Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_005938.4
Sequence Length
3644 nt
GC Content
0.5692
GCAGAUGGCUGCCCCGGCGAGUGGUAAACAGAGACGUCAGGAGGGGGCUGCUGCUUGGAGCAAAACAAAAGGGAAACCCGGGGGGCGGGGGGUGGGGGGGGUUGAUAGGGGAAUCGGUGCGGGAAUAAGGGAGGCCGCAGCCGCGGGGACCCGGACCCUAGUAAGAGUGGCGAGAAGGGAAGAGGCGGGGGAAGGGGGAGUCAGGGGAGGGGCAAGUGACGCGGGGGAGCGGGGCGUGGGGGAGGGCAGCAAUCCGGGUGGAGGAAAUUUGGGAGGAGUGUCCGGGGGGCAGCAACUUAAAAGGGGGAGGGAACUGCGGCUAAGGAGACGUUCGGUGAUGGGAGCGCAAUAUAUGAGGGGAUACAGUGCCUCAGGUUUAAAAGAGCAGGAAGCUGAGUGAGAGGUUGCAGAAAAAGUGUCUUCGCUCGGCAGAGGUUACAGGUGGCAUCUCAGAAAGAGCUUUGAGGCUACAGGCUGUAGUCGGGAAGGGGAUCGGAGAACUGUGUGAAGGGACAGCUUAGGGACUAGCGUCCUGGGACUAGGGGGAAGUUCGCGACUUUCUGAAGACUGGCAGGAAUGUGCCUCCUGGCCCUCGAUGCUUCCCCCCUGAGGGGAGGCAUCGUGAGGGACUGUGGCAGGCUUCACUGAACGCUGAGCCGGGGAGGUCCAACUCCACGUAUGGAUCCGGGGAAUGAGAAUUCAGCCACAGAGGCUGCCGCGAUCAUAGACCUAGAUCCCGACUUCGAACCCCAGAGCCGUCCCCGCUCCUGCACCUGGCCCCUUCCCCGACCAGAGAUCGCUAACCAGCCGUCCGAGCCGCCCGAGGUGGAGCCAGAUCUGGGGGAAAAGGUACACACGGAGGGGCGCUCAGAGCCGAUCCUGUUGCCCUCUCGGCUCCCAGAGCCGGCCGGGGGCCCCCAGCCCGGAAUCCUGGGGGCUGUAACAGGUCCUCGGAAGGGAGGCUCCCGCCGGAAUGCCUGGGGAAAUCAGUCAUAUGCAGAACUCAUCAGCCAGGCCAUUGAAAGCGCCCCGGAGAAGCGACUGACACUUGCCCAGAUCUACGAGUGGAUGGUCCGUACUGUACCCUACUUCAAGGACAAGGGUGACAGCAACAGCUCAGCAGGAUGGAAGAACUCGAUCCGCCACAACCUGUCCCUGCACAGCAAGUUCAUCAAGGUUCACAACGAGGCCACCGGCAAAAGCUCUUGGUGGAUGCUGAACCCUGAGGGAGGCAAGAGCGGCAAAGCCCCCCGCCGCCGGGCCGCCUCCAUGGAUAGCAGCAGCAAGCUGCUCCGGGGCCGCAGUAAAGCCCCCAAGAAGAAACCAUCUGUGCUGCCAGCUCCACCCGAAGGUGCCACUCCAACGAGCCCUGUCGGCCACUUUGCCAAGUGGUCAGGCAGCCCUUGCUCUCGAAACCGUGAAGAAGCCGAUAUGUGGACCACCUUCCGUCCACGAAGCAGUUCAAAUGCCAGCAGUGUCAGCACCCGGCUGUCCCCCUUGAGGCCAGAGUCUGAGGUGCUGGCGGAGGAAAUACCAGCUUCAGUCAGCAGUUAUGCAGGGGGUGUCCCUCCCACCCUCAAUGAAGGUCUAGAGCUGUUAGAUGGGCUCAAUCUCACCUCUUCCCAUUCCCUGCUAUCUCGGAGUGGUCUCUCUGGCUUCUCUUUGCAGCAUCCUGGGGUUACCGGCCCCUUACACACCUACAGCAGCUCCCUUUUCAGCCCAGCAGAGGGGCCCCUGUCAGCAGGAGAAGGGUGCUUCUCCAGCUCCCAGGCUCUGGAGGCCCUGCUCACCUCUGAUACGCCACCACCCCCUGCUGACGUCCUCAUGACCCAGGUAGAUCCCAUUCUGUCCCAGGCUCCGACUCUUCUGUUGCUGGGGGGGCUUCCUUCCUCCAGUAAGCUGGCCACGGGCGUCGGCCUGUGUCCCAAGCCCCUAGAGGCUCCAGGCCCCAGCAGUCUGGUUCCCACCCUUUCUAUGAUAGCACCACCUCCAGUCAUGGCAAGUGCCCCCAUCCCCAAGGCUCUGGGGACUCCUGUGCUCACACCCCCUACUGAAGCUGCAAGCCAAGACAGAAUGCCUCAGGAUCUAGAUCUUGAUAUGUAUAUGGAGAACCUGGAGUGUGACAUGGAUAACAUCAUCAGUGACCUCAUGGAUGAGGGCGAGGGACUGGACUUCAACUUUGAGCCAGAUCCCUGAGUCAUGCCUGGAAGCUUUGUCCCCUGCUUCAGAUGUGGAGCCAGGCGUGUUCAUAUCUACUCUUUACCCUUGAGCCCUCCCCAGGAAUUUGGGACCCUGCUUUAGAGCUAGGGUGGGGUCUGGUCACACACAGGUGUUGAAGAAAUUAUAAAGAUAAAGCUGCCCCAUCUGGGGACGAUAUGGGGAGGGAGAUGGGAGGGGAAAGGGGAGAGGGUUUUUCUCACUGUGCCAAUUAGGGGGUAAGGCCCCCUCUCAGGAGCCAUCAUCGGCUUUCCCCAUUCCUACCCACUUAGGCUUUGUAGCAAGAUGAGCAAUGCUGUUGGAAAUGUGAAGUCACCAGUGGCCUUACCCCUGCCUUUGGGAGCAGGAUUUUUUUGUAGAGAGUCUUAUCUGAGCUGAGCCAGGCUAGCUGGAGCCUGGGAUUUCUAUGCAGUGGCCCCUUAGGCCAGUGAUGUGCGGUGGGUGGGCUGUUUAGGGGAUCUGGAAGGGCCAAGGUCUGAGCACUGGAGUGGCUCGCCAGGCCAAAUCACCCUUAGAAGGCUGCAGAUAACAGAAAGGCUUUUUAUAAACUUUUAAAGAAAUAUAAACACAAAUAUAGAGAUUUUUUAACCAUGGCAGGGUGCUAGUGGUGGGCAGAAUGCUUUUUUUUCUUUCUGAAGGCUUUGUGAUAGUGACAUGAUACAAACACUACAGACAAUAAAUAUUAGGAGACACAGGGAAGUGGGGAGAGGUGGGGAGUAAUAGUAAACACAGGGAAGAGCUCCCCUACGGACCAGGUAUAGAGAAAGGUCUAUGCAGAAAUAGGUUAGAGUUUCCCUAACAAAAAAGCUAACCCAGGUCCCCUCAUUCCUUCAACUUGUGCCUGGGAGUGUGUGGUGUUAGGGUGCAGCCACACUCUUCUAUGACCCAGCAUGGGUUAGUGCUAUGGUGGGAGAGUACAUUGAAGGCCUGGAAUUAGCUUGGGGCCAGGGAAGGGACUGGGAGGGGAGAGAAGAGAAGGAGGGAAGGAUUUAGGAUGGUAAAGUUAGGUACAGAGACCUCCCUGUUCAAGGCCCCUGACAGCUGUCCCUGCCCUUCUUCCCCUUCCCUGACUGCAGGGGUUAUGUGGAAGUGUGUGUGGCAGCAGGCAGCGGGGAGGGGAGGAACAGGGAAGGGGGAGCUGGGGAGCUUGGCUGAGGGUCUGGGAAAUGAGCAGGGAUGGGGGGGGAUGUGGAUCAGGUUUACUAGCACCUGCCAGGGAGGCCAUCUGGGGCUCCUUCUCCACCCCAGCCCCCAAAGCAGCCCUUCCCCCAGUGCCCUUUGCAUCGUCCCCUCCCCCACCCCUGCUGUGGGUUCCCAUCAUUUCCUGUGUCAGCGCCUGGCCUACCCAGAUUGUAUCAUGUGCUAGAUUGGAGUGGGGAAGUGUGUCAAAUCAAUAAAUGAAUAAAUUCAAUAAAUGCCUAUAACCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1480.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1548.20
Frequency: 0.0000
Diversity: 850.83
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((((.((..(((((((((.((((...((((((((.((((((.((((......))))........(((...)))..(((((((((((((((.((((((((((((((..((..((((((...(((((((.((((....))))((..(((((((((((...((((.((((..(((((((.(((((((((..((((((..(((.(((((((...(((.(.(((((((((((((.((..((((((((.(....(((((((((....(((.(((......))).)))(((((((........(((((.....(((((((((..(((..(((((........))))).......(((((.(......).)))))...........(((((..(((((((((((.(((........))).)).)))))))))(.(((((....(((((..((((((......))))))(((...((((((.((((((((((((.((((........(((..(((((.((((.(((......(((..(((((((((((((((((...)))))))).......((((......))))....((((((((((((((((((.....)))))))))))..))))).))(((((((.((...(((...((((((((((....(((((((.....)).)))))))))..........))))))..))))).))))))).........))))).))))))).......))).)))).))))))))........)))))))))).))))))............((..((((((((..(((((...)))))..).(((((((((.((...(((.........((((((((..(((((((.............)))))))......(((((.((((((((((..((.((...)).(((((((......)))))))))..))).))))))))))))(((((((((.........((.......)).........))))).))))...)))))))).........))).....)).)))))))))......)))))))..)).(((((((((............))))).))))..)))))).))).((((.((.....)).)))))))))))))).).))))).(((((..((((((((((((.....((.(....))).....))).))))))))))))))..((.((.(((.(((..(.(((((..........))))))..))).))).)).))...(((((.....))))))))..)))))))))....))))).(((........))).)))))))..)))))))))..).)))).))))..)).))))))..((((((((....)))))))).((((.(((((((((.((....)).))....((.(((..((((((........))))))(((((..(((...((((((((.(.((((.(((.((((.((......)))))).).)))))).)))))))))...)))......))))).))).))......))))))).)))).))))).))))))......)))).(((((........)))))...))).))))))))).)))))))))...((((((......))))))))))))))))).)).)))))))))..))))