Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006670.5
Sequence Length
3618 nt
GC Content
0.5182
ACUCCUCAUCCUUGGAGCUUUCUCCACAGAAGUGACUUGACACACCGCGCUACAUCUGGGGAGGGGGGCGGGUCCGCUUUCCGGGAGACUCAAGUCUUUGCUAUUUGCCUUUUGUUUCUGGGAUGCCUUUGGCUGCCUUUCUCUUCCAUCUGCUUUUAAUUUUGGUAAGAGAAAAGCUAAUGAAUCAGGAAUGAAUCUCCUCUCCACUAAUCUUUUUUUUUUCUUUCUCUCUCUCUCUCUCUUAAAGUUGGCGCGCUCUCUUCACAAGUUCCAUCACUACCCAAGAAGUGAGGGGGCGGGGGGGACAGGCGGGAAGGCAUUAAUUACACCUAAAUCUGAAGUUUGCGGCCUCAAGUACCACUUUGAUGGGGAGAGCUUCUGAAGCUUCCAUACAACCUGCCGUGCCUUUGCUGCUGCCGCAGUAGAUUUUCAGCUCAUUUCUUUCUGCUGCUGCUUCGCGCUGCUCUGUCAUGCCUAAAUCUAUCUCGUCACUGCCAAAGGUGCCUGAAUCAGGGUGAAUUCCACGAGAUUCACCAGCGGUUUUGCUCCAGUCCAAGGAGGAGGCGCGCAGCCCAGCUCCCCUAGUCUCUCUUCUUAAAUCCCCCUACCUACGGCUGCCGAGGUUGGCCGCGCGUCGGGAAUCUCCCCGACAGUCCUGGCCCUCCCCCGCCCCCCGGGUUGGUUUUUCCCAGCUGCGGAGGUUGGGAGGUUGGGCCAGGGGCUGGGGUGCGAAGAGAGUCGGCGCCCGCAACGCGGAGCCGGGAAGUCGUCGCUACUCUGGUGGAACUCAGAGUUGGUUCUGGAGGCGGCGGACGCGGAGGUCCCUCAGAGGAUCCAGCGAGGGGCGCCAACAAGAGGCGAAGAGGUGGCACCAGGGCGGCGGCAGGAAGAGGAGCGGGAGCAGGAGCGCGGAGCGGAGCGUCCCGACCCGCCGUGCGUACUUUCUGGAGGGAAGGGGCGGGGGAAUCGGCCCCUGAGGGAAGCGCCCGGUGGCGAGGGGGUUAGCCAAGUUCCGGCUGCGGCGCCACUCCCUCGGUUCCACGAGAGGAAAGUUUUUUUUUUCCAGACGCUUCCGCCGGCUCGCGCCCUCCGGGCCCAGCCUCCCGAGCCUUCGGAGCGGGCGCCGUCCCAGCCCAGCUCCGGGGAAACGCGAGCCGCGAUGCCUGGGGGGUGCUCCCGGGGCCCCGCCGCCGGGGACGGGCGUCUGCGGCUGGCGCGACUAGCGCUGGUACUCCUGGGCUGGGUCUCCUCGUCUUCUCCCACCUCCUCGGCAUCCUCCUUCUCCUCCUCGGCGCCGUUCCUGGCUUCCGCCGUGUCCGCCCAGCCCCCGCUGCCGGACCAGUGCCCCGCGCUGUGCGAGUGCUCCGAGGCAGCGCGCACAGUCAAGUGCGUUAACCGCAAUCUGACCGAGGUGCCCACGGACCUGCCCGCCUACGUGCGCAACCUCUUCCUUACCGGCAACCAGCUGGCCGUGCUCCCUGCCGGCGCCUUCGCCCGCCGGCCGCCGCUGGCGGAGCUGGCCGCGCUCAACCUCAGCGGCAGCCGCCUGGACGAGGUGCGCGCGGGCGCCUUCGAGCAUCUGCCCAGCCUGCGCCAGCUCGACCUCAGCCACAACCCACUGGCCGACCUCAGUCCCUUCGCUUUCUCGGGCAGCAAUGCCAGCGUCUCGGCCCCCAGUCCCCUUGUGGAACUGAUCCUGAACCACAUCGUGCCCCCUGAAGAUGAGCGGCAGAACCGGAGCUUCGAGGGCAUGGUGGUGGCGGCCCUGCUGGCGGGCCGUGCACUGCAGGGGCUCCGCCGCUUGGAGCUGGCCAGCAACCACUUCCUUUACCUGCCGCGGGAUGUGCUGGCCCAACUGCCCAGCCUCAGGCACCUGGACUUAAGUAAUAAUUCGCUGGUGAGCCUGACCUACGUGUCCUUCCGCAACCUGACACAUCUAGAAAGCCUCCACCUGGAGGACAAUGCCCUCAAGGUCCUUCACAAUGGCACCCUGGCUGAGUUGCAAGGUCUACCCCACAUUAGGGUUUUCCUGGACAACAAUCCCUGGGUCUGCGACUGCCACAUGGCAGACAUGGUGACCUGGCUCAAGGAAACAGAGGUAGUGCAGGGCAAAGACCGGCUCACCUGUGCAUAUCCGGAAAAAAUGAGGAAUCGGGUCCUCUUGGAACUCAACAGUGCUGACCUGGACUGUGACCCGAUUCUUCCCCCAUCCCUGCAAACCUCUUAUGUCUUCCUGGGUAUUGUUUUAGCCCUGAUAGGCGCUAUUUUCCUCCUGGUUUUGUAUUUGAACCGCAAGGGGAUAAAAAAGUGGAUGCAUAACAUCAGAGAUGCCUGCAGGGAUCACAUGGAAGGGUAUCAUUACAGAUAUGAAAUCAAUGCGGACCCCAGAUUAACGAACCUCAGUUCUAACUCGGAUGUCUGAGAAAUAUUAGAGGACAGACCAAGGACAACUCUGCAUGAGAUGUAGACUUAAGCUUUAUCCCUACUAGGCUUGCUCCACUUUCAUCCUCCACUAUAGAUACAACGGACUUUGACUAAAAGCAGUGAAGGGGAUUUGCUUCCUUGUUAUGUAAAGUUUCUCGGUGUGUUCUGUUAAUGUAAGACGAUGAACAGUUGUGUAUAGUGUUUUACCCUCUUCUUUUUCUUGGAACUCCUCAACACGUAUGGAGGGAUUUUUCAGGUUUCAGCAUGAACAUGGGCUUCUUGCUGUCUGUCUCUCUCUCAGUACAGUUCAAGGUGUAGCAAGUGUACCCACACAGAUAGCAUUCAACAAAAGCUGCCUCAACUUUUUCGAGAAAAAUACUUUAUUCAUAAAUAUCAGUUUUAUUCUCAUGUACCUAAGUUGUGGAGAAAAUAAUUGCAUCCUAUAAACUGCCUGCAGACGUUAGCAGGCUCUUCAAAAUAACUCCAUGGUGCACAGGAGCACCUGCAUCCAAGAGCAUGCUUACAUUUUACUGUUCUGCAUAUUACAAAAAAUAACUUGCAACUUCAUAACUUCUUUGACAAAGUAAAUUACUUUUUUGAUUGCAGUUUAUAUGAAAAUGUACUGAUUUUUUUUUAAUAAACUGCAUCGAGAUCCAACCGACUGAAUUGUUAAAAAAAAAAAAAAUAAAGAUUCUUAAAAGAAUUACAGUGUGUGCAAGUUUGCUUUGAAAAAAGGAUGAAGGGCAGGAGUAUUCAAUGGUCUUGGUUCCGAUGAUAAUUAUUACUUAACAUAGCUGAGAAUCAAACUGUAGCAAUGUCUAAUAUAAAUAGACUUGGGAGAUCGUUUUGAAAUGGUGGAUCCUUUUAGUAUUUAAAUGGAGAGUUUGAGUAUUCAUGUGACUGUAUGGUCCCAAAGUUAAUGCUAUUUAUGAAACAGUUUUGUAAGAACAUAAUGAAGUUGGUAAAAGCUAAGCGUUCUGCACAAUAAACAGUUCCCAGUUUGGGGCUUUUUCAAGGCUAAUGAAGUUAUUGUUGGUCUAGAAAAAUAGUAUUUACUUAAUAAAACUCUGUUUGAAAUUGUUCUGUGGAUUUUUAGAGCAGAAUUUGAAACAAAUGUAAUGCAAAUAAAUAUAAAGAUAAAGUGUCUUAAAGACAAUAUUCUGAAAUAAAAGAUAUAAAAUAUAAUUUAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1300.32 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1362.78
Frequency: 0.0000
Diversity: 971.63
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((.(((....(((((((((((((..((((((((((((....(((((..((.(((((((((((((.....(((((..(((.((((((..(((.....((.....)))))..)))))).))).))(.((((((...(((((((((((..............))).)))))))))))))).).....))).....)))))))))))................((((((((((.((((((((.........((.(.(((.((((....((.........))....)))).))).).)))))))))).))).)))))))....................)).)).)))))..))))))..))))))..))))))))))))).....(((((((....(((((.(.((....((.((.((.((((((((.................)))))))).))...))))..(((((..((((....((((((...............(((((((..((((((((..........((.(((((((((((..(((((..((((((..(((((((((.((((((.......................................)))))).(((((((((((...((((((......))))))...((((((((.((((((.((.(((((((((......)))))).))).)).)))).))..))))))))(((((((((((((.((...(((((..((((...)))).)))))....)).)))).(((((((......)))))))(((((((((.((((((((((((....(((((((............)))))))(((.......))).....(((((..(((((((((((.(((((.((((((.(((((((((((((((..((((..((...))..))))..))))).......((.((((.(((((((((((.(((((((..((((.(.((((((((((((((((((((..(((.(((....)))..)))...)))))))))...))))....((((((......)))))).((.(((......)))))(((((((((((((...(((((.((...(((((((((((((.........)))).)))))))))...)).)))..))...)))))))))))))(((((((((...))).)))))).))))))).).).((((((((.....)))))))).)))..))))))).)).))))))))).)))).))))))..)).)))).)))))).)))).).))))).))))))...))))))))))))))..))).))).....))))))((((...(((((((.((.......))..))))))))))).((((..((((.....))))...)))).(((((((((.(((......))).....(((((((.((((.(((....((((...(((((.((((.((.....))))))((....))((((((((....)))))))))))))(((((...........))))).))))...))).))))))))))))))))))))(((((...(((.......)))...)))))))))))))).........)))))))))))........)))))))))((((((....((((((((((((((...