAAGGAGCCGGCGGAACCGGGUGGCCAUGGGGAUGUGGGCAUCGCUGGACGCUUUGUGGGAGAUGCCGGCCGAGAAGCGUAUCUUCGGGGCCGUGCUGCUCUUUUCCUGGACAGUGUAUCUUUGGGAGACCUUCCUAGCACAGCGGCAGAGAAGGAUAUAUAAAACAACAACUCAUGUACCACCGGAGUUAGGACAGAUCAUGGAUUCUGAAACAUUUGAGAAAUCUCGACUCUAUCAACUGGAUAAAAGCACUUUCAGCUUCUGGUCAGGACUCUAUUCAGAGACUGAAGGCACUCUUAUUCUUCUCUUUGGAGGAAUACCUUAUCUCUGGAGACUUUCUGGACGGUUCUGUGGUUAUGCUGGCUUUGGACCAGAAUAUGAGAUCACUCAGUCCCUGGUGUUUCUGCUGUUGGCUACACUUUUCAGUGCAUUGACUGGUUUGCCAUGGAGUCUUUAUAAUACUUUUGUGAUAGAAGAAAAACAUGGCUUCAAUCAACAGACUUUGGGGUUCUUCAUGAAAGAUGCAAUCAAGAAAUUUGUUGUGACUCAGUGUAUUUUGUUGCCUGUGUCUUCACUUCUACUUUACAUUAUUAAAAUUGGGGGUGACUAUUUUUUUAUUUAUGCCUGGCUGUUCACAUUAGUUGUGUCUCUGGUUCUUGUCACAAUCUAUGCUGAUUAUAUUGCCCCUUUAUUUGACAAAUUCACACCUCUGCCUGAGGGAAAGCUUAAAGAAGAAAUUGAAGUAAUGGCAAAGAGUAUUGACUUUCCUUUGACGAAGGUGUAUGUUGUGGAAGGAUCUAAACGCUCUUCCCACAGCAAUGCUUAUUUUUAUGGCUUCUUCAAGAACAAGCGAAUAGUUUUGUUUGACACUCUACUAGAAGAGUACUCUGUACUAAACAAAGACAUCCAGGAGGAUUCUGGCAUGGAACCCCGCAAUGAGGAAGAAGGGAACAGUGAAGAAAUAAAAGCUAAAGUUAAAAAUAAGAAACAAGGAUGUAAAAAUGAGGAGGUACUCGCUGUACUAGGCCAUGAACUGGGGCACUGGAAGUUGGGACAUACAGUCAAAAAUAUCAUUAUUAGCCAGAUGAAUUCUUUCCUGUGUUUUUUUUUAUUUGCUGUAUUAAUUGGUCGAAAGGAGCUUUUUGCUGCAUUUGGUUUUUAUGAUAGCCAACCCACUCUUAUUGGACUAUUGAUCAUCUUCCAGUUUAUUUUUUCACCUUACAAUGAGGUUCUUUCUUUUUGCCUAACAGUCCUAAGCCGCAGAUUUGAGUUUCAAGCUGAUGCAUUUGCCAAGAAACUUGGGAAGGCUAAAGACUUAUAUUCUGCUUUAAUCAAACUUAACAAAGAUAACUUGGGAUUCCCUGUUUCUGACUGGUUGUUCUCAAUGUGGCAUUAUUCUCAUCCUCCACUGCUAGAGAGACUUCAAGCUUUGAAAACUAUGAAGCAACACUGAGAUGUCCAGGAUCUGUGACUGAAGACAUUUCUGAUUAUUUCUGUCCUGGCAGCAUGUUCCAGCUCUUGAUGUUUUUAAACUUUUUUUUAGAAGAAAAAUUAAGUACAGAAAAGCCCAGAUUUAAAUACAUUUAAUAUGUCAUUUUAAAAAUGAUUUUAAUAAUUCAUUUCUUAAAACACUGAAUGAAUUUUGAAGCUUAAUGUUUUUAAAGGCAUAGUUUUAUCUUUGACAUCUAAUUUACCAUCAAGUUGUAAAAUUAUUUGGAAAAAUACAGAACUCGUUUUAUUUGUAUACUUAUAUGGAAUCUGCAUGUGAGGUGUUUGAGGGCAUAUGUUUGAAAGAGGGAGCAUCACCACAGGAAUCCUUUCUGUGAGGUGGAAACAGUGGUCCUGAAUCAUUGUGCUCACACCUAACUUGAAAUCUGGUCUUACUUUCAUGCUGUUAUGAUUUCACCUGGUGAAUCAGUGUUUUAAAUAAGAAAGGUAAUAGUUGGUAAGGCCAAUGUUAUUUAAAUGAAAGUAGUUAGAAAAAUGCUCUCCUAUUCUACCAAAUUUUUAAUUUCUUUCUUCCCUUUCUUGCUACACAGUGAUCAAGAGUUUCUCAUAGUGCUUUGAAGUUAGAAAUUAUGUAUAGGAUAUUUUAAAUCAUUGAGUUUUGUGGGGUUUUUUUGUUUGUUUGUUUCUUUUGUUUUUUGGAAAAUCCGUGUCUUUAUCUUUUUUUCCCACGUGGUAGAUAUGAUCCCAUUGGAGGUAAAUUGUAGCUUCUUCUCAUUCAUGCAGUAAAUAAUACAUCCUUUCACUCAGCAGAGAUGGCCAUAUUAAACACGUUUUGCUAUGUUAAAAGUGGCAGAACAGGAAAGACGAAUUAAAAAUAACAUUUUUUAAGCGACAUAAGGAUGAAAUACUGAUGAAUCUCUGUGACAUUACAGGGAAAAAAAUAUAGUUUUCUAUCUCUUUCAAGGGCAGAAGAGUUUUCAUUUUUAUUUUUGUAAUUUUAUCUGUAAGUCAUAAAUAUUACUUAAUCAGGCCUGAUUCUACUUUUGAAAAUUACAGUUCUUGAAAUGCAGAUAAUGUUUACUUUGAAAACAAAUGUCAUGAAUGAUUUCCAGUUUUUAAAGCUAUAUGUUUCACUGCUUCAUAUCUCUGUCCACUUUCUGAAUGAGAACUUAUUUUGUGCCUAGAGCUCUCACUCACUGAUAAUGCUUAUUACCUUCUGGGCAUUUAUUCCAAAGUGGGAUCAACUGUACGCCUUUGGUAUCUGACCAUAAAGUCUUUUGCUCCGCUGACAUUUGGGUGAUGUCUUCACAUGGAAAUAUAAUAAAAAUAAAAAUCUAGUUUAAUACUGCAUUAUUUAUUUUCCUAAGGCUAAAGAGGAGCAGUCCUAUGCUUUUAUUCAGCAUCCUUUAUCUGUGACUUCAUGCUCUGAUAACUGCCUUUCCUUCCUUCUGUGCCUUUGAAUACAAAUUUCAGUUCUGCAAAAGUGAAACAUUAAACAUUGCCAACGCAAAUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-747.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -807.22
