Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005884.5
Sequence Length
2830 nt
GC Content
0.6495
GGAUGUUCGUUGGGGAUUCAACAUGGCGGCGGGAGUGUCCGCGGUGGUGGCGGUGCAAGAGAGCUGAGGGAGGCGCGAGGGCGCGGAGUUCCAGGUCGAGCAGUUAGGCCGCGAGCGACUGCGGCGCCGAGCCGAUGAGUAACCCGAAGCCCCUAGAGGAGUGGUCACCUGCCUGAGGGCACUUCUGUCCCACCAGCAUCAGACCAGGCCGCACCGAGUCCCCGGCACCAUGUUUGGGAAGAGGAAGAAGCGGGUGGAGAUCUCCGCGCCGUCCAACUUCGAGCACCGCGUGCACACGGGCUUCGACCAGCACGAGCAGAAGUUCACGGGGCUGCCCCGCCAGUGGCAGAGCCUGAUCGAGGAGUCGGCUCGCCGGCCCAAGCCCCUCGUCGACCCCGCCUGCAUCACCUCCAUCCAGCCCGGGGCCCCCAAGACCAUCGUGCGGGGCAGCAAAGGUGCCAAAGAUGGGGCCCUCACGCUGCUGCUGGACGAGUUUGAGAACAUGUCGGUGACACGCUCCAACUCCCUGCGGAGAGACAGCCCGCCGCCGCCCGCCCGUGCCCGCCAGGAAAAUGGGAUGCCAGAGGAGCCGGCCACCACGGCCAGAGGGGGCCCAGGGAAGGCAGGCAGCCGAGGCCGGUUCGCCGGUCACAGCGAGGCGGGUGGCGGCAGUGGUGACAGGCGACGGGCGGGGCCAGAGAAGAGGCCCAAGUCUUCCAGGGAGGGCUCAGGGGGUCCCCAGGAGUCCUCCCGGGACAAACGCCCCCUCUCCGGGCCUGAUGUCGGCACCCCCCAGCCUGCUGGUCUGGCCAGUGGGGCGAAACUGGCAGCUGGCCGGCCCUUUAACACCUACCCGAGGGCUGACACGGACCACCCAUCCCGGGGUGCCCAGGGGGAGCCUCAUGACGUGGCCCCUAACGGGCCAUCAGCGGGGGGCCUGGCCAUCCCCCAGUCCUCCUCCUCCUCCUCCCGGCCUCCCACCCGAGCCCGAGGUGCCCCCAGCCCUGGAGUGCUGGGACCCCACGCCUCAGAGCCCCAGCUGGCCCCUCCAGCCUGCACCCCCGCCGCCCCUGCUGUUCCUGGGCCCCCUGGCCCCCGCUCACCACAGCGGGAGCCACAGCGAGUAUCCCAUGAGCAGUUCCGGGCUGCCCUGCAGCUGGUGGUGGACCCAGGCGACCCCCGCUCCUACCUGGACAACUUCAUCAAGAUUGGCGAGGGCUCCACGGGCAUCGUGUGCAUCGCCACCGUGCGCAGCUCGGGCAAGCUGGUGGCCGUCAAGAAGAUGGACCUGCGCAAGCAGCAGAGGCGCGAGCUGCUCUUCAACGAGGUGGUAAUCAUGAGGGACUACCAGCACGAGAAUGUGGUGGAGAUGUACAACAGCUACCUGGUGGGGGACGAGCUCUGGGUGGUCAUGGAGUUCCUGGAAGGAGGCGCCCUCACCGACAUCGUCACCCACACCAGGAUGAACGAGGAGCAGAUCGCGGCCGUGUGCCUUGCAGUGCUGCAGGCCCUGUCGGUGCUCCACGCCCAGGGCGUCAUCCACCGGGACAUCAAGAGCGACUCGAUCCUGCUGACCCAUGAUGGCAGGGUGAAGCUGUCAGACUUUGGGUUCUGCGCCCAGGUGAGCAAGGAAGUGCCCCGAAGGAAGUCGCUGGUCGGCACGCCCUACUGGAUGGCCCCAGAGCUCAUCUCCCGCCUUCCCUACGGGCCAGAGGUAGACAUCUGGUCGCUGGGGAUAAUGGUGAUUGAGAUGGUGGACGGAGAGCCCCCCUACUUCAACGAGCCACCCCUCAAAGCCAUGAAGAUGAUUCGGGACAACCUGCCACCCCGACUGAAGAACCUGCACAAGGUGUCGCCAUCCCUGAAGGGCUUCCUGGACCGCCUGCUGGUGCGAGACCCUGCCCAGCGGGCCACGGCAGCCGAGCUGCUGAAGCACCCAUUCCUGGCCAAGGCAGGGCCGCCUGCCAGCAUCGUGCCCCUCAUGCGCCAGAACCGCACCAGAUGAGGCCCAGCGCCCUUCCCCUCAACCAAAGAGCCCCCCGGGUCACCCCCGCCCCACUGAGGCCAGUAGGGGGCCAGGCCUCCCACUCCUCCCAGCCCGGGAGAUGCUCCGCGUGGCACCACCCUCCUUGCUGGGGGUAGAUGAGACCCUACUACUGAACUCCAGUUUUGAUCUCGUGACUUUUAGAAAAACACAGGGACUCGUGGGAGCAAGCGAGGCUCCCAGGACCCCCACCCUCUGGGACAGGCCCUCCCCCAUGUUCUUCUGUCUCCAGGAAGGGCAGCGGCCCUCCCAUCACUGGAAGUCUGCAGUGGGGGUCGCUGGGGGUGGAGAGAACACUAAGAGGUGAACAUGUAUGAGUGUGUGCACGCGUGUGAGUGUGCAUGUGUGUGUGUGCAAAGGUCCAGCCACCCCGUCCUCCAGCCUGCAAGGGGUGUCUGGCGCCUUGCCUGACACCCAGCCCCCUCUCCCCCUGAGCCAUUGUGGGGGUCGAUCAUGAAUGUCCGAAGAGUGGCCUUUUCCCGUAGCCCUGCGCCCCCUUUCUGUGGCUGGAUGGGGAGACAGGUCAGGGCCCCCCACCCUCUCCAGCCCCUGCAGCAAAUGACUACUGCACCUGGACAGCCUCCUCUUUUCUAGAAGUCUAUUUAUAUUGUCAUUUUAUAACACUCUAGCCCCUGCCCUUAUUGGGGGACAGAUGGUCCCUGUCCUGCGGGGUGGCCCUGGCAGAACCACUGCCUGAAGAACCAGGUUCCUGCCCGGUCAGCGCAGCCCCAGCCCGCCCACCCCUGCCUCGAGUUAGUUUUACAAUUAAAACAUUGUCUUGUUUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1264.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1312.83
