Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006424.3
Sequence Length
4115 nt
GC Content
0.5196
GGCCGCCGCCUCCAGCCCAGCACCUGCGGAGGGAGCGCUGACCAUGGCUCCCUGGCCUGAAUUGGGAGAUGCCCAGCCCAACCCCGAUAAGUACCUCGAAGGGGCCGCAGGUCAGCAGCCCACUGCCCCUGAUAAAAGCAAAGAGACCAACAAAACAGAUAACACUGAGGCACCUGUAACCAAGAUUGAACUUCUGCCGUCCUACUCCACGGCUACACUGAUAGAUGAGCCCACUGAGGUGGAUGACCCCUGGAACCUACCCACUCUUCAGGACUCGGGGAUCAAGUGGUCAGAGAGAGACACCAAAGGGAAGAUUCUCUGUUUCUUCCAAGGGAUUGGGAGAUUGAUUUUACUUCUCGGAUUUCUCUACUUUUUCGUGUGCUCCCUGGAUAUUCUUAGUAGCGCCUUCCAGCUGGUUGGAGGAAAAAUGGCAGGACAGUUCUUCAGCAACAGCUCUAUUAUGUCCAACCCUUUGUUGGGGCUGGUGAUCGGGGUGCUGGUGACCGUCUUGGUGCAGAGCUCCAGCACCUCAACGUCCAUCGUUGUCAGCAUGGUGUCCUCUUCAUUGCUCACUGUUCGGGCUGCCAUCCCCAUUAUCAUGGGGGCCAACAUUGGAACGUCAAUCACCAACACUAUUGUUGCGCUCAUGCAGGUGGGAGAUCGGAGUGAGUUCAGAAGAGCUUUUGCAGGAGCCACUGUCCAUGACUUCUUCAACUGGCUGUCCGUGUUGGUGCUCUUGCCCGUGGAGGUGGCCACCCAUUACCUCGAGAUCAUAACCCAGCUUAUAGUGGAGAGCUUCCACUUCAAGAAUGGAGAAGAUGCCCCAGAUCUUCUGAAAGUCAUCACUAAGCCCUUCACAAAGCUCAUUGUCCAGCUGGAUAAAAAAGUUAUCAGCCAAAUUGCAAUGAACGAUGAAAAAGCGAAAAACAAGAGUCUUGUCAAGAUUUGGUGCAAAACUUUUACCAACAAGACCCAGAUUAACGUCACUGUUCCCUCGACUGCUAACUGCACCUCCCCUUCCCUCUGUUGGACGGAUGGCAUCCAAAACUGGACCAUGAAGAAUGUGACCUACAAGGAGAACAUCGCCAAAUGCCAGCAUAUCUUUGUGAAUUUCCACCUCCCGGAUCUUGCUGUGGGCACCAUCUUGCUCAUACUCUCCCUGCUGGUCCUCUGUGGUUGCCUGAUCAUGAUUGUCAAGAUCCUGGGCUCUGUGCUCAAGGGGCAGGUCGCCACUGUCAUCAAGAAGACCAUCAACACUGAUUUCCCCUUUCCCUUUGCAUGGUUGACUGGCUACCUGGCCAUCCUCGUCGGGGCAGGCAUGACCUUCAUCGUACAGAGCAGCUCUGUGUUCACGUCGGCCUUGACCCCCCUGAUUGGAAUCGGCGUGAUAACCAUUGAGAGGGCUUAUCCACUCACGCUGGGCUCCAACAUCGGCACCACCACCACCGCCAUCCUGGCCGCCUUAGCCAGCCCUGGCAAUGCAUUGAGGAGUUCACUCCAGAUCGCCCUGUGCCACUUUUUCUUCAACAUCUCCGGCAUCUUGCUGUGGUACCCGAUCCCGUUCACUCGCCUGCCCAUCCGCAUGGCCAAGGGGCUGGGCAACAUCUCUGCCAAGUAUCGCUGGUUCGCCGUCUUCUACCUGAUCAUCUUCUUCUUCCUGAUCCCGCUGACGGUGUUUGGCCUCUCGCUGGCCGGCUGGCGGGUGCUGGUUGGUGUCGGGGUUCCCGUCGUCUUCAUCAUCAUCCUGGUACUGUGCCUCCGACUCCUGCAGUCUCGCUGCCCACGCGUCCUGCCGAAGAAACUCCAGAACUGGAACUUCCUGCCGCUGUGGAUGCGCUCGCUGAAGCCCUGGGAUGCCGUCGUCUCCAAGUUCACCGGCUGCUUCCAGAUGCGCUGCUGCUGCUGCUGCCGCGUGUGCUGCCGCGCGUGCUGCUUGCUGUGUGACUGCCCCAAGUGCUGCCGCUGCAGCAAGUGCUGCGAGGACUUGGAGGAGGCGCAGGAGGGGCAGGAUGUCCCUGUCAAGGCUCCUGAGACCUUUGAUAACAUAACCAUUAGCAGAGAGGCUCAGGGUGAGGUCCCUGCCUCGGACUCAAAGACCGAAUGCACGGCCUUGUAGGGGACGCCCCAGAUUGUCAGGGAUGGGGGGAUGGUCCUUGAGUUUUGCAUGCUCUCCUCCCUCCCACUUCUGCACCCUUUCACCACCUCGAGGAGAUUUGCUCCCCAUUAGCGAAUGAAAUUGAUGCAGUCCUACCUAACUCGAUUCCCUUUGGCUUGGUGGUAGGCCUGCAGGGCACUUUUAUUCCAACCCCUGGUCACUCAGUAAUCUUUUACUCCAGGAAGGCACAGGAUGGUACCUAAAGAGAAUUAGAGAAUGAACCUGGCGGGACGGAUGUCUAAUCCUGCGCCUAGCUGGGUUGGUCAGUAGAACCUAUUUUCAGACUCAAAAACCAUCUUCAGAAAGAAAAGGCCCAGGGAAGGAAUGUAUGAGAGGCUCUCCCAGAUGAGGAAGUGUACUCUCUAUGACUAUCAAGCUCAGGCCUCUCCCUUUUUUUAAACCAAAGUCUGGCAACCAAGAGCAGCAGCUCCAUGGCCUCCUUGCCCCAGAUCAGCCUGGGUCAGGGGACAUAGUGUCAUUGUUUGGAAACUGCAGACCACAAGGUGUGGGUCUAUCCCACUUCCUAGUGCUCCCCACAUUCCCCAUCAGGGCUUCCUCACGUGGACAGGUGUGCUAGUCCAGGCAGUUCACUUGCAGUUUCCUUGUCCUCAUGCUUCGGGGAUGGGAGCCACGCCUGAACUAGAGUUCAGGCUGGAUACAUGUGCUCACCUGCUGCUCUUGUCUUCCUAAGAGACAGAGAGUGGGGCAGAUGGAGGAGAAGAAAGUGAGGAAUGAGUAGCAUAGCAUUCUGCCAAAAGGGCCCCAGAUUCUUAAUUUAGCAAACUAAGAAGCCCAAUUCAAAAGCAUUGUGGCUAAAGUCUAACGCUCCUCUCUUGGUCAGAUAACAAAAGCCCUCCCUGUUGGAUCUUUUGAAAUAAAACGUGCAAGUUAUCCAGGCUCGUAGCCUGCAUGCUGCCACCUUGAAUCCCAGGGAGUAUCUGCACCUGGAAUAGCUCUCCACCCCUCUCUGCCUCCUUACUUUCUGUGCAAGAUGACUUCCUGGGUUAACUUCCUUCUUUCCAUCCACCCACCCACUGGAAUCUCUUUCCAAACAUUUUUCCAUUUUCCCACAGAUGGGCUUUGAUUAGCUGUCCUCUCUCCAUGCCUGCAAAGCUCCAGAUUUUUGGGGAAAGCUGUACCCAACUGGACUGCCCAGUGAACUGGGAUCAUUAAGUACAGUCGAGCACACGUGUGUGCAUGGGUCAAAGGGGUGUGUUCCUUCUCAUCCUAGAUGCCUUCUCUGUGCCUUCCACAGCCUCCUGCCUGAUUACACCACUGCCCCCGCCCCACCCUCAGCCAUCCCAAUUCUUCCUGGCCAGUGCGCUCCAGCCUUAUCUAGGAAAGGAGGAGUGGGUGUAGCCGUGCAGCAAGAUUGGGGCCUCCCCCAUCCCAGCUUCUCCACCAUCCCAGCAAGUCAGGAUAUCAGACAGUCCUCCCCUGACCCUCCCCCUUGUAGAUAUCAAUUCCCAAACAGAGCCAAAUACUCUAUAUCUAUAGUCACAGCCCUGUACAGCAUUUUUCAUAAGUUAUAUAGUAAAUGGUCUGCAUGAUUUGUGCUUCUAGUGCUCUCAUUUGGAAAUGAGGCAGGCUUCUUCUAUGAAAUGUAAAGAAAGAAACCACUUUGUAUAUUUUGUAAUACCACCUCUGUGGCCAUGCCUGCCCCGCCCACUCUGUAUAUAUGUAAGUUAAACCCGGGCAGGGGCUGUGGCCGUCUUUGUACUCUGGUGAUUUUUAAAAAUUGAAUCUUUGUACUUGCAUUGAUUGUAUAAUAAUUUUGAGACCAGGUCUCGCUGUGUUGCUCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGAGAUCAAGCAAUCCGCCCACCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGAGAUCACAGGCGUGAGCCACCACCAGGCCUGAUUGUAAUUUUUUUUUUUUUUUUUUUACUGGUUAUGGGAAGGGAGAAAUAAAAUCAUCAAACCCAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1390.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1465.70
Frequency: 0.0000
Diversity: 967.21
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((....))).((((((.(((((((((..(((((((..........)))))))((((.......(((((((((((((((.....(((........))).((((((.((......)).)))).))((((((......((((.((((.((.......(((.((((((.((((.(((.(((....(((.......)))(((((........)))))......((.((((((((.....(((((((.((.((...))......(((((....(((((.((.((((....(((((((.(((((..........((((((.........)))))).(((((..(((((............(((.(..((((....((((((((((((((..((((......)))).)))))((((((......))))))......((..(((((.......(((....)))......)))))..))((((((.(((((((((((((((((((.((((.(((.((.(((.(((((((.(((((((....(((.(((..((((..(((((((.((.(((((((..((((.(((..(..(((.(((((((((((..((((((.((.((((.