Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006148.4
Sequence Length
3910 nt
GC Content
0.5629
GCCAGUUCCCCAGCUCCAGCCGCCGUCGCUGCUGCCUGUGUAGUUGCAGCCGCGGCCGCCUCCCGCCAGCUCGCCUCGGGGAACAGGACGCGCGUGAGCUCAGGCGUCCCCGCCCCAGCUUUUCUCGGAACCAUGAACCCCAACUGCGCCCGGUGCGGCAAGAUCGUGUAUCCCACGGAGAAGGUGAACUGUCUGGAUAAGUUCUGGCAUAAAGCAUGCUUCCAUUGCGAGACCUGCAAGAUGACACUGAACAUGAAGAACUACAAGGGCUACGAGAAGAAGCCCUACUGCAACGCACACUACCCCAAGCAGUCCUUCACCAUGGUGGCGGACACCCCGGAAAACCUUCGCCUCAAGCAACAGAGUGAGCUCCAGAGUCAGGUGCGCUACAAGGAGGAGUUUGAGAAGAACAAGGGCAAAGGUUUCAGCGUAGUGGCAGACACGCCCGAGCUCCAGAGAAUCAAGAAGACCCAGGACCAGAUCAGUAACAUAAAAUACCAUGAGGAGUUUGAGAAGAGCCGCAUGGGCCCUAGCGGGGGCGAGGGCAUGGAGCCAGAGCGUCGGGAUUCACAGGACGGCAGCAGCUACCGGCGGCCCCUGGAGCAGCAGCAGCCUCACCACAUCCCGACCAGUGCCCCGGUUUACCAGCAGCCCCAGCAGCAGCCGGUGGCCCAGUCCUAUGGUGGCUACAAGGAGCCUGCAGCCCCAGUCUCCAUACAGCGCAGCGCCCCAGGUGGUGGCGGGAAGCGGUACCGCGCGGUGUAUGACUACAGCGCCGCCGACGAGGACGAGGUCUCCUUCCAGGACGGGGACACCAUCGUCAACGUGCAGCAGAUCGACGACGGCUGGAUGUACGGGACGGUGGAGCGCACCGGCGACACGGGGAUGCUGCCGGCCAACUACGUGGAGGCCAUCUGAACCCGCAGCGCCCCCAUCUGUCUUCAGCACAUUCCACGGCAUCGCAUCCGUCCUGGGCGUGACCCGUCCAUUCUUCAGUGUCUCUGUUUUUUAAAACCUGCGACAGCUUGUGAUUCCUACCCCUCUUCCAGCUUCUUUUGCCAACUGAAGCCUUCUUCUGCCACUUCUGCGGGCUCCCUCCUCUGGCAGGCUUCCCCCUUGAUCGACUUCUUGGUUUUCUCUCUGGAUGGAACGGGCAUGGGCCUCUCUGGGGGAGGCAGGGCUGGAAUGGGAGACCUGUUGGCCUGUGGGCCUCACCUGCCCCUCUGUUCUCUCCCCUCACAUCCUCCUGCCCAGCUCCUCACAUACCCACACAUUCCAGGGCUGGGGUGAGCCUGACUGCCAGGACCCCAGGUCAGGGGCUCCCUACAUUCCCCAGAGUGGGAUCCACUUCUUGGUUCCUGGGAUGGCGAUGGGGACUCUGCCGCUGUGUAGGGACCAGUGGGAUGGGCUCUACCUCUCUUUCUCAAAGAGGGGGCUCUGCCCACCUGGGGUCUCUCUCCCUACCUCCCUCCUCAGGGGCAACAACAGGAGAAUGGGGUUCCUGCUGUGGGGCGAAUUCAUCCCCUCCCCGCGCGUUCCUUCGCACACUGUGAUUUUGCCCUCCUGCCCACGCAGACCUGCAGCGGGCAAAGAGCUCCCGAGGAAGCACAGCUUGGGUCAGGUUCUUGCCUUUCUUAAUUUUAGGGACAGCUACCGGAAGGAGGGGAACAAGGAGUUCUCUUCCGCAGCCCCUUUCCCCACGCCCACCCCCAGUCUCCAGGGACCCUUGCCUGCCUCCUAGGCUGGAAGCCAUGGUCCCGAAGUGUAGGGCAAGGGUGCCUCAGGACCUUUUGGUCUUCAGCCUCCCUCAGCCCCCAGGAUCUGGGUUAGGUGGCCGCUCCUCCCUGCUCCUCAUGGGAAGAUGUCUCAGAGCCUUCCAUGACCUCCCCUCCCCAGCCCAAUGCCAAGUGGACUUGGAGCUGCACAAAGUCAGCAGGGACCACUAAAUCUCCAAGACCUGGUGUGCGGAGGCAGGAGCAUGUAUGUCUGCAGGUGUCUGACACGCAAGUGUGUGAGUGUGAGUGUGAGAGAUGGGGCGGGGGUGUGUCUGUAGGUGUCUCUGGGCCUGUGUGUGGGUGGGGUUAUGUGAGGGUAUGAAGAGCUGUCUUCCCCUGAGAGUUUCCUCAGAACCCACAGUGAGAGGGGAGGGCUCCUGGGGCAGAGAAGUUCCUUAGGUUUUCUUUGGAAUGAAAUUCCUCCUUCCCCCCAUCUCUGAGUGGAGGAAGCCCACCAAUCUGCCCUUUGCAGUGUGCAGGGUGGAAGGUAAGAGGUUGGUGUGGAGUUGGGGCUGCCAUAGGGUCUGCAGCCUGCUGGGGCUAAGCGGUGGAGGAAGGCUCUGUCACUCCAGGCAUAUGUUUCCCCAUCUCUGUCUGGGGCUACAGAAUAGGGUGGCAGAAGUGUCACCCUGUGGGUGUCUCCCUCGGGGGCUCUUCCCCUAGACCUCCCCCUCACUUACAUAAAGCUCCCUUGAAGCAAGAAAGAGGGUCCCAGGGCUGCAAAACUGGAAGCACAGCCUCGGGGAUGGGGAGGGAAAGACGGUGCUAUAUCCAGUUCCUGCUCUCUGCUCAUGGGUGGCUGUGACAACCCUGGCCUCACUUGAUUCAUCUCUGGUUUUCUUGCCACCCUCUGGGAGUCCCCAUCCCAUUUUCAUCCUGAGCCCAACCAGGCCCUGCCAUUGGCCUCUUGUCCCUUGGCACACUUGUACCCACAGGUGAGGGGCAGGACCUGAAGGUAUUGGCCUGUUCAACAAUCAGUCAUCAUGGGUGUUUUUGUCAACUGCUUGUUAAUUGAUUUGGGGAUGUUUGCCCCGAAUGAGAGGUUGAGGAAAAGACUGUGGGUGGGGAGGCCCUGCCUGACCCAUCCCUUUUCCUUUCUGGCCCCAGCCUAGGUGGAGGCAAGUGGAAUAUCUUAUAUUGGGCGAUUUGGGGGCUCGGGGAGGCAGAGAAUCUCUUGGGAGUCUUGGGUGGCGCUGGUGCAUUCUGUUUCCUCUUGAUCUCAAAGCACAAUGUGGAUUUGGGGACCAAAGGUCAGGGACACAUCCCCUUAGAGGACCUGAGUUUGGGAGAGUGGUGAGUGGAAGGGAGGAGCAGCAAGAAGCAGCCUGUUUUCACUCAGCUUAAUUCUCCUUCCCAGAUAAGGCAAGCCAGUCAUGGAAUCUUGCUGCAGGCCCUCCCUCUACUCUUCCUGUCCUAAAAAUAGGGGCCGUUUUCUUACACACCCCCAGAGAGAGGAGGGACUGUCACACUGGUGCUGAGUGACCGGGGGCUGCUGGGCGUCUGUUCUUUACCAAAACCAUCCAUCCCUAGAAGAGCACAGAGCCCUGAGGGGCUGGGCUGGGCUGGGCUGAGCCCCUGGUCUUCUCUACAGUUCACAGAGGUCUUUCAGCUCAUUUAAUCCCAGGAAAGAGGCAUCAAAGCUAGAAUGUGAAUAUAACUUUUGUGGACCAAUACUAAGAAUAACAAGAAGCCCAGUGGUGAGGAAAGUGCGUUCUCCCAGCACUGCCUCCUGUUUUCUCCCUCUCAUGUCCCUCCAGGGAAAAUGACUUUAUUGCUUAAUUUCUGCCUUUCCCCCCUCACACAUGCACUUUUGGGCCUUUUUUUAUAGCUGGAAAAAACAAAAUACCACCCUACAAACCUGUAUUUAAAAAGAAACAGAAAUGACCACGUGAAAUUUGCCUCUGUCCAAACAUUUCAUCCGUGUGUAUGUGUAUGUGUGUGAGUGUGUGAAGCCGCCAGUUCAUCUUUUUAUAUGGGGUUGUUGUCUCAUUUUGGUCUGUUUUGGUCCCCUCCCUCGUGGGCUUGUGCUCGGGAUCAAACCUUUCUGGCCUGUUAUGAUUCUGAACAUUUGACUUGAACCACAAGUGAAUCUUUCUCCUGGUGACUCAAAUAAAAGUAUAAUUUUUACCUGCGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1514.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1588.24
Frequency: 0.0000
Diversity: 980.52
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((((..((((((((((.(((((((((((((((((....)))))..((((((((.((((((((.(.(((((.((((.....(((.(..(.(((((((((.(((((((((.....((((((.(((..(((((.......((((((...)))))).....)))))..)))...))))))((((((((((.(((...((((((..(((....(((((.((..(((((.....))))))).).)).))...))).))))))...((((((.(.....).))))))..................))).)))))...)))))..))))).)))).)).((((.....)))).(((........))))))))))).).))).(.((((((....(((((.((((.....))))..((((..(((((((...(((((.((....((((.(..((((((..........................................(((((.((..(((....))).)).)))))(((((.((....)).))))).))))))..).)))).......((.(((((((.....(((((((((.((..((((.((.((.(.((((....