Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006092.4
Sequence Length
4503 nt
GC Content
0.5550
AGUUCCCGUUCCGGGCCCGCGAGGCAGCCGCCCCGGUCCUGCCCCUCCCUCGCGCUACUGCGGGAGCAGCGUCCUCCCGGGCCACGGCGCUUCCCGGCCCCGGCGUCCCCGGACCAUGGCGCUCUCCGGGCUCUUCUCUAGCUCUCAGCGGCUGCGAAGUCUGUAAACCUGGUGGCCAAGUGAUUGUAAGUCAGGAGACUUUCCUUCGGUUUCUGCCUUUGAUGGCAAGAGGUGGAGAUUGUGGCGGCGAUUACAGAAAACAUCUGGGAAGACAAGUUGCUGUUUUUAUGGGAAUCGCAGGCUUGGAAGAGACAGAAGCAAUUCCAGAAAUAAAUUGGAAAUUGAAGAUUUAAACAAUGUUGUUUUAAAAUAUUCUAACUUCAAAGAAUGAUGCCAGAAACUUAAAAAGGGGCUGCGCAGAGUAGCAGGGGCCCUGGAGGGCGCGGCCUGAAUCCUGAUUGCCCUUCUGCUGAGAGGACACACGCAGCUGAAGAUGAAUUUGGGAAAAGUAGCCGCUUGCUACUUUAACUAUGGAAGAGCAGGGCCACAGUGAGAUGGAAAUAAUCCCAUCAGAGUCUCACCCCCACAUUCAAUUACUGAAAAGCAAUCGGGAACUUCUGGUCACUCACAUCCGCAAUACUCAGUGUCUGGUGGACAACUUGCUGAAGAAUGACUACUUCUCGGCCGAAGAUGCGGAGAUUGUGUGUGCCUGCCCCACCCAGCCUGACAAGGUCCGCAAAAUUCUGGACCUGGUACAGAGCAAGGGCGAGGAGGUGUCCGAGUUCUUCCUCUACUUGCUCCAGCAACUCGCAGAUGCCUACGUGGACCUCAGGCCUUGGCUGCUGGAGAUCGGCUUCUCCCCUUCCCUGCUCACUCAGAGCAAAGUCGUGGUCAACACUGACCCAGUGAGCAGGUAUACCCAGCAGCUGCGACACCAUCUGGGCCGUGACUCCAAGUUCGUGCUGUGCUAUGCCCAGAAGGAGGAGCUGCUGCUGGAGGAGAUCUACAUGGACACCAUCAUGGAGCUGGUUGGCUUCAGCAAUGAGAGCCUGGGCAGCCUGAACAGCCUGGCCUGCCUCCUGGACCACACCACCGGCAUCCUCAAUGAGCAGGGUGAGACCAUCUUCAUCCUGGGUGAUGCUGGGGUGGGCAAGUCCAUGCUGCUACAGCGGCUGCAGAGCCUCUGGGCCACGGGCCGGCUAGACGCAGGGGUCAAAUUCUUCUUCCACUUUCGCUGCCGCAUGUUCAGCUGCUUCAAGGAAAGUGACAGGCUGUGUCUGCAGGACCUGCUCUUCAAGCACUACUGCUACCCAGAGCGGGACCCCGAGGAGGUGUUUGCCUUCCUGCUGCGCUUCCCCCACGUGGCCCUCUUCACCUUCGAUGGCCUGGACGAGCUGCACUCGGACUUGGACCUGAGCCGCGUGCCUGACAGCUCCUGCCCCUGGGAGCCUGCCCACCCCCUGGUCUUGCUGGCCAACCUGCUCAGUGGGAAGCUGCUCAAGGGGGCUAGCAAGCUGCUCACAGCCCGCACAGGCAUCGAGGUCCCGCGCCAGUUCCUGCGGAAGAAGGUGCUUCUCCGGGGCUUCUCCCCCAGCCACCUGCGCGCCUAUGCCAGGAGGAUGUUCCCCGAGCGGGCCCUGCAGGACCGCCUGCUGAGCCAGCUGGAGGCCAACCCCAACCUCUGCAGCCUGUGCUCUGUGCCCCUCUUCUGCUGGAUCAUCUUCCGGUGCUUCCAGCACUUCCGUGCUGCCUUUGAAGGCUCACCACAGCUGCCCGACUGCACGAUGACCCUGACAGAUGUCUUCCUCCUGGUCACUGAGGUCCAUCUGAACAGGAUGCAGCCCAGCAGCCUGGUGCAGCGGAACACACGCAGCCCAGUGGAGACCCUCCACGCCGGCCGGGACACUCUGUGCUCGCUGGGGCAGGUGGCCCACCGGGGCAUGGAGAAGAGCCUCUUUGUCUUCACCCAGGAGGAGGUGCAGGCCUCCGGGCUGCAGGAGAGAGACAUGCAGCUGGGCUUCCUGCGGGCUUUGCCGGAGCUGGGCCCCGGGGGUGACCAGCAGUCCUAUGAGUUUUUCCACCUCACCCUCCAGGCCUUCUUUACAGCCUUCUUCCUCGUGCUGGACGACAGGGUGGGCACUCAGGAGCUGCUCAGGUUCUUCCAGGAGUGGAUGCCCCCUGCGGGGGCAGCGACCACGUCCUGCUAUCCUCCCUUCCUCCCGUUCCAGUGCCUGCAGGGCAGUGGUCCGGCGCGGGAAGACCUCUUCAAGAACAAGGAUCACUUCCAGUUCACCAACCUCUUCCUGUGCGGGCUGUUGUCCAAAGCCAAACAGAAACUCCUGCGGCAUCUGGUGCCCGCGGCAGCCCUGAGGAGAAAGCGCAAGGCCCUGUGGGCACACCUGUUUUCCAGCCUGCGGGGCUACCUGAAGAGCCUGCCCCGCGUUCAGGUCGAAAGCUUCAACCAGGUGCAGGCCAUGCCCACGUUCAUCUGGAUGCUGCGCUGCAUCUACGAGACACAGAGCCAGAAGGUGGGGCAGCUGGCGGCCAGGGGCAUCUGCGCCAACUACCUCAAGCUGACCUACUGCAACGCCUGCUCGGCCGACUGCAGCGCCCUCUCCUUCGUCCUGCAUCACUUCCCCAAGCGGCUGGCCCUAGACCUAGACAACAACAAUCUCAACGACUACGGCGUGCGGGAGCUGCAGCCCUGCUUCAGCCGCCUCACUGUUCUCAGACUCAGCGUAAACCAGAUCACUGACGGUGGGGUAAAGGUGCUAAGCGAAGAGCUGACCAAAUACAAAAUUGUGACCUAUUUGGGUUUAUACAACAACCAGAUCACCGAUGUCGGAGCCAGGUACGUCACCAAAAUCCUGGAUGAAUGCAAAGGCCUCACGCAUCUUAAACUGGGAAAAAACAAAAUAACAAGUGAAGGAGGGAAGUAUCUCGCCCUGGCUGUGAAGAACAGCAAAUCAAUCUCUGAGGUUGGGAUGUGGGGCAAUCAAGUUGGGGAUGAAGGAGCAAAAGCCUUCGCAGAGGCUCUGCGGAACCACCCCAGCUUGACCACCCUGAGUCUUGCGUCCAACGGCAUCUCCACAGAAGGAGGAAAGAGCCUUGCGAGGGCCCUGCAGCAGAACACGUCUCUAGAAAUACUGUGGCUGACCCAAAAUGAACUCAACGAUGAAGUGGCAGAGAGUUUGGCAGAAAUGUUGAAAGUCAACCAGACGUUAAAGCAUUUAUGGCUUAUCCAGAAUCAGAUCACAGCUAAGGGGACUGCCCAGCUGGCAGAUGCGUUACAGAGCAACACUGGCAUAACAGAGAUUUGCCUAAAUGGAAACCUGAUAAAACCAGAGGAGGCCAAAGUCUAUGAAGAUGAGAAGCGGAUUAUCUGUUUCUGAGAGGAUGCUUUCCUGUUCAUGGGGUUUUUGCCCUGGAGCCUCAGCAGCAAAUGCCACUCUGGGCAGUCUUUUGUGUCAGUGUCUUAAAGGGGCCUGCGCAGGCGGGACUAUCAGGAGUCCACUGCCUCCAUGAUGCAAGCCAGCUUCCUGUGCAGAAGGUCUGGUCGGCAAACUCCCUAAGUACCCGCUACAAUUCUGCAGAAAAAGAAUGUGUCUUGCGAGCUGUUGUAGUUACAGUAAAUACACUGUGAAGAGACUUUAUUGCCUAUUAUAAUUAUUUUUAUCUGAAGCUAGAGGAAUAAAGCUGUGAGCAAACAGAGGAGGCCAGCCUCACCUCAUUCCAACACCUGCCAUAGGGACCAACGGGAGCGAGUUGGUCACCGCUCUUUUCAUUGAAGAGUUGAGGAUGUGGCACAAAGUUGGUGCCAAGCUUCUUGAAUAAAACGUGUUUGAUGGAUUAGUAUUAUACCUGAAAUAUUUUCUUCCUUCUCAGCACUUUCCCAUGUAUUGAUACUGGUCCCACUUCACAGCUGGAGACACCGGAGUAUGUGCAGUGUGGGAUUUGACUCCUCCAAGGUUUUGUGGAAAGUUAAUGUCAAGGAAAGGAUGCACCACGGGCUUUUAAUUUUAAUCCUGGAGUCUCACUGUCUGCUGGCAAAGAUAGAGAAUGCCCUCAGCUCUUAGCUGGUCUAAGAAUGACGAUGCCUUCAAAAUGCUGCUUCCACUCAGGGCUUCUCCUCUGCUAGGCUACCCUCCUCUAGAAGGCUGAGUACCAUGGGCUACAGUGUCUGGCCUUGGGAAGAAGUGAUUCUGUCCCUCCAAAGAAAUAGGGCAUGGCUUGCCCCUGUGGCCCUGGCAUCCAAAUGGCUGCUUUUGUCUCCCUUACCUCGUGAAGAGGGGAAGUCUCUUCCUGCCUCCCAAGCAGCUGAAGGGUGACUAAACGGGCGCCAAGACUCAGGGGAUCGGCUGGGAACUGGGCCAGCAGAGCAUGUUGGACACCCCCCACCAUGGUGGGCUUGUGGUGGCUGCUCCAUGAGGGUGGGGGUGAUACUACUAGAUCACUUGUCCUCUUGCCAGCUCAUUUGUUAAUAAAAUACUGAAAACACUCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1747.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1823.48
Frequency: 0.0000
Diversity: 1114.89
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((((((.(((.(((((.((((.(((((...(((..(((((..((......)))))))..))).....)))))...))))))))).))).))))).((((((((((..(((((((((((((((((((((...(((((..((((((.(....(((((((...(.((.((((...((((...))))((((.....)))).((((((((((((((.......)))))))))))))))))).)).)))))))).....(((((.(...((((((((.(((((....))))).))).)))))...(((((((...(((((((((.......)))).)))))...............)))))))....((((((........)))))).).)))))..........).))))))..))))))).)))))))).)))))))))((((.(((((((((((((.((((.((((.(.(....).).)))).)))).(((((.((((....((.(((.((.(((.((((.......)))))))))))).)).((((((((((.....))).......))))))).)))).)))))...........))))))))))..))).))))..................))..)))))).)))).....(((((.(((.......))))))))..(((((((((((.((((((((((((((((((((.....((((.