Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_006671.6
Sequence Length
2698 nt
GC Content
0.6012
GGUAAUAGGAUUGUGGCUUCCCUCUAAGGCGGCCACACGGGCAUGGCCGUGGGGCUGGCGACUGGUGUUUAGCAACUCCGACCACCUGCCUGCUGAGGGGCUAGAGCCCUCAGCCCAGACCCUGUGCCCCCGGCCGGGCUCUCAUGCGUGGAAUGGUGCUGUGCCCCUUGCCAGCAGGCCAGGCUCACCAUGGUGCCGCAUGCCAUCUUGGCACGGGGGAGGGACGUGUGCAGGCGGAAUGGACUCCUCAUCCUGUCUGUGCUGUCUGUCAUCGUGGGCUGCCUCCUCGGCUUCUUCUUGAGGACCCGGCGCCUCUCACCACAGGAAAUUAGUUACUUCCAGUUCCCUGGAGAGCUCCUGAUGAGGAUGCUGAAGAUGAUGAUCCUGCCACUGGUGGUCUCCAGCUUGAUGUCCGGACUUGCCUCCCUGGAUGCCAAGACCUCUAGCCGCCUGGGCGUCCUCACCGUGGCGUACUACCUGUGGACCACCUUCAUGGCUGUCAUCGUGGGCAUCUUCAUGGUCUCCAUCAUCCACCCAGGCAGCGCGGCCCAGAAGGAGACCACGGAGCAGAGUGGGAAGCCCAUCAUGAGCUCAGCCGAUGCCCUGUUGGACCUCAUCCGGAACAUGUUCCCAGCCAACCUAGUAGAAGCCACAUUCAAACAGUACCGCACCAAGACCACCCCAGUUGUCAAGUCCCCCAAGGUGGCACCAGAGGAGGCCCCUCCUCGGCGGAUCCUCAUCUACGGGGUCCAGGAGGAGAAUGGCUCCCAUGUGCAGAACUUCGCCCUGGACCUGACCCCGCCGCCCGAGGUCGUUUACAAGUCAGAGCCGGGCACCAGCGAUGGCAUGAAUGUGCUGGGCAUCGUCUUCUUCUCUGCCACCAUGGGCAUCAUGCUGGGCCGCAUGGGUGACAGCGGGGCCCCCCUGGUCAGCUUCUGCCAGUGCCUCAAUGAGUCGGUCAUGAAGAUCGUGGCGGUGGCUGUGUGGUAUUUCCCCUUCGGCAUUGUGUUCCUCAUUGCGGGUAAGAUCCUGGAGAUGGACGACCCCAGGGCCGUCGGCAAGAAGCUGGGCUUCUACUCAGUCACCGUGGUGUGCGGGCUGGUGCUCCACGGGCUCUUUAUCCUGCCCCUGCUCUACUUCUUCAUCACCAAGAAGAAUCCCAUCGUCUUCAUCCGUGGCAUCCUGCAGGCUCUGCUCAUCGCGCUGGCCACCUCCUCCAGCUCAGCCACACUGCCCAUCACCUUCAAGUGCCUGCUGGAGAACAACCACAUCGACCGGCGCAUCGCUCGCUUCGUGCUGCCCGUGGGUGCCACCAUCAACAUGGACGGCACUGCGCUCUACGAGGCUGUGGCCGCCAUCUUCAUCGCCCAGGUCAACAACUACGAGCUGGACUUUGGCCAGAUCAUCACCAUCAGUAUCACAGCCACUGCAGCCAGCAUUGGGGCAGCUGGCAUCCCCCAGGCCGGCCUCGUCACCAUGGUCAUCGUGCUCACCUCCGUGGGACUGCCCACCGAUGACAUCACCCUCAUCAUUGCCGUUGACUGGGCUCUGGACCGUUUCCGCACCAUGAUUAACGUGCUGGGUGAUGCGCUGGCAGCGGGGAUCAUGGCCCAUAUAUGUCGGAAGGAUUUUGCCCGGGACACAGGCACCGAGAAACUGCUGCCCUGCGAGACCAAGCCAGUGAGCCUCCAGGAGAUCGUGGCAGCCCAGCAGAAUGGCUGUGUGAAGAGUGUAGCCGAGGCCUCCGAGCUCACCCUGGGCCCCACCUGCCCCCACCACGUCCCCGUUCAAGUGGAGCAGGAUGAGGAGCUGCCCGCUGCGAGUCUGAACCACUGCACCAUCCAGAUCAGUGAGCUGGAGACCAAUGUCUGAGCCUGCGGAGCUGCAGGGGCAGGCGAGGCCUCCAGGGGCAGGGUCCUGAGGCAGGAACUCGACUCUCCAACCCUCCUGAGCAGCCGGCAGGGGCCAGGAUCACACAUUCUUCUCACCCUUGAGAGGCUGGAAUUAACCCCGCUUGACGGAAAAUGUAUCUCAGAGAAGGGAAAGGCUGCAUGGGGGAGCCCCAUCUAGGGAGUGAUGGGCCCGGCAUUGCCUGAGGCCCCGCUGUGACAGUUUCCCCGGUGUGAGCCCGGUGAGGGCGGCAGGCAGGGGUUAUCCGGCCCCACUUUCUGGAUGACAGACUUGAGGCUCUGAGAGCUGAAAACACUUGUCCAAGGUCUCACGUUAAGGUCAAGACACUAACUCAAAUCUUUCAAGCCCCGCCUCUCCUCUUGGAGGACAGGGCAGCCUGCAGCUGUGUCCAGGCCCAGGCCCCACCCCAUAACAGGUGGCCUCAGCCACACAGUUCUCCCCAAGGGGAGCAGCCCAGGGCCAAGCCCCGCUGCCUUCCCCAGGCCACAGUGCGUCCAGUCUCCUGUCCUGCCACGUGUCUUUUGCAAAGCUCCUUGGAUGUGGAGACAGAUGUCUUUACUAGAGCUGAAAGGCCCCCUUGACACAUCCAGGCCAACCUCCCAUGGAAUAGGUAGGCAAGCCAGGACUCCGGGAAGGAGGUGCAGCCAGGAUGCUCUGGUGGAGCUGCCGAUGGGGCCCUGGUGUCAGAACUCCCCAAAGGCCUGUGCGUCCAAGUGGAGUCAGGUUUUCUAUUCCUUUCUGUGUUUGCAAAUUCAGUGUUAACUAAAUAAAGGUAUUUUGUUUUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1093.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1139.42