(((.................))).)))))).))))))..)))))).))).)))))..)..)))..))))...)).)))))..))...))))).))....))))))).)))..))))))).)))).)))))).)).))).)))).....)))))))).........(((.(((..((((((.....))))))..)))..)))(((((((.......)))))))........))))).))))))..)))))).(((((((...((((.((((.....))))))))......)))))))...))))))))).))))..).)))(((((((.......(((((.........))))))))))))..........(((...........)))(((.....))).)))))..))))).((((((.((..((((.((((....)))).........((((..(((...)))...)))).))))..))))))))..))))).)))....)))).)))).)))))))..)))))))))))))))))))).)).))..))).))))))).)).)))).)))..((.((((.....)))).)))))))).))))..))))))((((.((((..((((........((((((((....((.........))...))).))))))))))))).))))((((((...((...((((((((((((...))))..(((((((...))))))).(((((((((((...............))..)))))))))....(((((..((((((...........(((((((.(((..((.(((............)))))..)))..))).)))).))))))..)))))......((((....)))).(((((....(((((((..................((((...))))))))))).)))))..........))))))))...)).))))))...))))))))))...)))))((((........)))).(((((((........(((((............))))).....)))))))...((((.......)))))))).))))))))))))))).(((((((.((((((((..(((((.(((((((((((.((((((((((.......((((((.(((.(((((((((....((.((((....((((....)))).))))..))))).))))..((((.(((.(.(((.((((((.((.((((.............)))).))))))))((((((.((.((....)).)).))))))))).).))).)))).....)).))).)))))).((((((.((.....((((((....)))))))).)))))).))))))))))(((((((((((.((((((..(((((((((((((.(((((....................)))))))))))..(((((....)))))((.((...)).))........)))))))..))))))..............((((.(((((((........((((.......)))))))))))))))..)))))).)))))..........(.((((.....)))).)......((((((((.((.(((((.(((((((((.((((......)))).)))..)))))).)))))...)).)))))))).....(((((......(((((....))))))))))...)).)))))))))..((((......))))...)))))..)))))))).((((((((.((((((...((.((((((.((((.(((.(((......)))..)))............((((..((...((((....((((((.......((((((((((....((((((((.(..((((((((.(((((.....((.(((((......................)))))))..(((.((((....))))..))).(((((..((((.((..(((.((((.((((((((..((((..((((((((((....(((.(((...(((.(((((.....)))))..))).(((.....)))....(((....)))..(((......)))..))).)))...)))))))))).))))....).))))))).)).)).)))))))))..)))))(((.((((((((....)))))))))))...(((((((.(((.((.((((((((((((.....))))))).(.(((((...(((((((.(((((.((((((((..((.(((((((.((..((((((((.(((((...(((((((((.(((...))).)))))((((((((.(....).)))).))))...))))...)).)))...)))).))))...((((((...(((.....))).))))))......(((......)))....(((((...))))))))))))))))))))....((((((((((((((((((..(((...((...............)).))).........)))).)))).))))))))))