Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006480.5
Sequence Length
2323 nt
GC Content
0.6328
CUCUCCACUGCCUGCCCGCCACCGUGCAAGCUCUGGCCGGCGCUGCCCACAGUCCCCAUGGUGGGCAGCCCCCGCGGCGGGGACCCCUGAUCGGCAGCGGCAUGCCAGGGAAGCCCAAGCACCUGGGCGUCCCCAACGGGCGCAUGGUUCUGGCUGUGUCAGAUGGAGAGCUGAGCAGCACGACGGGGCCCCAGGGCCAGGGCGAGGGCCGCGGCAGCUCUCUCAGCAUCCACAGCCUCCCCAGUGGUCCCAGCAGCCCCUUCCCAACCGAGGAGCAGCCUGUGGCCAGCUGGGCCCUGUCCUUCGAGCGGCUGUUGCAGGACCCGCUGGGCCUGGCUUACUUCACUGAGUUCCUGAAGAAGGAGUUCAGCGCGGAAAACGUGACUUUCUGGAAGGCCUGCGAGCGCUUCCAGCAGAUCCCGGCCAGCGAUACCCAGCAGCUAGCUCAGGAGGCCCGCAACAUCUACCAGGAGUUCCUGUCCAGCCAGGCGCUGAGCCCAGUGAACAUCGACCGUCAGGCCUGGCUUGGCGAGGAGGUGCUGGCCGAGCCCCGGCCGGACAUGUUUCGGGCACAGCAGCUUCAGAUCUUCAACUUGAUGAAGUUCGACAGCUAUGCGCGCUUCGUCAAGUCCCCGCUGUACCGCGAGUGCCUGCUAGCCGAAGCCGAGGGACGCCCUCUGCGGGAACCUGGCUCCUCGCGCCUCGGCAGCCCUGACGCCACGAGGAAGAAGCCGAAGCUGAAGCCCGGGAAGUCGCUGCCGCUGGGUGUGGAGGAGUUGGGGCAGCUGCCACCCGUUGAGGGUCCUGGGGGCCGCCCUCUCCGCAAGUCCUUCCGCCGGGAGCUGGGCGGGACUGCAAACGCCGCCUUGCGCCGAGAGUCUCAGGGCUCCCUCAACUCCUCCGCCAGCCUGGACCUUGGCUUCCUAGCCUUCGUCAGCAGCAAAUCUGAGAGCCACCGGAAGAGCCUUGGGAGCACGGAGGGUGAAAGUGAAAGCCGGCCAGGGAAGUACUGCUGUGUGUACCUGCCCGAUGGCACAGCCUCCUUGGCCCUGGCCAGACCUGGCCUCACCAUCCGAGACAUGCUGGCAGGGAUCUGUGAGAAACGAGGCCUCUCUCUACCUGACAUCAAGGUCUACCUGGUGGGCAAUGAACAGGCCCUGGUCCUGGAUCAGGACUGCACCGUGCUGGCGGAUCAGGAAGUGCGGCUGGAAAACAGGAUCACCUUCGAGCUGGAGCUGACGGCGCUGGAGCGCGUGGUACGAAUCUCAGCCAAGCCCACCAAGCGGCUGCAGGAGGCGCUGCAGCCCAUUCUGGAGAAGCACGGCUUGAGCCCGCUAGAGGUGGUGCUGCACCGGCCAGGCGAGAAACAGCCUCUGGAUCUGGGGAAGCUAGUGAGCUCGGUGGCGGCCCAGAGACUGGUUUUGGACACUCUUCCAGGUGUGAAGAUCUCCAAAGCCCGUGACAAAUCUCCCUGCCGCAGCCAGGGCUGCCCACCUAGAACUCAGGAUAAGGCCACCCAUCCCCCUCCAGCGUCCCCCAGUUCUCUGGUGAAGGUGCCCAGUAGUGCCACUGGAAAGCGGCAGACCUGUGACAUCGAAGGCCUGGUGGAGCUGCUGAACCGGGUGCAGAGCAGCGGGGCCCACGACCAGAGGGGCCUUCUGAGGAAAGAGGACCUGGUACUUCCAGAAUUUCUGCAGCUGCCCGCCCAAGGGCCCAGCUCCGAGGAGACCCCACCACAGACCAAAUCAGCAGCCCAGCCCAUCGGGGGAUCCUUGAACUCCACCACCGACUCAGCCCUCUGACAGCUACCCAACAGUCCAGGACAGCUGCAUGGCACCCGGCGGGCCGAGCAUGCCAUGGGUCCGCUCUGCAUGCCCUGUCUGUGCCAUGAGUGUCCCUGGCCCCUUCCUGCCAUGGGCAGGCCCGCAGGAAGAGCCGGUAGGGGUGGAAAGGGGACUCAGAUGAGACACACCCCACAGCUGCCACCGCCUUGUCCCUCAACAAGCUCACCCCCAAUCCCUUGCAGCCAGGCCACAAUGGGGGAGGUGAGUCCAGCCCCUUGGAACAGGCUUGCCCAACAUGGAGGGAUGGCGUUGGCAGUGCCAGCCUCCCCAGCCUGUGCCAAGCUUCAACAGGGGCAAGAGGAGGGGCCGGCCCCUCCUCAGGAAGCUGGUAUGAGUAAGGCCUUGAGGGUGCAGGCAGGCAGCCCUGUACCCCACCCACAUAGACUAUACUGUACAUACAGAUUUUGCAGUAGGCUUGGGGCAGCUGGGUUUGUCCUUGAUGUAUGAUACUGUUAUUAUAAUAAUUAUUAUUAUUCUGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1029.57 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1069.23
