Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006593.4
Sequence Length
3806 nt
GC Content
0.5189
AUUUGCUGGUUGAAGUGCUUUCUGUCUAGUGAGGGGGUCUGUGGAUUUCUAGUUUAUGAUAAAUAGGACUUUAAAAACCAGGGACGGGAGGGCGAGUGUUCAGGUUCUAGAGCUAUGCAGCUGGAGCACUGCCUUUCUCCUUCUAUCAUGCUCUCCAAGAAAUUUCUCAAUGUGAGCAGCAGCUACCCACAUUCAGGCGGAUCCGAGCUUGUCUUGCACGAUCAUCCCAUUAUCUCGACCACUGACAACCUGGAGAGAAGUUCACCUUUGAAAAAAAUUACCAGGGGGAUGACGAAUCAGUCAGAUACAGACAAUUUUCCUGACUCCAAGGACUCACCAGGGGACGUCCAGAGAAGUAAACUCUCUCCUGUCUUGGACGGGGUCUCUGAGCUUCGUCACAGUUUCGAUGGCUCUGCUGCAGAUCGCUACCUCCUCUCUCAGUCCAGCCAGCCACAGUCUGCGGCCACUGCUCCCAGUGCCAUGUUCCCGUACCCCGGCCAGCACGGACCGGCGCACCCCGCCUUCUCCAUCGGCAGCCCUAGCCGCUACAUGGCCCACCACCCGGUCAUCACCAACGGAGCCUACAACAGCCUCCUGUCCAACUCCUCGCCGCAGGGAUACCCCACGGCCGGCUACCCCUACCCACAGCAGUACGGCCACUCCUACCAAGGAGCUCCGUUCUACCAGUUCUCCUCCACCCAGCCGGGGCUGGUGCCCGGCAAAGCACAGGUGUACCUGUGCAACAGGCCCCUUUGGCUGAAAUUUCACCGGCACCAAACGGAGAUGAUCAUCACCAAACAGGGAAGGCGCAUGUUUCCUUUUUUAAGUUUUAACAUUUCUGGUCUCGAUCCCACGGCUCAUUACAAUAUUUUUGUGGAUGUGAUUUUGGCGGAUCCCAAUCACUGGAGGUUUCAAGGAGGCAAAUGGGUUCCUUGCGGCAAAGCGGACACCAAUGUGCAAGGAAAUCGGGUCUAUAUGCAUCCGGAUUCCCCCAACACUGGGGCUCACUGGAUGCGCCAAGAAAUCUCUUUUGGAAAAUUAAAACUUACGAACAACAAAGGAGCUUCAAAUAACAAUGGGCAGAUGGUGGUUUUACAGUCCUUGCACAAGUACCAGCCCCGCCUGCAUGUGGUGGAAGUGAACGAGGACGGCACGGAGGACACUAGCCAGCCCGGCCGCGUGCAGACGUUCACUUUCCCUGAGACUCAGUUCAUCGCCGUCACCGCCUACCAGAACACGGAUAUUACACAACUGAAAAUAGAUCACAACCCUUUUGCAAAAGGAUUUCGGGAUAAUUAUGACACGAUCUACACCGGCUGUGACAUGGACCGCCUGACCCCCUCGCCCAACGACUCGCCGCGCUCGCAGAUCGUGCCCGGGGCCCGCUACGCCAUGGCCGGCUCUUUCCUGCAGGACCAGUUCGUGAGCAACUACGCCAAGGCCCGCUUCCACCCGGGCGCGGGCGCGGGCCCCGGGCCGGGUACGGACCGCAGCGUGCCGCACACCAACGGGCUGCUGUCGCCGCAGCAGGCCGAGGACCCGGGCGCGCCCUCGCCGCAACGCUGGUUUGUGACGCCGGCCAACAACCGGCUGGACUUCGCGGCCUCGGCCUAUGACACGGCCACGGACUUCGCGGGCAACGCGGCCACGCUGCUCUCUUACGCGGCGGCGGGCGUGAAGGCGCUGCCGCUGCAGGCUGCAGGCUGCACUGGCCGCCCGCUCGGCUACUACGCCGACCCGUCGGGCUGGGGCGCCCGCAGUCCCCCGCAGUACUGCGGCACCAAGUCGGGCUCGGUGCUGCCCUGCUGGCCCAACAGCGCCGCGGCCGCCGCGCGCAUGGCCGGCGCCAAUCCCUACCUGGGCGAGGAGGCCGAGGGCCUGGCCGCCGAGCGCUCGCCGCUGCCGCCCGGCGCCGCCGAGGACGCCAAGCCCAAGGACCUGUCCGAUUCCAGCUGGAUCGAGACGCCCUCCUCGAUCAAGUCCAUCGACUCCAGCGACUCGGGGAUUUACGAGCAGGCCAAGCGGAGGCGGAUCUCGCCGGCCGACACGCCCGUGUCCGAGAGUUCGUCCCCGCUCAAGAGCGAGGUGCUGGCCCAGCGGGACUGCGAGAAGAACUGCGCCAAGGACAUUAGCGGCUACUAUGGCUUCUACUCGCACAGCUAGGCCGCCCCUGCCCGCCCGGCCCCGCCGCGGCCCGGACCCCCAGCCAGCCCCUCACAGCUCUUCCCCAGCUCCGCCUCCCCACACUCCUCCUUGCGCACCCACUCAUUUUAUUUGACCCUCGAUGGCCGUCUGCAGCGAAUAAGUGCAGGUCUCCGAGCGUGAUUUUAACCUUUUUUGCACAGCAGUCUCUGCAAUUAGCUCACCGACCUUCAACUUUGCUGUAAACCUUUUGGUUUUCCUACUUACUCUUCUUCUGUGGAGUUAUCCUCCUACAAUUCCCCUCCCCCUCGUCUUUCUCUUACCUCCUACUUCUCUUUCUUGUAAUGAAACUCUUCACCUUUAGGAGACCUGGGCAGUCCUGUCAGGCAGCAGCGAUUCCGACCCGCCAAGUCUCGGCCUCCACAUUAACCAUAGGAUGUUGACUCUAGAACCUGGACCCACCCAGCGCGUCCUUUCUUAUCCCCGAGUGGAUGGAUGGAUGGAUGGAUGGUAGGGAUGUUAAUAAUUUUAGUGGAACAAAGCCUGUGAAAUGAUUGUACAUAGUGUUAAUUUAUUGUAACGAAUGGCUAGUUUUUAUUCUCGUCAAGGCACAAAACCAGUUCAUGCUUAACCUUUUUUUCCUUUCCUUUCUUUGCUUUUCUUUCUCUCCUCUCAUACUUUCUCUUCUCUCUCUUUUAAUUUUCUUGUGAGAUAAUAUUCUAAGAGGCUCUAGAAACAUGAAAUACUCAGUAGUGAUGGGUUUCCCACUUCUCCUCAAUCCGUUGCAUGAAAUAAUUACUAUGUGCCCUAAUGCACACAAAUAGCUAAGGAGAAUCCACCCAAACACCUUUAAAGGAUAGGUGUCUGUUCAUAGGCAAGUCGAUUAAGUGGCAUGAUGCCUGCAAAGCAAAGUCAACUGGAGUUGUAUGUUCCCCCCACCUUCUAAAUAGAAUAGCUCGACAUCAGCAAUAUUAUUUUGCCUUAUUUGUUUUUCCCCAAAGUGCCAAAUCCAUUACUGGUCUGUGCAGGUGCCAAAUAUGCUGACAAACUGUUUCUGAAUAUCUUUCAGUACCCCUUCACCUUUAUAUGCUGUAAAUCUUUGUAAUGAAUACUCUAUUAAUGAUAUAGAUGACUGAAUUGUUGGUAACUAUAGUGUAGUCUAGUGAAGAUGAAUUGUGUGAGUUGUAUAUUUUACUGCAUUUUAGUUUUGAAAAUGACUUCCCCACCACCUAGAAACAGCUGAAAUUUGACUUCCUUGGGAGAACACUAGCAUUAAUGCAAGUAAGACUGAUUUUCCCCUAAGUCUUGUUAUAUUUGAUAAGGAGCAUUAAUCCCCCUGGAAAUAGAUUAGUAGGAUUUCUAAUGUUGUGUAGCAAACCUAUACUUUUUUGUAUUUAAAAAUUAAUGUGAAAUAUGCAUCAUACACAAUAUUCAAUCUAGAUUCCAGUCCAUGGGGGGAUUUUUCCUAAUAGGAAUUCAGGGUCUAAACGUGUGUAUAUUUUGGCUCUUCUGUAAAUCUAAUGUUGUGAUUUUUAUAUUUGUUUCGUUUUGUCUGUGAACUGAAUAAUUUAUACAAGAACACACUCCAUUGAGAAACGUUUUGUUUUUUGCUCGUUUGUAUCGUCUGUGUAUAACAAGUAAAAUAAACCUGGUAAAAACGCUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1240.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1305.27
Frequency: 0.0000
Diversity: 1243.44
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((..(((((.....(((..(((((((((((.((((.(((((.((((.(((...........))).)))).)))))((((..(((.(((((((..(((((((.((...))..)))))))..((((.(((((.(((.....((((((((((((....)))...)).))).)))).(((((.((((.(((((((....(.(((.((((((..((.(((((((......(((.....)))...(((((.((....((((....)))).....)).))))))))))))))....((((((...............)))))).((((((((...(((((((......(((.......))))))))))..(((((((((((......)))))))).)))......(((((..((((.(((.............)))))))..)))))(((((.(((((((((.((((....)))))))......((((..(((((((.(((((((..((((.....))))...)))..((((.......))))....((((((........)))))).......((((.((.....)).))))(((((..((....((((((((((.((((...(((((..(((..((......))..)))))))).(((((....)))))((((..............((((((...((((((((.(((((((.(((...(((((((....))))))).....))).....((.(((....))))))))))))..((((((((.........(((.(((((((.......))))))).))).........))))))))........))).)))))...(((((.....)))))...(((((..(((......))))))))))))))......))))......))))))))))))))..)).))))).....))))..))...)))))(((...(((((((((....(((((....)))))....)))))))))...)))...((((((((......................))))))))............)))))))))).))))).....))))))))..)))).)).))))))))))).)))))))))....))).))))).))))....))))))).)))..))))((((.(((.(((((((((.((..(((((((.((((((.....((((...(........)...)))).........))))))..............(((((....))))).)))))))..))...))).))).))).)))))))...........))))..))))))))))).....))).....)))))(((((((((.(((((((((((((((((...(((((.((........)).)).)))...)))).((......))....((((((.(((....))).)))))))))))))))))))))(((((((((.((((((((((.....((..(((.(((((((....))))))).))).)).....)))))))(((((((.((.....((.(((.(.(((((((((....(((((.((...(((((((...((((........))))..(((((..((((((..(.(((((.((((((........))))))(((((((.(..((.((.(((((........)).))).)).))..))))))))(((((......))))).......))))).)..)))))))))))...(((((((((.