...)))).))))))))))))..))))).)..(((((.....))))).............((((((.(((((((((((((....((..............))...)))))).)))....))))))))))(((((((((....))....(((((....)))))........))))))).))))))).))).)))))))))))).))))).)))..).))))))))..))).))).))))....))))))...)))).))..))))...(((..((((.(((((.((..(((...............(((((((..((.((......))))...)))))))))).)).))))).))))..))).(((..(..(((((....)))))..)..))).....)))).)))))).)).))))))...))))).)))..))))))).(((((..((((((((((............((((.......))))))))))))))....((((.(((..((((((...((((((((((.(((........))).)))))))))).....))))))((((((....)))))))))))))..((((((((...(((((((((((((.......((((........))))..(((..(((((((((((((((((((((..........................)))).))))).((((.((.....((((......(((((.........)))))...))))((((.((((((..........(((((((((((.(((.((......))..)))))))))))))).......))))))))))..)).))))((((((((.....)).)))))).....))))))).)))))....)))...................)))))))))))))...)))))))).))))).......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((.(((.((.((((...(((((((((((((({(((((((.((((,((((((.,{..{(((((.,..{|,,,},.},.,))|||}.,,..,},,,.})))))))..))))))).||...{(((((((,.....{(((.((((.(({......{((.,,,{,|,|((({({{.{{,..,,{({.......,,|((((({{...,,,|}|||,.,,.,{,.{{,||||||,,{.(((((((,{({.{{((((..,,,..,,.....,|}))..||||||,}},,{{({{{,,{(((({{,.,,...{(((((,..,,,.,..||||||,({{{{.,|||||,.,{{,....,,|||,{,.|||||||.{(((((((((((((..,,((,...,}),,).)))))(((((({....,))))))......((..(((((.......(((....)))......)))))..))((((((.(((((((((((((((((((.((((.(((.((.(((.(((((((.(((((((....(((.(({..({{(..(((((((,,,.((((((,..((((,(({..{,.{((.({(((((((((..((((((.({{((((.(((...,..........,..))).)))))).))))))..)))))).))).)}))),,),.}}),,)))}...,|,||}}}.,})}}}})})).)}....))))))).)))..))))))).))))}}))))).)).))).)))).,...}))))))}.........(((.(((..((((((,...,))))))..)))..)))(((((((.......))))))).......,))))),})))))..)))))).(((((((...((({{{(({.....})))))))......))))))),,.)})))}})).))}}..,.}}}(((((((.......(((((.,.....,.)))))))))))),,,|,.....|}},.,|.,..,.,)),{((.....))).)))))..))))}.,|{|||},}}}||||.((((....)))),{{{..,{,,|{,{{((,.{{.{({{{.,,,.||,...,)}|||||.{|||,,|||.....,))).,,..})}}..))}})|||||{.,,,,,})))))...)})}}.)),.))))))),})))}))}))((((.(((...))).)))).))).)))).)))),.)))))))|{{{,,...,{,,........))),((((....))))........)))))))))).))).|{.(((((....))))).....{.(((((((((((((.........{(((((({,,,}}}}|||...{{(.(((,...((((((..,(,(((((.(((((((((.,,,,..,{{{..},,))).....)))))))))..))))},},,((((((((((.((((((((.{(,((((((....{{((((((((((.{(((.....((((....)))).(((((....(((((((..................((({...})))))))))).))))).,{......,}..,,,......)))