Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006363.6
Sequence Length
3026 nt
GC Content
0.4428
GUUGCAGCUGUGGGUGAGGACGGCUCUAGCUAGUUCCCUUUUAGACUAUGGCGACAUACCUGGAGUUCAUCCAGCAGAAUGAAGAACGGGAUGGUGUGCGUUUUAGUUGGAACGUGUGGCCUUCCAGCCGGCUGGAGGCUACAAGAAUGGUUGUACCCCUGGCUUGUCUCCUUACUCCUUUGAAAGAACGUCCAGACCUACCUCCUGUACAAUAUGAACCUGUGCUUUGCAGCAGGCCAACUUGUAAAGCUGUUCUCAACCCACUUUGUCAGGUUGAUUAUCGAGCAAAACUUUGGGCCUGUAAUUUCUGUUUUCAAAGAAAUCAGUUUCCUCCAGCUUAUGGAGGCAUAUCUGAGGUGAAUCAACCUGCCGAAUUGAUGCCCCAGUUUUCUACAAUUGAGUACGUGAUACAGCGAGGUGCUCAGUCCCCUCUGAUCUUUCUCUAUGUGGUUGACACAUGCCUGGAGGAAGAUGACCUUCAAGCACUCAAAGAGUCCCUGCAGAUGUCCCUGAGUCUUCUUCCUCCAGAUGCUCUGGUGGGUCUGAUCACAUUUGGAAGGAUGGUGCAGGUUCAUGAGCUAAGCUGUGAAGGAAUCUCCAAAAGUUAUGUCUUCCGAGGGACCAAGGAUUUAACUGCAAAGCAAAUACAGGAUAUGUUGGGCCUGACCAAGCCAGCCAUGCCCAUGCAGCAAGCACGACCUGCACAACCACAGGAGCACCCUUUUGCUUCAAGCAGAUUUCUGCAGCCUGUUCACAAGAUUGAUAUGAACCUCACUGAUCUUCUUGGGGAGCUACAGAGGGACCCAUGGCCAGUAACUCAGGGGAAGAGACCUUUGCGAUCCACUGGUGUGGCUUUGUCCAUUGCUGUUGGCUUGCUGGAGGGCACUUUUCCAAACACAGGAGCCAGGAUCAUGCUGUUUACUGGAGGUCCCCCUACCCAAGGGCCUGGCAUGGUGGUUGGAGAUGAAUUAAAGAUUCCUAUUCGUUCUUGGCAUGAUAUUGAGAAAGAUAAUGCACGAUUCAUGAAAAAGGCAACCAAGCACUAUGAGAUGCUUGCUAAUCGAACAGCUGCAAAUGGUCACUGCAUUGAUAUUUAUGCUUGUGCCCUUGAUCAAACUGGACUUUUGGAGAUGAAGUGUUGUGCAAAUCUUACUGGAGGCUACAUGGUAAUGGGAGAUUCUUUCAACACUUCUCUCUUCAAGCAGACAUUCCAAAGAAUCUUUACUAAAGAUUUUAAUGGAGAUUUCCGAAUGGCAUUUGGUGCUACUUUGGACGUAAAGACCUCUCGGGAACUGAAGAUUGCAGGAGCCAUUGGUCCAUGCGUAUCUCUGAAUGUGAAAGGACCGUGUGUGUCAGAAAAUGAGCUUGGUGUUGGUGGCACGAGUCAGUGGAAAAUCUGUGGCCUAGAUCCUACAUCUACACUUGGCAUCUAUUUUGAAGUUGUCAAUCAGCACAACACCCCGAUCCCCCAAGGAGGCAGAGGAGCCAUCCAGUUUGUCACGCAUUAUCAGCACUCCAGCACCCAGAGACGCAUCCGCGUGACCACCAUCGCCCGAAAUUGGGCAGAUGUACAGAGUCAGCUCAGGCACAUAGAAGCAGCAUUUGACCAGGAGGCUGCGGCAGUGUUGAUGGCACGGCUUGGGGUGUUCCGAGCGGAGUCAGAGGAGGGGCCCGAUGUGCUCCGGUGGCUGGACCGACAACUCAUCCGACUGUGUCAAAAGUUUGGACAGUAUAACAAAGAAGACCCCACUUCUUUUAGGUUAUCAGAUUCCUUUUCUCUAUAUCCUCAGUUUAUGUUCCAUCUGAGAAGAUCUCCAUUUCUUCAAGUGUUUAACAACAGUCCUGAUGAGUCGUCAUAUUACAGACAUCAUUUUGCCCGGCAGGACCUGACCCAGUCCCUCAUCAUGAUCCAGCCCAUUCUCUACUCUUACUCCUUUCAUGGGCCACCAGAGCCAGUACUCUUGGAUAGCAGCAGCAUUCUAGCUGACAGAAUUUUGCUGAUGGAUACUUUCUUUCAAAUUGUCAUUUAUCUUGGUGAGACCAUAGCCCAGUGGCGUAAAGCUGGCUACCAGGACAUGCCCGAGUAUGAAAACUUCAAGCACCUUCUGCAGGCACCACUGGAUGAUGCUCAAGAAAUUCUGCAAGCACGCUUCCCGAUGCCACGUUACAUCAACACGGAGCAUGGAGGCAGUCAGGCUCGAUUCCUUUUGUCCAAAGUGAACCCAUCUCAGACACACAAUAACCUGUAUGCUUGGGGACAGGAAACUGGAGCACCCAUCCUAACUGAUGAUGUUAGCCUGCAGGUGUUCAUGGACCAUUUGAAGAAGCUGGCUGUCUCCAGUGCCUGUUAAGCUGAGGAUACAACCAGGAAAUGCAACGGUGUCAGAUUGUGUUCAAAAUGUCUAGAAAGGCUUGAUAACAUUCCUGUUACUUUUCUAGCAGAUUUUAACAAAUAAUCAAGGACAUUUUAUAUGUAACUCUUUAGAUUAUAAUUUAUUUGUAUUCCUGUCUUUGUCCUUUUUCUUGCACUAUAAAAUUAUAAGGUCAUAAAUGUUUUGGUACUUGUAGAUGUUUAUGUGCUUUUUGUAUCCUAACUUUUAGAAUCUAAAUAAAAUCAGAGGUAAUGUAUUUUGGCAGCUUGUUUAGGUGAGAAUCUUAAUGAUCAUAAAGGAAAUAAAUCUAGAUGCAGAAAGUACUGGCUAAAAUAUUGCUAAUACAAAUGUGAUUUCCUGAGGUCUCUGUGUGAGUGUGUAUGUGUUUUAAGUGACUUCCUUAAGAGGUGUUUCCUGAACCUAAUUCUCAUAAUUAAAGUAAUGUAUAUGCAGGAUCAAAAUGAAACAAAUAUACCUUAUCCUAAAGAGCUCAUAACAAAUAAGUUACCUCCACUCUAUAAACUCAGACCUACUUUUUGAAGAUAACUGCUUUUAACCUCUCCUUACAAGAUUUUUGUUGUUGAUGUAUUUAAUUUUAGCCCAUGUCUCAAUUCUCAUUUUCAAAGAAUCAAUAUAUUAAUAUACCUUUGGUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-877.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -941.35
Frequency: 0.0000
Diversity: 833.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((..(((((((((.(((...((((((((((......(((((.((((.((((((....((((.((.........)).)))).....)))))))))).)))))))))).((((((((.((((....)))))))))))).....(((...)))..))))).)))))))))))).((((((((((.(((((.....((((((.(((((.(((((.((((((((((.((((((((((((..((((.(((((..((((((..........))))))..))..)))((((((..(((((((..((((((........)))))))))...((((((.....))))))((..((.(((((......)))).).))..))..)))).)))))).....(((((((((.(.........).))))))))).(((((((((((((((..(((((((((((.((((((((((((((((.(((..(((.(((((...((.....))..)).)))...)))))).)))))))))))..))....))).))).))))))))..)))))))).(((((((((...(.(((..(((((...(((...)))...(((((.(((((((...)))....)))).)))))((...))....(((.....)))((((((((.......)))....))))).))))).))).)))))))))).......((((((......))))))..((((....)))).....((((.(((((..(((.(((...)))...))).)))))..))))..)))))))..(((..((((((..(.((((((......)))))).)....)))))).))).........)))).)))))))))))).)))))))..((((.......))))..))).))))).)))..)).))))))....(((.(((((((.(((((.((((((((...(((((((...........))))))).(((((((..((((......)))))))).)))..((((((..(((.....(((((........)))))((((.((.((((.((((.((((((..((((((((((......((....)).....))))).(((..(((..(((((.(((((((((....((((((.(((...(((....)))..)))))))))....))))))))))))))..))))))....((((.(((((((((...)))))))))..))))..(((((((..((..((((((.(......).)).))))..))..)))))))........)))))..))))))(((((.(((((........)))))...))))).((((((((......((((((.((((((((.(((.(((((..