Frequency: 0.0000
Diversity: 647.36
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........((..(((.((((..((....))..)))).)))((((....))))......(((((((((((((.((((((((((.((((....((((......))))))))..((((..((.((((((.(.((((..((.((((.(((((((..(((...)))....))))))).)).)).))..)))))))))))))..))))..(((((((.(((((((.((.(((.(((.(((..(((((((((((((((((((((.((.......(((((.((((.....((((.....)))))))).))))))).))))))))..))).)))))))((((((((.......((((((((((.....)))))))))).((((((..((((..(((((((((((.((((.(((((((((.((((...(((.((((((.....((((..(((((((.(((((.((.............)).(.((((((((((((((((((((.((((...((((((.....(((.((((.((((((((.((......)).))))))))..)))).))))))))).)))).)))).))))..(..((((.((((((((((((.((.((....)))).))))))))))))...(((......)))....(((((((((....((.(((((((((((((.(((((...(((((((((((((((((((((((...(((.((.((.((....(((....)))....))))))..))))))))))..)))))).))))))))))(((....))).))))).))))))...(((((...))))).......))))))).))(((..((.((((((...........)))))).)).)))...(((((...((((((....(((.((((...((((.(((...((((....))))...)))..(((.....))))).))...)))).)))....))))))..(((.(((((...........(((((((((.(....(((((((..............)))))))))))))))))..(((((....)))))))))).))))))))..)))))))))(((((((.((..(((..((.........((((...(((..((((((...))))))..))).))))....(((((((...)))))))))..))).)).)))))))..))))..))))))))...))))).).)))))))))))).))))....))))))...((.((((..........)))).))........))))))).))))))))))))).)).)))))))))..))))..))....))))....((((......))))))))))))(((.......))).))).))).))).))))).)))))..)).))))))).(..((.(((((((((...((((((....).)))))..))))))))).))..).....)))))))))).)...))))))))))))....((((((((((((.((.......((((((..((((.((((.((((((((.....(((...(((((((.(((((((....(((((......))...)))....)).))))).))))))).))).....))))).)))))))...))).)..)))))).(((((......)))))..((((.....))))........((((((((((((..((((((..((((((((((..((((...............................))))..))))))...((((((.((...((((....))))..................(((((.((.((((((((..((((((....((((((...(((....))).)))))))))))).)))))))))))))))(((((..((((((((...(((....))))))))))).)))))..))))))))..((((.(((....))).....))))...(((((((.((((..(((((((.....((((((((((...((.(((..((...))..))).))))).)))))))..((((..........))))...........))))))))))).)))))))((((((.(((...((((.((...........)).))))..(((((((((....))))))))).))).))))))..))))..))))))..((((((((((.....).)))))))))...............(((((((...........))))))))))