Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_006183.5

Sequence Length

1239 nt

GC Content

0.3454

AUAGUUCACUCACUUUCAAAGCCAGCUGAAGGAAAGAGGAAGUGCUAGAGAGAGCCCCCUUCAGUGUGCUUCUGACUUUUACGGACUUGGCUUGUUAGAAGGCUGAAAGAUGAUGGCAGGAAUGAAAAUCCAGCUUGUAUGCAUGCUACUCCUGGCUUUCAGCUCCUGGAGUCUGUGCUCAGAUUCAGAAGAGGAAAUGAAAGCAUUAGAAGCAGAUUUCUUGACCAAUAUGCAUACAUCAAAGAUUAGUAAAGCACAUGUUCCCUCUUGGAAGAUGACUCUGCUAAAUGUUUGCAGUCUUGUAAAUAAUUUGAACAGCCCAGCUGAGGAAACAGGAGAAGUUCAUGAAGAGGAGCUUGUUGCAAGAAGGAAACUUCCUACUGCUUUAGAUGGCUUUAGCUUGGAAGCAAUGUUGACAAUAUACCAGCUCCACAAAAUCUGUCACAGCAGGGCUUUUCAACACUGGGAGUUAAUCCAGGAAGAUAUUCUUGAUACUGGAAAUGACAAAAAUGGAAAGGAAGAAGUCAUAAAGAGAAAAAUUCCUUAUAUUCUGAAACGGCAGCUGUAUGAGAAUAAACCCAGAAGACCCUACAUACUCAAAAGAGAUUCUUACUAUUACUGAGAGAAUAAAUCAUUUAUUUACAUGUGAUUGUGAUUCAUCAUCCCUUAAUUAAAUAUCAAAUUAUAUUUGUGUGAAAAUGUGACAAACACACUUAUCUGUCUCUUCUACAAUUGUGGUUUAUUGAAUGUGAUUUUUCUGCACUAAUAUAAAUUAGACUAAGUGUUUUCAAAUAAAUCUAAAUCUUCAGCAUGAUGUGUUGUGUAUAAUUGGAGUAGAUAUUAAUUAAGUCACCUGUAUAAUGUUUUGUAAUUUUGCAAAACAUAUCUUGAGUUGUUUAAACAGUCAAAAUGUUUGAUAUUUUAUACCAGCUUAUGAGCUCAAAGUACUACAGCAAAGCCUAGCCUGCAUAUCAUUCACCCAAAACAAAGUAAUAGCGCCUCUUUUAUUAUUUUGACUGAAUGUUUUAUGGAAUUGAAAGAAACAUACGUUCUUUUCAAGACUUCCUCAUGAAUCUCUCAAUUAUAGGAAAAGUUAUUGUGAUAAAAUAGGAACAGCUGAAAGAUUGAUUAAUGAACUAUUGUUAAUUCUUCCUAUUUUAAUGAAUGACAUUGAACUGAAUUUUUUGUCUGUUAAAUGAACUUGAUAGCUAAUAAAAAGACAACUAGCCAUCAAAAUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-282.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -308.38

Frequency: 0.0000

Diversity: 382.10

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((((....((((((........))))))...(((((((((((((...((((....((((((...((((((((.................)))))))))))))).(((((((((.(((.......))).)).((((((((((((.((....(((((((..((((.(((((((....))))))).....))))..)))))))...)).))))................)))))))).......((((((.((..(((.((((.....)))).))).)).))))))....((((((((.(((((((((.(((((.(((((.((((..((..((((....((.........((((((((((((((.(((((....))))..((((((....(((....)))..)))))).).))).)))))....))))))))....)))))).)))).))))).)))))..(((((.((((.(((((................)))))..)))).........((((((....((.......))....)))))).((((((.(.((((...)))).).))))))..))))).............(((....)))((((((.(.......).)))))).......)))))))))...))))))))..))))))).(((((((((.((((...(((((((.(((((((((.((.((((((.(((.....................)))))).......))).))))))).)))).)))))))...((((.....)))).........(((((.....((((((...)))))).......)))))...)))))))))))))...........((((((((((....)))))))))).((.(((((((..((((..((((((...))))))..))))...))))))).))))))...((......)).....))))).(.((((.((((((.......(((((((((((........)))))))))))..))))))...)))).).(((((((.(((....))).))))))).)))))))).......(((........)))...((((((....(((((((((((.............(((((((((....))))))))).)))))))))))...))))))..)))))))..................(((..(((((.((((.............)))).)))))..)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

..{(((({.,,,(({(({{((((({(((,,,{{{{(,((((((((,.{,({(,,,...}|||,,|},}|||||..}}}}}.|}}.},,)}}}}},||}}||||||},.{{(((((((,((,.......}}}.|}.((((((((((((.((....(((((((..((((.(((((((....))))))).....))))..)))))))...)).)))}...............}))))))))......,{(((((.((..(((.((((.....)))).))).)).)))))}.|{|{((({,,,.}}))}}}}..{((((.(((((.((((..{,.,((({,...,|||.....,.((((((((((((((.{{{{,..||))}}..{((({{,,..{{|,...))}.,))))),.}.})).)))))....)))))).,....,))))).)))).))))).))))}..(((((.((((.(((((.,{,,...,}},....)))))..)))).........((((((....((.......))....)))))).((((((.(.((((...)))).).))))))..))))).............(((....))),{{{({.{.,,...{|{||||||,{,.,,|}}}},||||.||||}|||||..,,}}}}..{{((((({{{((({.,,{{{{{{{,{{{{{{{{,.{{,{{{.,||||,..,,.|||,,,,.,|||,..,))})}}|,,,|,,}}},|}}}}}}.|}}|,|||}}},.,}||{,..,,|}},,.,,..,,..|||{|,,,,,((((((,..})}))),,,,...}}))}},,))))}}})))))),,,,.}||,..((((((((((....)))))))))).((.((((((({.((((..((((({...})))))..)))).}.})))))).)){{{...,}}..,,,,||...||...}),})},||,|||{{{..,....{((((((((((........)))))))))))..})}}}}.,{||||{{,(((((((,{{(....)))})))))))..,}}}}|.,|||.,,,,}}}.,.}}))}},..((((((.,..(((((((((({........,{{{,{(({((({,....)))))))))}))))))))))).,.))))))..}}}}}}}...,,,,,,,|.,,,,..,||..|((((.((((.............)))).))))}..,,.