(((((.....(((((........))))))))))))))))).((......)).(((((........))))).......(((.....)))(((((((((....)))..))))))..((.......)).).)))))))).....((((....))))((((..(((((((((....))))).))))....).)))))))))))))))))...(((((.(((......)))))))).))))))))))))))...(((((((....)))))))(((((.((((((.((((..((((((....((.((((((...(((.(((((((.((((((.........(((((((.(.....(((((((......)))))))..((.(((.(((.......)))..))).))((((............))))(((((........))))).).)))))))..))))))..))))))).)))............(((((((((...))))))..))).))))))))....))).)))..)))).)))))))))))....)))))))))))))))))..)))))..))))))).)))((((((.(((((.......))))).)))))).)))))...)))))))))).(.(((((......))))).)...(((((.(((........)))))))).(((((..(((..((((......))))...)))..)))))(((((((....(((...((((..(((...)))...))))....)))..((((..(((.........)))..))))((((((((((((.((...(((.....(((((.......((((....((.((.(((......))).))))))))..(((....)))(((((((((..(((((.......)))))..))..))))))).))))).....)))..)))))))))))))).)))))))...)))))(((((((((.((((((.(((((.((((((.(((((((((.(((((.((((((((((.....(((((....)))))))))))))).).)))))))))..)))))...)))))).....(((((.((....)))))))......))))))))))).................((((.(((((.(((((((..(..((....))..)..)))))))...)))))))))...)))))))))....(((((...)))))....((((((((((..((((.((((...(((....((((((((((..............(((((((.........((((....(((.((((.........)))).)))...))))))))))).((((((..(((((((.((((((.(((((((....(((((.....)))))...(((((......(((((.........)).))).......)))))......))))))).))))))))))).....((((....((((......))))......))))....))..))))))......(((.((((...(((..............((((.(....).))))................)))...)))))))))))))))))...)))..)))).)))).....))))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,{{((({,(((((((((.(((...((((((((((......(((((.((((.((((((,...((((.(,,,......))).)))).....)))))))))).)))))))))}.((((((({{((((....)))))))))))).....(({...}}),}))))).))))))))))}},((((((((((.(((((.....((((((.(((((.(((((.((((((((((.((((((((((((.,(((({((((,..(((({{.,.,,{{.,,||||||,,,,{,}||{,,,{{.,{{{{,,,..{(((((........)))))||||...((((((.....)))))).,...}}}||||.,,,}}))))}.}))},))..),,,}))))),..,,,{{(((((((.(.........).)))))))||.(((((((((((((((..(((((((((((.((((((((((((((((.(((..,{{.({((((..,|,,,..,)..|}.}}}...))}))).)))))))))))..))....))).))).))))))))..)))))))).(((((((((...{.(((..(((((...(((...)))...(((((.(((((((...)))....)))).)))))({...}}....,,,,,.,,|||(((((,({......,)}).