Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006418.5
Sequence Length
2843 nt
GC Content
0.4231
AGCGGCUCCAGCUAAGAGGACAAGAUGAGGCCCGGCCUCUCAUUUCUCCUAGCCCUUCUGUUCUUCCUUGGCCAAGCUGCAGGGGAUUUGGGGGAUGUGGGACCUCCAAUUCCCAGCCCCGGCUUCAGCUCUUUCCCAGGUGUUGACUCCAGCUCCAGCUUCAGCUCCAGCUCCAGGUCGGGCUCCAGCUCCAGCCGCAGCUUAGGCAGCGGAGGUUCUGUGUCCCAGUUGUUUUCCAAUUUCACCGGCUCCGUGGAUGACCGUGGGACCUGCCAGUGCUCUGUUUCCCUGCCAGACACCACCUUUCCCGUGGACAGAGUGGAACGCUUGGAAUUCACAGCUCAUGUUCUUUCUCAGAAGUUUGAGAAAGAACUUUCCAAAGUGAGGGAAUAUGUCCAAUUAAUUAGUGUGUAUGAAAAGAAACUGUUAAACCUAACUGUCCGAAUUGACAUCAUGGAGAAGGAUACCAUUUCUUACACUGAACUGGACUUCGAGCUGAUCAAGGUAGAAGUGAAGGAGAUGGAAAAACUGGUCAUACAGCUGAAGGAGAGUUUUGGUGGAAGCUCAGAAAUUGUUGACCAGCUGGAGGUGGAGAUAAGAAAUAUGACUCUCUUGGUAGAGAAGCUUGAGACACUAGACAAAAACAAUGUCCUUGCCAUUCGCCGAGAAAUCGUGGCUCUGAAGACCAAGCUGAAAGAGUGUGAGGCCUCUAAAGAUCAAAACACCCCUGUCGUCCACCCUCCUCCCACUCCAGGGAGCUGUGGUCAUGGUGGUGUGGUGAACAUCAGCAAACCGUCUGUGGUUCAGCUCAACUGGAGAGGGUUUUCUUAUCUAUAUGGUGCUUGGGGUAGGGAUUACUCUCCCCAGCAUCCAAACAAAGGACUGUAUUGGGUGGCGCCAUUGAAUACAGAUGGGAGACUGUUGGAGUAUUAUAGACUGUACAACACACUGGAUGAUUUGCUAUUGUAUAUAAAUGCUCGAGAGUUGCGGAUCACCUAUGGCCAAGGUAGUGGUACAGCAGUUUACAACAACAACAUGUACGUCAACAUGUACAACACCGGGAAUAUUGCCAGAGUUAACCUGACCACCAACACGAUUGCUGUGACUCAAACUCUCCCUAAUGCUGCCUAUAAUAACCGCUUUUCAUAUGCUAAUGUUGCUUGGCAAGAUAUUGACUUUGCUGUGGAUGAGAAUGGAUUGUGGGUUAUUUAUUCAACUGAAGCCAGCACUGGUAACAUGGUGAUUAGUAAACUCAAUGACACCACACUUCAGGUGCUAAACACUUGGUAUACCAAGCAGUAUAAACCAUCUGCUUCUAACGCCUUCAUGGUAUGUGGGGUUCUGUAUGCCACCCGUACUAUGAACACCAGAACAGAAGAGAUUUUUUACUAUUAUGACACAAACACAGGGAAAGAGGGCAAACUAGACAUUGUAAUGCAUAAGAUGCAGGAAAAAGUGCAGAGCAUUAACUAUAACCCUUUUGACCAGAAACUUUAUGUCUAUAACGAUGGUUACCUUCUGAAUUAUGAUCUUUCUGUCUUGCAGAAGCCCCAGUAAGCUGUUUAGGAGUUAGGGUGAAAGAGAAAAUGUUUGUUGAAAAAAUAGUCUUCUCCACUUACUUAGAUAUCUGCAGGGGUGUCUAAAAGUGUGUUCAUUUUGCAGCAAUGUUUAGGUGCAUAGUUCUACCACACUAGAGAUCUAGGACAUUUGUCUUGAUUUGGUGAGUUCUCUUGGGAAUCAUCUGCCUCUUCAGGCGCAUUUUGCAAUAAAGUCUGUCUAGGGUGGGAUUGUCAGAGGUCUAGGGGCACUGUGGGCCUAGUGAAGCCUACUGUGAGGAGGCUUCACUAGAAGCCUUAAAUUAGGAAUUAAGGAACUUAAAACUCAGUAUGGCGUCUAGGGAUUCUUUGUACAGGAAAUAUUGCCCAAUGACUAGUCCUCAUCCAUGUAGCACCACUAAUUCUUCCAUGCCUGGAAGAAACCUGGGGACUUAGUUAGGUAGAUUAAUAUCUGGAGCUCCUCGAGGGACCAAAUCUCCAACUUUUUUUUCCCCUCACUAGCACCUGGAAUGAUGCUUUGUAUGUGGCAGAUAAGUAAAUUUGGCAUGCUUAUAUAUUCUACAUCUGUAAAGUGCUGAGUUUUAUGGAGAGAGGCCUUUUUAUGCAUUAAAUUGUACAUGGCAAAUAAAUCCCAGAAGGAUCUGUAGAUGAGGCACCUGCUUUUUCUUUUCUCUCAUUGUCCACCUUACUAAAAGUCAGUAGAAUCUUCUACCUCAUAACUUCCUUCCAAAGGCAGCUCAGAAGAUUAGAACCAGACUUACUAACCAAUUCCACCCCCCACCAACCCCCUUCUACUGCCUACUUUAAAAAAAUUAAUAGUUUUCUAUGGAACUGAUCUAAGAUUAGAAAAAUUAAUUUUCUUUAAUUUCAUUAUGAACUUUUAUUUACAUGACUCUAAGACUAUAAGAAAAUCUGAUGGCAGUGACAAAGUGCUAGCAUUUAUUGUUAUCUAAUAAAGACCUUGGAGCAUAUGUGCAACUUAUGAGUGUAUCAGUUGUUGCAUGUAAUUUUUGCCUUUGUUUAAGCCUGGAACUUGUAAGAAAAUGAAAAUUUAAUUUUUUUUUCUAGGACGAGCUAUAGAAAAGCUAUUGAGAGUAUCUAGUUAAUCAGUGCAGUAGUUGGAAACCUUGCUGGUGUAUGUGAUGUGCUUCUGUGCUUUUGAAUGACUUUAUCAUCUAGUCUUUGUCUAUUUUUCCUUUGAUGUUCAAGUCCUAGUCUAUAGGAUUGGCAGUUUAAAUGCUUUACUCCCCCUUUUAAAAUAAAUGAUUAAAAUGUGCUUUGAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-827.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -881.35