(((.((.....))))))))))))))...((((......))))))))))))))))).)....))))))))))))).)).....)))))))))(((((...)))))((((((((.((((........).))).)))))..)))(((((.((((((((((((((...(((.((((.(((((((((((((........)))))))..(((((((.(.((((.(.((((((((((....(((.(.((..(((((.(((((((((((......(((((....)))))))))).)))))).))))).....(((.((((((((((..(((((((((((((((((..(((((.(((((.....((((((....((((........)).))....))))))........(((((((...)))).))).((((.........(((........)))..........))))..............))))))))))................(((((.....))..)))(((((((((....((.(((((...((((.(((((.................((((...)))))))))))))...))))).))..)))))))))((((....))))...........))))))).(((((((.....)))).)))...............................(((..((((((....(...((((....)))).)...))))))..)))))))))))))..)))..)))).......))))))..((..(((((.(((............))).)))))..)).....((((......)))).)).).)))....)))))))))).).))))).)))))))((.((((.((((.((((.....((((((.((.....(((((((((......((((((((((...((((..(((((((..((((.((........)).))))(((((..((.....))..))))).............((((.(((((..((((((..........(((((((............................)))))))..........))))))...)))))...))))...(((....)))((((...)))).............)))))))..))))...))))))))))(((...((.........))..)))..........((.((((((.........)))))).)))))))))))...)).))))))((((((..((...((((((((((((...((((.((((..(((((.................)))))...)))).)))).......)))))))....))))).......))..))))))....((..(((((...((((((.....((((((((.(((..((.((..(((((.....))))).))..((((((.....(((((((((..((........))......((((((((((.(((....))).))))))))))..))))))))).....)))))).........))..)))))))))))..)))))).)))))..))....)))).)))).))))))......)))))).)))).))).)))))))).....(((.(((....))).))).(((((....((((......((((((((....))))))))((.(..((((((((((((....((((....(((((...((((((((((((((....((((..((((((....))))))....)))).....)))....))))))))))).))))).))))....)))..)))))))))..).))....)))).....)))))..............)))))))))))........(((((.((((.((((((((.((((((.((((.......)))).))))))..)))).)))).))))...)))))((((((.....)))))))))..))))))))))))))))................)))).))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((((({.,(,(({{{{{((,{{(((,((((((({,(((.{{(,,((((({{.....}}}}|}}},..,,..}}|{|||}((((((((.(((((((.((((,({......,).)))).))))))))))}}}))},,.,...{{((({({{({{((....}}}.,{||{|||{,,,.}}}..,|||||,,{(((((..((((((({(,((((,.((.(((((((......{{{.....,))...(((((.{{....((((....)))).....)).)))))))))))))}....((((((...............))))))....(((((....{(((({,{{||(((({.,....,)))))|{|{{,,|||}|||(({,,,.((((||{({{.......,)}})))},.|{{{||||,.||,..,|,}}}}...))),,,|{{|(|..({{(((((((|(((((....))))}....,...{{({{|{{|{(({,|{||||,,,((((.....}|||...,,,..{(((.......))}),...{(((((........)))))}.......((((,({.....}},}}}){{{{{..{{,,..(((({{((({.,{{{,..((((({{(,,..,,......}}.,}},})))).(((((....))))),,{{|,.|,.,,.,....({((((...((((((((.(((((({,((,...(((((((....)))))))....{(((.....)})|{,....},.))))))))}..((((((((......,,.{{{.(((((({,{....}))))))}.}}|..,,.....))))))))........))).))))}..,(((((.....)))))