(((((((........))))))).)).))(((((((...(((((((..........)))))))..)))))))(((((..((.((((((...((((((..(((((((((((..((((((((((((((((((((.....((((((((((..((......))(.(((((....)))))))))))))))).....((((((((.((..(.((.(((((((.(((.(....(((....)))..).)))))))))).)).)..)).)))))))).)))).....((((........))))))))))))...)))))))).)))).)))))))...........((.((((((((..(((((.((.((((.((((((((((.......(((((((((......))))))))))).))))))))))))))(((((((.(((.(((..((.((((....)))).))((((((((((..((..((.((((((((.(((((.((((((((((((((..((..(((.((...)))))..))..))))))).(((((...)))))..((.((((((((...((((....))))....)))))))).))..))))))).)))))))).....)))))))..)))).))))))))(((...((......))...)))..))).)))...)))))))(((((((((.(((((.((.....(((((((.((((((.((((((((.((.(((((.((((((((((..(((...((((.....))))....))).))))))))))((((((.((((..(((((......(((((((((.(((.((..(((((((.((((...)))))))((((......))))..((.((((.((......)))))).)).((((((..(((.((((...(((((....))))).((((((((((((((..........))))..))).))).))))...)))))))....((((((......)))))).((((((((((....)))))).....))))((((((((..(((((..(.(((((.......((((.((((((....((((..(....).))))..))))))..)))).))))).)..))))).))))).)))))))))...))))....((((((...)))))))).))))))))).))))))))..))))))))))...((((....)))).((((((((((...)))).)))))).))))).)).)).)))))).))))))..)))))))..)).))))).(((((..((((((.((((((.((....)).))))))))))))...))))).......((((.........))))......((((..........))))........(.((((((.(((((((((((((((..(((((.....(((......(((((((((.(((((((...)))))))....)))).)))))........))).......)))))))))))))).(((((((((((((.((((((((((.........((((..(((.....))).)))).......)))))))))))))))))))))))...(((...(((......))).))).....((((((((((..(((.((.(.......).)).))).)))))))))).)))))).))))))).(((((((...((....))...))))))))))))))))...........))))).)))))))).)))))))).)))))))))))))(((((..(((..((((.((((.(((((.(((((..((((..((((((.((((((......))).....)))...)))).))..))))..))))).)).))).((.(((((.((..........)).)))))))..........((((((((((.(((....(((.........)))......))).)))..(((((.((....)))))))..)))))))....)))))))))))..))))).....(((....)))..))))))))..))))))..(((.....)))......))))))..(((((((((....)))))...))))...........(((....))).(((..(((..((((((......))).))).)))...)))))).)))))))).))).))))).........((((((((((..((((......))))(((((.(((((.....)))))......(((((.......)))))..)))))..(((((((((((.((.....(((..((((((....)))))).))).....)))))))))))))...(((((((((((((((((..((((.(((....(((.(((((....(((((.(((((((((((((((((((((((((...........((((.(((........................))).)))).((((((((((.(((((((....(((.....))).....))))))).(((((..(((.........((((((((..(((((((((((((.(((((..((((((...(((.....(((......)))((((((((((...(((.............)))....))))..)))))).......(.(((((((((...))))))))).).((((.....))))((((..(((((....))))).)))))))))).)))..)))))..)))))))))))))((((.(((.(((((...))))))))))))(((((((((....