Frequency: 0.0000
Diversity: 657.68
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((....((((.(((((...((.(((((...)))))))..))))).)))).((((((((((.(((((((((.((.(((((((.((((((((...(((((........))))).))))(((((((((((((((...(((.((..(((((.(((((((((((((..(((((.((((((((((..(((..((..((((.((....)).)))).))..))).))))..........(((...((((((......))).)))...)))))))))(((((..((((((((((((((.....((((((.(((...))).)).))))...............((((((..((((((((((((....)))))))))))).((((........))))...(((((.....((((((((.......(((((..((....(((...(.((((...((....)))))).))))..))..)))))))))))))..)))))...)))))).....))))).......)))))))))...)))))......))))).....(((((((....))))))).......)))))..)))))))).)))))...(((..(((((...(((((((.(((..((..(.((((..............)))))..))..))))))))))..)))))..))).)).))).....)))))))).))))))).........))))...))))))).))..........(((.((((((.((((((...((((((((((.((.(((...))).)).)))).))))))..))))))..)))))).))).((((((((((..(((((((((((((.((((....))))))))))((((((((((......))).)))))))))))))).......)))))))))).(((.(..((((........))))..))))..((.((((((((.(((((((....)))).....))).))))))))))..)))))))))..(((((.((..(((((((..........(((((((....)))))))....((((...(((.....)))...))))..(((((..((.(.(((((.(..(((..........((((..(((((((((..(((.(((((((..((...........((((((........))))))))..)))))))))))))))))))))))........)))..)))))).).))....)))))....)))))))...))..)))))...(((((((.....)))))))......((((((..........))))))........(((((((((((.(((((.......))).)))))))))))))....))))))))))................(((.(((..((.((((((((.(((((((((((.........(((((...)))))...(((((((((((((((..((((((.......((((((.....................)))))).((((((......((....)).......))))))..((((((((..((((.((.(((..((((...(((((..(((((.......)))))...))))).......((((((((((....)))))))))).((((((...(((.((((.(........).)))).))).....))))))..(((((.(((((....))))))))))(((((.((((....))))))))).((((....))))(((...)))...............(((((((((((..((((((((.((..(...((((((((((((((((((.((....))))))))))))))...((((((........)))))).(((........)))....((((((.(((((((((.....(((..(((((((..((((..((.((((.((((((.(((........((((((((....))))))))....(((((...((((.((.(((((....(((.(((...))).))).....)))))))))))......)))))....((((((.......((((....((((((((((..(((......)))...))).)))))))....))))......)))))).))).))))))..)))).))..))))(((......)))....))).))))..)))..))))))))).))))))((((....))))................)))))).(((((.......)))))((((((((.........((.((((...)))).))...)))))))).)..)))))))).))...)))))))))))..)))))))))((..((((((((((((.........(((((((((((((((((..((..(((.(((..((((((((((((((((......((((...))))............((.(((((((......(((...)))(((((((((((....(((....))))))))))))))..........)))))))))((((((((((...(((.....)))...)))))))))).(((((((....((((.......))))..)))))))...))))).))))))))))).))).)))..)))))))).)))))))))))........))).....)).)))))))..)))))))))))))))))).))...)))).)))))))))))..((((.....)))))))))..)))))).)))))))).)).))))))(((((((.....)))))))