Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006013.5
Sequence Length
2164 nt
GC Content
0.5152
CUCUUUCCCUUCGGUGUGCCACUGAAGAUCCUGGUGUCGCCAUGGGCCGCCGCCCCGCCCGUUGUUACCGGUAUUGUAAGAACAAGCCGUACCCAAAGUCUCGCUUCUGCCGAGGUGUCCCUGAUGCCAAGAUUCGCAUUUUUGACCUGGGGCGGAAAAAGGCAAAAGUGGAUGAGUUUCCGCUUUGUGGCCACAUGGUGUCAGAUGAAUAUGAGCAGCUGUCCUCUGAAGCCCUGGAGGCUGCCCGAAUUUGUGCCAAUAAGUACAUGGUAAAAAGUUGUGGCAAAGAUGGCUUCCAUAUCCGGGUGCGGCUCCACCCCUUCCACGUCAUCCGCAUCAACAAGAUGUUGUCCUGUGCUGGGGCUGACAGGCUCCAAACAGGCAUGCGAGGUGCCUUUGGAAAGCCCCAGGGCACUGUGGCCAGGGUUCACAUUGGCCAAGUUAUCAUGUCCAUCCGCACCAAGCUGCAGAACAAGGAGCAUGUGAUUGAGGCCCUGCGCAGGGCCAAGUUCAAGUUUCCUGGCCGCCAGAAGAUCCACAUCUCAAAGAAGUGGGGCUUCACCAAGUUCAAUGCUGAUGAAUUUGAAGACAUGGUGGCUGAAAAGCGGCUCAUCCCAGAUGGCUGUGGGGUCAAGUACAUCCCCAGUCGUGGCCCUCUGGACAAGUGGCGGGCCCUGCACUCAUGAGGGCUUCCAAUGUGCUGCCCCCCUCUUAAUACUCACCAAUAAAUUCUACUUCCUGUCCACCUAUGUCUUUGUAUCUACAUUCUUGACGGGGAAGGAACUUCCUCUGGGAACCUUUGGGUCAUUGCCCUUUCACUUCAGAAACAGGUUGACAACUCAGCCCUGCUCAUGAGGCAGCAAACCCUGCAAAGGGCUGGGACUGGUGGCCUUAUGUCAGUUGUCUACUCUGGAGCUUGACUUGGACCUCCCCAGGUCCUAGGCAGUAGGUUGAAAAACACUGAAGUGCUUUUCAUGAAGCACAGCUGCAGCAAAGCCUUGCAAUCCCAGGCUGGGGUCAGCCUACAGUUGUGUUGCUUAUUACAACACAUGCGGACCAAGAGGGGCUUGUGGGCUAGAGGCUGACCAGCAGCGUUUAUUUAGCAAGGGUAGGUGUGCAUCACAUUGGGCUUGUUCUCACCCAUCUGGUUUGGCCAUUCCUCCUUGGUGGGAAUCAUCCAGGUACUGCUGAGGUCACCUGCGAUUUGCCCCAUUUCCUAUCUCUAGCAACCUCCUGGGCCCCAUGCCCCCACCCCUUCUAGAACCUGCAUUCCCAGGGCCUUCACCACCUGACCAAAGGUCUAGGCUAACCUUUGGUCAUUUGUAACAAGACCUCGGAACAGACACGUGUGUGGCAUGGUUUGGCCUGGGGAUCUUAGAUGUCUGACCUGAACUAUUGUAGAACAGCGCUGGCUUUUGGGGGAGCAGCAAAAAUGAGAGGAGUGCUAGGUGGGUGGCCUGAGCAUCUGUAUCCAGGGACAGGACUCCAAAGGCUUUUGGUCCCAGAGCUGGGGUAUGUUGGCCCCAGCCCCCAGCCUGUGGCUCCCAAAAGGCCUCUGGUUUUUUGUAAUCUCAGUUUACAGCCAUUUCUUAGGUUUUUAAUUACCUUUAUUUUAUUUUGCCAAACAUACCUGGGAAUACCUUUUAUUUUUUUUUUACCUUGGGGUGAUGGUUCCAAACCAUAAAUGUGAUUAUAGUUAACACAUGACCCUUCUAGCGUCCCAGCCAGUGUUUUUCCUGACCUCUCUUCUUUGGAGAGGAGGAUGGAAGGGAGGGGUCCGGCAUGCUGCUGGCAUUUUGCUGUGUCCUGCAGCCCCUUUCCGGGACACCUGGGUUCACACAGCUUUUUAGCUUACAUAACUGGUGCAGAUUUUCUGUGUGGAGAUGUUGCCUUGACCAGCCUUGGCUGGACUUUACCAGGCAUGCAGAAGCCUGUACCAACACAGACUACAGCACCCAGGAGGUGCGAGUGUGGCUGCUCAGCGGUUAUAACAGGCCUGACUGCAUUGUUCACCGGAUUAUAAUGAGCCAAAAUGUUUCCCGGUGUUUGCUGGUUUCAGGGAAGGAGUUUGAUAUAGCAGAUUAACCACCCUCCUUGUAGCUAUUGGGGCUUAAUGGUUUCCUGGUGAUUCUUACCAAUCCACAAUAAACAUGGCCCAUUGGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-803.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -840.72
Frequency: 0.0000
Diversity: 430.34
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........((((((((...))))))))...........(((((((((((..((((((((.(((((.((((((((.((........)).)))))....((((...(((((((..((.(((...(((((........)))))...)))))..)))))))..)))).((((((((......))))))))(..(((....)))..).........((((((((((.((((...(.((((((..((((...((((((((((((.((.(((...(.((((((((((((......((((...))))(((((((((..(((..(((((((((...(((((((((((.....)))))((.(((((..(((((((....))))))).))))))).((..((((((((.((.....)).))))))))...))(((((...((((((((((((((...((((.....((((((..(((((((....(((((.((.(((.(..((((((....))))))..).))).)))))))((((((((((((..((((.(((...))).))))..))))..((((((((.......)))))))).......(((.(((....))).)))..(((((((((((((.(((((.......))))))))))))(((((.(((......))).)))))((((.(((((((((((............))))...............................((((((.....((((..........))))....))))))(((((...((((....)))))))))((((....))))((((......))))((((((((....)))).)))).)))))))))))....((((....)))))))))).)))))))).....(((((..((.((.(((..(((((((((((......)))))))..))))