}},)))),.))))).))).}))))))))).......((((((......))))))..((((....)))),,,..{(((.(((((..(((.{(,...}}}...))).))))).,)))),.))))))),,((({.((((((..{.((((((......)))))).)....))))))}))).........,,}}.)))))))))))).))))))}..{(((.......)))}.,))).))))).))}..)).))))))....(((.(((((((.(((((.((((((({,({(((((((....,......)))))}}}||{((((..{,((......}}},)))).}},.,((((({,.,((,,..{(((((,,,,,.|,|||}|(((,.{{,,,,,,{{||.{,{{{{..{,|||||,,|.....,||,,},)),..,,|}}||.{((,.{{({{(((((.(((((((((....((((((.(({...(((....)))..,)}))))))....))))))))),,)))}})))}}}...,((((.(((((((((...}))))))))..))))|.{{(((((,,(({,({,,||,|},.,,,)})}.}}}}..}|..}}||}},,,,..,,.|||||,,}|}},,|{|||.||||{,|},....}}}||,.,||}}}|(({({(({,,,...(({(((.((((((((.(((.,{({{..(((({.,,,{((((({.,,,.{,||,,,|||,|,||{|||{{|.....,|..(((({|...,,}}}}}}}||,,,||}{,.},,,)}|||{..,}}|))),}})}}}))})),}||.,,,||,||,|{|||||}}|,....((((....)))){{{,..(((((((({....})))).))))....|.|||||}}}}}||}},,,...||{{{.{{|,,,..})},))))),)})))))))))))}..,{({{{{|,,,.}))))))(((((.((((((.((((..((({{{.,..((.((((((...(((.(((((((.(((((({{,,,....,|||||,,,,,,{{{((((((......))))))).,{|}|||,{({.......,}},.,,,.,}|{{{....,,...,,.)))}(((((........))))).,,|,}},.)),))))))..))))))).)))........,...,,,{{{(((...)))))}..}},.))))))))....))}.)))..)))).))))))})))).,}})))))))))))))))))..)))))..))))))).)))((((((.(((((.......))))).)))))).)))))...)))))))))).,.{((({.....,||}}}.}||}||{|{{{((,,,.....))))))}},||{(({{({{.,(((({{.{,,||,,...|}|,,||,,|(((((((..,.(((.{.((((..(({...)))...))))..,.))).}{(((..(((.........)))..)))|((((((((((((,{(,..(((.....(((((..,,,..{{||,{{{((.((.(((......))).)),)))))..(((....)))(((((((((..(((((.......)))))..))..))))))).))))).....))),,}})))))))))))),)))))))).,||,,|((((((,{,.(((({{{(((({.{(((((.(((((((((.(((((.((((((((((.....(((({....)))))))))))))).).))))))))}.,)))))...)))))}.,,,{{,(({.,..,}}}}}}))},.....}))))))))))....})}))}}...,,}|{,,.{{,,..,{|||||||{.,,,..|}}}},)|})))),,,,,,}}},,||||{{{{{|||{|||{,...||}}.,{{{{{{{{{..(((((({{,...,,}}}||}....||}}}}||||{{{,(({.....}}}|.,...(({......}}}.}}}}}}}}}}|||},(((,,,,,,..,}}}},|||,..,}}|},,,..{(((,(((..(.(((((.((((((.(((((((..,{({{((,,...}||||...,{{{{..,,,.,{,,,,,,.......,.,}},...,,,}))))}}}...))))))).))))))))))).,.,.})),)))}{{{{......))))......,,,,......,{|||.......,}}||||,,,.,,,,,,,,...........{{{{,{....},)}}},|||}}}|}.,,}}}})}}}.|}},,,,.|||||}}},,...})),,},}},}}}},.,,,}}}}}})))),.
Back