(((((....((((.(((.(((....(((((....))).)).....))))))..)))).)))))...))).))))))((((((((........))))).)))...((((...(((....(((((((......)))))))...)))....)))).........(((((((..((((....))))))))))))))))))).........)))))))).............(((((...((((((((((((((((........))))))).))(((((((.....)))))))......)))))))....)))))))))))))))..........))))))))...(((((((.((((..((((.......(((((((((..((..(((((((((....(((.....((((((((((((((.((((.....))))....)))).)).)))))))).........))).....)).)))))))...))..)))).))))).......))))....)))).))))))).((.((.((.((((((........)))))).))..)))).(((((...)))))(((.......)))((.....))....))))))........)))))....)))).)).)))))..)))))))))))..))))....(((.(((((((((..(((......((((((((....)))).)))).....)))....(((((.....)))))))))))))))))(((((....((((((((............((((.....))))(((((...)))))........))))))))...))))).......))))).)))))))))))).....(((((.((..(((((((((.....)))))....((((((..(((((.(((((......)))).).)))))..)).))))(((((........)))))..))))..)).))))))))))))))).......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{{,,.,..(((((.(((.(((((.((((.(((((...(((..(((((.,({,....,)))))))..))).....)))))...))))))))).))).)))))(((((((({,{....(((((((((((((((((,,{{.{((((..((((((.(....(((((((...(.((.((((...(({,..,||||,{{{|,,,}})},.((((((((((((((.......)))))))))))))))))).)).)))))))).....(((({.,...((((((((.(((({....})))).)))}})))).......}}},..(((((((({.......}))))}})))....{{,(((({....))))),,},.{{((((........)))))}.,.}}))}..........).))))))..))))))).)))))))).)))))))))((((.(((((((((((((.((((.((((.(.(....).).)))).)))).(((((.((((....((.(((.({{(((.((((.......)))))))))))).)).(((((((((,.....,,),,.....})))))).)))).)))))...........))))))))))..))).))))...(((({.((((((.(((.(((((({{{,||,.....{{,(({(,,......})))))}))}..}))))),))}}})))),)))..(((((((((((((((.((.(((((((........))))))).)).(((((,.(((((((((,{,...,,...{{((((((.{(((((...,((((..((.((((((...((((((..({(((((((((..((((((((((((((((((((.....((((((((((..{,......}}{.(((((....)))))})))))))))).....((((((((.((..(.((.(((((((.(((,(..,.{{{....)}}},},,}}))))))).)).)..)).)))))))).)))),....{((({...,,.}}}})}))))))),..)))))))).)))).)))))))...........((.((((((((..(((((.,{.((((.(((((((((({......{((((((((.....,))))))))))).))))))))))))||({{((,,.,||||||.{((.,((((((({{,.{{{((((((((((..((..((.((((((((.(((((.((((((((((((((..((..(((.{,...}})))..))..))))))).(((((...)))))..((.((((((((...((((....))))....)))))))).))..))))))).)))))))}.,,,.)))))))..)))).)))))))}....,......,.{{{{.{({{{{{,,.(({(.(((.{{||...,||))}}).)})}.{(((((((.((((((((..((((,,{({{{({,.{((({{..{{.||}},.,,.},,,})})))..)}.))))..)))))).))..))))).))|(((((((((((((.,..(((((((((((((.,,,{{{{,((((((((({.{,{(({(((((,.....,}||{{(,.((((.(({....,)))))).||{.,.|||{{(.({(((({{.(((((,..{|||||,({{{{{{{((({((....,,,,..}|||{{|||{{||.||}|{{{{{{{{||{,.{((((((.((((....))))..))))))