Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006186.4
Sequence Length
3472 nt
GC Content
0.4793
AAGCCACAUAAACAAAGGCACAUUGGCGGCCAGGGCCAGUCCGCCCGGCGGCUCGCGCACGGCUCCGCGGUCCCUUUUGCCUGUCCAGCCGGCCGCCUGUCCCUGCUCCCUCCCUCCGUGAGGUGUCCGGGUUCCCUUCGCCCAGCUCUCCCACCCCUACCCGACCCCGGCGCCCGGGCUCCCAGAGGGAACUGCACUUCGGCAGAGUUGAAUGAAUGAAGACAGACGCGGAGAACUCCUAAGGAGGAGAUUGGACAGGCUGGACUCCCCAUUGCUUUUCUAAAAAUCUUGGAAACUUUGUCCUUCAUUGAAUUACGACACUGUCCACCUUUAAUUUCCUCGAAAACGCCUGUAACUCGGCUGAAGCCAUGCCUUGUGUUCAGGCGCAGUAUGGGUCCUCGCCUCAAGGAGCCAGCCCCGCUUCUCAGAGCUACAGUUACCACUCUUCGGGAGAAUACAGCUCCGAUUUCUUAACUCCAGAGUUUGUCAAGUUUAGCAUGGACCUCACCAACACUGAAAUCACUGCCACCACUUCUCUCCCCAGCUUCAGUACCUUUAUGGACAACUACAGCACAGGCUACGACGUCAAGCCACCUUGCUUGUACCAAAUGCCCCUGUCCGGACAGCAGUCCUCCAUUAAGGUAGAAGACAUUCAGAUGCACAACUACCAGCAACACAGCCACCUGCCCCCCCAGUCUGAGGAGAUGAUGCCGCACUCCGGGUCGGUUUACUACAAGCCCUCCUCGCCCCCGACGCCCACCACCCCGGGCUUCCAGGUGCAGCACAGCCCCAUGUGGGACGACCCGGGAUCUCUCCACAACUUCCACCAGAACUACGUGGCCACUACGCACAUGAUCGAGCAGAGGAAAACGCCAGUCUCCCGCCUCUCCCUCUUCUCCUUUAAGCAAUCGCCCCCUGGCACCCCGGUGUCUAGUUGCCAGAUGCGCUUCGACGGGCCCCUGCACGUCCCCAUGAACCCGGAGCCCGCCGGCAGCCACCACGUGGUGGACGGGCAGACCUUCGCUGUGCCCAACCCCAUUCGCAAGCCCGCGUCCAUGGGCUUCCCGGGCCUGCAGAUCGGCCACGCGUCUCAGCUGCUCGACACGCAGGUGCCCUCACCGCCGUCGCGGGGCUCCCCCUCCAACGAGGGGCUGUGCGCUGUGUGUGGGGACAACGCGGCCUGCCAACACUACGGCGUGCGCACCUGUGAGGGCUGCAAAGGCUUCUUUAAGCGCACAGUGCAAAAAAAUGCAAAAUACGUGUGUUUAGCAAAUAAAAACUGCCCAGUGGACAAGCGUCGCCGGAAUCGCUGUCAGUACUGCCGAUUUCAGAAGUGCCUGGCUGUUGGGAUGGUCAAAGAAGUGGUUCGCACAGACAGUUUAAAAGGCCGGAGAGGUCGUUUGCCCUCGAAACCGAAGAGCCCACAGGAGCCCUCUCCCCCUUCGCCCCCGGUGAGUCUGAUCAGUGCCCUCGUCAGGGCCCAUGUCGACUCCAACCCGGCUAUGACCAGCCUGGACUAUUCCAGGUUCCAGGCGAACCCUGACUAUCAAAUGAGUGGAGAUGACACCCAGCAUAUCCAGCAAUUCUAUGAUCUCCUGACUGGCUCCAUGGAGAUCAUCCGGGGCUGGGCAGAGAAGAUCCCUGGCUUCGCAGACCUGCCCAAAGCCGACCAAGACCUGCUUUUUGAAUCAGCUUUCUUAGAACUGUUUGUCCUUCGAUUAGCAUACAGGUCCAACCCAGUGGAGGGUAAACUCAUCUUUUGCAAUGGGGUGGUCUUGCACAGGUUGCAAUGCGUUCGUGGCUUUGGGGAAUGGAUUGAUUCCAUUGUUGAAUUCUCCUCCAACUUGCAGAAUAUGAACAUCGACAUUUCUGCCUUCUCCUGCAUUGCUGCCCUGGCUAUGGUCACAGAGAGACACGGGCUCAAGGAACCCAAGAGAGUGGAAGAACUGCAAAACAAGAUUGUAAAUUGUCUCAAAGACCACGUGACUUUCAACAAUGGGGGGUUGAACCGCCCCAAUUAUUUGUCCAAACUGUUGGGGAAGCUCCCAGAACUUCGUACCCUUUGCACACAGGGGCUACAGCGCAUUUUCUACCUGAAAUUGGAAGACUUGGUGCCACCGCCAGCAAUAAUUGACAAACUUUUCCUGGACACUUUACCUUUCUAAGACCUCCUCCCAAGCACUUCAAAGGAACUGGAAUGAUAAUGGAAACUGUCAAGAGGGGGCAAGUCACAUGGGCAGAGAUAGCCGUGUGAGCAGUCUCAGCUCAAGCUGCCCCCCAUUUCUGUAACCCUCCUAGCCCCCUUGAUCCCUAAAGAAAACAAACAAACAAACAAAAACUGUUGCUAUUUCCUAACCUGCAGGCAGAACCUGAAAGGGCAUUUUGGCUCCGGGGCAUCCUGGAUUUAGAACAUGGACUACACACAAUACAGUGGUAUAAACUUUUUAUUCUCAGUUUAAAAAUCAGUUUGUUGUUCAGAAGAAAGAUUGCUAUAAUGUAUAAUGGGAAAUGUUUGGCCAUGCUUGGUUGUUGCAGUUCAGACAAAUGUAACACACACACACAUACACACACACACACACACACAGAGACACAUCUUAAGGGGACCCACAAGUAUUGCCCUUUAACAAGACUUCAAAGUUUUCUGCUGUAAAGAAAGCUGUAAUAUAUAGUAAAACUAAAUGUUGCGUGGGUGGCAUGAGUUGAAGAAGGCAAAGGCUUGUAAAUUUACCCAAUGCAGUUUGGCUUUUUAAAUUAUUUUGUGCCUAUUUAUGAAUAAAUAUUACAAAUUCUAAAAGAUAAGUGUGUUUGCAAAAAAAAAGAAAAUAAAUACAUAAAAAAGGGACAAGCAUGUUGAUUCUAGGUUGAAAAUGUUAUAGGCACUUGCUACUUCAGUAAUGUCUAUAUUAUAUAAAUAGUAUUUCAGACACUAUGUAGUCUGUUAGAUUUUAUAAAGAUUGGUAGUUAUCUGAGCUUAAACAUUUUCUCAAUUGUAAAAUAGGUGGGCACAAGUAUUACACAUCAGAAAAUCCUGACAAAAGGGACACAUAGUGUUUGUAACACCGUCCAACAUUCCUUGUUUGUAAGUGUUGUAUGUACCGUUGAUGUUGAUAAAAAGAAAGUUUAUAUCUUGAUUAUUUUGUUGUCUAAAGCUAAACAAAACUUGCAUGCAGCAGCUUUUGACUGUUUCCAGAGUGCUUAUAAUAUACAUAACUCCCUGGAAAUAACUGAGCACUUUGAAUUUUUUUUAUGUCUAAAAUUGUCAGUUAAUUUAUUAUUUUGUUUGAGUAAGAAUUUUAAUAUUGCCAUAUUCUGUAGUAUUUUUCUUUGUAUAUUUCUAGUAUGGCACAUGAUAUGAGUCACUGCCUUUUUUUCUAUGGUGUAUGACAGUUAGAGAUGCUGAUUUUUUUUCUGAUAAAUUCUUUCUUUGAGAAAGACAAUUUUAAUGUUUACAACAAUAAACCAUGUAAAUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1034.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1095.92
Frequency: 0.0000
Diversity: 811.56
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((...(((.(((((((....(((.(((.((((......))))))).)))...((.(((((..((((.(......).))))..))))))).((((((((...((((...(((..(.(((.(.((((.(((..(((((..(((((((((((.((((....((.(((((...))))).))....))))...))......)).)))))))......)))))...))).)))).).))))..))).))))...))))))))(((.....))).(((((.........(((((((((...(((((....((((((((((......(((((((((...(((((.((....((((((..(((..(((..((((((((........(((.(((((((((.((((.......)))).))).....((((....)))).................((((((((.((((................(((.((((((....(((((..(((......)))...)))))......((((...(((((((.((((.((((..((((((.(((((........(((..(((......(((((((......))))).)).....)))..)))..((((....))))))))).))))))))))....((((((............((......))..............))))))((((.((......))))))(((..(((((.....)))))..))).(((((((((((...((((...((((...(((((((.((((.(((...(((.((.((..(((.(...((((((((....((((.........)))).(((..(((((((((..(((.(((((.....((.........)).....))))).)))..))).......(((((..((((((...(((((.(((.((.(((((((..(((((((((((((((.((((((((((.....((.(((....)))..))....))))).))))).))))......((.(((........)))..))(((((((......)))))))...)))))))....))))...)))))))..)).))).)))))...))))))......((....)))))))..((((((....)))))).))))))..)))))))))))...).)))..)))).)))....)))))))))))))).((((.((....)).)))).((((((((((..((((......))))......))))))))))............)))).))))....))))))..((((((((.((....)).).)))))))((((.(((.(((.((((((((((((((.....(.(((((((.............((((..(((((((((.(.((..(((.........)))..)).).))..))))))).)))).(((...((((((((.(((..(.(((((....))))).)..))))))))..))).))).......((((((((....))))))))....))))))))))))))))......(((.......)))))))))...)))))).))))(((((((((((........)).)))))))))