Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006073.4
Sequence Length
4627 nt
GC Content
0.3609
AGAGGAGAGGCAAAGUUCAACAGGACAACAAAGAAGCAGCAGAAACAGCCAGGAAAACGAAGAGCCCCCAGGUUUUGACACAGAACCCUCCACCAGAGUUCUCAAAUCCCCAAAUACUCUGCAAAGUGCAACUUGACGGGAACUUUUCAACUGACUUUUACUUUUGACGACCACCAUGACUGAGAUCACUGCUGAAGGAAAUGCAUCUACAACCACAACUGUGAUAGACAGCAAAAAUGGAUCUGUGCCCAAAUCCCCCGGAAAAGUGCUGAAGAGGACAGUCACAGAAGACAUAGUGACGACGUUCAGCUCCCCUGCAGCCUGGCUUCUGGUCAUUGCCCUGAUAAUCACGUGGUCAGCUGUUGCCAUCGUUAUGUUUGAUUUAGUGGAUUACAAAAACUUUUCAGCAAGCUCUAUUGCCAAGAUUGGCUCAGAUCCUUUAAAACUGGUACGUGAUGCUAUGGAGGAAACCACGGACUGGAUCUAUGGCUUCUUUUCUUUGUUAUCUGACAUCAUCUCAUCUGAAGAUGAAGAAGAUGAUGAUGGUGACGAAGAUACUGAUAAAGGAGAAAUAGAUGAGCCUCCCUUGAGAAAAAAAGAAAUACACAAAGAUAAGACUGAAAAACAAGAGAAACCUGAAAGGAAAAUACAAACUAAAGUUACACACAAAGAAAAAGAAAAAGGAAAAGAAAAAGUAAGAGAAAAAGAAAAACCUGAAAAGAAAGCAACUCACAAGGAAAAAAUUGAGAAAAAAGAAAAACCAGAAACAAAGACACUGGCGAAAGAACAGAAGAAAGCUAAGACUGCAGAAAAGAGUGAAGAAAAGACUAAAAAGGAAGUGAAAGGUGGAAAACAGGAGAAAGUGAAGCAAACAGCUGCAAAAGUAAAAGAAGUACAGAAAACACCAUCAAAACCCAAAGAAAAGGAGGACAAAGAGAAAGCAGCUGUGUCAAAGCAUGAACAGAAAGAUCAGUAUGCAUUCUGUCGAUAUAUGAUUGACAUAUUUGUCCAUGGGGAUUUAAAACCAGGACAAAGCCCAGCCAUUCCACCUCCCUUACCGACAGAACAAGCUUCCAGACCCACUCCGGCAUCACCUGCCCUUGAAGAAAAAGAAGGGGAAAAGAAGAAGGCUGAGAAGAAAGUUACUUCUGAAACAAAAAAGAAAGAAAAAGAAGAUAUCAAAAAGAAAAGUGAGAAGGAAACUGCCAUUGAUGUGGAAAAAAAAGAGCCGGGAAAAGCUUCUGAAACCAAACAAGGGACUGUAAAAAUUGCAGCACAAGCAGCAGCUAAGAAGGAUGAAAAGAAGGAAGAUUCCAAGAAAACAAAAAAACCUGCAGAAGUAGAACAACCCAAGGGAAAAAAACAGGAAAAGAAAGAAAAACAUGUGGAACCAGCAAAGUCACCAAAGAAAGAACACUCAGUUCCAAGUGACAAACAAGUAAAAGCAAAAACUGAACGAGCCAAAGAGGAGAUUGGUGCGGUUUCAAUUAAAAAAGCUGUACCUGGAAAGAAGGAAGAGAAAACAACCAAGACAGUGGAGCAAGAAAUUAGAAAAGAAAAAUCUGGGAAGACUUCUUCAAUUCUGAAAGAUAAAGAACCUAUUAAAGGGAAAGAAGAGAAAGUUCCAGCUUCCCUAAAGGAAAAAGAACCUGAAACUAAAAAAGAUGAAAAGAUGUCCAAAGCAGGCAAAGAAGUCAAGCCUAAACCUCCACAACUACAAGGAAAAAAGGAAGAGAAGCCAGAGCCCCAAAUUAAAAAAGAAGCAAAACCAGCUAUAUCUGAAAAAGUGCAAAUACACAAACAAGACAUAGUGAAACCAGAAAAGACUGUUUCUCAUGGUAAACCAGAAGAAAAAGUUCUCAAGCAGGUAAAAGCUGUCACAAUAGAAAAAACAGCCAAGCCCAAACCAACAAAAAAAGCUGAACAUCGAGAAAGAGAACCUCCAUCUAUAAAAACAGACAAACCAAAACCAACUCCAAAAGGAACAUCAGAAGUCACAGAAUCAGGAAAGAAGAAAACUGAAAUAUCUGAAAAAGAAAGUAAAGAAAAAGCAGACAUGAAGCAUCUUAGAGAAGAAAAAGUCUCAACAAGAAAAGAAAGUCUUCAAUUACACAAUGUGACAAAAGCAGAAAAACCUGCAAGAGUAUCAAAAGAUGUUGAAGAUGUACCAGCUUCAAAGAAAGCUAAAGAAGGAACUGAAGAUGUGUCUCCCACAAAGCAGAAAAGUCCCAUCAGUUUCUUCCAGUGUGUCUACUUGGAUGGGUACAAUGGCUAUGGAUUUCAGUUUCCUUUCACUCCUGCAGACCGCCCUGGAGAGAGCUCUGGUCAAGCAAAUUCUCCAGGACAGAAGCAACAAGGACAGUAAACACACAUGUAUGACCCUUACAAGUGCUUUAAGAUUUUAAAAAUGUGAUGUUUUGUCCACAGUAGUUCAGGCAAUUAAGAAUAUGCAACCCAGAGAAUUUCUGUGAAAACAUUUUGCUCUUUGGCCUGGUGUGGACGGAAAGGGUGGCCAAAUGGAUUGAGUGAUGAGCAGACAUGUUUAAGGGUCUAAGUCUCAAGAAUCUGUUAUGUGUGUUUGCUGCGGUGGGAGGGGGUGCUUGUAUUUAUCUUAUUUCCAGUCACUAUAAGGUUGUACACAAACUAAUUUAAAGUUUACUUAAUAAUGGUAUCUUUAAAAUAAUUGACACAAUUGCAAAAUGAAUUCCUGGCUUCAGUUAGCUAUUAUUUUUUUAAUGACAACAUAGACUGUGCUCUAAGUUUAAAAGAUGGGGAAGCUUAUAUAAAAGUGACCCUUUUGCAUCAUAUGGGUAUCUAAACUUAAUUUACCCAAUAAGUUGAUGCUUAAUGAUUUUAUUUUAUUUUUGUCUAUUUCUAUUUUAGUUGUGGCUUUGCUCUAAGAAUGGGUAAUAGUUGUACUACAGACUGCUAUAAAUUUCUUGUGAUACUCUUUUAGAGCUCAAAAUAUCUCUGAGCUUUAGACAUGGUAAGGUGGAGAGUAAAUGCUUGAUAAAUCUUUAAGAUAUGUCUUGAAUGAUAAUUAGGACAUUCAGUCCAGUGGAAAUACACCAUUCAAUUAGUCAGGUCUGGUGAAUCGUUUGUUUAAAAUAUUAGCAAAUGAGAUGUGGAAUUCUGAAAUUUCUCCAGACUGUGUCUUAAUAAAAAUGUCACCUGGGUGAAAUUUUAGAUCAAUCACUAAAUUUGGGUGACAAAUAUAAAAAUAUUUUCAUUUCACUUUAAUACAUUCUUUCUGUGAAGUAAAAUGUUUUUCUUUCUCAUAAUGGCAAAAUAUGAAUGCCAUCAAAGUUUAAGGAAUUCAUUUUAGCCUUAAAUGCCUUCGUGAGAUGUCUUACUUGUAUUUUAGGUAACUGGUCAUCAGUGCCAAUGACAUGGAUAACAAUUUUUAAUCUACUCGACAGUGCAUCCCUGGGAAUGACUGUUAUGUUUUUGUCAUAUUCCUGGUAAUAUAAAUACUCGUGUUCUUUACUACAUUGUUUUUAUCAACUCUAAAAGUCAUGCCUCUGUGACCUUUAUCAUGUUUACAAUUGCAACUGAACUUAUGACAAAUUAACUCAGGAAAUAAAUUGAGUUAUCCUUUCUAGCAUUGUAAUUACCAUCAGCAAGGCCUGAGAUAGCCAGAGCCAAUACUAGCCAAGUGAUUUAUUUUCAAGGAUUGCCACUAACUACGGUUCUUUAGGACCAAGAUAUAAAACAGUCACUAAAAAUCAUUAGGCUAGGUAUCAGUAAUACAUUCAUUACUAAUAAUGCAUUUUUGGAGACUUUUGUGAAAGAAGUUGGUCUCUGCCAAAAGCUGGUGGACCACAUUCACACCACGAAAGCCAGUGUCACAUGAACCAGAUUAAUGACUCUCUUUAUGGGGUAUGUGGGACAUCCUGGAAGUGUAUAAUUUCAGGAAUGACCAGACAAUACCAUCUUGCAAAGCCCCUUCAGGUGACAAUCUAAACUUGUGGGUAGGAGAGUGCAUAAAGUUUAUUGCUCAACUGCUCCUCCAGCCUGCUGAAUUUACUGAGUAAAGAAAUAGCAAAUAUGAUAGAUGUUUUAGAUUUCAUAGAACAGAAUGGUUUGUCCAUUAAUUCUUUCAUUCAAUGACUGUUUAUUGAAUACCUACUCUUUUAGGGCGCUGUGUUAGGUGCUGUAUUGUACAAGAAAAAUAUAAUAAAUUAGAUUCCCAGCGCUAUUCUGACAUAGUGAAUGACCUUGAAAAAUUUACUAAACAUACUAUGUUUGUUUCUCCAUGAGUAAAAUAGGGAUAUAGGGACAAACAGUCUAAUAUCUCAUAGAAAUACCAUGGAGACAAAUAAAAUAUUUUAAUAUAAAUAUGAUAUUAAAGUAAAUUUCUGAAGUAAUACUUUUGGGUAUGGCACUAGUUUUUCCUCUGACUAUUUUACUGUUUCUUUCACUCUCAAUAUAAAAACUAUUUGAUAAGAUAAAACGAUAUAUUUUAUUGUAAUUAGAAUUUAGACAAAUCAGCUAUAAUGUAAAAAUGUUAAUAAUAAUUACGUUUUAUCUGAUUAAAGUUACAAUGAUCAUAGCACUUUAAAAAUAUUAUCUGAACUGUCAUUUGUUUAUAUAUUACCGUCUAAUAAAAUAGUUAUAGAUCUUCCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1060.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1143.63
Frequency: 0.0000
Diversity: 1210.19
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((.....((((....))))...((((((((((.((((.(((..(((((((...((.((((((((((((((...)))))))...(((((((((((((...((......((((......))))......)).)))))))......(((((((((((((((.((....((((((...((((((((....((((.....((((((......((((((((.(((((...((....))..)))))(((((..(((...))).....((((((..(....(((((..........)))))..).))))))....(((((((.(((((((((.((.((((((((((.........)))))..(((((..((.(((.((((...........((((.....((((((.((((......))))((((...(((((...(((((((....(((((.....))))))))))))..(((.....)))((((((..((((((((((((((((((...((((((((((((....)))))....)))))))..))))))))))).......)))))))..)))))))))))...))))..........................((((...............(((...)))..............))))......................)))))).....))))...........)))).)))...))..)))))((.(((........))).))