}..(((({..{((.....,)))))))),))))}......))))}}...,)))})))}})))))..,}.))}},,...})))}}})),..})}})||,...{((((((((....(((((....)))))....))))))))},,..({{..((((((((......................)))))))).}}}.........|{{||.{{{{({(|{{...{,||||,}}|,|},}}}}}}}}}}|)||}}.,}}}))))){{{{|||{{,||,{{{{.{{{.|{.|....}))..,)))||||.{|,.,,,||||||}}|||{({(({{.{(((({..,..((((...{........}...})))..,......}))))}..............(((((....))))).}}))))).......}}}.}}}.}}}.,,,}))))))).)}})),),}}..))))}}}}})}||,,,|}},,|,.}}}}}|||||||||}(((((((((((((((((...(((((.((........)).)).)))...)))).((......))....((((((.(((....))).)))))))))))))))))))))|||||||{,.((((((((((((...((..(((,,{{((((.{{{|||,}||{|||{{{.{{,{|{||,||,,.||||}|,.,...||,|,({({,(((((((.......)))})}.}.}}}})}))}}||||}.,,...}))),}}|},||}}|,,||,...}|||||}}))})}........((((((((((((({....))})))))))))).}}}}))})))}),.})}}),((((({(((((......)))))...).})))),|{|{|}}},}},)))),{{((({,{{||}||{.,|,}}.})))))))),,))))}.,(((({{{...,,||(||((((...)))))))).})))))))},|,|{||{{{{{||}}|||||(((((..,|||,|(((,((({.((({.,{{.,..},,}}.)))))|}||,{{||,.||||,||||{((((...(((,((((,(,{{{||||||{|,,....,.))))}})..(((((((.(.((((.(.((((((((((....(((.((({,.{((((.(((((({(({(,,{{..(((((....)))))})}|||}}}}}}.}})))..,{{(((,({{(((((((..(((((((((((((((((,.{((({{(((({.....((((((....((((,.......)).,),,,.))))))....|,,.(((((((...)))).))).,||,.,....},,|||........)))........),)}})..............)))))))))}................{{{{{.....))..)}}{(((((((,..,{((.(((((...((((,(({,...........,,{||.,({{{.,.})))}}}},))))...))))).)},}))))))))}((((....))))...........,,},},,.(((((((.....)))).)))...............||,..,,........,{,{..{{{{{{....{...{(({....}))).....))))))..,))))))))))))..))))))}})},..,,}}},})},..}},}|)))}|||,,,,,.......|}}|)}|},.,||,{...||||,..,..}}}}.)}}}})},||..)))))))))).).))))).))))))){|.{|||,||||,{{{,.....,(((((.((.,...(((((((((..,...((((((((((,{,{(((..(((((((..((((.((........)).))))(((((..{,.....}}..))))}.............,,,,.{((({..((((((,,........(((((({............................}))))))..........)))))}...)))))...)))}...,.||.||,|,((((...))))...,.........)))))))..)))),}.)))))))))){{{...((.........))..,||.....,,...{{.((((((.........)))))),}})))))))))..,)).)))))}||||{{,,||,,,{{,,,|||{{||,,.,|||}|,{|}}||,,|,,,,,,....,},.}}}))),))}.)}}),))))}}|.....|{||||{...|||||||,....},..|}||||....{{..{,|||...{((((({.({{((((((((..((...,.{{,.(((((.....))))).,,..((((((.....(((((((((..,{...,,,..,,.,,...((({{{{{{{.{||....}}}.)))))))))}..))))))))).....)))))).,{{{{{{{||{.|,|||||||||{{|}}}||,|||||..}}....})}}.}}}}.}}}},}......}})))),}}}}.}}},|}|}}|||.,,,.(({.(({....})).}}}.,,{{{,.,,|,,|,..,}}||((((((....)))))}}|{||,,,{(((({{((({{....{{||,,,.|||||..,||||||((((((,,...,||||}.{{((({....}}}))}....,)))}}}}})))}.,.))))))))))),)}}}|||||||...|||,.}}}|||}},.,}}}}...,))),...,)))}}},...}},.))}}},}))))),}}))})),....,{(((.{(((.((({({((.{({{((.((((.......)))).)))}})..}))).}))).}}))...)))}}||{{((,...,)))}}||||{.|||||||||,,,,}})}}}})}.})})}}},,)),,.)))))),.......
Back