(((..........)))....))))...).)).)).))))..)).))))))))))).))))).)))).)))))..)))))))...))))...)))))....)))))).).)))))))))))))))))).))))..))))(((((((.((....)))))))))..(((..((((((((.(((((.......))))).))).)))))..))))))))))..))))).)))))))).))..)))).(((((((.(((((((((.(((((((.((((((.((((..(.....)..))))..........)))))).))))...((((..((((.(((((...((.((((((..(....((((((.....))))))........((((.(.((((....))))..).)))))..)))))).))...((((((((..(((((....((........(((((((((((((.((((((((((((.(.((((.((((((.(((..(((...((((((((((((.(((((.(((((..((.((.((((((((((((((((.(((((((..(((..(((..((((((((((..((((....))))....(((((((...(..((((((((((((((.(((((((((...((((((((((((((((((((...(((((((((.(((.((((..((((((.....(((((.(((((.((((....((((......))))..((((((.(((...(((((..((((.((((((...((((.(((.(.(((((...(((((..((((....(((((((((...)))))))))))))..))))).(((((.......)))))..))))).).))).)))).....(((((.......)))))(((((((((.((((((.(((((((((((.(((((((((((((...)))))..((((....((((....))))....)))).((((((.(((((((((((.........))))))...)))))))))))...........)))))).))...)))..)))))))).....))))))..))))))))).....))))))))))....)))))...)))(((((((((.((.((((...)))).)))))....)))))))))))).......)))).)))))..)))))))))))..)))).)))))))))))).((((.((((((((.(((((.......((((((((......((((.((.(((...((....))...))).))...))))((((((((..((....))..)))).)))).........))))))))))))).)))))...)))))))(((((((((.((.(.((((....)).)).)..)).)))).))))).)))))))).).))..))))))).))..))))))))).))))...(((((........)))))..(((((((((((...(.(.((((...(((((....))))))))).).)....))))...)))))))....))))))))))..)..)))))))..........))))))))))..(((((...))))))))..))).)).))))).)).))))...)))))......))))).)).)).....))))).))))).))))))))))))..)).)..))).)))))).))))...).))))))).)))....)).)))))))))))))(((((..(((((((((.(((......)))...)))))))))..)))))(((((((((((....)))))))))))(((.....)))..(((((.(((......)))...))))).............))......)))))..).)))))))((((.((((((..............)))))).))))(((((.(((((..(..((.(((......))).))..)))))).)))))))))))))).)))).((..(((((((...(((...((((((.((((((.(((.(((...(((..(((((((((((.(((..((((.(((((...((((((.((((.((((..((((((((((.....(((((((....))))))))))))))))).)))).))))..))))))...(((((.((((...((..........))...)))).)))))...(.((((((((.......)))))))).)).)))).))))..))).)).)))))))))..)))(((((((..........((((...((.((((((.(...).))).))).)).)))).........)))))))....))))))..)))))).)))))))))...)))).)))..))))).))))))))).)))))...))..((((((((..(((((((.........(((((((((((((((((((((((.