..))))).)).....))))).(((((((....)))))))..)))))))..(.((((((((....(.((((.(((((((((..((((((((((.......)))))))......(((.(((...))).))))))..)))))))))..)))).)....)).)))))).).))))))....))))..))))))............(((((((((((((.((((..((((((((...((((((((.((((.(((((((((((((..((...))..))......((((((..(((((((((.....))))......(((.......((((.(((((((((((.....((..(((((((((((........)))))))))))..))....((((((((((..(((((.(((((...))))))))))..)))))).))))((.((.(((..(((........)))..)))))))))).)))))))).)))).......))))))))))))))))))))))))).)))).(((((..(.(((((((((..(((.((((((((((.(((((.(((((((...((((....)))))))))))))).))...)))))).)))).)))..)))))...)))).)..))))).........((((........))))....................))))))))................))))))))..)))).)))))..))))))))...(((((.(((....))))))))(((.((...)).)))...))))))))...))))).(((((((.....))))))).))))))..)))))))))..)))..(((((.(((((......))).)).)))))(((.....))).)))))))))...)))))))))))).).))).))..))))))))))))(((((((((......(((((((((((((....)))))...)))..)))))(((((....))))))).)))))))...))))..))))).).)..))).)))))))))))..))).))))).)))......(((.....((((((......((........)).....))))))..)))(((((.((((((.((((((((......)))))).....)).)))))).)))))..)))))....(((.....((((((...))))))..))).........))))))).)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
........((((((((...)))))))).....,,.,.,(((((((((({,.((((((((,{((({.{{((((,({((....}}},)),)}}},....{{((,{{{{{{|{{,}|{.(((...(((((........)))))...)))}}.})))))},...))).((((((((......))))))))||||||.},}})}},},...,....((((((((({.,(((.,.{.((((((..((((...((((((((((((.,,.(((...(.((((((((((((......((((...))))(((((((((,,(((.,{{(((((((...,{{{{{(((((.....))))){{.(((((..(((((((....))))))).)))))||{{{..(((((({{{((.....,)})))))))).{(((((({,....|.})))))}.,....,.,,|,,.{{(|{|.((((((.((((...(((((,,{.(((.(..((((((....))))))..).))).}})))))((((((((((((.,((((.(((...))).)))),.))))..((((((((.......))))))))......,(((.(((....))).)),,,(((((((((((((.(((((.......))))))))))))(((((.(((......))).)))))((((.(((((((((((..,......,..)))}.............................{(((((((.....((((..........))))....)))))))}{|||..,|||,.,|))},.....((((....)))),{((......))},((((((((....))))))})),)))))))))))....((((....)))))))))}.)))))))).......,,....,.,,)))).)))))).((.((((((....)))))).))|,.{{(((({((,,,,,,{{{..(((((((....))))))).,{{({,{{...,,,|})),.,{{{{,,,|}}}|}))))))}}.||(((((((.......))))))),}}|||{{..,,||||}}}}|||||{(((.((((.....)))).)}},.,{((.((((((..(((((.(((((((((((..{{....}}))),..(((((((((((((.((((..((((((((...,(((((((.((((.(((((((((((((..{(...}}..})......((((((..(((((((((.....))))......{{{.......((((.(((((((((((.....{{..(((((((((((........)))))))))))..}}....((((((((((..(((((.(((((...))))))))))..)))))).)))),{.,(.(((..(((..,.....)))..)))})},)))))))))))).)))).......))))))))))))))))))))))))).)))).(((((..(.(((((((((..(((.((((((((((.(((((.(((((((...((((....)))))))))))))).))...))))))))))).)))..))))),..}))).)..))))).........((((........)))}....................)))))))||{|,.....,,,,,..))))))))..)))).)))))..))))))))..,)))))))....,,..})))}}.)))))))))}.,,))}})))))))),,,))|}}.(((((((.....))))))).)))))),.))))))))},,)}}..(((((.(((((......))),)}.)))))(((.....))).)))))))))...)))))))))))).).))).,,..))))))))))))(((((((((......{((((,({(((((....)))))...,},..))))}{((((....))))})),}))))))...))))..))))).).).,))).}}))))))))),{|||,|}}}}.}}}.,,,},||{.....((((((,..,,,.{,.,,,...,}}}...}}))))..})){({{,.((((({,(({(((((,,....}}}))),....}),)))))).})))}.,}}))},...{{{.....((((((...})))))..}},.........,)))))),}))).
Back