Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006245.4
Sequence Length
2973 nt
GC Content
0.5526
GCAGCGCGCAGGCGGUGGCGAAGAGACGCCGAGCGGGCCGAGUGCGGCCGAGCAAAGCCGGAGCCGGAGCGGGGCCGCAGGAGACGGGCCGGGUCCGGACGGGCCGAGAUGCCCUAUAAACUGAAAAAGGAGAAGGAGCCCCCCAAGGUUGCCAAAUGCACAGCCAAGCCUAGCAGCUCGGGCAAGGAUGGUGGAGGCGAGAACACUGAGGAGGCCCAGCCGCAGCCCCAGCCCCAGCCCCAGCCCCAAGCCCAGUCUCAGCCACCGUCAUCCAACAAGCGUCCCAGCAAUAGCACGCCGCCCCCCACGCAGCUCAGCAAAAUCAAGUACUCAGGGGGGCCCCAGAUUGUCAAGAAGGAGCGACGGCAAAGCUCCUCCCGCUUCAACCUCAGCAAGAAUCGGGAGCUGCAGAAGCUUCCUGCCCUGAAAGAUUCGCCAACCCAGGAGCGGGAGGAGCUGUUUAUCCAGAAGCUACGCCAGUGCUGUGUCCUCUUUGACUUCGUGUCAGACCCACUCAGUGACCUCAAAUUCAAGGAGGUGAAGCGGGCAGGACUCAACGAGAUGGUGGAGUACAUCACCCAUAGCCGUGAUGUUGUCACUGAGGCCAUUUACCCUGAGGCUGUCACCAUGUUUUCAGUGAACCUCUUCCGGACGCUGCCACCUUCAUCGAAUCCCACAGGGGCUGAGUUUGACCCAGAGGAAGAUGAGCCCACCCUGGAAGCUGCUUGGCCACAUCUCCAGCUCGUGUAUGAGUUCUUCUUACGUUUCCUUGAGUCUCCUGAUUUCCAGCCAAACAUAGCCAAGAAGUACAUCGACCAGAAGUUUGUACUUGCUCUCCUAGACCUAUUUGACAGUGAGGAUCCUCGAGAGCGGGACUUCCUCAAGACCAUUUUGCAUCGCAUCUAUGGCAAGUUUUUGGGGCUCCGGGCUUAUAUCCGUAGGCAGAUCAACCACAUCUUCUACAGGUUCAUCUACGAGACGGAGCAUCACAACGGGAUUGCUGAGCUCCUGGAGAUCCUGGGCAGCAUCAUCAAUGGCUUUGCCCUGCCCCUUAAAGAAGAGCACAAGAUGUUCCUCAUCCGUGUCCUACUUCCCCUUCACAAGGUCAAGUCCCUGAGUGUCUACCACCCUCAGCUGGCAUACUGUGUGGUACAAUUCCUGGAGAAGGAGAGCAGUCUGACUGAGCCGGUAAUUGUGGGACUUCUCAAGUUUUGGCCCAAGACCCACAGCCCCAAGGAGGUGAUGUUCUUGAAUGAGCUGGAGGAGAUUCUGGACGUCAUUGAACCUUCUGAGUUCAGCAAAGUGAUGGAACCCCUCUUCCGCCAGCUGGCCAAGUGUGUCUCUAGCCCCCAUUUCCAGGUGGCAGAGCGUGCUCUCUAUUACUGGAACAAUGAGUACAUCAUGAGCCUGAUAAGUGACAAUGCUGCCCGAGUCCUCCCCAUCAUGUUCCCUGCACUCUACAGGAACUCCAAGAGCCACUGGAACAAGACAAUCCAUGGACUGAUCUAUAAUGCCCUGAAGUUGUUUAUGGAAAUGAAUCAGAAGCUGUUUGAUGACUGCACACAACAAUACAAGGCAGAGAAGCAGAAGGGCCGGUUCCGAAUGAAGGAAAGGGAAGAGAUGUGGCAAAAAAUCGAGGAGCUGGCCCGGCUUAAUCCCCAGUAUCCCAUGUUCCGAGCCCCUCCACCACUGCCCCCUGUGUACUCGAUGGAGACAGAGACCCCCACAGCUGAGGACAUCCAGCUUCUGAAGAGGACUGUGGAGACUGAGGCUGUUCAGAUGCUAAAAGACAUCAAGAAGGAGAAAGUGCUGCUGCGGAGGAAGUCGGAGCUGCCCCAGGACGUGUACACCAUCAAGGCACUGGAGGCGCACAAGCGGGCGGAAGAGUUCCUAACUGCCAGCCAGGAGGCUCUCUGACCCCUCACGUUCCUACCACAGGGCCACAGCCCACACAGCCCUGGGACACUGCCCUGGCCCUCCAUACUCUGCUCCCUACUGGCUGUCUUGGGGGAAGGCAGCGCCUCUCUAGCUACUCAAGGGAGGGGGAUGUGGGCACUUGAAGCAGGGACACCCACAGAAUGGUCCCUCUUCUCCCCAAAAGGUGUUCAUGCCUCCCUGUGGCUAGUACAGGCUGAGCACUAAGAUGCUUAGUGCUCAGACAACCUGGGGAUGCCUGUCCCCUACCUGCUCCUCACCCACAGCUACCUGAGGCUGCUCUGAGAAGUACACACAGGAAUACAUACGCUCCUCUAUUCUUCCCUUCAUCCUCAUUUGAACGCCAGGUAUCUCCCCUCCUCUCUCUCCCCUGCAGAGGCAUGUAGGGAACAGCAGGAGAUUAUUCUCACCAAAGUUAUGUCAAGCCCCAUUGGUCCCAGAGUAGCUGAAGGGAAGCCAACCCCCCUGCAGCACAAAUAGGCCCCCCAGUCCCAGCCGUGUGCUGGCAGAUAGGGUUGUAUUAUUUCUUCUUACCCCAUGCCUGACCAAGGGAGGUCAAAAGGAGAAAAGUAUAGGCUGUGGACAAUAACUGAUGAAUAUAGGGCCCAGAUGGACCAAGUGGGGCCGGGGAGGGAUGAAUAAACACCCUACCCCGUGCCCUGUCUUUGGUGAGCAGCAGCCCUGGGGUCACAGACAUGGAAGGGACCACCCUGGGGCUGACUGCUUUUCUGUGCUGUUGGUUCCCAAAACUAGAAAGAAGGAAGCAGGGAGCGGUGCCCCAAGCAUGGCUCCUGCCAACACCUAUUUAUUUCCUUGUUUGUGCUAUGCUGGGCAGGCCUUCUCUUGUCCCUUAUAGGUACCUUGGAGGGGCCAGGGGCUGAGGAAGGCCGGACCCAGGUUCCAGGGGCGCAGGCAGUGCGGCUUUUGGCUGUGUACAUAGGGUGCUUUAUUCUCCACAGAGUGAUACAUGCUAAGGUGGGUUGGGCUUGGACCGAUGUCCCCAUAUGUACAGAACUGAAUAAAGUGGGUCUCUGAGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1080.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1131.30
