Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006290.4
Sequence Length
4617 nt
GC Content
0.4908
GCAGUCUGCAGUCUUCGUGGCGGGCCAAGCGAGCUUGGAGCCCGCGGGGGCGGAGCGGUGAGAGCGGCCGCCAAGAGAGAUCACACCCCCAGCCGACCCUGCCAGCGAGCGAGCCCGACCCCAGGCGUCCAUGGAGCGUCGCCUCCGCCCGGUCCCUGCCCCGACCCCCGCCUGCGGCGCGCUCCUGCCUUGACCAGGACUUGGGACUUUGCGAAAGGAUCGCGGGGCCCGGAGAGGUGUUGGAGAGCACAAUGGCUGAACAAGUCCUUCCUCAGGCUUUGUAUUUGAGCAAUAUGCGGAAAGCUGUGAAGAUACGGGAGAGAACUCCAGAAGACAUUUUUAAACCUACUAAUGGGAUCAUUCAUCAUUUUAAAACCAUGCACCGAUACACACUGGAAAUGUUCAGAACUUGCCAGUUUUGUCCUCAGUUUCGGGAGAUCAUCCACAAAGCCCUCAUCGACAGAAACAUCCAGGCCACCCUGGAAAGCCAGAAGAAACUCAACUGGUGUCGAGAAGUCCGGAAGCUUGUGGCGCUGAAAACGAACGGUGACGGCAAUUGCCUCAUGCAUGCCACUUCUCAGUACAUGUGGGGCGUUCAGGACACAGACUUGGUACUGAGGAAGGCGCUGUUCAGCACGCUCAAGGAAACAGACACACGCAACUUUAAAUUCCGCUGGCAACUGGAGUCUCUCAAAUCUCAGGAAUUUGUUGAAACGGGGCUUUGCUAUGAUACUCGGAACUGGAAUGAUGAAUGGGACAAUCUUAUCAAAAUGGCUUCCACAGACACACCCAUGGCCCGAAGUGGACUUCAGUACAACUCACUGGAAGAAAUACACAUAUUUGUCCUUUGCAACAUCCUCAGAAGGCCAAUCAUUGUCAUUUCAGACAAAAUGCUAAGAAGUUUGGAAUCAGGUUCCAAUUUCGCCCCUUUGAAAGUGGGUGGAAUUUACUUGCCUCUCCACUGGCCUGCCCAGGAAUGCUACAGAUACCCCAUUGUUCUCGGCUAUGACAGCCAUCAUUUUGUACCCUUGGUGACCCUGAAGGACAGUGGGCCUGAAAUCCGAGCUGUUCCACUUGUUAACAGAGACCGGGGAAGAUUUGAAGACUUAAAAGUUCACUUUUUGACAGAUCCUGAAAAUGAGAUGAAGGAGAAGCUCUUAAAAGAGUACUUAAUGGUGAUAGAAAUCCCCGUCCAAGGCUGGGACCAUGGCACAACUCAUCUCAUCAAUGCCGCAAAGUUGGAUGAAGCUAACUUACCAAAAGAAAUCAAUCUGGUAGAUGAUUACUUUGAACUUGUUCAGCAUGAGUACAAGAAAUGGCAGGAAAACAGCGAGCAGGGGAGGAGAGAGGGGCACGCCCAGAAUCCCAUGGAACCUUCCGUGCCCCAGCUUUCUCUCAUGGAUGUAAAAUGUGAAACGCCCAACUGCCCCUUCUUCAUGUCUGUGAACACCCAGCCUUUAUGCCAUGAGUGCUCAGAGAGGCGGCAAAAGAAUCAAAACAAACUCCCAAAGCUGAACUCCAAGCCGGGCCCUGAGGGGCUCCCUGGCAUGGCGCUCGGGGCCUCUCGGGGAGAAGCCUAUGAGCCCUUGGCGUGGAACCCUGAGGAGUCCACUGGGGGGCCUCAUUCGGCCCCACCGACAGCACCCAGCCCUUUUCUGUUCAGUGAGACCACUGCCAUGAAGUGCAGGAGCCCCGGCUGCCCCUUCACACUGAAUGUGCAGCACAACGGAUUUUGUGAACGUUGCCACAACGCCCGGCAACUUCACGCCAGCCACGCCCCAGACCACACAAGGCACUUGGAUCCCGGGAAGUGCCAAGCCUGCCUCCAGGAUGUUACCAGGACAUUUAAUGGGAUCUGCAGUACUUGCUUCAAAAGGACUACAGCAGAGGCCUCCUCCAGCCUCAGCACCAGCCUCCCUCCUUCCUGUCACCAGCGUUCCAAGUCAGAUCCCUCGCGGCUCGUCCGGAGCCCCUCCCCGCAUUCUUGCCACAGAGCUGGAAACGACGCCCCUGCUGGCUGCCUGUCUCAAGCUGCACGGACUCCUGGGGACAGGACGGGGACGAGCAAGUGCAGAAAAGCCGGCUGCGUGUAUUUUGGGACUCCAGAAAACAAGGGCUUUUGCACACUGUGUUUCAUCGAGUACAGAGAAAACAAACAUUUUGCUGCUGCCUCAGGGAAAGUCAGUCCCACAGCGUCCAGGUUCCAGAACACCAUUCCGUGCCUGGGGAGGGAAUGCGGCACCCUUGGAAGCACCAUGUUUGAAGGAUACUGCCAGAAGUGUUUCAUUGAAGCUCAGAAUCAGAGAUUUCAUGAGGCCAAAAGGACAGAAGAGCAACUGAGAUCGAGCCAGCGCAGAGAUGUGCCUCGAACCACACAAAGCACCUCAAGGCCCAAGUGCGCCCGGGCCUCCUGCAAGAACAUCCUGGCCUGCCGCAGCGAGGAGCUCUGCAUGGAGUGUCAGCAUCCCAACCAGAGGAUGGGCCCUGGGGCCCACCGGGGUGAGCCUGCCCCCGAAGACCCCCCCAAGCAGCGUUGCCGGGCCCCCGCCUGUGAUCAUUUUGGCAAUGCCAAGUGCAACGGCUACUGCAACGAAUGCUUUCAGUUCAAGCAGAUGUAUGGCUAACCGGAAACAGGUGGGUCACCUCCUGCAAGAAGUGGGGCCUCGAGCUGUCAGUCAUCAUGGUGCUAUCCUCUGAACCCCUCAGCUGCCACUGCAACAGUGGGCUUAAGGGUGUCUGAGCAGGAGAGGAAAGAUAAGCUCUUCGUGGUGCCCACGAUGCUCAGGUUUGGUAACCCGGGAGUGUUCCCAGGUGGCCUUAGAAAGCAAAGCUUGUAACUGGCAAGGGAUGAUGUCAGAUUCAGCCCAAGGUUCCUCCUCUCCUACCAAGCAGGAGGCCAGGAACUUCUUUGGACUUGGAAGGUGUGCGGGGACUGGCCGAGGCCCCUGCACCCUGCGCAUCAGGACUGCUUCAUCGUCUUGGCUGAGAAAGGGAAAAGACACACAAGUCGCGUGGGUUGGAGAAGCCAGAGCCAUUCCACCUCCCCUCCCCCAGCAUCUCUCAGAGAUGUGAAGCCAGAUCCUCAUGGCAGCGAGGCCCUCUGCAAGAAGCUCAAGGAAGCUCAGGGAAAAUGGACGUAUUCAGAGAGUGUUUGUAGUUCAUGGUUUUUCCCUACCUGCCCGGUUCCUUUCCUGAGGACCCGGCAGAAAUGCAGAACCAUCCAUGGACUGUGAUUCUGAGGCUGCUGAGACUGAACAUGUUCACAUUGACAGAAAAACAAGCUGCUCUUUAUAAUAUGCACCUUUUAAAAAAUUAGAAUAUUUUACUGGGAAGACGUGUAACUCUUUGGGUUAUUACUGUCUUUACUUCUAAAGAAGUUAGCUUGAACUGAGGAGUAAAAGUGUGUACAUAUAUAAUAUACCCUUACAUUAUGUAUGAGGGAUUUUUUUAAAUUAUAUUGAAAUGCUGCCCUAGAAGUACAAUAGGAAGGCUAAAUAAUAAUAACCUGUUUUCUGGUUGUUGUUGGGGCAUGAGCUUGUGUAUACACUGCUUGCAUAAACUCAACCAGCUGCCUUUUUAAAGGGAGCUCUAGUCCUUUUUGUGUAAUUCACUUUAUUUAUUUUAUUACAAACUUCAAGAUUAUUUAAGUGAAGAUAUUUCUUCAGCUCUGGGGAAAAUGCCACAGUGUUCUCCUGAGAGAACAUCCUUGCUUUGAGUCAGGCUGUGGGCAAGUUCCUGACCACAGGGAGUAAAUUGGCCUCUUUGAUACACUUUUGCUUGCCUCCCCAGGAAAGAAGGAAUUGCAUCCAAGGUAUACAUACAUAUUCAUCGAUGUUUCGUGCUUCUCCUUAUGAAACUCCAGCUAUGUAAUAAAAAACUAUACUCUGUGUUCUGUUAAUGCCUCUGAGUGUCCUACCUCCUUGGAGAUGAGAUAGGGAAGGAGCAGGGAUGAGACUGGCAAUGGUCACAGGGAAAGAUGUGGCCUUUUGUGAUGGUUUUAUUUUCUGUUAACACUGUGUCCUGGGGGGGCUGGGAAGUCCCCUGCAUCCCAUGGUACCCUGGUAUUGGGACAGCAAAAGCCAGUAACCAUGAGUAUGAGGAAAUCUCUUUCUGUUGCUGGCUUACAGUUUCUCUGUGUGCUUUGUGGUUGCUGUCAUAUUUGCUCUAGAAGAAAAAAAAAAAAGGAGGGGAAAUGCAUUUUCCCCAGAGAUAAAGGCUGCCAUUUUGGGGGUCUGUACUUAUGGCCUGAAAAUAUUUGUGAUCCAUAACUCUACACAGCCUUUACUCAUACUAUUAGGCACACUUUCCCCUUAGAGCCCCCUAAGUUUUUCCCAGACGAAUCUUUAUAAUUUCUUUCCAAAGAUACCAAAUAAACUUCAGUGUUUUCAUCUAAUUCUCUUAAAGUUGAUAUCUUAAUAUUUUGUGUUGAUCAUUAUUUCCAUUCUUAAUGUGAAAAAAAGUAAUUAUUUAUACUUAUUAUAAAAAGUAUUUGAAAUUUGCACAUUUAAUUGUCCCUAAUAGAAAGCCACCUAUUCUUUGUUGGAUUUCUUCAAGUUUUUCUAAAUAAAUGUAACUUUUCACAAGAGUCAACAUUAAAAAAUAAAUUAUUUAAGAACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1506.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1599.57
Frequency: 0.0000
Diversity: 1029.22
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((((...........((((((((((....))))..))))))((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((.((((((...((((((...(((..(((..((((((((((((..((((((.((((.(.((..((((........))))...))..).))))))))))...........))))..(((.((((((((.....)))))))))))((((.((((((...((((......((((..((((((.((((((.((((((((...((.((..((((.((....(((((........((((....)))).((((.((((((....((((....)))).(((((((((((((..............((((...(((((....(((...)))...)))))..))))..((((((((((..(((((...(((((((((..((((((((....((((((....))))))..(((((..((...))..)))))...(((((.(((((..(((.((((.(((((.........((((.(((....)))))))(((((((..((((((((((.......(.(((...))).).......)))))))))).)))).))))))))..((....(........)....))...........)))).)))..))))).).))))............))))))))...)))))))))..))))).)))))))))))))))))))))))