Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005906.6
Sequence Length
3867 nt
GC Content
0.4104
ACACAAGACGCCGGAGCUUCACAAGGGAGCGAACGAGGGUGUUUAUAAGAAUGGAAGUGUUGUUUCCUUGCCCGAUUCCUUCAUGCUAUAUCUCAUGAACCUCUGUAAUCUUGGGGGAGAGACUAUAUUUAAUGAUGACAAACCUGUCACCAGUGUAGCAACAACAGUGUGAGGACAAAAGCAAAUAAAAAUUAAGAAGCGUUCAAAUUUAUAUUCAACAAGGAAGUCAUUUCAAUCAACAACUUCUGCUGCAUUAUUUUUCCAAGAUGAACCGAUACACAACCAUGAGACAGUUGGGGGACGGCACGUAUGGGAGUGUGCUUAUGGGCAAGAGUAAUGAAUCCGGGGAGCUGGUGGCCAUCAAAAGGAUGAAGAGAAAGUUCUAUUCUUGGGAUGAAUGCAUGAACUUGAGAGAAGUUAAGUCUCUGAAGAAACUUAAUCAUGCCAAUGUUAUUAAAUUGAAAGAAGUUAUCAGAGAAAAUGACCAUCUUUAUUUUAUAUUUGAAUAUAUGAAAGAAAACCUCUAUCAAUUAAUGAAAGACAGAAACAAGUUGUUCCCUGAAUCAGUCAUCAGAAAUAUUAUGUAUCAAAUAUUGCAAGGGCUGGCUUUUAUCCAUAAACAUGGCUUUUUUCAUAGGGACAUGAAACCAGAAAACUUGCUUUGUAUGGGUCCAGAGCUUGUGAAAAUUGCUGAUUUUGGACUUGCAAGAGAAUUAAGGUCACAGCCACCAUACACUGAUUAUGUAUCUACCAGAUGGUAUCGUGCCCCUGAAGUUUUACUGAGAUCUUCAGUUUAUAGUUCUCCCAUUGAUGUGUGGGCUGUUGGAAGUAUCAUGGCUGAACUCUAUAUGUUAAGGCCACUUUUCCCAGGGACAAGUGAGGUCGAUGAAAUCUUUAAAAUUUGCCAAGUUUUAGGGACUCCCAAAAAAAGUGACUGGCCAGAAGGAUACCAGCUGGCAUCCUCUAUGAACUUCCGUUUUCCCCAGUGUGUUCCUAUAAACUUAAAAACUCUUAUUCCCAAUGCCAGUAAUGAAGCUAUUCAGCUCAUGACCGAAAUGUUGAAUUGGGAUCCAAAGAAACGACCGACAGCAAGCCAGGCAUUGAAACACCCAUAUUUUCAAGUUGGUCAGGUAUUAGGCCCUUCGUCAAAUCAUCUGGAAUCAAAACAGUCUUUAAAUAAGCAGCUGCAACCAUUAGAAUCAAAGCCAUCUUUAGUUGAGGUAGAGCCUAAGCCUCUGCCGGAUAUAAUCGAUCAGGUUGUUGGACAACCCCAGCCAAAAACUAGCCAGCAGCCACUGCAGCCCAUUCAGCCGCCACAGAACCUGAGCGUCCAGCAACCUCCAAAGCAACAGAGUCAGGAGAAACCGCCACAAACGCUAUUCCCGAGCAUCGUCAAAAACAUGCCAACUAAGCCAAAUGGCACACUGAGUCAUAAAAGUGGUAGGAGGCGUUGGGGUCAGACUAUCUUCAAGUCUGGAGAUAGCUGGGAAGAGUUGGAGGACUAUGAUUUCGGAGCCUCCCAUUCCAAGAAGCCAAGCAUGGGUGUUUUUAAAGAAAAAAGGAAAAAAGAUUCUCCAUUUCGGCUUCCAGAGCCAGUACCCUCAGGCUCCAACCACUCGACAGGGGAAAACAAGAGCUUACCUGCUGUUACUUCCCUAAAAUCUGAUUCCGAAUUGUCAACUGCUCCAACCUCUAAACAGUACUACUUGAAACAAUCAAGAUAUCUUCCAGGUGUGAAUCCCAAGAAGGUGUCCUUGAUAGCCAGUGGAAAGGAAAUAAACCCCCACACUUGGAGCAACCAGUUAUUCCCCAAGUCACUGGGACCCGUUGGGGCAGAACUUGCUUUCAAAAGGAGCAAUGCAGGAAAUCUUGGAAGUUAUGCUACUUACAAUCAGUCAGGAUAUAUUCCUUCCUUUCUCAAAAAAGAAGUGCAGUCAGCUGGCCAGAGGAUCCACUUAGCACCUCUCAAUGCAACGGCUUCAGAAUAUACCUGGAACACAAAAACUGGUCGGGGGCAGUUUUCAGGACGUACUUAUAAUCCUACAGCAAAAAACCUAAAUAUUGUGAACCGUGCACAGCCCAUUCCCUCAGUGCAUGGGAGGACAGACUGGGUGGCCAAGUAUGGAGGCCACCGGUAGGAGUCUAUGGUGUGAAACCCUACAGCAUUGCUCCGUAGAGUACGUGCAAGUUCCUUGACCCUGGGAAAUGUCUACAAAUGUCUAUUUCUACUGAGUUCUGGAAGAAAUAUGCAAAAGUGGGUACUUGGAAGGGCAAAAAUCAUCCCCUAUUUUACUUAUUUCCAAGAAAUGCAUUUUCUUAGCAUCAUUGCCCACAGUGUUGAUAUAUGGGUAGGAUGUUACAAAGUAUUGAAUAAACUAUUUGCCAAAGUAUGAAGUAUUUGAUCUACAAUUUAAUAAAUAGUAAAUCCAAUAAGAACCCUUAAAAAAAAACAACUUCCAGAAAAUGUUUAGAGUGUUUUAGUUUUCAUUUGUUGUAUGUGCCCAAAUGGUUUAGUAGUUCUUCACUUUGCUGUGGUUGGCUUAAGAGGUUUGUCUUUUGUUUUUGUACAGCAGUUGGGCCAACCUUUGCUGGCUGUCAGCUGUGGUUCUUAUUUGACUAAGGCUCUGCGCUGCCAUUUUGUCAAUGACAGAAAGAUUGCAAUUAUUUGUUUUUCUACUUUGAAGCUAUGGGAGCGAUGGUAAUUUCAAUCUUGAGCAGGAUAUCUUUUUUUUUUUUUUUGAGGCGAUGUUUCACUCUUGUGUCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCACUAUCUUGGCUUACUGCAACCUCCACCUCCUGGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGAUUAGAGGCGUGUGCCACCAUGCCUGGCUAAUUUUUGUAGUAUUAGUAGAGACAGGGUUUCACCAUGUUGGUCAGGCUCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGACCUCAGGUGAUCCACCUGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCAGGGCUUACAGGUGUGAGCCACAGUGCCCAGCUUUUUUUUUUUUUUUUUAGAAAUAAAUUUAUCUUUAACAUAGAGAAUAUCAAAGUUAUGCCACUUGAUUUUAGUGGACGGCUUGUGUUUUGAUCUUGACCAGUACAGUUCCCAUGAAUUCAAGGUGACAAUCAAGCCCAAUGGCUUGAUGACUUCAAUAGUAACCAAGUCAAGGUUCUCUUGGCUGGACAUCAUUAAGAAAGUUCUGGAAACUGUGUUUGUUUGAUGCUGGUUCAUUGGACUUUUCAAAUUGUUUUGUUUCUGUGUCCCUACCAGACACAAAGAUGAAGUGUGCCAGCUGGUUCCCCCAAGCCAGCUCAUGCUGCUGACCACUGACUCAGCUCUGACCUUCACAUUUGCUCUGAAGCAAGUGCGUUCAGCUGCUGGGGCAGUGAUAUCACAUAGUACAUAUAUUAUUUCCUUAGUUUAUUUCCAAACUGGUAUUUUAAAUAGACACUUCGAACUUUGGGCUACUCUGUUUAAAUCUGCCACUUUCUGGACUGGACCUUAGUACUGUAAAUUCUUUUUAAAGAAUAAUAAUGUUACCAACUGCUGAGAUUUUUAUGUAUUUUGUGACUUUGUAACAACUGCUAUUGUAAUAAGUGUCAUCUUGUGGGCAUUAUACAAAGGCAUAUUAUAAAAUAAUAAUGAUAUUUUUGUAUAGAAGAGUCAACUGUUCAGAUGUAAGAUGUUGAAAAAUGUUAAAAUCUAAAGAGUAAUUUAUCCUAGUGGUAAUGGUUAUAUGUAUUUGUACAGUUUAAAUUAAUGUCUCAAAGCUGUGCAGUCUUUUGUUACUGGGACACUUUUAAACUCUGAAUAGGCAUUAAAAAAAAUAUGGCUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1070.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1147.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 869.83
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((...(((((.....))))).......)))))))...(((.((((((((((.(...(((((((...(((((((.(((...(((((((....((.((.(((((((((((..............((.(((((....))))).))((((((((.....((((((((.......((................)).......)))))))).......(((((..((......))..)))))))))))))...)))))))))))..)).))........))))))).)))))))))).((((((........))))))...)))))))(((((((((...((((((((((((((((((..(((((((((.......))).))))))..))))...((((((.(((.(((((.......))))).)))........)))))).....(((((((.((((.(((.(((.(((((((.........))))).((((((((......)))))))))).))).))).))))))))))).(.(((((((((((..((((..((((((((.(((((((.......((((........))))..(.(((((((....((((..(((.(((..(((((...((.........)).)))))...))).)))))))((((((((...((((...))))...))))))))......((((((((.((.(((.(..(((((.....(((.....)))......)))))..)))))).((((((.(((....))).))))))....))))))))((((......))))((((((((..((.....((((.(((.......)))..))))((((.(((...))).))))..(((.(((............))).)))(((((((((((((..............(((((..(((.((((.((....)).)))))))..((((....))))...)))))..))))))).))))))......((((..(((((((..((((.((((.(((....))))))).))........)).)))))))....)))).))..))))))))))))))).).((((((.........)))))).(((((((((.....(((.....)))............(((((((((..............(((((...((((((((((((((((((((.(((..(..((((((((....).)))))))..)..)))..)))..))))(((((......))))).......(((((((((((((((((((((..((.(((((((((((.....(((.((......)))))........((((((..((((((...((.......)).........((((.((.....))))))..(((((((((...((((((..((((((....((((((.((((.(...((((((((.(((((((((....))))))))))))((((.....(((((.((.((....)).)))))))..))))..((((((.((.(((((.((((((...............)))))).).)))))).))))))..........)))))..).)))).)))))).....((((((...((.(((......))).))..))))))......))))))(((((.(..(((((....((((((((((((...............((((((((((((((..((........))..)))))))).)))))).((((((((((((((........((((.((((((................))))))...)))).(((...((((((((((((((........(((((((((((((((.....((((..(((.(((((.......))).)).)))..)))))))))((((......))))...(((((.((((...(((((............)))))...((((.(((.((((.(((((....((......(((((((........))))))).((((...........))))...........))...))))).)))))))))))))))....(((((((.....)))).)))..)))))(((((((.........))))))).(((((..((........))...))))).))))))))))...........))))))))..)).)))))))...............))).))))))))).))((((((((..............((((.((((((((((...........))))............)))))).(((((.(((...(((((((.(((((((...(((....))))))))))))))))).))))))))......((((((((...((((.((.((........)).))))))..)))))))).............))))..............))))))))...))))))))).))).)))))..)))))).....))))))....)))))))))..)))))))))))))))))).))))).))..)))).......(((......))))))))..))).......)))))))))...((((((((((.((((((....(((((((((((((((..((((((...))))))(((((((.((((((((((((((.((((....)).)).))))))))..)))))).)))))))..((((((.(((..............((((((...))))))..((((..((((((.((((((((((((((.(......))).)))))))..)))))...))))))..)))).)))..))))))((((((..(....)..)))))).....(((((((......))))))).((((((.........)))))).(((.(((((..(((((.((..(((((((...((..((....))..))))))))).)))))))..).)))).)))))).......)))))))))))).)))))).))))))))))((..((((((...((((((...(((((.(((....))).)))))...))))))....))))))..))...))))))))))))).)))))..))))))))))))))))))(((((((.(((.((((((..(((((..((((((((....)))))))).(((.....)))..(((.((((((.....)))))))))...)))))..))..))))))).)))))))....)))))))))))))))..))))............))))))))))).).........((((.........)))))))).))))))))))..(((.(((....))))))...(((((.((((((.((((....(.((((((((....)))))))).).))))..)))))).)))))...(((((.((((((((.............(((((..((((((.(((((.((((((((((...(((((...)))))....))))))))))..))))).))..)))).)))))(((((((..((((((((((....)))))).......))))....))))))).....)))))))).)))))...((((((...((((((((..((((((..(.((((........(((((((((..(((((((.........))))))))))))))))(((.((....)).)))((((....((((((....))))))...)))).)))))..))))))..))))))))...)))))).....(((((((((((..............)))))))))))...)))))))))).))))))))))...)))...(((.(((..........))).))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....{{{(((({..(((((.....)))))...,...})}||||...(((.((((((((((.{...(((((((,..(((((((.(((...(((((((....{{,((,(((((((((((,.............,(.(((((....))))).}|(((((((,.....{(((((((.......((................))..,....)))))))}......,(((((..{{......,}..)))))))))))))}.,)))))))))))..,,.},,,,,....))))))).)))))))))).((((((........))))))..,))))))){|{{{{{{,...((((((((((((((((((..(((((({,(,,.....))),))))))..))))...((((((.(((.(((((.......))))).)))........)))))).....((((({{{((((.(((.(((.(({((({.........))))}.((((((((......)))))))))).))).))).))))))))))).{{(((((((((({,,({((,.((((((((.(((((({{({({{..,.....}}}}}){{({({,((((,((,,,{(({,,...{{{{{,,,.,{{,,|{||.,,|||,|||||,.,{||||,.,{(({{{(((((((((,..(({{...,})).,.)))))))},,,,,.((((((((.((.(((.{..(((((.....(((.....)))......)))))..,)))}),((((((,(({...,))).))))))....)))))))),,,({{{{{{,{||((((((((..((.{{.{((((.(((.......)))