((((..((((((((((..(((((((.((.((.(((((((.((((((.(((((((((...(((.((........))))).........((((..(((..((....)).)))..)))))))))))))....))))))))))))).)))).)))))))..))))(((.(((...((((((((...........((((((((((.......((....(((.(((.((((((((((((((((...(((((((((....(((((((.((((...((.((.....)).))..)))).)))).)))((((((((..........((((.......((((((((((((..((((...(((((..((....))....(((......))).)))))))))....)))))))))))).......)))).........)))))))))))))))))...)))....)))))))..)))))).)))..)))))...)).)))))))).((((((..((..(((.....)))..))....))))))..(.(((((((((((((((.(((...........))).)))).......................((((.(((....))).)))).....(((((((((((((((........)))..))))))..)))).))..))))))))))).).))))))))))).)))......)))))).....)))).)).))))))....))))))...))))))))).(((....))).))))))).))))))))......)))))..(((((.(....(((...((.(((((.....))))).))...)))...).))))).((..(((((((...)))))))..))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
......{((,(((.....(({((,((.((,(({((....}}})).)),)).))))).,(((((....(((.((((((((((....(((((({{..,.,|.}.,))))))((((((((..{{((((,(((..(((((.,.....((((((...))))))...}.)))))..)))...})))))((((((((((.(((...((((((,{(((....,||||},,..(((((.....))))),,.}.,,.,,...}}}.))))))...((((((.(.....).))))))..,{,...,,........))).)))))...))))).))).)))))...))))){,.....|||(,(((...,....),}))))}}...,,},.))))).)))....))))).(((((((....{(.{(((,((((((((,,({,,.(({||.,,}}}||{(((((.({{(((.....{{..((((,{(((((((({{((,,{{,.......(((((.((..(((....})}.)).)))))(({{{,,,(((((.(((((((.((((...(((({..((((...((((((.((({({{((..((((((((((((((.,(((((.(((((((.((.((((((((...((((.(((((((..((((((((((((((({.((,.{{{{|{((,,{{,{|||.||||,,..,{|}||,((((((((((.((((((((.{(...,|((((((({,|((((({(((((.(({,.((,(((((((.{{....}})))))))})..,.(((((.((((..,.(((((((((((....((((((((..((((((.(((.(((....))))))..)))))).)))))))).({{,...,|}(({{.((((.((((((.((((..(.....)..))))..........)))))).))))...))))..,.||........}}},..,)}.})))))))))).).)))))))))..,{.,{((((((.(.((({....})))..).)))},}}.|.||....,,,,...}}})},(({{(...........))))}...,}}}}||||}},}}|{||||((((...((((((..(((((((((..{(,{({,,..,,)}}},{{,,...,}}.|||,.((((....)))).}}.)))))))))...))))))..))))|,|||}|||||{{((((((.,...(((((((...(..((((((((((((((.(((((((((..{(((((((((((,((((((({...(((((((((.(((.((({..{(({((({{{{((({{.(((({{((({,{{{{{,,.,|{||||},.}||}|||,|||.,,(((((..((((.((((({...((((.(((.(.(((((...{{(((.{((((....(((((((({...})))))))),,,,.})))))}}((((......,)))},..))))).).))).))))......{|||...