Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006334.4
Sequence Length
928 nt
GC Content
0.5409
AGACGCGCCGGAACCGGGACGCGAUAAAUAUGCAGAGCGGAGGCUUCGCGCAGCAGAGCCCGCGCGCCGCCCGCUCCGGGUGCUGAAUCCAGGCGUGGGGACACGAGCCAGGCGCCGCCGCCGGAGCCAGCGGAGCCGGGGCCAGAGCCGGAGCGCGUCCGCGUCCACGCAGCCGCCGGCCGGCCAGCACCCAGGGCCCUGCAUGCCAGGUCGUUGGAGGUGGCAGCGAGACAUGCACCCGGCCCGGAAGCUCCUCAGCCUCCUCUUCCUCAUCCUGAUGGGCACUGAACUCACUCAAGUGCUGCCCACCAACCCUGAGGAGAGCUGGCAGGUGUACAGCUCUGCCCAGGACAGCGAGGGCAGGUGUAUCUGCACAGUGGUCGCUCCACAGCAGACCAUGUGUUCACGGGAUGCCCGCACAAAACAGCUGAGGCAGCUACUGGAGAAGGUGCAGAACAUGUCUCAAUCCAUAGAGGUCUUGGACAGGCGGACCCAGAGAGACUUGCAGUACGUGGAGAAGAUGGAGAACCAAAUGAAAGGACUGGAGUCCAAGUUCAAACAGGUGGAGGAGAGUCAUAAGCAACACCUGGCCAGGCAGUUUAAGGGCUAACUUAAAAGAGUUUUUUCAAUGCUGCAGUGACUGAAGAAGCAGUCCACUCCCAUGUAACCAUGAAAGAGAGCCAGAGAGCUUUUUGCACCAUGCAUUUUUACUAUUAUUUUCCAAUACUUAGCACCAUUUCACUAAGGAACCUUGAAUACAACCAGGAUCCUCCUUUGCAUGCGACUGUAGCUGCAUUUCAUGAAUAGUUUGAACCCUUGUCAAUGCAUUUUUUGAAAAAGAAAGAAAAAAAAAACUUCGUGUAUGUGACUCAAAGCAUGUAACCUUAAGAUGUUGCAUUCUAAACUGACAAUAAAGACCUUUCCCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-317.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -333.65
Frequency: 0.0000
Diversity: 203.01
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((.......)).)))).....((((((((((((.(((...((((.((...))..)))))))..)))))((((((((((.......((((((((((.((..((.(((...(((.((((..((...))..)))))))....)))))..)).))))....)))))).((((.....)))))))))))).))...)))))))..(((((((((..(((.(((((((((((((((((....((((.(((((((((((...((((.(((((...((.((((((....(((......)))..)))))).))....)))))))))(((((((((((((....((((((..(....)..)))))))))))))))).)))((((((((....))).)))))((((....((((...)))))))).....))))))).)))).))))....)))))).....))))))........((((((((((.((((.(..((.((.((((..(((((((..((((((((((((((((.....((((.((((....))))...))))..((((((..(............)..)))))).....(((((....(((..(((((....)))))..)))...)))))((((((((......)))).))))..((((....))))..(((((((......)))))))(((...)))..)))).))))).))))))).))))..)))...)))).))..))..))))).......)))))).))))..((((((((...((.((.(((((..(((((..(((((.....(((.((((........))))..)))...........)))))))))).))))).))))..)))))))).........))))).......)))..))))...)))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((((((,,...},)}.))))......{{(({((((((.(((..{((((.({...))..)))))}},,)))))|,((((((((.......((((((((((.((..((.(((.,.(((.((((..((...))..)))))))..,.)))))..)).))))....)))))).((((.....)))))))))))).|||,.|}||,||{{({{{(,{{,,,,{|||||||((((((((((((....((((.(((((((((((...(((,,(((((...((.((((((,,,.{{,....,.}))..)))))).))....)))))))))((((((({{{{(({.{.((((((..{....)..)))))))))))))))).)))((((((((....))).))))){(((,...{(((...)))))))}.....))))))).)))).))))....)))))}....,))))))...},,..{{{|{|||||.||{|,|}.}|,.(,(({,..(((((((..(((((((((((({(({.....{({{.((((....))))...))),..((((((..{............)..)))))).....(((((....(((..(((((....)))))..))}...)))))((((((((......))))},)))..((((....))))..,((((((......))))))|(({...})),.,))).))))).))))))).))))..)))...))))....{(((.{({|(.......,)))).)))),..{(((((((...((.((.{((((..(((((,.,((((.....,,{.{{{{..,,,,{,||,,..,,}.,,,.......}}}})))))).))))}.))))..)))))))}.........||}}}},.,,...,},.}},,...}}}}}........
Back