((((((......)).))))...........((((((((((..(((((.....(((.....)))...))))).))))))))))(((((((((((((.((((.....))).).))))))...)))))))..((((.(((.......))).)))).......))))..))))..))))))....)))))).(((...)))...))))))..)))))....))))))))))).))...(((.(((((............)))))...)))....(((((....)))))((((((((((((.(((((........)).))).)))....(((((.(((...((((.......))))...))).).)))).....(((((((.((.((((((....)))))...).)))))))))....(((((((((((((..(((((((......((((...............)))).......(((((((((((((.............(((((.(......).))))))))))))))))))......))))))).)))))...))).))))))))))))))....)))))))))))))))....(((((.((((((.......))))))...))))).......)))))))))).....)))))..))).)))))......)))))))(((.((((.......)))).))).))).)))(((((((((...(((((((((.(((.....)))...)))))..(((((((((((((.(((.((((..(((.(((((((.(....((....(((...((((((.....(((.(((......(((...(((..............)))...))).....))))))...))))))..)))))..).))))))).))))))).))).)))))).))))))).............((((((((((((.(((((((..((((((((((((((((...........((((.((((((.....((((...(((((.(((.......))).)))))))))....)))))).))))((((...((.(((((..((((....)))).((......)).......))))))).)))).)))))))))))).......((((((((((.((((((.(((((((.........((((((..((.((((((((((((.........((((((........))))))............((((.((.....))))))..(((.(((((.((((((.((((.(((..((((((..((((..(((.......)))..)))).............(((((((((((.........(((((((.(((((((((.((((((............))))))))))))))))))))))........)))...))))))))...............((((((....)))))))))))).))).)))).)))))).......))))).))).(((((.(((...))).))))).....)))).))))))))..))..))))))))))))).))))))...(((.(((((.......))))))))(((.((((((....))))))...)))....(((((((((((.....)))))))))))..((.((((....)))).))..........))))))))))...(((((...))))).....))))..))))))))))).......)))))))).....))))..))))))))).((((((.((((((((((.....)))))))))).))))))..(((((((.............(((((.(((((((((((........)))))))..)))).))))).............)))))))..(((.....(((((...)))))....)))................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
...........,,(((((((((((((..((((((((((((....(((((,,,{.,,((((((((((({{{..,,|||,.{((.((((((..(((.,...({.....)))))..)))))).))}.||{.{{|||{,,.(((((((((((..............))).))))))))}))}}}.,..,{{}},.}}}.})))))))))}................((((((((((.((((((((.....,..,({.(,(({.({{{....{(,,,..,,|,......}})),)))})})))))))))).))).)))))))....................),,)).}))))..))))))..))))))..)))))))))))))..,..{((((((....(((((.(.((...,((,({.((.((((((((.................)))))))).))..,)}}}.,(((((,.((((....((((((,,.............(((((((,.,(((((((.,,.......{(.(((((((((((.,(((((..((((({,((,,((((({.((((,,,((({{{....{.{{{{{{{{......,{{,,..,,,.,|{||||||||||{||{{|...((((((......)))))).||((((((((.((((((.((.(((((((((......)))))).))).)).)))).))..))))))))|||||||||{,||}||}}}{((((..((((...)))).))))|,..,||{||||.(((((({......,)))))}(((({{.((((({(((((({((,{.