Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006509.4
Sequence Length
2258 nt
GC Content
0.6492
GCAGCCCCGGGCGCCGCGCGUCCUGCCCGGCCUGCGGCCCCAGCCCUUGCGCCGCUCGUCCGACCCGCGAUCGUCCACCAGACCGUGCCUCCCGGCCGCCCGGCCGGCCCGCGUGCAUGCUUCGGUCUGGGCCAGCCUCUGGGCCGUCCGUCCCCACUGGCCGGGCCAUGCCGAGUCGCCGCGUCGCCAGACCGCCGGCUGCGCCGGAGCUGGGGGCCUUAGGGUCCCCCGACCUCUCCUCACUCUCGCUCGCCGUUUCCAGGAGCACAGAUGAAUUGGAGAUCAUCGACGAGUACAUCAAGGAGAACGGCUUCGGCCUGGACGGGGGACAGCCGGGCCCGGGCGAGGGGCUGCCACGCCUGGUGUCUCGCGGGGCUGCGUCCCUGAGCACGGUCACCCUGGGCCCUGUGGCGCCCCCAGCCACGCCGCCGCCUUGGGGCUGCCCCCUGGGCCGACUAGUGUCCCCAGCGCCGGGCCCGGGCCCGCAGCCGCACCUGGUCAUCACGGAGCAGCCCAAGCAGCGCGGCAUGCGCUUCCGCUACGAGUGCGAGGGCCGCUCGGCCGGCAGCAUCCUUGGGGAGAGCAGCACCGAGGCCAGCAAGACGCUGCCCGCCAUCGAGCUCCGGGAUUGUGGAGGGCUGCGGGAGGUGGAGGUGACUGCCUGCCUGGUGUGGAAGGACUGGCCUCACCGAGUCCACCCCCACAGCCUCGUGGGGAAAGACUGCACCGACGGCAUCUGCAGGGUGCGGCUCCGGCCUCACGUCAGCCCCCGGCACAGUUUUAACAACCUGGGCAUCCAGUGUGUGAGGAAGAAGGAGAUUGAGGCUGCCAUUGAGCGGAAGAUUCAACUGGGCAUUGACCCCUACAACGCUGGGUCCCUGAAGAACCAUCAGGAAGUAGACAUGAAUGUGGUGAGGAUCUGCUUCCAGGCCUCAUAUCGGGACCAGCAGGGACAGAUGCGCCGGAUGGAUCCUGUGCUUUCCGAGCCCGUCUAUGACAAGAAAUCCACAAACACAUCAGAGCUGCGGAUUUGCCGAAUUAACAAGGAAAGCGGGCCGUGCACCGGUGGCGAGGAGCUCUACUUGCUCUGCGACAAGGUGCAGAAAGAGGACAUAUCAGUGGUGUUCAGCAGGGCCUCCUGGGAAGGUCGGGCUGACUUCUCCCAGGCCGACGUGCACCGCCAGAUUGCCAUUGUGUUCAAGACGCCGCCCUACGAGGACCUGGAGAUUGUCGAGCCCGUGACAGUCAACGUCUUCCUGCAGCGGCUCACCGAUGGGGUCUGCAGCGAGCCAUUGCCUUUCACGUACCUGCCUCGCGACCAUGACAGCUACGGCGUGGACAAGAAGCGGAAACGGGGGAUGCCCGACGUCCUUGGGGAGCUGAACAGCUCUGACCCCCAUGGCAUCGAGAGCAAACGGCGGAAGAAAAAGCCGGCCAUCCUGGACCACUUCCUGCCCAACCACGGCUCAGGCCCGUUCCUCCCGCCGUCAGCCCUGCUGCCAGACCCUGACUUCUUCUCUGGCACCGUGUCCCUGCCCGGCCUGGAGCCCCCUGGCGGGCCUGACCUCCUGGACGAUGGCUUUGCCUACGACCCUACGGCCCCCACACUCUUCACCAUGCUGGACCUGCUGCCCCCGGCACCGCCACACGCUAGCGCUGUUGUGUGCAGCGGAGGUGCCGGGGCCGUGGUUGGGGAGACCCCCGGCCCUGAACCACUGACACUGGACUCGUACCAGGCCCCGGGCCCCGGGGAUGGAGGCACCGCCAGCCUUGUGGGCAGCAACAUGUUCCCCAAUCAUUACCGCGAGGCGGCCUUUGGGGGCGGCCUCCUAUCCCCGGGGCCUGAAGCCACGUAGCCCCGCGAUGCCAGAGGAGGGGCACUGGGUGGGGAGGGAGGUGGAGGAGCCGUGCAAUCCCAACCAGGAUGUCUAGCACCCCCAUCCCCUUGGCCCUUCCUCAUGCUUCUGAAGUGGACAUAUUCAGCCUUGGCGAGAAGCUCCGUUGCACGGGUUUCCCCUUGAGCCCAUUUUACAGAUGAGGAAACUGAGUCCGGAGAGGAAAAGGGACAUGGCUCCCGUGCACUAGCUUGUUACAGCUGCCUCUGUCCCCACAUGUGGGGGCACCUUCUCCAGUAGGAUUCGGAAAAGAUUGUACAUAUGGGAGGAGGGGGCAGAUUCCUGGCCCUCCCUCCCCAGACUUGAAGGUGGGGGGUAGGUUGGUUGUUCAGAGUCUUCCCAAUAAAGAUGAGUUUUUGAGCC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1023.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1061.52