Frequency: 0.0000
Diversity: 784.86
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((....(((((((..((((((((((((.(((((....((((((((((..((((((((((.(.(((((((.(((((((..((((.....))))..))))).))......))))))).).)))))......((((....))))((((.((((((((((((.((.(((((.............))))))).((((((((((.(..(((((((((...........(((((....)))))...((((.....)))).((((.......))))(((..(((((.....((((((((...((((......(((((((((....))))))))))))).))))))))....)))))..))).))))))))).).))))))))))(((((....((((....))))....))))).))))))))))))))))......(((((......)))))...((((((...(((((.((.(((....))).)))))))....))))))......(((((((.(((..(((((.((......)).).))))..))).))))))).(((.(((.(((......)))))).))).(((((((((.((((......))))..)))))))))..................)))))))))))))))...)).)))))))))))).((((((.((((((.(((..(((((((((.......(((.....)))....((((((((.(((((((......(((((...(((((..(((((((......)))..(((((...((((((((....((((((((.((((.(.....).)))).))))))))..(((.........)))........((((((((((((((((((((((((((((((......))))).....))..))))))))).(((((((((...)))))).)))(((((((((((..((.(((((((((..((.(((((((((((((....(((.......((((((((((((.........(((......)))((((((.....(((....((((....))))....)))....))))))........(((((........)))))......)))).)))))))).......))).......(((((.(((((((((((((((((((.(((.((((..((((((((((((((..((((((((((((((((..................(((((((((((((..(((((((((......(((......((((((((..(((((..(((((((..((((.......((.(((((...))))).))))))..)))))))...)))))..........(((....)))....))))))))(((((.((((.(((....((((((((((.(((((.................))))).)((((((.....((((((((((....((((......(((((((((((.........)))..))))))))...(((..((((....((((((........))).((..(((.(((((..((((((....))))))..))))).)))..)).)))))))..))).............(((((((...)))))))(((((.(((((((((...........))))))))))))))))))...))))))))))....))))))...(((..((..((((((..((......))..))))))..))..)))(((((((..........))))))).((((((((.......))))))))....)))))))))...))).)))).)))))))).......))))).))))..))))))))))))))))))))))((((.(((((......((((.....(((((((.......................)))))))...))))...))))).)))))))))))..)).....))))))........))))))..)))).))))))))...))))).))..)))).))).))))).))))).)))))))))))))).))))).))((.(((((((..(((((.(((((((((.((........))..))))))....))).)))))..))))))).)).)))))))))))..))))))))))))))))))))))....)))))..))))..))))))))))))))))).)).))))))..((((((((((((((((........)))))).....(((((.(((((.......(((((((((((((....))).))).............((((((((((.......))))))))))........((..(((((((......))))))).))....)))))))...))))))))))((((((((....))))))))..((((((.(((((((..((........(((((((.((......(((((.....((((((((((....((((((((.....................))))).))).....)))))))))).....)))))((((..(((((.((((((((((((....((((....)))).....)))))))))).)).)))))...))))......))))))))).......))..)))))))))))))(((((((((((..(((.....)))....)).........))))))))).........))))))))))..(((..((....((((...(((......)))...))))..))..)))...)))))))))..))))))))).........(((((((((((.((((.....)))).))).))))))))......(((.((.(((((((......))))))).)).)))..........)))))).(((.....))).....))).)))))))....))))))............(((((.((......)).)))))