............................)))))..)).))))....))))).).))))))...(((((((((....((((((((.(((((((..((((((......((((...(((((((..((((((((....(((.......)))..................((........))..............))))))))......(((((....((....))..))))).((((((((..(((((.....)))))((((((.(((..........))))))))).........................))))))))...)))))...))...))))....)))))).(((((..........)))))....(((((..((((........)))).)))))...(((((((.((((.((((........(((...((((((((((..((..(((((((((....))))........((((((((((..(((((((...((......))..((((((...))))))....(((....))).................(((....)))...................))))))).......((....))...........................((((.((((...................((((.....))))..((((((............................((.....)).....((((((((((.........))))))))))((((((.((((.(((................((((((..............(((....)))((((((.(((((((..((((....((((.......))))...))))..))))).........))))))))...(((........)))............(((........)))......((((...........))))....))))))...((((((....((((((((.(((((((.((((.........................(((((.(((......(((......))).....))).))))).....(((......)))(((((..(((....)))..)))))..((((((.....(((....(((((.............)))))...))).................((........))...)))))).((((((((.....(((.((..............(((....)))...(((((.((..(((..((.........))...)))..)).)))))..................(((.....((((((.((((.((((........))))...)))).......(((((((((.......((..((....((((......))))....))..))......)))))))))......))))))......)))...(((((((((((.(((...(((.(......).)))...)))...)))))))))))..)).))).....))))))))......)))).))).))))..))))))))(((((((....((((((((((((((.(((.......)))...))))))))).................((((((((((((((...((((((((((..(((((....((((.....((((.((.(((((((((((.....((((((....((((....(((((.((((.....)))).)........))))))))..)))))))))))))))))...)).))...)).....))))...)))))....)))..)))))))..................)))))))))))))))))))....)))))))))))))))).)))).))))))))))))....)))).))))........(((((((..((((.......)))).))))))).((((((...)))))).........)))))))))))))))..)).))))))))))..))).....((((((........))))))......((((..((((......))))..))))...((((((..((((((.............))))))......)))))).......)))).)))).))))))).))))))).))))))))....))))))))).....))))).)))))))).....))).)))......))))..))))).))).(((((((((((.........)))))))))))))))))...)).))))))))).....((((.((((...)))).))))(((((((.......((((.....)))).(((......))))))))))..))))))..))))))..(((((((((.........)))))))))...(((((((((((((((((((((((...(((.(...........).)))))))).)))))))))))....(((((.......))))).((((((....))))))..)))))))..(((..(((((((((((((((((((((((..((((((.......((((((.........))))))........))))))..)))))).((((.((((((....(((((....)))))..)))))).))))..((((((((...(((((((((((.(((((..................((((((.(((((...)).))))))))).))))).)))))).....)))))..(((((.((..((((........)))).)).)))))...(((((((((((((((...(((((.(........).)))))...)))..........))))....((((((((........)))))))).........