..))))|,{,.(((.,,|||,||}|,.(((,{((,...,{{{{{,,|||,,,,||||||||||||,..............({{(({,((.,((({.((..,,)).}))))}}..{{{{....})}}...,}}}}.,))))))}.},}}},......,,,,..(((((((,,{|{{.(((,{(((....))))))).)).....,,,},.}))))))....,,)).))..))))))))...))).))})}||,...,}}},,}.,,)))}}|{{|({{{|.,,.|||,....}}}...,..,},||.{((((((({,.,,,.....,,|{(((((...(((((((((((({,{{||{{,{{{..|,.((((((({....),))))))).{|{.,,,..,,,.{(((((((((((.......|,.........{{..((((...)))).||...,{{((,{,{..,,|...}))}},)))))))))))).....,,.{(((({,{{(((((,,,.{{,......||{,..,{..{(((,.((.,,.,||,}}}..(((((((((...((((((..((((({....((((((.((((.(...((((((((.(((((((((....)))))))))))){{,,{,{{.(((((.((.((....)).))))))).})))}..((((((.,,.{{(({.{{((({...........,...}}}}}).}}))})}).))))))..,..,,...})))).,).)))).)))))).....((((((...((.(((......))).))..))))))......}))))){{({.,(..(((((....((((((((((((...............((((((((((((((..((.,.....,))..))))))))},))))).{,((((((((((({........((((.((((((.{..............))))))...)))).(((,..((({((((((((((.,,{....(((((((((((((((.....((((..(((.(((((.......))).)).)))..)))))))))((((......))))...(((((.((((...(((((..,......}..)))))...(((,,(((.((((.(((((.((({(,.,....,,{{||.},.,,}.}}||}}}.{({{.,,........}}}),,.,,...........))))).)))))))))))))))....(((({{,.....}))),)),..)))))(((((((.........))))))).(((((.{({........}}.,}))))).))))))))))...,,,.....))))))))..)).)))))))...............))}.))))))))).,|((((((((..............((((.((((((((((...........))}}..,,,.....,}}}}}||,{{,.,.,}}},,(((((((.(((((((..,(,.....}},))))))))))))))..,,}||{{{.,,..((((((((...{{{{,{{.{{.......,)}.},}}}}..})))))))..,),))}}},}.))))..............)))))))),..))))))))).))).}))))..))}))).....))))))....))))))))).})).}}.)),,)))),})).))))}..,,.)))}..}}}}}||,,}}}},.{|||||..||},...)),))))))((((...((((((((((.((((((....(((((((((((({{{.{((((((...))))))|{(({,({((,,,,||||,{{{{{,.,....||,||{||||||||,{}},,,|,|}}}}}}|||.,{{,,,,}.............,(((((((..(..(((({.,((..((((((.((((((((((((((.(......)))},))))))..)))))...))))))..)))))))..)..,,))))))}.,||||,..,,,})}})}....(((((((......))))))).((((((.........)))))).(((.(((((..(((((.((..(((((((...((..((....))..))))))))).)))))))..).)))).)))}))..,,,..)))))))))))).)))))).))))))))))...)))),,,.,,{((({,.....})))}.}},....{{{{||...}))))),....,}}}},..)}...))))))))))))).))))),,)))))))))}}}}}}}||(((((((.(((.((((((..(((((..((((((((....)))))))).(((.....)))..((,{((((((,...,)))))))))...)))))..))..))))))).)))))))....)))))))))))))))..)))}....,...,,,,)))))))}|||{{{.......)||||,........}}},)))},))))))))))..{({{(((....)))))),..(((((.((((((.((((....{.((((((((....)))))))).).))))..)))))).)))))...(((((.((((((((....{,,,,..,{((({,..(((({{.(((((.((((((((((...,((,,...,}}))....))))))))))..))))).,}..)))).}}}}}{{{{{{{..{{{{((((((....)))))).......}}}}.,,,))}}))),,...)))))))).)))))..,{(((({...((((,((({,,{{((((((........))))}|{|||||,|}}|{{((({......,},}||||.|||||}}}}}|||,||}}.{({.{|,((((.,,,{(({{{....,)),)),..)))).)).))}.,,,,,|{{||||||||{.,|}}}},.....{((((((((((..............))))))))))}.,.,))))))))),))))))))))...)))..,|||,|||..........})).)}}.
Back