............)))))).))))))))).....)))))))).))(((((((...((((..........(((..(((((....))))).)))...(((...((((....((((((....(((((......)))))...(((....))).((((...((((...(((((((((((((...))).)))))))))).....)))).)))).))))))....)))).)))..(((....(((((((((((.((((.....)))).(((.....((((...))))....)))))))))))))).)))........)))).)))))))....)))))).))))))))))))))(((((((.....(((((((.((..(((...)))..)).))).))))....))).))))....(((((((((.((((.(((.............(((((((((.....((((................))))...(((((((......)))))))....((((.(((((.(((...)))))))).)))).....((((((((((((.....((((..(((((....((((((..((.((((((((...((((((((...((..(((...)))..))..))))))))...)))))))).))..)))....)))...........)))))..))))))))))...)))))))))))))))))))))))))))))))...(((((((((..(((((...........(((...(((........))).)))(((((((((((.(((.(((.....))).))))))))))))))....((....(((((((((..(((((..((...))..)))))(((((((((......)))))).)))...((((.((((((((((((((.(((((....)))))......(.((((((...(((((((((.(.((((...)))).).))))).....((....((((((.((((((.........))))))))))))....))..................(((((((..........)))))))...((((....))))(((((.....)))))....)))).)))))).)((((((((....(((.((...((.(((((........))))).))...)))))..((((.(((((((.((((.(.(((..((.((....)).))(((((.....))))).......(((..((((..((((((((((..............))))))..))))..)))).)))..)))..))))).))))))).))))..)))))))))))))))))..))))).)))).((((((....))))))..)))))))))..))......(((((..((.......))..)))))...)))))..))))))))).((((.......)))).))))......))))...)))))).))))..)))))))).)))..))).((((((((((((((((((((..(((..(((((((((....(.(((((((.(((((((.......))).))))))))))))....)).))).........((.(.(((((...(((((....)))))))))).)))..........(((.((((((..(((.((((((((((((((((.((.(.((((.((........)).))))).)))))).))).......(((((........))))))))))..)))).)))(((((.(......))))))...........(((((.(((((((((((....))))).........((((...))))(((((....)).)))))))))..))))).((.(((..((((..(..(((((.(((.......))).))))).)..))))..))).)))))))).))).))))..))).))))))))).))).((((.....))))...((((((...))))))....))))))))(((((((((((((..........))))))((((...))))..)))))))....(((.(((.((((....)))).))).))).....((((...))))....)))))).(((.(((........))).))).((((((((..((((((.......))))))..))))))))..)))).)).))..)))))).(((((((..((.((.(((((((..(((((.(((.((((((((((((.((((((.((((.(..((((....(((......)))..(((((.(((...........))).)))))...))))..).))))........))))))))))).))).)))).))))))).)..))..(((.((((.((....((((.((((((((....(((((((.(((((..........((((((((((...(((.....(((((.(((.((((....))))))).))))).......)))....))))))))))....(((.((....)).)))))))).)))))))(((((((((((..((((((((...(((((((.(((((((((((..(((((......))))).(((((((((((((((((((...)))))).))).))))).(((((....)))))...........(((((((((((((((((.((((((((((.((....)).))))))))))((((....((((((......)))))).....)))).(((.((((.(((((((((((..(((((((((((........))))))))))).((..((((.(((((((.........))))))).)))).))((((.