Frequency: 0.0000
Diversity: 649.80
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.((...(((((((.........(((((((((..(.(((((((.(((((((((((......((((.((((((.((..((((.(((.(((.(..((((.((......((((((......)))))).....))))))..).))))))..)))).....((..(((((...(((.((.(((((....)))))))...)))...)))))..)))).))...)))))))).(((....)))((((.((.....(((((((((....))))).))))))..))))..)))))))(((((..((((..(((((......((((....))))..((((((.....(((...(((.(((((.(((......))))))))))))))...))))))..))))).))))..)))))))))((((..((((..((((((((......((((.(((......)))..))))........))))))))...))))....)))).(((((.(((....((((...))))..))).))))).))))))).).....)))))))))((..((((.((((.(((((((..(((((.((((((.((((((((((.....))))..((((((((((((((.(((((((.((.(.((((((....)))))).).))...))(((((((((..(.((((.(((((...(((.(((((((((((.(.(((....(((..((.((((((((((..(((...)))..)))))))))))))))....))).).)))).((((((((.((.(((((((((((((.(((((((.(.(((.....))).).)))))))))))).((((((((............))))))))....(((.......))).)))))))).((((((((.........(((((((.....)))))))....((((((.((((.......)))).)))))).))))))))((((((((((((((((....)).))))...........)))).)))))).......)).)))).))))....)))))))))).)))))))))))))))))))))))).))))))))))))))(((.((((((......)))))).)))............((((.(.(((((.((((....)))).))))).).)))).....((((((......(((.....)))...(((((((.....((((.(((..(((.((((((((.((((((((.(((((((((((((((((.((..((((.((((((((.....))))).))......).))))....)).))))))))..........((((((..((....)).)))))).))))........))))).))))))))..........(((((((((.((((((((((..(((((.((..((((((..(((((((((((((((((((((((((.((......)).)).))))((.((.....(((((..(((.....)))..)))))..))))))))))))..........)))))))).))).))))))..))..(((...)))..(((((((.(((..(((((((........))))))).....(((((.....)))))))).))).)))).((((((((..(.....)..)))..)))))..((....))))))))))))))))).))))))))).((((((..(((((((........)))))))..))))))..(((((..(((((..(((((.((..(((.........)))..))..))))).))))).)))))...)))).)))))))...)))))))....)).))))).((((.....))))))))))..........)))))))))....(((((((((.(((......))))))))))))..(((((((...)))))))..)))))))))))))))...)))))))).))((((((.....((((.(((((((((.......)))).....)))))....)))).......(((.......)))......((((((((((.((((((.(((((...(((((((((((.((....((...(((((.....))))).))....)).))))(((.(((........))))))..((((((...((..((((.....))))..)).))))))(((((((((((((.....(((..((.(((((((.......))))))).))..))).((((((((((((((................)))))).))))..)))).(((((((((.....(((((........))))))))))))))((((.(((((((..((((....)))).((((......))))((((((((......))))))))(.((((..(.((((.(((((((.((((((...(........)...)))))).)))).))))))))..)))).).(((((((((((((.(.((((((...(((((.((.......(((...((((((....)))))).))).......))))))).....)))))).)..)))))))..))...))))........))))))).))))(((((..........)))))...(((.....)))..)))))))))))))...(((((.........)))))........)))))))))))).))))((((((.......)))))).)))))))))))))))))).....((((((((....((.