Frequency: 0.0000
Diversity: 669.89
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((((((((.((((.(((...((((...)))).))).....(((((.((((((((.(((((..((.(((.((((.(((.(((..((((((....)))))).(((.(((((.(((.(((((((((((.((..((.(((.(((((.((.....)).)))))...))).))..)).).))..))))))))..)))))))))))....(((((((....))))))).....((((((....((((.(((..((((((((...((....))..))))))))...))))))).......))))))..)))..))).))))..))).))..).))))..)))))))).))).)).)))).)))))))...)))))))))((((..((....((((((((..(((..((((((.......))))))..)))(((..((((((((((...)))).(((....))).((((.(((((((..((((.((..(((((((((.(((....((((((((.....(((((...)).)))(((((((((((..(((((.((.(((((.(((.((((((..(((((((........).))))))..........)))))).)))....(((((.((..(((((((((((((.(((.(((((((((((..(((.((((........))).).))).)))))...))))))))).))))))(((((((...(((((((((....((....))..))))))).))...)))))))...(((...))).(((((((.....((((.((((...)))).).)))......))))))).((((......(((((.(.((((((.(((((((((...((((.....(((((.((((.((.......((.((((((((((((.......)))....))))))))).)).......)))))))))))))))...))))).)))).)))))).).)))))....)))).(((...)))......))))))).....)).))))).(((.....))).............))))).)).)))))..)))))).))))).....)))))))).))).))))))....((((((.(..((((.(((.(.(((((((((..((((((((((((.....))))).)))))))((..(((...((((((((((.((((((.((....((.(((((..((.((((((..(..((((((((......))))))))..))))))).))..)))))))))))))))))))))..(((((.((.(((.......)))..)).)))))..(((((.(......).))))).......))))..)))..)).(((((((.(.((.(((((((((....)))).....))))).))).))).).))).(((((((.((....(((.((((.....(((.....))).(((.......)))...)))).))).)).)))))))..)))))))))..).)))))))..).)))))))))..)).))))..)))))))))))))))))..))))))..)))))))..))))((.(((((((...((((((..((.((((((.(((.(((((.....((((((((((((.((((((((((.((....(((.((((......))))))))).))))))))))..((((((.(((.(.((...)))))).)))))).....((((((((((((..(((..((((((((((((((((((((.((.((((((((((((.........................)))))))))......))).))..)))))).))))))))))))))..)))..)))(((((.(..........).)))))...((((((((((((.((((..(((((...)).((((......)))).)))..))))))).)))))...))))((((((((.((..((((((((.........(((..((.(.(((((.((((...))))))))))))..).)))))))))).))))))))))..)))))))))(((((....((..(((((...)))))..))((((......)))).)))))(((((((....)))))))........))))))).)))))................((((((.((((.(((....))).)))).))))))