...)))))))))))))))))).))).))((((((....))))))((((((....))))))..))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(({((((((.((((((.((,(((((((..,(((((((.(.(((((((.,((((((((.(.(((((.....))))).).)))))}..,))...))))))).)..))))|||,.(((((......))))),|||}....))))))))))).,,{(((((.((((.......,)))}})))).,},.((((((((((((((((((((((((((.((,..(({({{.{{{{.{{{,.((((..(((((((((((((((((((.((.......(((((.((((.....((((.....)))))))),))))))).))))))))..)))}}}))))))...)))).......((((((((((.....))))))))))((((.....)))).....,||||,,||,}}.}})}}))||},|((((((((.((((((,..,{{{(({.((,,({|,.{{.(((({{...,.({..((((.(.((((({.({((((((((.((((.,...{{{,...,,.,,.,)))))))))))},))|.))))).).))}){{|}}|..,)))),|||,}}||{|||||.,.,{{(((((,(,,,,,,.((((((((((((.((.((....)))).))))))))))))....(({{,..,(((((.{,,.{{{{{{{{{,(({(((({..,|||||.|||||...{{|||{{||||||(({(({{{((...{{{.{{.{{.||..,,{{{.,,,))),..,)))))),.))))))))}),,))))))|||||||||||(((.,,,}||,|||,,.,,)))}..,||{|||,,}}|{({{{(({{{,{,{{{({{{.|,.,,.,}||||}},,{{....|},}|})}))),.)}}}}||,,.,)))})}},}},}}}}|||||,,{,,|}|,|},,|||||||})))}|||}||,|}}}}...,)))}}.||..,|||,.},}},,}))},}}.((((.(((((..,,....,,.(((((((({.(....(((((({...,.........,)))))))})))))))))..(((((....)))))))))).)))).,...,)))))).)))))))))..)}..)).)))).))).....(((...(((..((((((...))))))..))).))))))))))))))))....((((((....((((((.((((...((.,({,(((.((((...{((((((.(({{((((((((.((((.(((.(((((.((((.((((.......(((((..(((((((((.((((((((((......))))))))....{{.{,{,.{(((((.{{..{{{{(((...(((((((((((.{{{({{((((........))))|{(({.,,(((({,(((..,{||}|,(((,(((((,,.({(((.(((((((((...((((((....}.)))))..))))))))).),......})))...))))).))).|||}}||{,,||{.|...,})}}....})}..}}}.}))}}.))))),.,,|,{{||.,,,)))),}..|}|}}},.|}}))))))))....)))))),}}.))))).}.))..,})).)))))).)))))))))))).))))..{{(,({{((((((.(.....,.}))))||(((......}}}}|..((((.....))))....})))}.)))((((......))))))))).))}.((....,}}.,,...,......,,.,)}}})))))...)))))))))))),)...))))...)))})),..)).)))).)))).)}....)))))).(((({.((.((((((((..((((((....((((((...(((....))).)))))))))))).)))))))))))))))..)))))|(((((((...(((....))))))))))).)).)))))))))))).,)}}...,(({,.{.((((.((((...(((((((.{{((((((...((((....((((((((((...(({(((..((...))..))).))))).)))))))(((((,((((((.(((((((...((,...,)).((((.(((..((((...))))))))))),))))))).))),(((((....)))))..(((((((((....))))))))),))..)))))..})))))))))..{(.((((((((((.....)}))))))))))}.,,....{{.{,.(((((((.,.........)))))))}))},))))))))))))).))))},}||.,{((((((..,,||},}}}|||||,,,}))}}}}},,.
Back