}.))),.}))))))||{{.......)))}.,|....|||||,.(((((((..,.....(((((............)))))..}..))))))).,,))).....)).)))))).))))))})).))),,)))))))))))).}}).))}....,,||,....,})|).||||||{{{,...,.,.((((({,,||}||...(((((((.((.(.{(((..((((....))))..))).}.}.))...)))))))...{{.{{{{{,(((((({(,{(((,{({{((((({(..{{((.((...,,.((((((.((.((....)).)).)))))))).))}){{{|,{{.(((((({((({{.{.{{,....}.)).}.))).))))))))))))))),))))))))))),)))),,((((((((,((.(((((((..(((((((((((((.(((((,.{{{........}}}.,,.))))))))))),.(((((....}))}}{{.{{...,}.}}|.......)))))))..))))))).},..,,..,,,.(((((((((((,.((((((..((((((((.(((.{..((.,,.(((((((((....((((((.,......{,(({(,,,,,||}}.....,|}||||{{{{,{{,{((((.((((((,.{,|(((...,..}})).}})}})))))).))))|,.{||,|,,,,,,||.....,|||......(((((....)))))(((((((((....(((((((..((({......}))).,..,{,....((((((.,((,((.{({((({.((.....)),|||||||,||({{(,..,,,,,,,}.,},,............((((..((...((((...,((((((....,,.((((((((((....((((((((.(.,((((((((.(((((.....((.(((((......................)))))))..{{{.((((....))))..|||.(((((..((((.((..(((.((((.((((((((..((((..((((((((((....(((.(((...(((.(((((.....)))))..))).||{.....}})....(((....)))..{((......))}..))).)))...)))))))))).))))....)}))))))).)).)).)))))))))..)))))||{.((((((((....)))))))))))...(((((((.(((.((.((((({((((((.....))))))}.{.(((((...(((((({{(((((.((((((((..((.(((((((.((..((((((((.(((((...((((({(({.{({,,..,,,)))),((((((((.{....}.)))).))))..,))))...)).)))...)))).))))...((((((.,,{{{.....))}.))))))......{((......)))...,(((((...))))))})))))))))))))....((((((((((((((((((..((({..{,...............},...,.....}}}.)))),,))),}))))))))).,.)))).))))))))))))..))))).}..(((((.....)))))............{(((((({.((((((((((((....((,,.........,,.))...)))))).)))..},).))))))))(((((((,,...,|{....(((((....))))).,}.....))))))).))))))).))).)))))))))))).))))).)))..).))))))))..))).)))}}))),},.))))))...)))).))..))))........}}}..))))))......,,.)))))))....)))))))))..})}||.},.,.))}}......,))))))))))))))).).))..).))))))))))}))))))))))))))))).)}}}}}}}..}}})))))...{{{{||,,....},,,,},....))))}),,,.....,(((((((((............((((.......)))))))))))))|,.,,({,,,{||..((((((...((((((((((.(((........))).)))))))))).....))))))((((((....))))))}}})))),,...(((((((((((...((((......)))).)))))))))))...((((....)))).))))))))))))),...................,........)))).))))).))))))...{{{{.....((((((((((..,,,,,,{((((..(((....}}}..}}}}.,,,,,..,,|||{{{{,(((((((.(,,{.{{.(({{{.{{((((((({......}))))))},||....,||{...((((((((.....)).))))))......|||,|}}}}.}}}}}})))))))......,.,,,,,{{(((((((({{,.,......,))))))))))))).})))))))))....}}},.
Back