......))))))))))))))..)).)))))).))))))).))........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((({{{((((((,,.|}|||}.||{{((({|{|||||{{,|{{{,,|{{({,((((((((.(((((..((.(((.((((.(((,(((..((((((,,..|||}||{(((,(((((.(((,(((({((({((.((,.{(,(({.{{{{{.{|,,,..)),}))}),,.))),))..)),},|||.}}})))))..)))}))))))).||{(((((((....))})))),,...((((((....((((.(((..((((((((...{,....,}..))))))))...))))))).......))))))..)))..))),)))).,))),)),.))}))),.))))))})|))),||,,,}|||||||,..|||||||||||(({{..(({{.,(({{...,.|((((({(((((.......)))))|{{||{(((,,((((((((((..,||}}.(((....))).{{{(.(((((((..(({{.{{..{|{|{{|||,||{....{||{|||||}},||{,||||}}}.,||(((({{{{{{{,,||||{.||,|||||,(((.((((((.,(((((({........}.))))))..........)))))).)))..{{(({((,((,.(((((({((((((.(((.(((((((((((..(((.((((........))).).))).)))))...))))))))).))))))(((((((...(((((((((....((....))..))))))).))...)))))))...(((...})).{{,,{,...,,.,{{|(,,,,|||||||||,|||,....,|{{{{,{.((((......(((((.(.((((((.(((((((((...((((.....((({({((((.((.,..,,.,{.(((((((((({(.....,.))}....))))))))).))..}}...}))))))))))))))...))))).)))).)))))).).)))))....))))}}||}..,.,...,,,|||}||}.....,,.)})}),|}},,,,.||,.........}}..}))||,||.|||||,.||}||}.}||||......})))))),})).})))))....{(((((.,..((((.(((.{.((((((((({,((((((({((((({{{{},,,|.|||||||{{{.{(,({.{{(((((({,.((((((.((....((.(((((..{{.((((((..(..((((((({......})))))))..))))))).}}..)))))))))))))))|))))),.|||,|||,||||,,,,,.{((..(({{.{(,,,.(((({.,......}}))))).,..)}.))))..)})|||},{||||{{,{|||,{{||({{({....}}})|.,..})))).))}.))},}.)),.(((((((,,(({...(((((((....{((.......,,.|,|,,.....))),..)))...))},),)))))))..)))))))))..}.)))))))..}.))}))))))..)),))))..))}))))))))})}}})..)))))))))))))}},,))))||.|||{{||,..{{{{{{..||,||{{{{.{{{,|||||..,,,|||||{{|{{|(,((((((((((.{,...{(((.((((......))))))))}.))))))))))},(,((((((((....))))))))}},,,}}}}.,...|||||||||,,,..(((..((((((((((((((((((((.((.(((((((((((({.{{{,...}))}.},,........}})))))))......))).))..)))))).))))))))))))))..))),,))}|||||,|,,.,,,...,}.))))),..((((((((((((.((((,.(({{{...||.,{((......)))}})}}.,)}))})).)))))...))))((((((((.((..((((((((.........(((..((.(.(((((.((((...))))))))))))..).)))))))))).)))))))))).,|||||||{((((((....(({,{,,,{.,}))}}|..,|((((......))))},,..{(((((({....)))))))}.)))))))}}}})),)))))................((((((.(((({(((....))),))))})))))),,....}))))))))))))),})},))}}||,||||}}|.|}........},.,,,,,}}}},},.
Back