Frequency: 0.0000
Diversity: 898.53
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.(((....))).)).(..((((((.((..((.(((((....)))))..))....(((((.((((..((...((...))...))..)))).)))))..((((......))))......((.....))......((((((((((.((...))...(((((((((((((((((((((.((((((((((.((((..((((..........(((((.((((..((((.(((((...(((((.(((......(((((((..((.((((((((.........((((....((....)))))).(((((((.....(((...........))).....)))))))........((((((.((((.(.((((((.(((((((((((((((.......((..((((((((((((.....)))))))..........))))))).......)))))))))))))))((((......))))........))))))))))).)))))).(((((((...(((.((...(.(((((.........))))).))).)))...)))...))))))))))))...(((((((........)))))))))..)))).)))........))).)))))....((.(((((((.....(((((((.(((.((((....(((((((((....((((((((...(((.....((((.((..(......)..)))))).((((.((((((((((((((.(((((......)))))...........(((..((((((((.....((((((....(((...(((((...(((((.(((.(((((.....(((((((((...((((((((....))).))).))...)))))))))))))).......((((..(((...)))...))))....(((((((((((..((((((......(((((.((((.......)))))))))(((.((.((((......(((((.((((((.....))).)))))))))))))).)))((((((..........(((...)))))))))....(((.((.((((..((((.....)))).)))).)).)))...........(((((((..(.((((.(((((((((...(((........))).)))))((((((.((((...((.(((....)))..))...)))).)))))).))))..)))).).))))))).))).)))..)))))))))))))))))))))))).))).)))))))))))))).)))((((((((((((....).))))).....))))))....((((.((((..(((((((((...(((.(((((.(((..(((((((((((((.((((....))))))))..)))))..))))(((.(((((..((((((((.((.(((............))))).....((.((((((.....((((...((....)).)))).....)))))).))...(((((((((...((...........))....))))))))).....)))))..)))...))))))))................)))))))).)))....)))))))......))..))))))))..)))))))))).......)))).))))((...(((((......((........))....)))))...))...)))..))))))))...)))))))))...((...((.((....)).))...)))))).))))))))))....))))))))).((((((...((((((...)).))))....((.((......)).))(((((((..(((((((..(((((((..(.(...........).)..)))).)))((....)).(((((.((.....))..)))))((((....))))))))))).)))).)))..........((((....))))..)))))))))))...)))).)))).))))).....(((((.(((.((..((((.(((((((..((((((((....((((((((...(((((((....(((((((((((((((.((((((............))))))))))........))))))))))))))))))))))))))..((((((((((((((((...))))))))))))....))))((((((((((.........((((.((((....(((((......)))))...)))).)))).....(((((((............)))))))...((((........))))...))))))))))..(((((((.....(((((((......)))))))...)).))))).......(((((((((.........(((((((((((((....((.((((.((((..........)))).)))))).....(((((....(((((((((.((((((((((....((((................))))..))))(((((......)))))..........))))))))))).)))).................))))).....))))).))))))))(((((((((.((......)))))).)))))........)))))))))((((((((((((((((.........((......)))))))))))))).))))......))))))))..))))))).)).))..)).))).)))))(((((.((((.....)))).)))))))))..))))........)))))))))).))..)))))))).(((((((.(((((((((....(((.(((...))).))))))))).))))))))))((((....))))..(((.((((.....)))).))))))))))))))(.(((.(((..(((((((....)))))))..))).))).).))))