((((....)))).)))).))).)))))))))))).))).....................((((.((.....)).))))(((((....)))))..((((.((((.(((((....))))).)))).)))).(((.(((.(((...))).))).)))((.(((.((((((....)))))).)....)).))......)))))))))))))..)))))))))...))))))...)))))...((((((....((((........))))...))))))....)))))))....))))).....................))).))))))))))).)))))))).))))..)).)))).)))...((((.((....(((((((((((((((.((((.(((((((........)))))))..))))...))))))).))))))))....)).))))...))))).)).)).)))))))(((.(((((..((((....)))))))))..))).(((((((((((...(((...(((.....))).))).)))))))))))...)))))))).))......))))))))).))))...))))))..................((((((((((((..........(((.((((((((((((...)))(((((.........)))))........(((((...))))).......))))))))))))..........)))...)))))))))...))))))...........)))))...((((.((((((........((((((.(((..((((......))))...................))).))))))..((((((((((((((............(((...((((((((...((((......((((((........)))))).......))))(((((((.(((...((...(((((.(((.(........).))).)))))...))......))).)))))))...)))))))))))))))))))...))))))))))))..))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,.{{{{|}.,.,,,,,,,((((((((((....))))}.,)))))((((((((((((((((.(((((((((.,(((({(,.{{{,....,,(,.,...|,}...,,,.((...(((((..(((((.(((((((({(((,((({.,.({..((((........))))...))..),)))))||}}}.}|.....((((((({((((.((((((((.....))))))))))))}(((((((((({(((((((((((((((..((((({{((((((.((((((((...,{.((,.,{{(.((,.,{(((((........((((....)))).((({.{{{{{{....((({....}))).,((((((((((({..............({{{...(((((..,.(({...})),..))))),,)))}..((((((((((..(((((...(((((((((..((((((((....((((((....))))))..(((((..({...}}..)))))...((({,.(((((..(((.((((,((((,.......|||{(,.(((,..,||},,,,|||||||..((((((((((.,{({..,,,,....,,).),.,,...)))))))))).)})},|}}})})).,||,...|....,.,.,....,,...........)))).)))..))))).).))}}...,,....,..))))))))...)))))))))..))))).))))))))))))))))))))))|,,....,.,,,.,}}))).)))))}}}}.....}}}}}|}}.},{{((({{,{{((({.......,,}||},,,,{{,....}}}}||}|}...(((...((((..,.((((((....(((((......))))}...{{,....}}}.((((..,((((...(((((((((((({...})).)))))))))).....)}}}.)))}.))))))....)))).)))..|||,...(((((((((((,((((.....)))).,{{.....{{{{...))))....})}))))))))))).}}}...,,,,})))},)))}))},...)))))).))))))))))))))..{{({....}}}}{{{({.{{..(((...)))..}}.))).}}((((((((((.{......((((((((,{(((({((,,.........,..{((((((((....,((((................))))}..(((((((......)))))))..{,((((.(((({,(((...)))))))).)))),....((((((((((((.....((((..(((((....,,,{{{..({.(((((((({(.((((((((...((..(((...)))..))..))))))))..))))))))).}}..}}}....,||....}},....)))))..))))))))))...))))))))))))))),,,))))))))))))).,.(((((((((((((.((((((.,,{(((((({.((((..((((.((((.((((((((((((((.(((.(((.....))).))))))))))))))....{({...,.{{,,.,)})(((((.{((...)).,))))){((((((((......)))))).))}...{(.,,,,|}..{((((((,,(((((....{.(((((((({.(((((((.(((.(((((((((({,(({{{{|,,,|{|,,,}.,..,|,....,(((((.((((((.........)))))))))))