..))))))))).))))))).....))))...)))))))))((((((((((((((.((((((.(((..(((......)))..)))..((((.(((....))).))))..((((.(((.(((((((((((((......)))))))))..)))).))).))))..))))))....)).)))...))))))))).((((((.....)))))))))).)))))))).......((((((.(((........)))))))))............)))))))))))).)))))..))).)))..)))))))).)))))....)))).))))).....(((((.......)))))....((((...))))..)))))..)))))...((((((((...))).)))))....((((((.....((((((((..((..((((..(((((((.((((((....)))))).)))....((.((((.....)))).))))))..)))).))..)).))))))......))))))........))))).......))))))))).........)))))..........(((.((((((((((((((((((.(((((((((((.((......((((((((((.((.((.(((((.......))))).)).)).....)))))))...)))..)).))))))))(((...(((((((((.....(((((..(((((.(((((((..........(((.((((.....))))..)))((((((((..((((((....))))))(((((....(((((.(((...(((.(((.((((((((((((((.((((((...((......(((..(((.(((....))).))).)))......))...)))))).(((((((.(.(((.........)))).)))))))....(((((((.....(((((((.((((...........((((.(((((((((..(((.((((((((((.(((........))).))))...((((((((.......))))))))(((((((.((((...)))).)))))))))))))((((((((.((((((((((..(((((.(((...........)))))))).)))))))...))).))))))))((((((....))))))........)))..)))))..)))).)))).............................(.(((((((.((((((.(((......))).(((.((((((((.(((((.....))))))))))))).))).......((.((.((((((((((((.((((((((((((((.....(((..(((((.((.((.(((((...((((((......).)))))...))))).)).)))))))..)))..))))).))))).....)))))))))))))))).)).))....))))))..))))))).)..))))))))))).....)).)))))......))))))))))))))))))))....))).)))))...))))))))))..)))..))))))).)))))..))))).(((((((((((.......((........))........)))))))))))..))))))))).))).....))).)))))..)))))))))..)))).)))..............(((((((((..(.(((((..........))))).).)))))))))..((((....)))).))))))).)))...))))........((((((((...........))))))))....(((((((...)))))))..........(((((((...........)))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((({...{{{.(((((((....(((,(((.((((......))))))),))}.{.((.(((((..((((,.......),)}))..))))))),((((((((...(((({(((,{..(.(((.{.((((.(((..(((((,.(((((((,({..((((....((.(((((...))))).))....))))...,|......)).)))))))...}..}))))...))).)))).}.))))..,)))))))...)))))))),{((({({|{{{((,.{{((({{.....|}|)}}|...(({{.....,{{{{,,{{|},,,,,(((((((({...(((((.((....((((((..(((..(((..(((((({{..,....|(((,({{(({{((.((((.,.....}))).))},,...{{{{....))))..,{{,....,,,....((((((((.((((...,,...........(((,((((((.,{,{,,,{{.{{(,..,,.}}}...,})),.,}..,{{{{...(((((((.(((((((((..((((((.(((((........(,(..(((......{{(((((......))))).}}.....))).,)))..((((....))))))))).)))))){{{....}}}.,.{{{..........||}...{{{,...}}}.....{{{{((,,((((({(,{{{{,({{{{|,((((((((.(((({{,{((..,||..{{,..((((((...((((...((((...(((((((.((((.