..))))))((((....)))).............(((......)))))))))))..)..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{{(((,,.{|||{|{{(..,(((((,(,..{(.(((((....)))))..||...{({{{.,(((({.(.((.((({....,.))}.)).).))))).,((((......))))......{(.....,|,,,..{({(({{{{,..{{{{{|,...,{{,|||||.,{{{,.||,|||,((((..((,{({(((.(((,,{....(({.((.{((...,|.|}.{|}.},)}..,.))}}},})}))..}}}}.})))).)))}))))),,,,.....(({{....{{....)}}))).(((((((.....({{...........})}.....)))))))..,.,,..((((({.((((,(.{(((({.(((((((((((((((.......((..((((((((((((.....)))))))..........))))))).......)))))))))))))))((({......}))).......,))))))})))),}))))).,}|,||{(((((((((((((.(((((.........))))).,.,{((((((,((((.((......)).)))}(((((((........))))))){((((((,(((((((....{,.((((..,((((..{{....}})))).}|,}},,.}}.{.(((((((((.....{,,.......(((((({{(,....,(({{.((..{.,,...|,.}}})))..{{{((((((((,,.{{{{{(((((({....|||,.,..,,,{{,,{({({{(,{((((({..{{{((((({{.{{{{,{{({,,(((((((.,,{{.....}},)))))))((((((...((((({{,....,}},})).))...)))))){(({{{|||||,,{,((((..(((...)))...)))),.,,,}}}}||||({{{({(({{{,.,||((||{.((((.,{{{..,,,,,,,,,.||}|,}|||...,,,}|||{{,{{.......},}})})}}))))}})}}},.}},((((((,.,.......{{{...))))})))),...,,(,((,((((..((((.....)))).)))).)).)))}.{{{{...,))),.}}}}}}}{(((,({...,,||.}}|||.}}}}.,,,))}})))},....,,||}}}}})))))},{{{{,..}}}}.,,,{{{..,{{{(((.{{{,|{{,...}))),..})).)))}}))}},}}}))}})))}.),})))}.}))})))))))|||,,,{,{{|({((({{(({{{....).)))))}....||}}||{{,....,.})))}}}})})))))))))},}}}}},})))))...}}}.))))))))).}.(((((({{{{....}))).....))))))...})).)))).,..,))))}}...))))))){{{{(..({{{((.,((({(,{(..{{{{.}}||,}|.{{{{|||((.{(((({{.......{((((((((...,{...........},.,..))))))))}..,,.(((((,.,,.,}})})},.,.{|{{{.{{{,..,{{..((((((((((((..,((({{(({.((((((,,((((((((((((({(..........}}}(((((((.(({{{((({{.,(((,((({,...,..,(((({({,.(((((.{,{{,..{,,((.(((.(((....)))))).))......{{((((,.({.,.{{|||||((,...}})).},}}))}}.}}..)))))},,.(((({{...}}.)))).....))}}..,}}).}}}}).)))}},,})))),))|{(((((((,(((({..........||||,{(((((.((...{(.((((((,{((((((((..({...})..))))}}))))))).))))}...||.,,,.,..{(((((....,{{{{......,.)))).....))}))))})))))}.....,|||.,,....})}}))}}))))),,{{||,,.||||..((((((((...(((((((.,..,{(((((((((((((.((((((...........,))))))))))........)))))))))),)))))))))))))))...}|||(((((((((((...)))))))))))).....)))|||||}}}.}})}||,...((((.((((....(((((......)))))...)))).)))}.....})).........)))))))...)))))))))..))))))))))}},))).||.....,),((((({{,{.,.(((((((......))))))),,.)).)))))......((((((((((....{.{,.(((((((((((((....((.((((.((((..........)))).))))}).....(((((....(((((((((.((((((((((....((((................))))..))))(((((......)))))..........))))))))))).)))).................))))).....)))))}}}))))))(((((((((.((......)))))).))))),}.,.,,.)))))))))).,.((((((((((({........,{{......}})))))))))))).))))))))))))..))}((({{.,...,,}}}.,{{.{((({{(((((((((.((((.....)))).))))))))......,.......))))))})))))))....((((({.(((((((,({,((((((....(((.(((...})).))))))))).)))))))))).}.)))))))))))).,||{{,,...))))))))})))),}}},,...{{|,|{|,.(((((({....)))))))..))).))}.))))))..))))),{{{{....}))),,...........}})),....,))))))))}},....
Back