Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006109.5
Sequence Length
2304 nt
GC Content
0.5126
AGCGCGAGGAGAAAGAUGGCGGCGAUGGCGGUCGGGGGUGCUGGUGGGAGCCGCGUGUCCAGCGGGAGGGACCUGAAUUGCGUCCCCGAAAUAGCUGACACACUAGGGGCUGUGGCCAAGCAGGGGUUUGAUUUCCUCUGCAUGCCUGUCUUCCAUCCGCGUUUCAAGAGGGAGUUCAUUCAGGAACCUGCUAAGAAUCGGCCCGGUCCCCAGACACGAUCAGACCUACUGCUGUCAGGAAGGGACUGGAAUACGCUAAUUGUGGGAAAGCUUUCUCCAUGGAUUCGUCCAGACUCAAAAGUGGAGAAGAUUCGCAGGAACUCCGAGGCGGCCAUGUUACAGGAGCUGAAUUUUGGUGCAUAUUUGGGUCUUCCAGCUUUCCUGCUGCCCCUUAAUCAGGAAGAUAACACCAACCUGGCCAGAGUUUUGACCAACCACAUCCACACUGGCCAUCACUCUUCCAUGUUCUGGAUGCGGGUACCCUUGGUGGCACCAGAGGACCUGAGAGAUGAUAUAAUUGAGAAUGCACCAACUACACACACAGAGGAGUACAGUGGGGAGGAGAAAACGUGGAUGUGGUGGCACAACUUCCGGACUUUGUGUGACUAUAGUAAGAGGAUUGCAGUGGCUCUUGAAAUUGGGGCUGACCUCCCAUCUAAUCAUGUCAUUGAUCGCUGGCUUGGGGAGCCCAUCAAAGCAGCCAUUCUCCCCACUAGCAUUUUCCUGACCAAUAAGAAGGGAUUUCCUGUUCUUUCUAAGAUGCACCAGAGGCUCAUCUUCCGGCUCCUCAAGUUGGAGGUGCAGUUCAUCAUCACAGGCACCAACCACCACUCAGAGAAGGAGUUCUGCUCCUACCUCCAAUACCUGGAAUACUUAAGCCAGAACCGUCCUCCACCUAAUGCCUAUGAACUCUUUGCCAAGGGCUAUGAAGACUAUCUGCAGUCCCCGCUUCAGCCACUGAUGGACAAUCUGGAAUCUCAGACAUAUGAAGUGUUUGAAAAGGACCCCAUCAAAUACUCUCAGUACCAGCAGGCCAUCUAUAAAUGUCUGCUAGACCGAGUACCAGAAGAGGAGAAGGAUACCAAUGUCCAGGUACUGAUGGUGCUGGGAGCAGGACGGGGACCCCUGGUGAACGCUUCCCUGCGGGCAGCCAAGCAGGCCGACCGGCGGAUAAAGCUGUAUGCUGUGGAGAAAAACCCAAAUGCCGUGGUGACGCUAGAGAACUGGCAGUUUGAAGAAUGGGGAAGCCAAGUGACCGUAGUCUCAUCAGACAUGAGGGAAUGGGUGGCUCCAGAGAAAGCAGACAUCAUUGUCAGUGAGCUUCUGGGCUCAUUUGCUGACAAUGAAUUGUCGCCUGAGUGCCUGGAUGGAGCCCAGCACUUCCUAAAAGAUGAUGGUGUGAGCAUCCCCGGGGAGUACACUUCCUUUCUGGCUCCCAUCUCUUCCUCCAAGCUGUACAAUGAGGUCCGAGCCUGUAGGGAGAAGGACCGUGACCCUGAGGCCCAGUUUGAGAUGCCUUAUGUGGUACGGCUGCACAACUUCCACCAGCUCUCUGCACCCCAGCCCUGUUUCACCUUCAGCCAUCCCAACAGAGAUCCUAUGAUUGACAACAACCGCUAUUGCACCUUGGAAUUUCCUGUGGAGGUGAACACAGUACUACAUGGCUUUGCCGGCUACUUUGAGACUGUGCUUUAUCAGGACAUCACUCUGAGUAUCCGUCCAGAGACUCACUCUCCUGGGAUGUUCUCAUGGUUUCCCAUCCUCUUCCCUAUUAAGCAGCCCAUAACGGUACGUGAAGGCCAAACCAUCUGUGUGCGUUUCUGGCGAUGCAGCAAUUCCAAGAAGGUGUGGUAUGAGUGGGCUGUGACAGCACCAGUCUGUUCUGCUAUUCAUAACCCCACAGGCCGCUCAUAUACCAUUGGCCUCUAGCCCUGCGUGCCAAGUGUCCAGAGCCUUGGAAGCAGCUUCAGGUUCUGCUCCUGUAGUACAGAAGGUGCAGUACAUCUAUGGGCUGUGAUUCCCCUUGCCCAUCAGAGAGGAGCAUUUCAAUCUGCUUUCCUGCCUUACAUCAAGGUGGGCAAGGGAUUAUAAUUAAUUGCAGGGCUCAAGCCACCAAUCUAUGAAGACCUCAGGCCAGGGGGUGAGGAAUUAGUGCUGGAUUUGAAGCUACGCACUCAGCCUCAAGAACUCCCUGGAAUAUCCCUGAGAACAUGGGGUUUGAACGGAUUUUCAGCCUUUUUCUGUUCUUGUUUUGAUGGUUUUGUGUAAGAGGAAAUACAAAUAAAGUUAUAGCCCUUUACUGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-792.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -835.22