(((((,.....}}}}}}{(((,((((((((.......))),....(((((.,(((((((((((.(((((.((((((.(((((((((((((((..((((..((...))..)))),.))))}.......((.((((.(((((((((((.(((((((,,((((((.((((((((((({((((((({..{||.{{|,,,.))),.))),,.}}))))))),..}}}},.,.((((({......)))))|,{{|(({|||.{{{{|..(((((((((((((...(((((.((...(((((((((((((.........)))).)))))))))...)).)))..))...))))))))))))).{||||(((..,))},)))))),}})))))}),,,((((((((.....)))))))).}}}..))))))).))}))})))))).)))).))))))..)).)))).)))))).)))).).)))))}}))))).,.))))),.(((((..((((....)))).)))))}.|,||}}},}|||(((((.(((((....}))}|),)))}}.((({.|((((.....)))}.,.)))){(((((((((.(((......))).....((((((,,((((.(((....((((..,(((((,((((.((.....))))))((....||((((((((....)))))))))))))||{{{...........))))}.))))...))).)))))))))))))))))))}}),||,}||||||,}},,|})},,|||}||,,||,|||{........)))),))},)),},,....)))},,)),|((({|...}}}|,|}}}}||||}}}}(((({(,.....)).}))).,}}.}}}|||((((((((((.,,((((.....(((.....)))...))))).))))))))))))))|)}|||.{{.(((({{((.(((...))).})}).))))))}..))))))|(((((({..,|.,(((,.........,.)))),}))))))),...)))),}.})}}}.,,,.))))))))..))))).,,.))))))))))).))...{{{.(((((............)))))...}}}....(((((....)))))(((((((((,((.(((((........)).))).))|....(((({.(((...((((.......))))...))).|.))))...,}{{(((((.{(.,(((((....)))))...},}})))))))....(((((((((((((..(((((((......((((.........}.....)))).......(((((((((((((,....},....,.(((((.(......).))))))))))))))))))......))))))).)))))}..,)).)))))))))))))).,,.})))))))))))))).,{,(((((.((((((.......))))))..,))))).......)))))))))}..,,.)))))..))).)))))......))))))|((.((((,,((((((((({.........((((((((..{{(((((.((((((.((({.(((((....)))))..,(((((..(((,{,(((({(({,,,.(((((((...})))))}...{(((((..........)))))|(((((.((((((((((.,...{(({(((({.(((((((({|{....{((({.((((.|......)))).)))))..)))))))),,,}).)}))}}))}}...,(((({{{{.,{,(((,,.,|||,,},|}|}}}}}..........,{{{(({{,{,(({..,{,,{(((|((({{(.....{(((,..{{{{{,||{,..,,|,}}},|||||||||,...}}}}}}.}|||{,|,..,}},}},,|,,{{({....}}))|||||||..,.......,)}})}}},,,,,,,...(((((.{{.(((.((({....})))..))).}}.})))).,,,,,,..{(((((({{{,..,...,|,,,||.........((((((........)))))).,,,.,..,}..}},,,,|||||..,||,}|,}},},.}}||||||((,{{{{,({{..,|{{||,,{{{{..{||,......,||,,||||....,,.......(((((((((((.........((((((,{(((((((((.,(((((,......,,,}})}}}},))))))))))))))))........)))...)))))))}...............((((((....)))))),})))).))),)))),)}}))},.....))))))))))...)))))}..,..)),))))))})))..))})).}}||,..,,.{(({.((({|{.......)).)))).)))},||,.,....)))),))))).).))))}..}}..))).)).))).....{(((((((((.....))))))))))))))))..)))))))))))).((((.(((((((({,........((({(((.(((((.......{{((,,,...}))),,,.))))),,)}),.,}}}{{|{((({...}))))}},{(((.((((((((((.....)))))))))).))))))))))))).))))..........(((((.(((((((((((........)))))))..}))).)))))..,|{...,,............{((.....(((((...)))))....}}}........,}},,,..................
Back