..)).................))))))).....))).)))..))..))))))))))).(((((((....))))))).(((.((((...)))).)))))).)))))))))....)))).)).)))))).)))))))).((((.(((((((((((((((((((((((...((((......((((.((....((((((((((....((((.((...(((((.(((((((....))))))).))..)))..)).))))....)))))))((((....((((((((.((((...(((...((((.....(((....)))...))))...)))....))))...))))))))....))))....)))...)).)))).....))))..))))))))).....))))))...((((.(((....))).)))))))))).))))))(((.(((......))).))).(((((....)))))...(((((((((.((.((....)))))))).)))))(((.(((((((((..((((((..........)))).))....))))))))))))...(((.(((((..(((((...(((((((((......(.(((((((((((((....))))))))))))).)((((((....))).)))....................((((((....)))).))...)))))))))......)))))..))))).)))..))))...))))).))))....(((((((...)))))))....)))))))))...(((((((((((((((....(((..(((((((.(((.((((.(((((.(.((((.............((((((.((((.....(((((((..(((..(.(((((((((((((((((((((((.((((.......(((((((......)))))))..........((.(((((.....))))).))((.(((((((((((((((.(((.((....)).))).))))..((((((.((....(((...)))))))))))....))))).......)))))).))..)))))))))))))))))))............................)))))))).)..))).))))))).)))).))))))))))).))))).....)))).)))))))))).))).((((.(((((((((((......................(..((((((((((((((((((((((.((((((.............((((((..((((.((((........(((((((......))))))).....))))...)))))))))).......(((((((.(((((..........(((((((..((((((((((((.(((((((((......))).)))))).)))))....((((.(((((.......))))).)))))).)))))))))))))))))..)))))))(((((.(((((..((.(((..(((((...(((.((..(((((....(((((((..........)))))).).....))))))).)))....)))))..))))).)))))))))).)))))))))).((.((.((((((((..........(((.(((....))).)))..((((((((((.((...(.((((((...(((((((.(...(((((..(.((........)).).(((.((((((((((..(((..(((((........))))))))(((((.((.....)).)))))))))).))))).)))......)))))...)))))))).)))))).).)).)))))))))).)))))))).)).)))))))))..)))))))))))..)..((((.....)))).)))))))))))))))....)))))))))))).................((((....))))......)))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,,(((((((.({..(((((((((.....,({((((((((.((((((.((((......))))........(((...))).{(,(((((((((((((.((((((((((((((..((..((((((...((((((({(.((....}}((((..(((((((((((...((((.(({,{{(((((((.(((((((((.,((((((..{((((((((((......{({{{{{{.|||((((.((..((((((((.(....(((((((((....,((.(((......))).)),(((((((.,......(((((.....(((((((((..((({.(((((........)))))|....,.(({((.{......}.|||||,{.........(((((..(((((((((((.(((........)}).))}})))))))),.(((((....(((((..((((((......))))))(((...((((((.((((((((((((.((((.,....(,(((..(((((.((((.(((......(({..(((((((((((((((((...)))))))).......({(({{,...}}}}}}}}|,((((((((((((((((.....))))))))))),.})))).,{(((((((,(((,.{(({{.,((,{,(({{{{.,{(((({{.....}}.)))))))})}...,.},..)))))}....)))})))))))}........))))).)))))))..,....))).)))).)))))}}).}..},,}))))))))))))))))).........,,.{{..((((((((..(((((...)))))