Frequency: 0.0000
Diversity: 654.95
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((.((((.(..((((((.(((..(((.(((((((((.(((((((((((..((((((.((.((((.((..((((..((((.((((.(.....(((((.......(((((((((((...(((((((........)))))))..))).((((((.....((.(((....(((((((((((...(((.(((((...(((((...(((((((((.((((.(..(((.....))))))))..)..))))))))....(((.....)))........((((((((.((.((.....)).))....))))))))))))))))))...)))((((((((((..((..((((((((....(((((((((..((((((((((((((......)))............)))))))....))))...((((((.((..((........))...)).))))))(((((((((...(.((((((.(((.(.((....)).).))))))))).)...))))).))))..........))))))))).........(((.(((((.(((((((((((............((((((.((((((..........)))))).))))))((((.....)))).(((((((((.......(((((..((..(((....((((......))))...)))...))..)))))....))).)))))))))))))))).).))))).))).......(((((((((.....)))))))))((((((..((...))..)))))).)))))))).))..))).(((((.((........))..)))))............(((.((((((...))))))..)))......((((..........))))..))).))))............)))))))))))...))).))...)))))).....))))))))....)))))...((((((....(((......((((((((.....))))))))...)))..))))))..((((.(((((((((((((((...........)))))))..........((......))....(((((....))))).)))))))).))))).))))))))..))))..)))))).)).))))((((((((((((.(((.....))).......(((((.....((((((((.(((((.................(((((((((((....))))).(((((.....(((((..(((..((..((.((((((....)))).)).))..)).)))..))))).......))))).((((((((((((((((....)))))....)))))))))))...)))))).((((((.(((.......))))))))).....((((.(((((...((((......((((((....)))))).....))))))))))))).)))))))).))))).....))))).))))))))))))..((.(((((.(((((((((............)))))).).)))))))))))....))))))))))))))))).)))))))))))))))..))))).((((((..(((((((((((((((.............((....))(((.((((((.(((((.((((((((...((........)).(((((.(((.(((((.(((..(((.((.....)).)))...))).))))).)))..)))))..)))).))))))))).)))).)).))).........(((((........((((((((((...((((....((((((.(((.(((.((.(.(((.(((......))).))).)))))).)))(((((((((((((.((((((((((....).)))).................))))).)))))))..))))))))))))...(((((..((((..((.(..((((((((..((((...))))))))))))..)))...))))...))).)).))))...)))))))))).....((((((((((((((..(((((((........)))..))))..))........))))))))))))..........((((...(((....)))..))))....))))).(((((((((((((((((((....((((((((........))).)))))...))))....)))))))))......))))))..))))))))))(((((((.............))))))))))))