},.{{{{|(({(({{....})||,{{{{{..(((((..(.(((((.......((((.((((((....((((..(....).))))..))))))..)))).))))).,..))))).)))))|}|||,......,))}))...((((((...)))))).{{((,,(({.{{{}||||}||.,,,})})))))}),})}.}}))))}}}))}(((({,,,,.....)))))....})))}|,|||}}}})),..)}))))))}|||}.....,.|,))))|||}|,|||||}||||||.||,}}.)),)))))))))))}.||||{((((({(,.{((((...{{{{{({...,.{{{((||,.........||,,....,,..|.,|}}}).}...))))))).)))))))}|))))}..||}},,,,(({{{{{{(.(((((((...)))))))..,,||||,|||||,....,,.,,,....,,,|..||{,|||||}}})))),,)))}}})))))))|{{{,...,,,...((((..(((.....))).))))....,}})),})))))))))))))}}))))}..)))}..,}))..)),}))))))..)))((((((((((..(((.((.{.......).)).))).))))))))))....({{{{{,,|{{{(((((((...((....))...))))))),..,)))).}}}}}}.....))))).)))))))).)))))))).))))))))))))((((((((((..((((...(((.((.....((((((.(((({{(,((,.,(({((....,,})).....)),}.})))).)))))).....)))))))))...)).))))))))...{{,((((((...(((((....(((({.((((((((((.(((.,..,({.........,,}....,.))).)))..(((((.((....)))))))..)))))))....(((....)))..{{{{.{.....,.,..}.)))).}.)))))....)))))...)))))),)..,.{{{{{{{{,....,|||,,,|}}}}))|||...,,,....((((......((((.{{(((((..{{{..((((((......))).))).}))...))}})).)))))).....))))...............)))))).))))))))..,.})))))))).(((((.....)))))........)))))))))))))...)))))))..,,.}}))))))))..{{{{{...,(({,{{{{{{||{(((((({(..(((.(((((({{((.{.(((((((((((((((((..((((.(((....((,,(((((....(((((.((((((((((((((((((((((((({{{,{{,....{(({{({{,..,,........,{{{,,..{,.|||{||||{(((({(((((,{{{((((,...(((.....))).,,..}})}}}}.{(({{..{{{.......,.((((((((.,(((((((((((((.(((((..((((({...(,{,....(((......)}}((((({((((...(((.............)))....))))..}))))).......|.(((((((((...))))))))){{,((((.....)))){|{{.,(((((....)))))})))))))}}}.)))..)))))..))))))))))))}|(((.(((.((((,...}))))))))))}(((((((((....(((((....((((.(((.(((....(((((....))).)).....))))))..)))).)))))...))).)))))){({(((((........))))),}}}.,,((((...{|{,,..(((((((......)))))))...}}}..,,|}}}.........,{{{{{{..{({{....))))))))))))))))))).,.....{,|||||,,,.}}}|.|}}}...,||||..}|||||,,(((((((((........))))))).))||||{||,,,,,)})))))}}|||.}}||||{{.....,,)))))),}}})}|,,,.....,}}))))),,.(((((((.((((..((((.......(((((((((..((..(((((((((.,..,,,...|.(((((((({{((((.((((.....)))}.,,.)))).}}.)))))))}.,...,,,.,,}},...)).)))))))...))..)))))}}))).......))))....)))).))))))).((.{{|((.{(((((........)))))),)}..,})},|{{{|...))))){||,..,,..)))},,}..,))....))))))........)))))....)))).)).)))))..)))))))))))..))))....(((.(((((((((..{{(,,....((((((((....)))).)))).,,..}}}....(((((.....)))))))))))))))))(({((....|{{{({({..,,,.,,,,,.((({.....)))|(((((...)))))..,.,,..}))))))),..)))}),,.....)))))},)))))))))))}.)))))))))...))).}).))))))}..,..(({{,,{(((((({.{,|||||{|,||,..}))})),))}}||,||||}||(((((.,,...,,))))).}}))),},}}}|{|}},||,{,,.....,,,,.,,}..,,,.......
Back