......(((((((....)).))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((....(((((((..((((((((((((.(((((....((((((((((..((((({((({.{.{((((((.(((((((..((((.....))))..))))).))..,}},,,}}}}},}.)))||{,,,,{{((({,,,|}}}{(((.((((((((((((.((.(((((.............))))))).((((((((((.{..(((((((((.,({{,.....(((((....)))))...,,||...,{||,,.,(({...,,,,)}}}{{{{,(((({..,,.{(((((((.,,{(((......(((((((((....))))))))))))).)))))))),...)))))},))).))))))))).}.))))))))))(((((....((((....))))....))))).)))))))))))))))),,,,..,{|||,.....}}|||...((((((...(((((.({.(((....))).}})))))....))))))..,,.,{{{{{{{.{{{.,||{{|,||....,,))}),}}}}..}}}.))))))).(((.(((.(((......)))))).))).(((((((((.((({......}})),.)))))))))..................)))))))))))))))...)).)))))))))))}.((((({.((((((.(((..(((((((((.......,{{.....}},....((((((((.((((((,...,{((((({...{((((,.({(({{,,((({,...||||{({...,,,|||||,{{{((((((((.((((.{.....}.)))).)))))))),))),,,,,.,,,}},)}}},,,||((((((((((((({{(((((((((((((((......)))))....}))..})))))))}.(((((((((...}))))).)))(((((((((((.,((.(((((((((,.,{.((((((((,{{({....{{{,,,.,,..((((((({(((.{{{{{{{.((({{{{,,|||{.{|||||,{{((.......,|}}}{{{{{{{(.{{,,,,,{{{{||,..,{{{,,,,,,...{{{{{|},||{....,))))},))),,},.,)}))})))}}},..,,{((({{(({(((({.,,,,||{{{.{{{,{{{...|||,|||||||.,,.,||||,||,||}}||||,}}}.}}})}))}......,,,,((((({,,.}}}||||||}}.}}}}|||......((((((((..(((((..(((((((..((((.......((.(((((...))))).))))))..))))))).,.)))))....,.....,{{....,,),,..))))))))|||{|,||||,{{(.,,.(((((((({.((((,..............}}}},{{{.||,{{..{{{{,,,,|||||..|,.},|})),,,,,.,(((((((,((((({{(((.{{(((({{{{|||{{....{{{{{({.{{{{.{|,...,.}}}),,{{{{{{,{{{{{{{,,{{{{,{|,,,}})})},}}}))).))))))}.|,.}}}}.{{{{{,{{,{.,...,,|((((({...}}}))}|{(({{.(((((((((,..........)))))))))})))}|,,.,}})))))),.,),))))),,..)}}}},}}}}}}|,,{((.(((...{{{|,..,)))),..))}.}},(((((((..........))))))).((((((((.......)))))))))}}})))))))))...}}}.|}}}.}|||||||,...(((((((|...)))))))){(((({{.((((((((.....))))))))..}}.))))}.....,,,,(((((.{{{(({,,{{,,,,,,,,{|||||{{{.,|)))}})))},},,,,..,,,,}}.||||||||}|||||...)))},))))))},,,))}))))))))}})},,.}}))))}))).))).,,}},.,}))),)))))))))))))))))))).)).|.(((((((..(((((,(((((((((.{(,,......)),.))))))...,))).)))))..))))))).,..)))))))))))..,))))))))))))}}}},,,,,....|||,..,)))}..))))}}}}}}))))))).)}.))))))..((((((((((((((((,.......}}}}}}.,..{(((((.(((((.......(((((((,({(((....))).})}.............((((((((((.......))))))))))........((..(((((((......))))))).))....})))))),..)))))))))}{(((((((....))))))))..{{{{{(.(({{{{{.,|{,.......(((((({{((,,,..,{{{{{.....{(((((((((....(((((({{......,.....,,,.,....})))}.}})....,)))))))))}....||||,.((((..(((((.((((((((((((....((((....)))).....)))))))))).)).)))))...)))),,}}..}}))))))).......)),,))))))}}}}}}}{(((((((((,..,,,.....,}|....}},........}))))))))...,,,,,.})))))))))..{((..((....((((...(((......)))...))))..)).,))}...)))))))))..))))))))).........(((((((((((.((((.....)))).))).))))))))....,,(({.,,.{((((((......)))))},.,,.))),.........)))))).,{,.....}},.....))).)))))))....)))))).,{{....,...,{(((.((......}).))))}......(((((((....)))}}))).
Back