(((....))).)))))).))))))))))).)).))...........................(((((((......)))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(.{(,..(((((((,,,.,,,.,(({((((((.,({{{{((((,(((((((((((..,.,.({((,((({(({(({,((((,(((.(((.{..((((.((.....,((((((.,....|))||}.....))))}}..}.,}}}}}..}}}}.....((,,(((((...(({.((.((({(,...}))))},.||)}}...)}}}}..||||.||...||{{|||{,{,{,},,}))|}.,.||,.,..{((((((({....))))),))})}}..})))..||}|}}}{{{{{..{(((,.{((((......((((....))))..((((((.....(((...(((.(((((.(((......))))))))))))))...))))))..))))).))))..)))}}}}}),||,,,|{|{.,||||{{{{,....,||||,|||}}||{{||...||}}||.....,)))))))}...)))),}}}))}},(((((.(((..,.((((...)))}.,))).})))),},}}))),,.....)))))))))||..((((.((((.(((((((,.{((((.(((,..,(,(((((((,.,,..||||..{(((((((((((((.(((((({.(({{.((((((....)))))).|.}|..,}}(((((((((..(.((((.(((((...(((.((((((((.(,{((((,....{{,,{((.((((((((((..(((...)))..))))))))))}))),....,,,.)})))..((((((((.({.(((((((((((({,(((((((.(.(((.....))).).)))))))))))).((((((((............))))))))....((,....,..,,}.)))))))).{(((((((......{..{((((((.....))))))),,,.((((((.{(((.......))))}))))),,)))))))|((((((((((((((((....)).))))...........)))).)))))),......)).)))).))))...))))))))))).)))))))))})))))))))))))).))))))))))))))|||,((((((......)))))).}}}...{{..|{.,,,.,),.}}.{.((((((..(((((.(((..((((((({,{(((((,(,....,}.}|...}})))....((((({{..,..((((.{((..(((.((((((((,((((((((.(((((({{{((((((((.((..((((,{(((((((.....))))).)).,,.....))))....)).)))))))),{,,...,|.(,(((({.((......}),))))},),)}......,))))).)))))))}.,........(((((((((.((((((((((,{(((,({(,{,((((((..((((((((((({{{(({{,((((((.((......)).))}})))((,((,....{{((({.{({({{..|||..))}))}))))}}))))))),,,,......)))))))).))).))))))}.))..|{{|,.||}..(((((((.(((..,{{((((,,......))))))).....(((((.....)))))))).))),|))}.((((({{,..{|...,}.})}}..)))))..||....})))))))))))))))).))))))))).((((((..(((((((........)))))))..))))))..(((((..(((((..(((((.((..(((........})))..))..))))).))))).)))))...)))).)))))))...)))))))..,.)}.))))).((((.....))))})))))))).))).)))))..))))))..(((((((((.(({......))))))))))))..{||{{||,,.)))}))}..)))))))))))))))...)))))))).})|||{{{,|.,,||||.{{(({{{{{.......}))}....,))})),...}})),......|||.......}})......(((((((((((((((((.(((((...(((((((((((.((....((...(((((.....))))).))....)).)))).,,{(((,(,.....)))))).,((((((...,,..((((.....))))..,).))))))(((((((((((((.....(((..((.(((((((.......))))))).))..))).((((((((((((((...........}....)))))).))))..}))){(((((((({.....(((((.,....,.))))))))))))))|(((,(((((((..((((....}||}.((((......))))((((((((......)))))))){.({((,,{.(({{((((((((.((((((...{........}...)))))).)))).)))))))}..)))).}.(((((((((((((.{.((((((.,.(((((.((.......{((...((((((....)))))).})).......)))))))...,.)))))).}..))))))}..))...))))........))))))).))))(((((..........)))))...(((.....)))..)))))))))))))...,{{{{.........}))}}........)))))))))))).))))((((((.......)))))).)))))))))))),|||||.....|||||{{,...,((.(((....))).))))}),))}))))))}),))},)}}.,}}},,.}|,},,,||||,.,,,,||||||{......))}},,.
Back