Frequency: 0.0000
Diversity: 712.25
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.(((((((((((((((.((......)).))))))).((((.((((((.(((((.((((..((((..............))))..)))).((((((((.......)))))))).(((...))).))))))))))).))))((..(((((..((((.((((((((((((((((((.(((...))).(((((((((.((.(.(((.....(((..((((((.(((((.((((((((((.((((.....)))).)))))))))))))))........((((.((((((((((.......)))))))...)))))))((((...(((((.....(((.((.((((....)))))))))))))).))))((((((((.(.((((((((..((((..(((((...(((((.(((((..((((...((((.(..((((((((((((.....(((.....)))((((.((..((((....)))).)).))))..(((((..(((((((..(.((((.......((((...))))......)))).)..).))))))..)))))..(((((((.((.((((((.(((((((......((((.((((((((((((..(((.....)))((((((((......(((.........(((......)))....((((((((((...(((((((((.(((((((.....((((..(((((.(((((((((....))))))(((((..((........))((((((((.((((....((........))....))))..)))))))).....)))))(((((.(((.((....(((...(((((.(((((((((....)).))...))))).))).)).....)))....)).))).))))).......)))))))).)))))))))))))))......)))))((((.((((((....((..((((.....))))..))....)))))).))))))))))))))........)))..)))))))).......((((..(.(((.......)))).))))))))).)))))))..).)))))))))))))))).))..)))))))(((.((((....)))))))((((..........)))).........((((((........)))))).......)))).......)))))))).).))))))))..))))).))))))))))..(((((((..((...((((..............)))).)))))))))................((((..((((..((((((((..((.....((((((.((((....))))..))))))..))..)))))))).)))).))))...........((((.((.........)).))))....))))..)))))))).).))))))))...((((((((..(((....))).)))).)))).))))))..)))))).))).)))))))))(((((...........(((((....)))))))))).((((((((........((((((((((((((...(((.....))))).))).).)))))).)).)))))))).)))))))).))))..)))))))))).)))))..)).((.((((((..(((.(((((...........))).))))).))))))))...((((.((((...((((((((((((((((..(((.(((.((((((((.(((..((((.((.((((((.((........((((((((.(((((((..((((.(((....)))....)))).))))).)).((((((((..((((((((((((...........((((((((..((((..((((((.((..((((((..((((((....))))))..)))))).)).)))))).((.((((((..(((.......))))))))))).....(((((.((..((....)).)))))))...........(((((....)))))(((((((..((((((((((((.((..........((((.(...(((((..((((((((((((.((((((((........)))))....(((...)))...)))))).))))).)))))))))...).))))(((.....))))).))))).)))))))))))))).)))).)))))))).)))))))(.((((.((((((.(((.....((((.((((.((...)).))..)).))))........)))...)))))))))).).(((.(((((...))))).))))))))..)))))....))).))))))))...............)).)))))).)).))))..)))...((..((((((((((...((((...)))).)))))..))))).)).))))).....))).))).)))..)))))))).))))))))....)))).))))..((((((((....))))))))(((.((((((.((((....((...))....)))).......(((((((.(((((((.(((((..(((((((....(((.((((((.......(((((...))))).(((..(((((..(((....)))....)))))..))))))))).)))...))))))).)))))))))..))))))))))........)))))).)))(((.......)))))))))))..)).