(((...{((,((.{(..(((.(...((((((((....((((.........)))).(((..(((((({({..(((.(((((.....((.........)).....))))).)))..}},.......(((({..((((((...(((((.(((.((.(((((((,,((,,(((((((((((.((((((((((.....({.(((....)))..)}....))))).))))).))))......{{.{{{,.......}}}..}}{((((({......}))))))...)))))))..},,,)),..}))))))..)).))).)))))...)))))).....,((....)))))))..((((((....)))))).))))))..)))))))))))...).)))..)})).}))....)))))))))))))).((((.((....)).)))).{(((((((((..((((......))))......)))))))))}............)))).))))....))))))..))|...)))}}.))))..)))))))}},|||)))},{||,((((((((((((({....,(.(((((((.,...........((((..(((((((,(.(,{({.((({....}},.),)}..,,},),,.))))))).)))).(((...((((((((.(({,,{.(((((....))))).}.,))))))))..))).))).......{(((((((....))))))))....))))))))))))))))......(((,......}})}))}))...)))))}.,,,,||,||||||||}}}}}...,,.|||},,,,)},))))))))).))))))).....}))}||.}}}}}}}))(((((((((({{{,.((((((((..(((((.,{({.||{...}},..}||.},..}))))..)))}..,|||}|{,.(((((((((((((......)))))))))..)))).)))|)|||{{,}}}})}}},,|,},,.,}))))))))).((((((.....)))))))))).)))))))}.......((((((.(((........)))))))))......,,,,..}}})))}}}))).)))))..))).)))..)))))))).)))))....}))).))))),,...{{{{{.......})))}....((({...))))..,}||}..,}}},}}}||||||||,..,}).))|||,,..,{{{{{.,...{||||||(..({,{{,{|..||||(((,((((((....)))))).))).,,,{{.{{((..,,.}}},.)))))),,}}}),))..}),))))},.,,,{{|||||,.,,,...||||||......,,|||||||...{,,,....,,...,,...}))},||}|||{{{{{{{{{{{{{|{|{{,((((((((.((......((((((((((.((.((.(((((.......))))).)).)).....))))))),..}},..)).)))))))),,,...{{{{{{{{,.....{((((..(((((.(((((((..........(((.((((.....))))..)))(({{{{((|,((((((....)))))),{{{(....(((((.{((,,.{{{,(({.((((((((((((((.{(((((...|{......{((.,{{{.{((....}}}.}}}.))}......},...)))))}.{{{{{{({{,{{{.,,},,{{,|||,.}}}}}},..}}||||{{{,,,..(((((((.(({{..,,,......((((.(((({((((..{{{.((((((((((.(((........))).))))...((((((((.......))))))))(((((((.((((...)))).)))))))))))))((((((((,({((((((,({{(.(({{({{........,,,,)),,)))},))))))...)}}.})))))))((((({....}))))}.......,}))..))))}..)))).)))).............................{,(((((((.((((((.{{{...,..}},.(((.((((((((.(((((.....))))))))))))).})).......{{.,,.((((((((((((.((((((((((((((.....(((.,(((({,{(.((.(((((...((((((......).)))))...))))).)).)}))))).,)))..))))),})))),....}))))))))))))))).,}.}}....))))))..)))))))})..)))))))))))...}}}}.)))}},,....})))))))))))))})),,},}}.))).)))))...))))}}}}},..}))..))))))).)))))..))))).(((((((((((.......({........))........)))))))))))..,}}}})))},))),,,,,)))}))))),.}}}}||||||.}}}},))),,,,,,........(((((((((..{.{((((........,.))))}.,.)))))))))..{{{{..,.)))}.))))))).}}}.,.)))).,....,,((((((((...........))))))))....(((((((...)))))))...,,,...{((({{,,....,,,,.,})},}})},..
Back