(((((((...............((((((.......))).)))....((((((.((((((((.((....(((((((...........(((((....)))))...........))))).)))))))))))).)))))).....((((((......)))))).)))))))..)))))))).((((((((...(((..((((((..((((.....))))))))))..)))....))))))))...((.(((((((..(((..................)))..))))))).)).((((((((........)))))))))))))))).......(((((..((..((((...(((((..........))))).)))).((((.(.(((...(((.....)))....))).)))))....(((((..(((((...)))))....)))))....))..)))))......))))))))))).))))))..)))...............(((((((((....)))))))))........((((((((((((((((((((((((((((((((.........)))))))...........))))))....))))))))))).....)))))))).......(((((((...)))))))..((((((((.(((...(((((((((..((((.....)))).))))))).))....))))))))))).........(((((((((((.......))))))))))).......(((((...)))))))))...))).))...))))))))))....)))).))))))))))..)))))................(((((((((........)))))))))(((((((....((((((..(((((.((.(((((((..((.......))..))))))).)).)))))((((((...............)))))).......(((.(((((........))))).))).....)))))).....)))))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,{(((((.....((((....))))...((((((((((.{(((.{((..((((((((..((.((((((((((((((...)))))))...((((((({{,,,,...{{,,.....,,,.{{{,..,})}}...,},.)))}.,,......(((((({((((((((.{(....((((((...((((((((....{{((,....((((({....,,(({{((((.,{{{||||,,....,|{,|||||((({{..(({...|||...{,((((((..{....(((((..........)))))..}.}))))).}..(((((({,((((((((({(,.,,|}|{{{{{.,,.,.},,))))){{{{{,{,.({{(({{(({{,,|{{.,({|..........(((((({(,...{{{{.,,||(({{..,|||{(|,.{{{{{{,....((((,.,,,.}))}}}||})}}..{||.,..,)))((((((..((((((((((((((((((...((((((((((((....})))}.,.,)))))))..))))))))))).......)))))))..))))))}}))),,.|||}.........,...........,......||,.......}}}}...,||}}}))).........,,....}}}......................,..........,,,,..............,||,,,,||...,,,.{(({{{{,,......,}}|},...........|}}.......,}}}}.}))))}..,},))).}},,})))}.).))))))...(((((({((....{{{{{{({.(((((((..(((((({,..,.((,,...,{{,,{{..((((((((....{{{.......}}}.,.........}}.....((........)).}............))))))))......(((({..,.{{....}}.,))))).,{{((((({{..,,,}}}}}))..{((((((.(((..........)))))))))}.,.,.,,..}}}}}}}}.,,,,..||,||||,...|||||,...|...||||{{{.||,}}|.(((((..........))))).,..,{{{{..{{((........}))}.)))))....,......,,,...,...,,.,.,,{{,...,{{{{{(({{..{(..,{||,((((....))))........{{|{|||{{,..|||||||...((......))|.(((((,...}))))),...(((.,,,)}|.,,,.{,,.........(((....)))................{{((,,,,))}}.....((....)).......{,{,..............,,{,(({(((..,....,((.,....,...{{,,..,..))))},,|||||....,{(({,.{{{...{{{{{,...{{((,....||,,.,,{(((((((((,,.......}}}))))}}|({{{{{..{{|.,.,,...,,,,,,......(((({(...,,..,.,,,..,{,....}}|(((,.({(((((({..{(((....,,,..,,,..,|.,,..{||||{.|,,|}|....,)),..})))))}..{{{........}}}............,.,.......{{||.....,,))},,,}||}}|,.||}|...,||||}}...({{{((,,..((((((((.(((((((.((((.......................,.{((((.(((......