..).(((((((((.((...(((.....,...((((((((..(((((((.............)))))))......((((,,((((((((((..{{.{{...{|,(((((((....,,)))))))))..))).)))))))))))){{{((((((.,.....{(((.......)},}}..},..)))))},}})...)))))))).........))).....)).)))))))))......)))))))..}}.(((((((((.,,....,}...)))))},)))..)))))).))).((((.((.....)).)))))))))))))).}.))))).(((({.,((((((((((((.....((.{....})).....})).))))))))))))))..,|||||||,.(((..(.(((((..........))))))..))).)))})}.)}...(((((.....))))))))..)))))))))....))))).{{{.{......))).)))))))..)))))))))..).)))).))))..)).))))|||{((((((((....)))))))).||||.|||||||||}{{....}||||.{,,((,,,{..((((((........)))))){{(((.,(((...((((((((.(.((((.(({.((((.{{......}})))).).)))))).}))))))))...)}}....,.))))).,}}.||,....,))}}}}},}))}}))))),}|}|}...|,,|||...(((((........)))))..}))),))))))))).)))))))))...{(((((......)))))}))))))))))).)).)})))))))..)))))))).............,,.,))))))).....))).)))..))..)))))))))||.(((((((....))))))).||{.((((...)))).)))))).)))))))))....)))).)).)))))).))))))))})}.,|{{{{.((((((......}}}}||{({(((,.,((({(.,,.{{{((((((((((,,...,}}}}}}}}}},{{{((.(((((((....))))))).,),,|||{....,,||||((((((....,.,||||||,{{|(.((((((((((((...((({{({(((((.,.,(((....)}}....((((({......)))))}{((({((({{,,,,.......,{|,.|{{,,.,}},..}.},}.,|||.{{{{{{{....})))))}...))))}.})))...)))))),))).,{{||,....,},,},.)))...))))))).))))).){((((((((.{|{{{....}))))))).))))))}))),.)))))){{(({{{.{{{(({,,,,|({{{{|||||||.,,.},,}))}}}}}}.{((({..(((,,...(((((((((......{.(((((((((((((....))))))))))))).}((((((....)))},))......,......,,.....,,((((....)))).}}...)))))))))....}})))))},,))))}),))))))},,.})))).})))....(((((((...)))))))....)})))))))...((({(((((((((((....(((..((,((((,,((.((((.(((((.{.((((,............{(((((.((((...,,(((((((..(((..{.(((((((((((((((((((((((.((((,,.....(((((((......))))))).....},...((.(((((.....))))).))((.(((((((((((((((.((({((....)),})}.))))..(((((((((,(....,,}})))},})))))....))))).......)))))).))..))))))))))))))))))}..,........,{{{........,}}},)))))))).}..))).))))))),)))).))))))))))..))))).}}}},))..}})))),)),.))).((((.(((((((((({......................{..(((((((((((((((((({,((,((((((,............{{{{{,..||||,||{{...,,,..(((((((......))))))).....}}}|,,,|,}}}}}})).......{((((({.(((((,.........(((((((..((((({((((((.(((((((((......))},)))))).))))),...((((.(((((.......))))).)))),}.)))))))))))))))))..})))))){{({{{({(({,{((.{{(,,(((((,..(((.((..(((((,..,{{((({{..,.......})}}}}.,.....))))))).)))....|||}}..|||||.|||||,||||{||||||||||((({.({((,,(,(({{{,.,....,,|,|||}}}.,),.)))}}||||||||||}||..,|}|,|||||.}||||{((,|,,.{(({(,{({{({{,,....|,,}.{{{.((((((((({.,(((..(((((........)))))}}|(((((.((.....)).))))))}))),))))}.))))),...)})))}}}}))))))}.)))))).).)).)))))))))),,}))))}),})}),})))))},.)))))))))))..}..((((.....)))).}))))))))))))))....)))))))))))).,,,......,,.....{((,....,))}......)))........
Back