Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005928.4
Sequence Length
1936 nt
GC Content
0.5997
AGAACCCCGCGGGGUCUGAGCAGCCCAGCGUGCCCAUUCCAGCGCCCGCGUCCCCGCAGCAUGCCGCGCCCCCGCCUGCUGGCCGCGCUGUGCGGCGCGCUGCUCUGCGCCCCCAGCCUCCUCGUCGCCCUGGAUAUCUGUUCCAAAAACCCCUGCCACAACGGUGGUUUAUGCGAGGAGAUUUCCCAAGAAGUGCGAGGAGAUGUCUUCCCCUCGUACACCUGCACGUGCCUUAAGGGCUACGCGGGCAACCACUGUGAGACGAAAUGUGUCGAGCCACUGGGCCUGGAGAAUGGGAACAUUGCCAACUCACAGAUCGCCGCCUCGUCUGUGCGUGUGACCUUCUUGGGUUUGCAGCAUUGGGUCCCGGAGCUGGCCCGCCUGAACCGCGCAGGCAUGGUCAAUGCCUGGACACCCAGCAGCAAUGACGAUAACCCCUGGAUCCAGGUGAACCUGCUGCGGAGGAUGUGGGUAACAGGUGUGGUGACGCAGGGUGCCAGCCGCUUGGCCAGUCAUGAGUACCUGAAGGCCUUCAAGGUGGCCUACAGCCUUAAUGGACACGAAUUCGAUUUCAUCCAUGAUGUUAAUAAAAAACACAAGGAGUUUGUGGGUAACUGGAACAAAAACGCGGUGCAUGUCAACCUGUUUGAGACCCCUGUGGAGGCUCAGUACGUGAGAUUGUACCCCACGAGCUGCCACACGGCCUGCACUCUGCGCUUUGAGCUACUGGGCUGUGAGCUGAACGGAUGCGCCAAUCCCCUGGGCCUGAAGAAUAACAGCAUCCCUGACAAGCAGAUCACGGCCUCCAGCAGCUACAAGACCUGGGGCUUGCAUCUCUUCAGCUGGAACCCCUCCUAUGCACGGCUGGACAAGCAGGGCAACUUCAACGCCUGGGUUGCGGGGAGCUACGGUAACGAUCAGUGGCUGCAGGUGGACCUGGGCUCCUCGAAGGAGGUGACAGGCAUCAUCACCCAGGGGGCCCGUAACUUUGGCUCUGUCCAGUUUGUGGCAUCCUACAAGGUUGCCUACAGUAAUGACAGUGCGAACUGGACUGAGUACCAGGACCCCAGGACUGGCAGCAGUAAGAUCUUCCCUGGCAACUGGGACAACCACUCCCACAAGAAGAACUUGUUUGAGACGCCCAUCCUGGCUCGCUAUGUGCGCAUCCUGCCUGUAGCCUGGCACAACCGCAUCGCCCUGCGCCUGGAGCUGCUGGGCUGUUAGUGGCCACCUGCCACCCCCAGGUCUUCCUGCUUUCCAUGGGCCCGCUGCCUCUUGGCUUCUCAGCCCCUUUAAAUCACCAUAGGGCUGGGGACUGGGGAAGGGGAGGGUGUUCAGAGGCAGCACCACCACACAGUCACCCCUCCCUCCCUCUUUCCCACCCUCCACCUCUCACGGGCCCUGCCCCAGCCCCUAAGCCCCGUCCCCUAACCCCCAGUCCUCACUGUCCUGUUUUCUUAGGCACUGAGGGAUCUGAGUAGGUCUGGGAUGGACAGGAAAGGGCAAAGUAGGGCGUGUGGUUUCCCUGCCCCUGUCCGGACCGCCGAUCCCAGGUGCGUGUGUCUCUGUCUCUCCUAGCCCCUCUCUCACACAUCACAUUCCCAUGGUGGCCUCAAGAAAGGCCCGGAAGCGCCAGGCUGGAGAUAACAGCCUCUUGCCCGUCGGCCCUGCGUCGGCCCUGGGGUACCAUGUGGCCACAACUGCUGUGGCCCCCUGUCCCCAAGACACUUCCCCUUGUCUCCCUGGUUGCCUCUCUUGCCCCUUGUCCUGAAGCCCAGCGACACAGAAGGGGGUGGGGCGGGUCUAUGGGGAGAAAGGGAGCGAGGUCAGAGGAGGGCAUGGGUUGGCAGGGUGGGCGUUUGGGGCCCUCUAUGCUGGCUUUUCACCCCAGAGGACACAGGCAGCUUCCAAAAUAUAUUUAUCUUCUUCACGGGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-805.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -839.36
Frequency: 0.0000
Diversity: 377.10
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((.(((((..(((.((((.(((((((((.....(((((((((......(((((.((((((((..(((((....)).)).)..)))))))).)))))(((((...((((((((((((...(((..(((.((((.(((((.(((((.(((......))).))))).)).))).)))).)))..((..((((((((.((.....)).))))))))..))(((.((((((((.(((((((((((((...(((((((.((....((((((.(((.....((((..((((((((((.(((((((.((((((.(((((((((((......).))).))))...))))))))).)))((((((((((.((((((.((((((((((.......)))))((.((((.(((((((....))))..))).)))).))..((((..((((((((((..((.((((.((((.((((((((..(((((.......((((((((((..((((..((((..(((.((((...(((.(((((........))))).))).))))...)))..(((......)))..((.((.((((.......)))))).))((((((((((............(((((.(((........))))))))(((.((((...)).))))).(((((......)))))))))))))))))))..))))..)))))))))).((((((((.((((((((((((((....(((((((((.........))).............))))))......)))...)))))))..)))).)))).)))))))))..)))))))))))).)))).))