..))))))(((((((........)))))))(((((........))))).))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{.((((((((......((((..,.(((.((.((({((((,((((((({((({,(((({{(((..{.((((((......).)))))}......))))}})).{,.(((((((.((((.((((((..{((((((((((((,.{(((.,{.....,,...))))....}))))))),....}))))..)))))).....,.)))))))|))).,|,,,.{.,{((.{{{.|||.||||,|,,{|||||}||,...{|{.....||{{({{,,,{{((((((({({..,.}}},}|,,,....})))))))},}}},}}{|{{{{(({{(({{{{{.,|,,..,||||||},.,|{|{{{{|{{.,||||||,,||||||,,,,,,))}},,|,....,{{|||||||....,,,...{((((((.((..((........}}...}).))))))|{{{(((((,,.{.(((({{.{{(,{,(,{{.,||,),))))))))),}.,,))}}}.}}},.....,,,{.,||||||..,,.......,,|,||{||..((((((((({............{(((((.((((((..........)))))).)))))}((((.....)))),(((((((((,,...,,(((((..(({,(((.{..((((......)))).,.)))...))},))))),,,.))).)))))))))))))))).},})))))))),......(((((((((.....))))))))).{{|||}}||,}})),})}}}}|{|||||}}},.}|}|||,|||||.{|,,..,...}}.,))})).,))).}}}}}.{{{.((((({...)))))).,)||,,....{|||..........))))..))).)).))).}...))))......)))))))).(((((((((((,(((((((.(({(((((((,(((,{....{{{{{{....((({,....{||||{{{....,|||||}}}...||,,,||}||}....((((((((((((((((((,{{......}}))))))}......((((((......{{{.,.((,,,.,..}}))).))))))..,)))))))))))..})}}))))}}{|||{{{|.||||||,,((((.(((.(((.....))).).)).))))...,|||.}}.,))),,||.,..{{((((..{{{...(((((..(((.(((..((||(((((.(((((.,,((((((((,..,{((,...}}}{(((({....,,|{|{{.{{|||,{(((((......({,((((((((((((((((((((....))))),...}))))))))))..)))),,,,...}}}}}}},})}})))},.}},))}}}......})}})|{(.(((((((((.(((((((...((((((..,.(((((..(((((............,......)))))..))))).,.))))))..,,...((((.((((((((.((((((.(((.(((..((((((((((((((.............,|,....,}}....})))).(((((((((((({.........,((({((({(...{.,{{.,,.,,...{{....)).....)),,}})}})))))))))))).))})))))))))(((...))))))...))).)))))).)))...)))))...)))),,|((((.((......)).))))))))))).))))))))).))))))))))).,..)))))........((((((((((..,((((,{{.{(((({.(((.((({{{{((({{.,,{,,,|||)||,,....,.||}.|||(((((((((((((.((((({((((....}.}}))..,,.............))))).))))))),,})))))}}))))},.{,,||}}||||},,{.{,,((({{{{|}|||.(,,.||||,}||}|||{.,,,}}}),)).)}))}})).)}})...)))))))))).....((((((((((((((.,(((((((........)))}.})))..))........)))))))))))).........))))))))..))).)))))))}.{{{....}}}.(((((((((((((((((((....((((((((........))).)))))...)))),...}))))))))......))))))..}}),))))))(((((((.............))))))).}))...))))))}|(((((........)))))}......))))))))))).......
Back