{(({.....(((((((((.((((((.(((((((((((.(((((((((((({...}))))..{(((....((((....))))....)))}.(((({{{(((((((((((.........))))))...)))))))))))...........)))))).))...)))..)))))))).....)))))).})))))))))}}}..}))))))))),...))))),,.))}(({((((((,((,((((,,.}|||,}}})),,..))}}}}}.})})}}))),,}})),}))),.{||||,..,)))}})))).))))))))))))|((((.(((((({{.(((((.......((((((((..{{{{((((,(..,{,...,,..,}))}}}))..,,...,,,.((((((((..((....))..)))).)))).........))))))))))))).}}}}}}}.}))))))|{{(((({{.{(.{,{(({.,..,}.}),)..)).)))).))))}.}))))))).)})),.}))))))}).,.))))))))).)))}...(((((......,.)))))..(((((((((((..,(.(.((((...(((((....))))))))).).},,..)))),..}))))))..,.)))))))))),....))))))).,..(((((..(({...,))..)))))....{(((((({{{...........}}}.))))))}))))))...(((((((,.,(({...})))))))))),))))),))))).)))))))))))))))))),,,)))}})))}.)}})))))))))).((.(((((.(((((..,.((((......))))...,)))))))))).)).{(((((((,.....(((((((((((....)))))))))))(((.....)))..(((((.{{{...,..))),,,)))||,,.{{{.....,,|{{{.{{{{...})))...)))))))))))}))))..)))))))..)))).,..))))))))))))))).......{{{,......,((((((((.((((((.{{..,(((,({.(((({.,,...{((((((...........(((.((((((((.(((((((...((((.((((,,....{{{{((.((((((((((..(((((((((((((..((.(....).))..))))}(((((((..((((((((..((({(((((,{{{{((({...,}))},.,,{{{{{.{{|{,,.{,.,|,|.,,,,|,{{{|||,,||}},...,.((((((((.......))))))))})},))))||{|||||{,,...(((((((.((((...))))..))))))))))))))})}))},)))}.))))..)))).,))))))).{{{{,...,}}}}))))...)))))))))))))).,,.,|||}}},,..,)))).))))))))))){{.,,.||....,,,..||,,..,,,((((((.(((...)))..))))))((((...)))),((({....,})),,.)))))))).)))(((((((.((.((.((((((,,((((((.(((((((((...{(,,((........)}))).........{{,(,.{{{..||....||,}}}.})),.)))))))))....))))))))))))).)))).)))))))....))))))).....,}})))))))}})))))))).)))))))).....))).)))))..,..)))))))))))))),,|.}}}|((((((((....{{{{(((,((((...((.((.....)).)).,)))).)))},|||((((((({..,,,,.,,.{(({.......((((((((((((..((({,{,{,{{{..,,....}}..}.|{{......))).}}},},},,....)))))))))))).......,})}.........)))))))))))))))),{{{((.........))))))))))))))....))))..((((.((((....))))..))))......,))))..})))))))))).))))).(((((((((((((((.(((.,,.....,..))).)))).......................((((.(({....})).)))).....(((((((((((((((........))),.})))))..)))).))..))))))))))){(({{{.(((.,..}}}}}.}}}}..........)))))))}}}}.)},,,})))))))},}}})))),.},..}}}.,))))))}.))|||||{{{|||||,....)}.}}))).),})))))),,..,{.(((((.....))))),))})))),)))).))..)))}}}|,{{{({...,,}}})},))).)),
Back