(((......))).....))).})))),..{{(.{...,((((.(((((..(((....)))..))))).))}}}}....}.||}....(((((.............)))))...{{{{{..{{{,.......,{(((.,,,{{.(({..({{...)))..}}|.......,,,................(((....))),,,{(,,..(({{((,..(({{............)))}....|||,....,,,.............,{{,,,.{,.,{{.((((.((((........))))...}}}}...,...||||||,.{.......})))}}....((((......))))....,,.,|....}}}))),,,)))}}..}|||||....,...||}...(((((((((((.(((...(((.{......).)))...)))...))))))))))),}}),}})}}..}))).))))).....)))).))).))))..)))))))){{{||||.{..{((({(((((((((.(((.......)))...)))))))))................{((((((((((((((...((((((((((.,(((((....((((......,((.((.(((((((((((.....((((((....{(((..,,(,,,..(((({....)))).)....}},.}}}}))))..))))))))))))))))}.}.)).))....,....,}}))...)))))..,.))}.,)))))))..................))))))))))))))))))).,},)))))))))))}}})).)))}.)))))}})))))....))))}}...........(((((((..((((.......)))).))))))).||||||...,))))),,.......))))))))))))))).})).))))))}))}..,,....,.((((((........)))))}..,{,.((((..((((......))))..)))),},(((((({{((((((.............)))))}.}}...))))))...,,,.}}}}.}))).))))))),)}))))).)))))))),}.,)))})}}|}.....}))))}}||||}}}.....})).))).,,...)))),,))))).))).{((((((((((.........))))))))))}))))))...)).)))))))}}..,,,((({.((((,,,||}}.}}))|||||{|,......((((.....)))).(((......)))))))}}}..}))))).}))))))..(((((((((.,.......)))))))))...((((,..((((((((((((((((...(((.(...........).)))))))).)))))))))))....}}}},..,.,|||||||.{(((({....})))))}}))})}}},,|{{..{{{{{{{{{{{{{{{|{{{{{((.,{(((({.,,,...((((((.........))))))....|...|}))})..)))))}.{(({.|(((((....(((((....)))))..)))))).))))..{{(((({,|{{|{{{,{((((,{((({,,.........,,,,{{..((((((.{{({(..,||||||||}}}}..,,..,|}}}}}.,}},}|||,,.{{(((.({..((((........)))).)).}))))......|{,,.||||||...,}))))),|{{{{{{((({{.,{{{{|{{{.{|....,,.||.....((((((((........)))))))).....}}.,}}})))}}}}}....{{{((,.(((,{({(..{{{,,|{|||{{{{((((((.((((((({.,{{...{{(((((...........(((((....)))))...........))))).}}}})))))))).)))))).{{{.((((((......)))))).})}||||{{{{{{{{.,.((((((((...(((..((((((..((((.....))))))))))..)))....))))))))}},{{.(((((((..{{(.....,.{,..,}}.,,,))),,|}|}|}|.}|,((((((((........)))))))),}}.}}||,.....,}.}}},}|...{{{(,..(((((..........))))).)))}.||||}|}|||}......}}}})))}...,))),))),.))))))})}.{(({(,..}}}}),,,,}.},}}}}}))}}))),|||,,,.}}))))))))).))}})),.}},.,,,,..........(((((((((....))))))))).,,,,...,{{||||{((((((((((((((((((((((((.........)))))))...........))))))....))))))))))).....}}}})}}|,{{{{{,{{{{{{{...}}|||||,.((((((((.(((...(((((((((..((((.....)))).))))))).))....))))))))))),,}|||...(((((((((({.......})))))))))),,}},..{{{|{...}))}}))))...))).)).)})))))))})).,,.)))).))))))))))..))))),,,,,,..{{{,{,{{{(({(((({....,,,,|}},|||||{({{({,....{{{{{{.{(((((.((.(((((((..,(,,,....}),.))))))).)).)))))},,|||},,,,,,,...,...,,,,},....,,,|||,|{{{{,,,,,...))))},))),}...}}}}}},.,,,)))))})},,},,,,...
Back