((({(,{(,,{,,,,,.,,....(((((((((((((((((((...(((((((((((..{(({(((((((.....))))))}..})))..,{({((,.,{|,}......||{,||.,.|{.(((((........))))).||...,))}|,,,(({{((((((({...(((((((..({.{(....}).}}(((((.....))))),(((((((((....))).....{((({((.,{(,,(({,.....))},,,.,}}.}}.))))(((((((.,.{(((({{(.((((((((((.,((,.((((({,,{((((.......(((.((((((....)))))).))).,))))))))))).,{{(((((,.{{,,,.,,,)},.}}}},....,{||.||{...,,.)}},)}}}}}..)))))....)))))..}))))}}........)))))))..)))))))))))))(((((((((((((((((((((..(((..((({(((((....{.((((((,,(((((((.......))).)))))))))))}....)).)))....,,...{{.{.(((((...(((((....)))))))))).},.......||..(((.((((((..(((.(((((((((((((((,,((.,.((((.((.,,...,,)).)))),.)))))).))),......(((((,.....,.)))))}))))..)))).))){((((,{.....,})))}}.......,...{((((.((((({,{({{,.,,{{{|{{...,,{{(((((...))))}}|||..,}}}|.,,))))))..))))).((.(((..((((..|..{((({.(((,....,.))).))))).,..))))..))).)))))))).))).))))..))).))))))))).))).((((.....))))..,((((((...)))))),}..)))))))))}),})))))))))}..,...(((...((((((...)))))).)))))))))))))).)))))))....},))))))}}))))...{{((...))))},..||})}..(((.{((........))).))).{(((((((..((((((.......))))))..)))))))},,}})}.}.}}}..)))))).)))).},))))).))).))))))){(((.....}|||{((((((((.((((({.,{(({({.,(((....(((......))),.{,(((.((({,..{{....}),,,)))))},,))}),,).},,,.,,}},},)))))))))))},)).}}}))))))))).}.||...((((({.,.{(((......)))))(((((((((((((.{,..((({...,,}}}}..)))))|...,)))))))..(((((.((.(((((....)))))}),)))))...}))))).}}..,..|(((({((...(((.((....)).)))....))).)))))))))))))))))}.(((((((({{{{{{......,..,{{,,{{,,{.,{..,.,.,}}}}...}}|((((((((((((((...))))))},)).)))))},{{{,}}}}))})},})))))..((((((({{,..((((((((((((....,....((((((,{,..,)),})))))....{(((({......}))))}.{{({{(((((....(((((,(((((((....,,,,,,,,,,,.}}}}})},))))),,)))}|}},..,}},})))))))))))..{((((((({....{{.((((.((((....)))).))))...)}....))))))))}{{{{(((.,...({{{{............}}))}.....))))))},....,))))))){{||}||{{.,,{||....|||||{||,,.,)))}}}},))).)))).))))..)))),|||},,,,|,{{||.,,,)))))}|}...,,,.....))))))...)))))))},))))),,.........,.{{,..{((((...{((({......}))}}....))))),)),.)))))))))).........))))))){{..,,......,,},,..)))))))).))))))))))).((((((((.((({((({.....,,,.})))).)))(((((((((((((((.((((.(((((((........)))))))..))))...)))))))))))))))).)))))..)))))))((({(({,,,.}}}}))).,,.,,)))))).)))))))..)))))...))..(((((((((((...(((...(((,...,))).}}),)))))))))))...|,.,,,))})},,))},))))))))).))))...))))))..................((((((((((((..........(((.((((((((({{{,,,|}}(((((.........))))).,,,,,..,{(((...,,,,,....,,.))))))))))))..........)))...)))))))))...))))))...........}}))),.,((((.{{(({{,..,....||||{{.,,,..,,{{....,.|}}}............,,..,,,}}},}}}}||,,,,{(({((((((({...........,(({...{(((((({...((((.,.,,.((((((........))))))..,,,,.))))(((((((.{{{...,,...(((({.(((.(........).))).}))))...,}......,}}.)))))))...})))))))))))))))))).,}}},,,}}}}))),,))))...
Back