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.(((((({.(((((((.,(,,...,)).))))))).((((.((((((,(((((.((((..{((({,.......,....}})).,|}}}.((((((((.,....,)))))))).|||..,|||.|}|}}}}||}},}}}}.,{(((.(((..,((((((((,((((.((((((,.(((..(((,{|,,,}}).)))....)))...,})))).))))((.(((((.((((((((((.((((.....}))).))))))))))))))).)).....((((.((((((((((.......}))))))...))))))}((((...(((({....,(((.{{(((((....)))))))))))))).))))((((((((.(.((((((((..((((..(((((...(((((.(((((..((((...((((.,..((((((((((((....,(,{,,..{|||{,,..,.,,((((.(((({{(((((,.,,..(((((..((((((,..(.((((.......((((...))))......)))).).,,.))))))..))))),.(((((((.((.((((((((((((({.....,((((.((((((((((((,,({.,.{{.{{|((({{((,.,,{,.{{,......,,.(((......}}}....((((((((((...(((((((((.(((((((.....((((..(((((.(((((((((....)))))}(((((..,,........}|((((((((.((((....((........))....))))..))))))))},,..)))))(((((.(((.({....{((...(((((.(((((((((....)).))...))))).))).)),,}},)))....)).))).)))))......,}))))))).)))))))))))))))......)))))((((.((((((,.,{|({.{(((.....)))),,.).,}.)))))).))))))))))))))........))},.}}))))}).,..,,|{||.....|}))),}}}.)),}})},.)))))},))))))..),}))))))))))))))).))..))))))).}})))).)))))).))))||{{..........))))..,,.....((((((........)))))}.......)))).......)))))))).).))))))))..))))).))))))))))..(((((((..{(...({{{..............}))).)})))))))............,...((((..{(((..((((((((..((.,{,.((((((.((((....))))..))))))}}))..)))))))).)))).))))...........((((.((.........)).))))....))))..)))))))).).))))))))})))}}})),,..)))))}|(((((.||(((((((((((((...((((..(.((((((.((.((((.((((((((((((((((....))))).(((((........)))))..{(((,,{{.((((((...{{{{{..{((((((((((((((..((((((((||,..,,,)))))},))..))))))))........)).))))})}.}},.))))))..}),.)))}{{{,{...{{|{|||{{{({,.,.||..|||{{.((((...((((((((((((((((..(((.(((.((((((((.(((..((((.((.((((((.((..{,,,..{(((((((,{{(((((..((((.(((....)))....)))).))))).)).||{(((((..((((({(((((,.....{{{...{{{(((({..{{{|..((((((.((..((((((..((((({....})))))..)))))).)).))))))(((.,((((({{(,{.},}}..))),,)))},,..,||(((((.({..((....)),)}}}))}...........(((({....)))))(((((((..((((((((((((.{{......,,.{{((,.,...||||..,{{((((({(((({(((((.,,..}}}{{{{..((((({(((...))).}.))))))}))},,.}})))))))}.})})}}|(((.....)))),.))))).)))))))))))))).)))}.}))))}}}.))),|}},|||||,((((({{({,.....,{{|,,,.|}{|}},},,||..}|,,,}},,..,..,,}}...}}}}},,|||{,,((({((({{..}))))},}))))))),,)})))},|,|,,.))})}})),,...,,........)).)))))).)).))))..)))..,(,..((((((((((...((((...)))).))))).,))))}.)).))))).....))).))).)))..)))))))).))))))))....))))||{((((((({{(({....||||||.|....,,,,,}})))....}}..)))))))))|{{.,{{{,{..,)),...})),))),,)}|}),.})}}))...))))))).))}}).)))))).)))))).)..)))).)))))....))))))))..,,))))),,((((((.{{.(((....)))))))))))))))))})),,,,{,.{{{.{{{,,...,,}},.}}}.,{{{|||},.,}))}))}.....
Back