((((.......))))..................................))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{{({{....((((.(((((...((.(((((...)))))))..))))).)))).((((((((((.(((((((((.((.(((((((.((((((((...(((((........))))).))))(((((((((((((((...(((.((..(((((.(((((((((((((,,{((((,,,{{{{{(({,.(((..((..((((.((....)).)))).))..))).}|||{({{{({..{(((...{{{{{{,..,,,}}}.,}}},,)))))}},{(((((..((((((((((((((.,...((((((.(((...))).)).))))...,,,,{,......((((((..((((((((((({....}))))))))))).((((.......})))}...(((((.....((((((({...,,.,{{,,,.,(({,..{{|,,,({(({....,},},...}))}.},}).,,,},))))}))))))))..)))))...)))))).....))))).......)))))))))...))))),...,})))))..,,,(((((((....))))))).......)))))..)))))))).)))))...(((..(((((.,.(((((((.(({..((..(.((((..............)))))..))..})))))))))..)))))..))).}).)))..}..)))))))).))))))).........))))...))))))).))..{,,{{,..{{{.((((((.((((((.,,((((((((((.((.(((...))).)).)))).))))))},))))))..)))))),))),,(((((((((.,((((((({(((((.((((....))))))))))||{{{{{{({......|}}.}})))))))))))),.,,}}.)))))))))}.{({{(.,(({{........}}}),,)},,..((.((((((((.{(({({{....}}}}.....)}}.))))))))))..)))))))))..(((((.{{..{((({{{.......,,,((({{{,..,,))))}}}....,((,...,,{.}}.{|||{..,|||{.(((((..((.{.(((((.(..(((..........(({{..(((((((((..(((.(((((((..((,,.....,,.,||||{{...,,..,}},)}})),,)))))))))))))))))))}}}}........)))..)))))).).))....))))).}}}))})))),..}}..)))))...,{{((((.....))))))|,.....((((((..........)))))).....,,.(((((((((((.(((((.......))).)))))))))))))....)))))))))).|..............,((.({{,,((.((((((((,((((((((((((........(((((...}))))...(((((((((((((((..{({{({.......,(({(({,..,,{{{{,,,...,,.,,}}}}}}.{{{{{{,,,,,,,,..,{{((({...})))))},.(({({{{(..{{{|,||,|{,.{((((...(((((..(((((.......)))))...)))))}}}},..{(((((((((....)))))))))}.((((((...{({.((((.(........).)))).})}...,.))))))..(((((.(((((....))))))))))(((((.((((...,)))}))))).((((....))))(({...})).,,,,}},,,},,..((((((((((({.((((((((.((..(..,{(((((((((((((((((.((....))))))))))))))..{((((,,...,{,,,||||||..|,,,,.,,,.{{{{.{{((((((.(((((((((.....(((..{{(((((..{(((..((.((((.((((((.(((........((((((((....))))))))....(((((...((((.((.(((({....(((.(((...))).))).....}))))))))))......)))))....{(((({,{..,..((((....((((((((((..(((,....,)))...))),,))))))....))))..,..,)))))).))).))))))..)))).)}..}}}|(((......))),...)))}}}}}..)))..))))))))).)))))}((((....)))),...............}}}}}),,||||....,..,||||({{{{|||},.......,|,|||,...)))),,),},)})))}}}.)..)))))))).)).}.)))))))))))..}}}},}},,((..((((((((((((.........(((((((((((((((((..((..(((.(((..((((((((((((((((.,,...{((,...|||,...........||{.(((((((..,...{{{...}}}({((((({(({...{({{,..,)}}}}}})))))}}..........)))))))}}{(((((((((...(((.....)))...)))))))))}.,{((({{....{({{.......))))..)))))))},.)))))}}}))))))))).))).)))..))))))))))))))))))))........))).....)).)))))))..)),,}}}}})})))}))}.))...)))),}))))))))))...|{,.....}}}))))))..)))))).))))))))})).))))},(((((((.....)))))))(({(,,.....)))}..........,{{{{,.........,,,,,,.,,))).........
Back