...........(((...(((.....)))...))).......))))))))))..))))(((((((((....))).))))))(((((.((((((((((.((((....)))).)(((((((.......(((((((((...........((((.(((((((((((((((.(((...))).))))...............))))))))))).)))).((((....(((((((((....)))).........)))))...))))........(((..(((((.....)))))..)))..))))..)))))..(((.....))).....)))))))(((((((((((..((((......))))..))....)))))))))....(((((.....))))).))))))))).))))).......))))).)))(((....)))...(((((((...............)))))))((((.((((.(((((((((((...(((((.((.......................)).)))))....)))))))).....(((((.(((((((....((((.....(((((((((...(((.((((((((((.((.((((......)))))).))))))..))).)..)))..)))))))...))...))))...))))))).)))))....))).)))).))))...)))..)).)))).))))..)))).))))).)))))..))))....))))))))).....)).)))))))((((......)))).(((..(((..((((((.......))))))..))))))...)))).)))).)))))))))))))..)))(((((((.....)))))))...((((.....))))....(((((.((((((((...((((.(((((((((((((((((.....))).)))).....)))))))))).))))...))))))))))))).....)))..))))).))).))))...))))))))))))))..)))).....))))))))).))))))))((((((..........................))))))...))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....((((.(((({.,(((.(({{{(((((((((...,,(((((((((......(((((.((((((((..({(((....))).).)..)))))))).))))){((((...((((((((((((...(({,,(((.((((.(((((.(((((.({(......})).))))).)).))).)))).)))..{{..((((((((.((.....)).))))))))..}}{(,.(((((({.{(((((((((((((.,((((((((.((.,..((((((.(((.....((((..(((((,{(({,,{{{{((.{(({((,((({(((((({..,,,.),)}).}}}|.||,,,}))))).}}}((.,(((((,((((.(({(({(,(((((.......))))),,}||||.,||||||..,})))),.))).,|||,}|..,,((((((((,|((,,..||.|{((.(((((((((((((..(((((.,...,.((((((((((..((((..((((..(((.((((...(((.(((((........))))).))).)))}.,,)))..(((......))).,((.((.((((.......)))))).))((((((((((.............{{{{.(((,,......}}}}}}|{(((.((((...)).)))))}{{{{{......)))))))))))))))))))..))))..)))))))))),,{{{((((.((((((((((({(({...(((((({((........,)}}.,,........,,))))))......}}),,.)))))))}.,))).)))).))),)))))..)))))))))))).)))).||..,.,,},,......((((((((((.((((((.((((.(,{(((((((((((.(((.(((((({({....}}).))))))(((((.((((((((((.((((....)))).}(((((((.......(((((((((,,,......,}((((.(((((((((((((((.(((...))).))))..,.,,....,,...))))))))))).)))}.((((,...(((({((((....)))).........)))))...}}))........(((..(((((.....)))))..)))..))))..)))))..(((.....))).....)))))))(((((((((,..{(({,.,{,..,)))..)),...)))))))))....(((((.....))))).))))))))).)))))....,,.(((((((..(((....))){(((((((((...............)))))))))}.{(((((((((((((({{...{(,((.,{............},.....,.}}))})),))}}}})),,,,,,.,,,..,.)))))))},))))))))),,..((((,,((({{{,,{{{{(((,((({(.((.((((......}))))}.)))))}}.}}}.}.,))}}}))).}))...))}..))))......))))))).)))).))))))...))))))).)))..))))))))),)})}))))}})})}.)))))..))))....)))))))))..,..)).))))))||(((......)))}}(((..(((..((((((.......))))))..))))))..,)))),)))).))))))}))))))..,|,(((((((.....)))))))...{(((.....)))}..,,(((((.((((((((...((((.(((((((((((((((((.....))).)))).....)))))))))).))))...))))))))))))).}.}})))..)))))))}).))))...)))))))))))))).})))).....))))))))).)))))))),(((((....,.......,,............}}}))}...))))..
Back